建文二年正月剛過，山海關港口的冰還凍得嚴嚴實實，羽林右衛和定遼中衛的兵將們貓在暖和的營帳裡，日日盼望著天氣轉暖。可是日夜盼來的卻是一個驚人的消息。
正在金州貓冬的朱植接到前線邸報，正月十五，燕軍四個衛突然南下，鎮朔衛、定邊衛、宣府中、右衛在譚淵率領進攻真定，另一路由朱能統帥著密雲衛、隆慶衛、涿鹿衛、盧龍衛取道奔濟南去了。朱植不禁歎道：「四哥的進攻精神實在旺盛，抗著那樣的大敗，兵馬休整不過兩月，就又去找皇上麻煩。」
楊榮遞來一紙從北平送來的情報，上面更加寫得清楚，正月十五一同出發的還有燕山四衛與朵顏、渤海兩個蒙古衛，但這支部隊去向不詳。
這個情報立刻引起了朱植的關注，自從福余、泰寧衛被打殘之後，燕山四衛和兩個蒙古衛成為燕軍的主力，他們不知去向當然是一件大事。
但這樣的去向朱植不用太費腦筋也能想到，無非是南下了。只是走得哪條道路呢？鐵鉉突然聞到一股十分強烈的危險味道，他建議立刻派兵開鑿山海關港的堅冰，生鑿出一條航道，應當盡快將集結在此的兩個衛裝船運往山東。朱植馬上同意了這個建議，命令山海關附近各衛的工兵全部出動，務必在三日內鑿開港正當遼東還在北風中鑿冰的時候，山東到河北一帶地戰線上已經打成一鍋粥了。譚淵急攻真定三日就陳兵城下。做出持久打算。另一邊朱能氣勢洶洶撲向濟南，防守德州的都督徐凱率軍出戰，被朱能擊潰，徐凱被俘。投降朱棣。朱能得了德州孤軍深入直撲濟南。
徐輝祖兵力比朱能多一倍，但就是不出戰。憑藉著修了半年的濟南城牆，率領人馬據城死守。朱能攻了三日也不亂來，紮下營帳看似要打持久戰。
二月初五。山海關的冰終於鑿開了，兩百艘運輸艦魚貫而入，在碼頭搭載兵馬上船，水道上不時有浮冰出沒，十分危險，運輸船一艘一艘進入，海上還有些風浪，就這樣日夜不停裝船，頭一批上艦地人出發三天之後，羽林右衛最後一匹馬才嘶叫著上了船。這一過程十分不順利，三天裡有十五匹馬墮海，七名士兵掉進海裡陣亡。定遼中衛的時間同樣十分浪費。鐵鉉對這樣的情況沒有一點辦法。
朱植專門從金州趕來觀看裝船，坐在泰山號的尾樓。望遠鏡裡如螞蟻搬家一樣地速度，讓朱植格外煩躁。看來所有陸軍衛接受兩棲作戰訓練是很重要的，否則在海上顛簸得七暈八素還打什麼仗了.不過轉頭一想。這樣也的確很難為他們，對於仍處在冷兵器時代的軍隊來說，兩棲作戰的確有些拔苗助長。
遼東軍艱難地在海上顛簸的時候，守衛東昌府的南軍突然發現燕王的帥旗出現在東昌城外。本來離著前線還有幾百里，守衛東昌的是由散兵游勇拼湊成的東平衛。當他們看到漫山遍野地燕軍殺奔而來的時候，早被燕軍打得肝膽俱裂的散兵游勇們不顧長官地阻攔，打開南門一哄而散。
二月二十燕軍繼續南下奪取東平，這個消息傳來天下震動！這是燕軍第一次打到離應天那麼近的地方，求援地軍報雪片一樣飛入皇宮大內。朝廷除了最後十來萬老弱病殘的京營之外，已經無兵可調。
方孝儒、黃子澄和齊泰三人一合計，一方面命令湖廣、江西福建的衛所起兵進京，另一方面挑選京營中還能出動地五萬人馬由齊泰率領北上扼守燕軍南下的必經之路徐州。同時嚴令徐輝祖率領濟南軍回軍夾擊燕軍。楊靖又向建文帝建議，此時能抵擋燕軍的只有朱植，建文帝早已六神無主，立刻派人八百里加急趕往登州乘船到遼東命令遼王調兵南下，勤王京師。
就在燕軍奪取東平的同一天，鐵鉉率領兩個衛在登州登陸，只是經過五天的海上航行，無論人馬都疲倦不堪。連鐵鉉自己也號稱暈船過度無法作戰。兩萬人馬只得在登州就地紮營休整。
朱棣這次看來是鐵了心要南下，他僅僅在東平休息了一日，立刻輕兵倍道南下，一路連克東阿、汶上，兵鋒直達沛縣。沛縣乃徐州北大門，地勢險要，為兵家必爭之地，守令顏伯偉本是唐代大書法家顏真卿的後人，本來他招募民眾五千人組成民團，並修築七個堡寨抵禦燕軍。但前線連場敗仗，民團青壯大多調走充實前線衛所，留下的大多是老弱病殘，談何戰鬥力。燕軍突然而至，顏伯偉知道是不可為，他一方面派人往徐州示警，一方面率民團據城死守。但燕軍到達之時，指揮王顯率眾開門投降。顏伯偉無奈，走入縣衙朝京師方向叩拜後自經而死，其子也一同殉難。
過了沛縣等於敲開了徐州的大門，朱棣率六個衛長驅徐州，二月三十到達徐州東北。此時齊泰率領的援軍才過了長江，鞭長莫及。朱棣親自擂鼓，助部下攻城。只是徐州城高壕深，守將死守決心很大，燕軍攻了五日折損近千人仍然沒有成功。道衍獻計，像徐州這樣的堅城不能攻下就放在一邊，大軍不應為一城一地所礙，應該直取京師。
朱棣心領神會，率軍繞過徐州直下宿縣，宿縣城小望風而降。朱棣料定徐州守軍可能出兵追擊，派都指揮金銘率領一部埋伏道中，等徐州守軍六千餘人出城之後，在秦溝埋伏，只等南軍渡河，半渡而擊，徐州守軍大崩。
至此朱棣正月十五出兵，一路南下縱橫千里。為時兩個月，連下東昌、東平等七八座城池。燕軍轉戰千里之後也非常疲憊，隨留在宿縣休整了十日。
接到京師急報的徐輝祖被迫無奈，除留少數人馬守城之外。親率四萬人馬出城南下追擊燕軍主力。朱能見徐輝祖出城，也不管他，連夜督促大軍攻城，兩日後濟南終於被拿下。
燕軍在宿縣等待十天。齊泰終於率領他地人馬趕到，進駐靈壁，隔著汴河與燕軍對峙。另一方面徐輝祖的兵馬也晝夜兼程趕到徐州，兩軍一前一後夾著燕軍，但誰都不敢貿然出擊。
接到朝廷調令，朱植終於笑了，這正是他要等的東西。立刻命令小馬王，率領復州衛、三萬衛、剌魯衛趕往冀東，匯合第二軍火速出兵，大張旗鼓進攻北平。三月初一小馬王的大軍已經殺過香河。這裡地情形與山東相似，只是換了一方，遼東軍勢如破竹。燕軍反而一瀉千里。燕軍張信協助世子朱高熾守衛北平，一方面派信使通知尚在濟南的朱能。一方面整頓兵馬據城死守。三月二十，燕軍休整完畢，出宿縣準備渡過汴河。朱棣命都督陳文督促輔兵在河上架橋，然後先派一個千戶過河守衛橋頭，掩護大軍輜重過河。
列陣南岸的南軍大將何福見燕軍輜重半渡，率領所部騎兵掩殺浮橋橋頭。燕軍守備猝不及防，被南軍擊潰，何福斬陳文於橋頭。燕王見此，率燕山左衛騎兵涉渡汴河企圖營救，剛剛上岸，朱棣坐騎卻被南軍射死，幸虧指揮王旗搭救，燕王換馬挺刀親自衝鋒，才將何福的騎兵擊潰。此時河南岸燕軍不多，齊泰見機會難得，親自擂鼓助威，許下殺燕王者賞黃金千兩封萬戶侯。南軍鼓起勇氣蜂擁而至，將守衛橋頭地燕王圍在當中。燕王且戰且退，率部撤回北岸，何福率軍一馬當先在後追趕，幸虧燕將韓貴率領一軍斜次裡殺出才將燕王接下。雙方在汴河兩岸廝殺一日，重新回到出發位置，燕軍據北岸，南軍守南岸。
汴河一戰是燕軍南下首次遭遇挫折。燕王一方面派兵在正面疑惑南軍，另一方面率領主力從河下游連夜涉渡，於第二天早上出現在齊泰軍營後側，於黎明時分率軍突擊南軍營寨。正當南軍堅守不出，負隅頑抗的時候。徐輝祖率領濟南來的援軍抵達戰場，燕軍一下陷入腹背受敵的境地。燕王只得收攏戰場上的燕軍撤出戰場移駐齊眉山。
四月初一，徐輝祖和齊泰合兵一處，號稱二十萬，循齊眉山而來，雙方在齊眉山下激戰終日，雖然燕軍取得小範圍的突破，但在徐輝祖的死戰之下，南軍幸得沒有崩潰。南軍兵多但訓練一般，北軍兵少且轉戰千里相當疲憊，雙方在山南山北再度形成對峙。
四月的南方，陰雨綿綿，燕軍大多是北方人，也不適應。眾將見部隊疲憊不堪，齊泰、徐輝祖又緊追不捨，都有些氣餒，請朱棣北撤一點，尋找其他水草豐美的平原就食。關鍵時刻，朱棣拍案而起扔下一句「兩軍相對勇者勝！事已至此，我軍只有有進無退才能殺出一條血路，直進京城。」
正在雙方對峙之時，黃子澄竟然認為燕軍師老疲憊，必將北撤，同時京師無大將，建文帝遂將徐輝祖調回京城。楊靖仰天長歎，天要亡建文，他知道，黃子澄向建文晉言，徐輝祖統兵討逆半年，卻無法阻止燕軍南下，要提防他與燕王溝通。就這樣一些捕風捉影的傳聞，讓建文下了旨意。如果說徐輝祖是京師門上最後一道門閂，就這樣被黃子澄輕輕拔走。
五月初五，糧餉不濟地南軍只得離開齊眉山前往靈璧就食，朱棣敏銳地察覺到南軍的困頓，立刻派出李斌率偏師截得南軍糧草五萬石。齊泰率領近十萬大軍困守靈璧，朱棣反而率軍圍攻。齊泰又在城中堅持了五日，糧草逐漸告罄。迫於無奈命部下三日後聽號炮出南城突圍。
也許真是天該絕建文，第二日燕軍又來攻城，鳴號炮三響，城內南軍以為突圍信號提前，紛紛打開城門往外衝。城外的想進來，城裡地想出去，雙方城門處擠成一團。南軍本來就是逃跑誰知道被人堵在門口不能動彈，軍心士氣頓時崩潰。何福率軍從北門衝出想衝擊燕軍營寨，被槍炮轟死；齊泰在親兵掩護下從東門跑出，落荒而逃。可憐建文皇帝指望的最後阻擋燕軍地力量在靈璧一掃而空。
靈璧大戰結束，朱棣面前再也沒有阻止他的力量了，五月十二燕軍避開中都鳳陽，進軍泗州，由此渡過淮河，陷於台。五月二十六陷高郵州，應天的門戶揚州完全暴露在燕軍面前。經過將近兩年鏖戰，以靖難起事地燕軍終於飲馬長江。