而當下的大明兵制，實行的是衛所制，府縣均有設，每衛五千六百人，每所數百人，分駐地方。一府設所，連縣設衛，各衛分統於都指揮使司，各都指揮使司又分統於中央五軍都督府。當有戰事，皇帝派個文官手持印信到各衛所調兵。完事後兵將各歸各衛，統帥將印信交還皇帝，所謂「將不私兵，兵不專將」。這麼做能有效防止大將挾私兵，擁兵自重。而在李維這等沙場老將看來，明軍制的弊端也在這裡。為帥的沒有趁手的副將和兵卒，每到戰事一起，臨急抱佛腳。從各地調來的兵將，光要磨合便需花一定的時間，磨合不好還會造成上令難以下達，各自為戰的局面。因此，導致了當時明軍裝備雖然領先當世，戰力卻一直不強的怪現象。
尤其是明軍也實行所謂的世襲制，父輩當過兵，其後代就要傳承下去。這樣造成很多有錢人家為了逃避兵役，花錢買通官府，篡改戶籍。所以，當時明軍在編雖眾，真正能調集起來的士卒卻少之又少，而這些臨時拼湊的農民哪裡有什麼戰鬥力可言？
李維從軍多年，自是深諳明廷軍制的弊端。他要求武奔招募私兵的道理就在這裡，他一一講給武奔聽，武奔嘴上贊同，但心裡並不完全認可。畢竟，他認為自己手下這六萬將卒哪一個都是上過沙場的好漢，近年來沒少跟倭寇和紅毛開仗，這些訓練有素的士兵怎能不如新招的農民？
不久，江西發生水患，武奔奉命前去招募了近六千名強壯的災民。李維親自訓練，只一個月，已然軍容肅整，初現軍威，武奔不由對李維的治軍之術欽佩有加。
李維對武奔道：「武將軍，等三個月後，我敢說他們將是咱們義軍中的中流砥柱。」
武奔道：「這三個月，我也會加緊訓練衛所的垛集軍，到時咱們一看究竟。」
李維笑道：「呵呵，看來你還是不大服氣，到時定要讓你心服口服。」
這時，左游擊張平海提出了自己的疑慮：「不知為何，我們已然起兵二月有餘，朝廷卻遲遲未發兵，真是奇哉怪也。」
李維道：「所以說，亡明，明亡，這都是天數。眼下明廷可用的衛所兵，根本不堪一擊，大部分有點戰力的都已被西南戰事消亡殆盡。只剩下京師三大營，五軍營有二十餘萬的兵馬可用，再有就是三千營和神機營，這兩營頗有戰鬥力。神機營的火器裝備據說已經遍及全營，人人火槍，還佩有東瀛長刀，實在是恐怖。而三千營以騎兵為主，每營騎兵整備。」
武奔道：「最糟糕的是這兩營據說都攥在魏閹手裡，他花空了國庫便是裝備這兩大營，從蒙古購買的駿馬一次就有一萬五千匹，裝備了十個營不止。」
李維歎道：「不到萬不得已，我想魏閹不會動用他的老底。」
張平海道：「總兵大人，反正我們現下糧餉充足，不如拿出部分去換些西洋火器，到時遇上神機營，方可與之一拼。」
李維搖頭道：「糧餉雖足，卻絕不可妄動，別忘了我們的人馬在迅速擴充，去弄西洋火器，一個是時間恐怕不及，另外，再怎麼裝備也趕不上神機營了。現下咱們軍中火器只有不到百分之十，依我看，火繩槍雖厲害，卻有致命的缺點——連續發射速度和近戰時必敗。只有在守城時方起最佳效用，在平原戰場，我們只要裝備一隻精銳的輕騎兵，便可破神機營。」
張平海道：「這麼說，我們應該大大加強騎兵。」
武奔：「以我們目前的財力，最多能去購買一千匹戰馬。加上現有的二千匹，就有三千匹，相當於人家一個三千營，而對方少說有三十個騎兵營。」
李維笑道：「實際上能戰的只有魏閹新置的十五個三千營，我們以一對十五，頗有勝算。」
眾人聞言，齊齊面面相覷。心說：你雖號稱不敗將軍，總不能以一對十五，這未免有點誇大吧。
李維看出眾人心意，道：「大家都該知道田忌賽馬的故事，我們騎兵雖少，但敵出神機營時，我們可對騎兵。當三千營出時，我們則對以長矛步兵。這個長矛步兵還是谷昭在對付紅毛時想出來的，我已派人去收了許多二丈左右的細長毛竹，就是要做成尖矛。」
張平海道：「為何不用生鐵鑄造，毛竹焉能刺穿盔甲。」
李維道：「省錢，輕便。尖竹只是用來刺穿馬腹，阻止戰馬靠近陣地時所用，由於太長，是不能用作近身武器的，用生鐵鍛造豈不大大浪費？」眾人愕然，不當家不知柴米貴，思路果然不同。
李維繼續道：「據說，西洋已經研製出燧石火槍，比火繩槍強了不少，最起碼不用隨時帶著火了。如果能弄到這樣的槍，才值得我們花費重金購買。」
武奔道：「可惜家師跟顏字寨鬧崩了，不然倒是可以利用顏字寨跟紅毛鬼的關係去弄些來，這裡距離琉球較近，我相信不到一月定然能夠運到。」
李維聞言喜道：「有沒有你師父又有何關係，你親自跑一趟顏字寨，送上重禮，海盜重利，這事他們有賺無賠，不會不動心的。況且，他們歸根結底還是漢人，很多人說不定也是被魏閹逼走的。」
武奔遵令，派個幹練的手下準備些錢物，奔赴小琉球去了。
接下來，李維將全軍六千桿火槍全部集中起來，用來訓練士卒火槍發射，要求每人必須在短時間內學會火槍的操作。那時的火槍比弓箭強不了多少，火槍的長處主要是穿透力強，一槍下去穿什麼盔甲也白搭，再就是命中率遠遠高過弓箭。但是，射程短，發射慢是它最要命的缺點。普通弓弩基本都要比火槍射程遠，尤其是一些強弩，比如神臂弩射程要遠遠高過火槍。而弓弩射程雖遠，但命中率太低，二百米開外，基本就得靠蒙。此外，弓箭最具優勢的是造價低，南方盛產箭竹，竹竿頭上只需一小塊鋒利的鐵箭頭，因而造一隻箭的成本極低，發射速度還快。而火槍光彈藥就頗讓李維頭疼了，武奔等人在舉事時，雖然率先拿下了福建武庫，裡面存貨頗豐，但打起仗來，消耗是巨大的，義軍也沒有再造的能力。大明製造火藥火器的製造廠只有隸屬工部直轄的王恭廠，打起仗來，敵人可以源源不斷的供給，而自己這方用完就沒了。所以，對於火槍訓練，李維只要求他們每人會使用，知道火槍的長短處就可以了。訓練弓箭以及刀矛戰術，方是李維的重點。
另外，為了加強軍紀，以便軍令上貫下達，能夠嚴格遵從。李維效仿錦衣衛制度，也在軍中設立稽查，專門暗中查看各營軍務，以及將卒的軍紀狀況。稽查不久便匯報了幾個不遵守軍紀的千總，這些人常常夜裡溜出軍營嫖賭飲酒，部分還有勒索百姓之事。李維查實，立即在閱兵場當著所有士卒的面，把那幾人當場斬首。並把被勒索的百姓也請到現場，親眼讓他們目睹勒索者的下場。千總在軍中已是不低的級別。李維一次斬殺四名千總，令屬下將領十分震驚，紛紛向李維求情。李維道：「各位都知道岳鵬舉，諸葛武侯和孫武訓兵的故事。這些個常勝將軍為何能夠常勝不敗？」說罷環視眾人，眾人無語。守備趙力道：「末將認為，總兵所說的三人無不謀略過人，運籌帷幄，決勝於千里之外。」
李維笑道：「此言差矣，三人雖謀略過人，然手下將官若不服軍紀，謀略再高亦無法上令下達。諸葛武侯為何有街亭之敗？事後斬馬謖，已於事無補，而本將就要在事前斬馬謖，防患於未然。」
耿殿武道：「那幾個出營尋歡作樂目無軍紀的千總是該殺，不殺不足以服眾，對同僚亦能起到警示的作用。只是，那陳千總因練兵辛苦，順道在百姓家裡吃了頓飯。如何就是勒索百姓了？末將聽其部下說百姓是心甘情願的，殺他似乎不妥。」