光緒十五年，公元一八八九年十月十九日，姚興華入駐位於南京的兩江總督府，正是就任南洋大臣、護理總督兩江等處地方提督軍務、糧餉、操江、統轄南河事務，並領江南製造局督辦等一系列職務。
在任職的第三天（第一天是與曾國荃進行權利交接，並為曾國荃設宴踐行。第二天是姚興華在兩江總督府設宴款待江蘇、安徽、江西三省共百餘位四品以上官員，也算是見面會。），姚興華單獨召見了南洋水師提督李成謀。瞭解了現階段南洋水師人員編制，艦船噸位，艦船戰鬥力、巡航範圍、南洋水師學堂等方面的基本情況，以及南洋水師未來的長短期規劃和在發展成長中所面臨的諸多困難。
李成謀這個人沒有什麼能力，可也算不得太差，以現階段南洋水師的情況，由他擔任提督一職，也還勉強湊合，不過待將來自己開始全力武裝南洋水師的時候，就要換人了，所以從現在開始，就必須開始考慮尋找和培養接替人選的問題了，可惜得是，到現在為止，姚興華也還沒有發現特別合適的。
在第四天，姚興華召見了江南製造局和金陵機器製造局的兩位主要負責人，向他們詳細瞭解了一下兩局目前的生產能力、技術水準和經營狀況，尤其特別問詢了一下有關金陵機器製造局仿製馬克沁單管機槍和江南製造局造船廠造船能力的情況。
第五、六、七三天，姚興華還分別召見了江蘇、安徽、江西三省巡撫和提督，向他們問詢了三省有關軍事、民政、經濟、洋務、教育等方方面面的情況。
在經過一周時間的調查摸底後，公元一八八九年八月五日，姚興華給朝廷上了一份奏折，大體介紹了一下兩江如今的實際情況，陳述了自己的施政想法和現階段哪些方面弊病積重，急需一些變革，並希望能夠得到朝廷的支持。
按照姚興華的想法，軍事、民政、經濟、教育等各個方面都應該嘗試進行一些變革。當然，為了保證地方的長治久安和社會格局的穩定，改革也不能太操之過急，應該是一步一個腳印，緩慢推進，逐步完善。
不過他兩江總督雖大，可有些事情也是做不了主的，比如說這軍事改革中的第一步，組建新軍，要是沒有朝廷的點頭，自己是決計沒咒念的，所以姚興華在上表朝廷的奏折當中，直陳舊軍軍官貪污腐敗、吃空餉以成管理，士卒大量吸食鴉片致使戰鬥力低下、士氣萎靡，還屢屢為禍地方，激起民怨，實不堪以承擔拱衛國家領土完整這一神聖職責。為解此頑疾，也為了給大清國重新訓練出一支威震四方，重塑我中華雄風的鐵軍，兩江願為朝廷分憂，開天下之先河，試訓新軍兩個鎮二十營，共計一萬人，並請調一得力干將，主持試訓新軍工作，姚興華提給朝廷的後備人選是旅順總兵聶世成。至於試訓新軍經費問題，兩江願自行籌資承擔，不需朝廷花費一文一銀。
至於軍事之外的其他領域，他這個兩江總督權柄還是很重的，基本上可以算的是說一不二，沒什麼人敢於公然的唱反調。所以姚興華也沒找人商量（他也沒打算和人商量），直接就把他在廣東興辦洋務時的一些成功做法，直接移植到兩江地方來。
比如說國民基礎教育的普及工作方面，除了計劃繼續實行在廣東試行成功的與教堂合作推行新學國民基礎教育，與鄉紳合資成立了上海商業大學和上海理工大學兩所專科院校（與湖商和徽商合資）外，姚興華還準備將南洋水師學堂更名為南洋海軍大學，另成立一所陸軍士官學校——南京陸軍學院，和一所培養海陸軍軍官的學校——南京國fang大學，並以官方名義，從英、德、美等國家大量聘請退役軍官，來三所軍校任職。
在鼓勵民營資本發展方面，姚興華先後自行擬定了一系列鼓勵民營資本投資實業，興業半廠的優惠政策，和一系列吸引國外資本到國內投資辦廠的優惠政策，並計劃先在小範圍內（上海）建立初級的股市、期貨、債券交易所，同時為了保證兩江地區的金融穩定、經濟快速發展，他還打算以官方的名義組建兩江銀錢總公司，全面負責設計和製造銀元，與徽商、湖商和國外資本合資成立兩江民興銀行，設計和發行銀行金卷。最終計劃在兩江地區，全面強力推廣銀元和金卷，徹底取代兩江地區內的錢莊、票號和當鋪，為金融經濟在兩江地區蓬勃發展，鋪平道路。
在其他領域，姚興華也都制定了相對應的計劃和策略，可是這些計劃和策略想要順利實行，還是有很多難關需要攻克的，比如現在擺在眼前的第一道難關，就是在各領域人才的嚴重匱乏。最讓姚興華頭痛的事，人才問題根本就不是一朝一夕的事情，所以，現如今還得指望外國人的支持和幫助。
雖然是困難重重，可姚興華並不氣餒，因為他知道，要是這大清國真的是富有四海、國泰民安、人傑地靈的話，中國近代史也就不會出現長達百餘年屈辱歷史。而自己跨越時空而來，不就是因為如今的中國一窮二白，需要自己去改變，去拯救嗎！