就在姚興華上表請奏朝廷批准兩江組建新軍的同時，姚興華就已經提前開始為新軍的組建，做起了準備工作工作。通過兩江總督府，向所轄境內的所有駐軍，下發了條文，要求各地駐軍在五日之內，將年齡在十八至三十歲，身高在一米七以上，無吸食鴉片、擾民等不良記錄者，統一登記造冊上報兩江總督衙門，為新軍的組建，提供候選兵員。
因為計劃中編練的新軍僅有兩鎮一萬人，這點人馬對兩江現有的軍隊編制幾乎沒有觸動，而且看上去也僅僅是打算編練新軍，並沒有要改革現有軍制的樣子，也沒有跡象表明，將會觸動到這些個軍大爺門的利益，所以一個個倒也沒有如姚興華預期中的那樣，跳出來說三道四的，阻撓破壞。
在還沒有得到朝廷的正式批復之前，姚興華在軍務方面能做的，也就只有這種程度了，只要再往前走一步，就肯定會有人出來參姚興華一個圖謀不軌的罪名，雖然不見得朝廷真的會因為這麼件小事，就把他這樣的封疆大吏給治了罪，可姚興華也不想剛當上護理總督沒幾天，就有人參自己這麼一條重罪，所以姚興華只得把軍務暫且放下，將全部身心全力投入調整工商業體系結構，加快經濟建設中去。
而且在姚興華看來，沒有先進的工業體系，繁榮的貿易往來，雄厚的經濟基礎，就算朝廷同意自己組建十萬新軍，恐怕自己也是即沒錢買槍買炮，也沒有能力造槍造炮來武裝他們。而想要推動經濟快速發展，早日步入工業化，就必須要依靠民間資本，依靠他們的雄厚物力、人力和財力，大量投資企業，興建工廠，可是在如今這麼一個大環境下，想要讓民間資本在沒有官方的帶動下，自願、自覺地投資實業，開廠興業，那簡直就是在癡人說夢。
所以，姚興華必須要向在廣東開辦洋務時所作的那樣，先由官方出面，投資興辦一家超大型的工廠，以此來吸引、帶動民營資本投資實業，可今日的兩江，不可能像去年的廣東那樣，在向朝廷要錢興辦一個大型鐵廠，只能自己挖潛。
思來想去，姚興華便把這挖潛的對象，瞄向了坐落在上海的江南製造局和南京的金陵機器製造局身上。按照姚興華的想法，是打算按照兩家各自側重和專長，重新進行整合，將江南製造局下設的機器廠、槍炮廠、火藥廠、汽爐廠西遷至南京，歸入金陵機器製造局。將鑄銅廠、鑄鐵廠、煉鋼廠重組為上海重工集團。將廣方言館改建為上海外國語學院。將翻譯官其他三省現有書局合併，成立兩江傳媒集團。而江南製造局則僅保留輪船廠一廠，更名為江南造船廠，至此，自1865年李鴻章創建至今，經歷了二十四年風風雨雨的江南製造局不復存在了。
伴隨著江南製造局改組為江南造船廠，兩大製造局的經費數額也跟著發生變化，其中江南造船廠由今年原定計劃的五十五萬兩消減為三十萬兩，金陵機器製造局由定額十五萬兩提高到四十萬兩之外，姚興華還分別要求江南造船廠與瓊州（海南）船政局、金陵機器製造局與瓊州重工集團總公司搞聯姻，進行全面合作，共同研發新式武器裝備，在技術上進行互補。至於新組建的上海重工集團，姚興華經過再三地考慮之後，決定將其出售給自己私人的瓊州重工集團總公司。
經過此次改組和聯姻，金陵機器製造局從瓊州重工集團總公司得到了名義上是瓊州槍械局設計，並取名為八九式的，實際上德國八八式委員會步槍的生產圖紙，除此之外，瓊州重工集團總公司還提供了包括無煙火藥配方、世界先進水準的蒸汽機設計圖紙（最高效率14％，轉速500轉/分。）在內的數種先進工藝。在獲得這些先進工藝和圖紙後，金陵機器製造局馬上著手對現有機器設備進行改進，不足的部分也立即通過與出使英國大臣劉瑞芬聯繫，拜託其幫助購進，並計劃在一八九零年正式開始生產上述新式產品。
而江南造船廠，也在瓊州船政局的幫助下，開始自行設計建造排水量三千噸級的鋼甲巡洋艦，這艘現在還處於圖紙作業時期的巡洋艦，在性能方面絲毫不亞於德國伏爾鏗造船廠建造的，單艘造價高達近九十萬兩白銀的經遠、來遠兩艘鐵甲巡洋艦。由於擁有姚興華從現世帶來全套技術資料、設計圖紙和理念，兩家造船廠的技術人員，現在的工作僅僅是在研究是否有可以繼續改進的地方。
因為不存在任何的技術難關，所以這艘巡洋艦，最早將有望在明年，也就是光緒十六年，公元一八九零年正式開工建造，再搭配使用金陵機器製造局設計生產的新式高功率蒸汽機，瓊州重工集團總公司設計生產的瓊州（甲）鋼，，甚至有望達到致遠號的18節，在防護能力一項，也將極為驚人，甚至有可能會超過此時東亞地區的海上巨無霸定、鎮二艦。現在唯一的問題，就是該找誰來為這艘具有世界先進水準的巡洋艦買單。
而且經過這次重大改組，在兩江地區形成了上海-南京重型工業帶，再加上徽商和湖商早已大量興辦的繅絲、織布等紡織行業現代化工廠，兩江第一次露出出全面邁入工業化的苗頭。