就在布列斯特的英勇戰鬥還在進行，而快速推進的古德裡安的裝甲集群即將進到明斯克的時候，在希特勒、德國陸軍總司令部、中央集團軍群、第2甲集群司令部之間，正在進行一場激烈的爭論。
陸軍將軍們，包括總參謀長哈爾德、中央集團軍群司令官博克和古德裡安現在都不滿足於在明斯克收攏合圍圈，他們主張推進到斯摩稜斯克形成包圍圈，以便圍住更多的蘇軍，同時逼近莫斯科。
但希特勒並不認可這一過分大膽的想法。他清醒地意識到，由於裝甲集群推進得太快，德軍步兵集團軍被丟在了後面，坦克部隊的兩翼因此失去了掩護，而當時裝甲集群本身沒有建制保障部隊，在後勤方面也仍需要依靠步兵集團軍。因此，這種局面實際上潛藏著巨大的危機。正是考慮到這一點，謹慎的希特勒甚至在6月25的命令中，就要求中央集團軍群在離明斯克還有將近100里的新格魯多克封閉包圍圈。在中央集團軍群司令博克元帥的竭力反對下，希特勒最終放棄了這個過分保守的打算，但德國陸軍的將軍們因此也不再固執己見的去冒險。按照希特勒與他們達成的妥協意見，最後的合圍圈仍然將在明斯克地域合攏。
在確信德軍已經突破西方方面軍的防線，並且正向明斯克推進後，蘇聯統帥部終於明白了德軍的企圖。為了防止部隊被包圍，6月25，經派往西方方面軍的代表、副國防人民委員沙波什尼剋夫元帥的請求，蘇軍統帥部同意該方面軍後撤。西方方面軍軍事委員會於當日下達了總撤退令。命令規定第1310、34集團軍必須於~不晚於21時開始退卻。心急如焚的巴甫洛夫大將在命令中還要求各部隊：「在遼闊的戰線上甩掉敵人…應在一晝夜間躍出60公里.各部隊充分徵用當地工具並徵集任何數量的馬拉大車」。
但他的命令事實上是無法執行的。西方方面軍那些從戰爭開始就沒有有效指揮過的部隊在撤退中已經失去了組織，本來就不多的車輛幾乎喪失殆盡，燃料也已耗完。加上德軍佔領了蘇軍的倉庫，因而根本不能指望得到補充。而在僅僅靠這兩條腿的情況下，蘇軍根本無法逃脫德國快速裝甲集群的快速包抄。況且到這個時候，可供他們撤退使用的，只有一條不到60公里寬、由幾條低劣的鄉間小道構成、並且已:的猛烈炮擊和空襲封鎖的通道。在密集的重炮和迫擊炮轟擊下，從這條狹窄的通道向明斯克方向撤退的蘇軍死傷慘重，亂成一團。6月26日，西方方面軍第13集團軍預備步兵第21軍;下屬的步兵第37師撤退的過程中被德國重炮炮彈炸死在坦克陣亡的蘇聯將領還有西方方面軍47軍步兵第143師師長薩夫諾夫少將。他指揮下的師在斯洛尼姆遭到德軍的包圍並被殲滅，他本人則在率領部下從巴拉諾維奇地域突圍的過程中犧牲。
此時，德軍古德裡安第2甲集群的先頭部隊——第17裝甲師已經逼近明斯克。雖然該師師長馮|日和紅軍的戰鬥中身負重傷，但是第二天，他的裝甲師仍然與第3甲集群的摩托化第57軍在明斯克地域會合。德軍最強大的2裝甲鐵鉗在此合攏了。一天，德軍摩托化第24軍佔領了明斯克東南的博布魯伊斯克。
628，會合後的德軍以3個裝甲gt;+守城蘇軍被迫撤退。當天，白俄羅斯首都明斯克失陷。這座城市的丟失也意味著西方方面軍紅軍部隊的退路被德軍切斷。方面軍的第310集團軍大部，第13集團軍一部共計20多_.括第310團軍的6個師，第13團軍的3個師，西方方面軍直屬2師，共計近40萬人的部隊被包圍了。
對德國人來說，這是空前的勝利。但就在佔領明斯克的德軍為這一勝利而興高采烈的時候，6月29日，在這座剛剛失陷1天的城市大街上，卻突然衝出了一輛蘇軍的T-28型坦克，向著驚慌失措的德軍行軍縱隊猛烈開火。大量卡車和炮兵牽引車被擊毀。這輛坦克最終在撤離之
軍反坦克炮擊中，身負重傷的駕駛員馬立克上士自殺他的行為不能夠
改變白俄羅斯紅軍主力被全殲的結局，但作為一個軍人，他的勇敢精神令敵人感到敬畏。
在明斯克陷落的當晚，德軍49集團軍在沃爾克維斯:.合。這樣一來，就將包圍圈內的蘇軍進一步分割在比亞韋斯托克和納利博克森林兩個地域。緊接著，德軍開始著手消滅被圍紅軍。為此，他們使用了第9集團軍以及接受了第4集團軍兵力的第2團軍（該集團軍司令部原屬於德國陸軍總司令部預備隊），總兵力達25個師，分坦克，摩托化部隊的支援。
但令德國不能理解的是，被包圍的蘇軍雖然身處絕境，卻仍然在堅持戰鬥。哈爾德大將在他的日記中作了如下描述：在城東南比亞維斯托克森林中進行著激烈的戰鬥，出乎意料的是，戰鬥牽制了4團軍中部的全部兵力和右翼的部分兵力，前線各地段突出的情況是俘虜不多（6月28日日記）。前線消息證實俄國人到處硬拚，哪怕只剩下最後一個人……人們看到的是，在被攻佔的炮兵陣地上，俘虜的只是個別人。俄國人不是奮戰到底，就是化裝成農民，設法逃離合圍圈（6月29日日記）。
事實正是如此。在包圍圈中，很多紅軍士兵端著已經沒有幾發子彈的步槍（這往往是他們唯一的武器），聚攏在一起，冒著德軍機槍、迫擊炮、甚至坦克的猛烈射擊，吶喊著發出決死衝鋒。在德軍摩托化第2師的地段上，寧死不降的蘇軍士兵甚至手挽著手，一邊高喊一邊向噴吐火舌的德國機槍前進。蘇軍的主要突破口被選擇在一個名叫澤巴的小鎮附近的森林，在這裡他們使用了騎兵集群發動衝擊，後來還動用了鐵甲列車。但在德軍猛烈火力阻擊下，丟下大片大片屍體的紅軍，最終也未能使被圍的主力部隊打破德軍的包圍。
在此前後，蘇軍還進行了多次突圍嘗試。他們中很多人被打死，只有部分人員得以九死一生的逃出包圍圈，在夜色的掩護下渡過第聶伯河回到自己人那裡。其中突圍的最大單位是第13集團軍的45步兵軍。
那些留在包圍圈內的人處境日益艱難。在突圍失敗後，不少部隊被打散，殘餘人員進入森林。本來就不多的彈藥物資很快就消耗殆盡，由於沒有預設陣地和有效的指揮，也很難在包圍圈中組織起有效的抵抗。在實際戰爭中，一個士兵個人的勇敢在有充足的彈藥、堅固的陣地保障和有效指揮的前提下往往能夠充分發揮，他們會不惜一切的戰鬥到死。而如果失去這些條件，士兵以自身生命為代價的抵抗就會變得毫無意義，他們的抵抗意志無疑也會隨之大大下降。對於數十萬被圍蘇軍中的絕大多數來說也是如此。包圍他們的25個齊裝滿員、裝備精良的德國陸軍師在第2空隊有力配合下（德國空軍第二教導聯隊的Hs129:+這次戰鬥中表現尤其活躍，他們在戰場上幾乎無處不在。），正不斷對包圍圈進行分割和壓縮。在如此嚴酷而絕望的形勢下，被圍蘇軍開始大量被俘，其中蘇軍第12、89和在這種生死攸關的時刻，意志不堅和另有想法的人總是會有的。
儘管如此，仍有不少紅軍士兵在戰鬥中堅持到底，最終戰死。其中包括於6月30陣亡的紅軍機械化第6軍?兵司令，前者是朱可夫30年代在紅軍騎兵監察部的同事。另外德國人還宣稱第13集團軍司令菲拉托夫中將和第13械化軍軍長阿什柳斯廷少將也在合圍圈中被擊斃。但實際情況卻是：第13集團軍司令員菲拉托夫中將在78日趕往設在莫吉廖夫的西方方面軍司令部（司令部斯克）的路上，遭到德國飛機襲擊而被炸傷，於7月14死在莫斯科的醫院裡。而第13械化軍軍長阿什柳斯廷少將則是在7月28才在斯摩稜斯克會戰中陣亡的。他們兩人都沒有死在白俄羅斯的大合圍圈中。但是，無容置疑的是大量的蘇聯軍隊的精華損失在這次毫無意義的反突擊戰鬥中是十分的可惜的。