登基大典結束後，鍾毓帝開始按照三桂的建議重新議定朝政的各色人選。其中大部分的文臣都沿用了崇禎帝在位時的任命，也有個別的，其中牛金星由於獻出北京城並保住了紫禁城而有功，被封為吏部尚書。徐過強由於及時反水，並相救太子有大功，被封為戶部尚書，並賜為長樂侯。這其實是變相的剝奪了徐過強繼續帶兵的權力，沒辦法，換作任何人恐怕都不敢讓他繼續手握十萬軍隊，更何況是一向擅玩兒陰謀的三桂！不過為了做出彌補，三桂還是讓徐過強坐上了戶部尚書這個即有權又有錢的高位。也算是能夠安徐過強的心了，不過饒是如此，徐過強今後多年在軍中的人脈也將無人能比。
文官變動完畢，而武將則由於李自成進城後殺掉了一大批，因此三桂軍中的各級軍官便一躍成為了朝廷的各方將領。其中洪承疇由於身體有恙，再加上年老體衰，因此沒有出任任何職務。而三桂的舅舅祖大壽則被任命為兵部尚書，掌管軍權。其餘人等俱為各鎮提督、總兵等軍職。至於三桂，因為收復了遼東失地，先後滅掉了滿清，收服了蒙古，佔有了朝鮮，並徹底擊敗了反賊李自成，將之趕出北京城。而且還旗幟鮮明的率眾擁立新皇。這些事跡每一件拿出來都是大功，鑒於三桂有太大的功勞於大明，因此經過多方商議討論，特加封三桂為遼國公，並賜邑遼東為三桂的封地。其餘人等各有封賞，一時間皆大歡喜，齊呼萬歲萬萬歲。
下朝之後，當三桂緩緩的走出太和殿之際，立時身後擁來大批的文武百官，紛紛上前搶著恭賀三桂。一邊不住口的頌揚三桂的碩大功績，一邊不停的套著近乎，千方百計的設法拉近與三桂的關係。對此，三桂只是停住腳步，面對將自己團團圍住的人群微微一笑。眾人還待繼續上前，忽然衝進來十幾名將領，將這些人毫不客氣的一一撥開。口中紛紛道：「諸位如有事情請教遼國公，還請到國公府面談。到時如遼國公肯接見，諸位必然有面見的機會。」說完向兩旁一閃，讓出條道路。三桂這才輕咳一聲，不急不緩的離開此地。而他的那些親信手下則在後一一跟隨。其餘的文武百官見狀不由的相互掃視，心中同時暗自感觸，如今的吳三桂早已今非昔比，搖身一變成為了手握重兵的遼國公。不是誰想上前與他攀談便能攀談的了的，再想拿以前的眼光來看待他那簡直是自取其辱。
三桂回到了自己的駙馬府，如今已是遼國公府。進了家門後，才發現自己的兒子吳間道與長平公主都已從山海關被手下接來。他走上前逗了逗吳間道，隨後吩咐下人將其領走，便一手拉著長平公主走進了房內。
入房之後，三桂便對長平公主噓寒問暖，關愛有加。又特意溫柔的撫了撫她已高高隆起的小腹，盼望著兩個月後能再為自己添得一子。
自從長平公主得知三桂並未如她所想那般自立為帝，而是隆重的昭告天下，尊奉太子為新皇。這使得她的心平靜好受了很多，對待三桂的態度也有了明顯的改善。令三桂大喜過望，還以為長平公主已經開始接納了自己。
三桂時刻關注著李自成與陳圓圓的消息，而有關他們的情報也猶如雪片一般每日飛往自己的府中。雖然不斷接到李自成屢戰屢敗的消息，但是卻始終沒能從他手中奪回陳圓圓。從情報上得知，李自成身邊有四個武功身手非常高強的貼身護衛，被人稱為「胡、苗、范、田」。每一個都可稱得上是絕頂高手，而其中尤以那號稱「飛天狐狸」的胡姓護衛更是了得，無論身法還是武功俱是上上之選。正是因為有他們幾個時時刻刻保護著李自成，因此縱使李自成屢戰屢敗，人馬也越來越少，但卻依然屢屢的死裡逃生。
三桂皺了皺眉，看來不動用高手出馬是不行了。隨即他傳下號令，緊急將還在江湖聯絡幫派勢力的洪安通、袁承志、歸辛樹夫婦召集進京。準備派他們聯袂出手，定要破掉胡、苗、范、田四大護衛的聯手守護。
可是還未等他們幾人來到京師，一個驚人的噩耗便傳了過來。由於李自成每日裡都在輾轉逃命，而西北之地更是天氣惡劣，食物貧乏，陳圓圓早已被折磨的形容枯槁，此次再加上屢屢的奔波勞頓，不禁染上了惡疾。而李自成只是簡單的給她餵食了一些草藥，卻並未將她留在某地安心休養，而是繼續帶著她四處逃亡。終於，隨著陳圓圓惡疾越來越重，週遭的形勢卻依然沒有改善。在一次由陝北逃往南方的路上，陳圓圓再也沒能熬過去，病死在途中。而李自成由於只顧著逃命，當時只是讓人將她草草掩埋便即了事。隨後繼續帶人逃亡。
三桂聽了如遭雷擊，自己千辛萬苦一心要奪回心愛的女人，到最後卻始終沒能如願。到目前為止，自己總共娶了三個年輕貌美的女子。第一個女人格雅公主早早的便已去世，第二個女人陳圓圓也沒能逃脫噩運，如今只剩下長平公主一個人了。這三個女人中三桂最憐惜的是格雅公主，最心愛的就是陳圓圓，至於長平公主，自己對她雖說不上愛的很深，但也是自己最看重的女人。而今先後有兩個女人離開了自己，今後的道路該何去何從？三桂痛苦、茫然、自責，心情複雜至極點。
而此時在江湖之上也早已刮起了一股打擊李闖殘餘軍隊的颶風。無論是江湖的各大小幫派，還是各地的官府以及富商大戶，紛紛組織人力物力到處追殺打擊李自成分散在大江南北各地的勢力。這一方面與三桂聯結了江湖各方勢力有關，另一方面李自成由於兵敗也逐漸喪失了僅有的一點民心。俗話說痛打落水狗，那些早已痛恨李自成多年的富商大賈更是如此。因此人人都想就此分一杯羹，在短短的幾個月間，李自成分佈在各地的殘餘勢力以及情報網便都一一被掃除乾淨。這使得李自成更加成為了孤家寡人，再也沒有心思去琢磨東山再起，每日裡想到的就是如何才能保住自己的性命。真有如喪家之犬一般。
不一日，洪安通、袁承志、歸辛樹夫婦先後抵達了京師。此時陳圓圓既然已然身故，三桂便也沒有再命他們幾人出馬。而是將他們留在了北京城，並常住在自己的國公府中。
經過連續幾個月的逃亡生涯，終於在鍾毓二年（1645年）三月，李自成所率的五百餘親兵衛隊在逃往湖廣的途中被熟知湖廣地形的王大力率五千騎兵將之圍住。經過一場大戰後，李自成最著名的胡苗范田四大護衛當場死掉了三個，只剩下一個身負重傷的胡姓護衛拚死護著李自成逃離伏擊。隨後也傷重不治的死在路上，而李自成此時身邊只剩下十八名護衛，倉惶的逃到了湖廣地帶。直到了五月，李自成在湖北通山九宮山下被當地人發現。隨後由當地的富戶地主組織了一批數百人的武裝隊伍將李自成伏擊，而李自成身邊僅有十八名護衛，又沒有什麼出色的高手，因此根本抵擋不住由山上射來的亂箭以及滾下的礌石。隨後，十八名護衛一一慘死，只剩下李自成重傷被擒。本來那些富商想把李自成送往京師藉以陞官發財，但李自成暴虐的性格以及拚命掙扎的身子讓他不敢再猶豫，隨後將李自成當場砍殺，屍首派人送往京師。就這樣，李自成這個闖蕩天下多年，親手葬送了崇禎帝國，聲名赫赫的闖王最終卻慘死在一幫無名小卒之手，終年僅四十歲。
收到這個消息三桂沒有做出什麼特別的反應，這種結局早在他的意料之中。沒想到李自成到頭來還是這樣一個死法，他歎了口氣，隨後發佈軍令，將追殺李自成的幾路騎兵大軍召回京師候命。
接下來，三桂把全部的精力都用在了整頓軍備上，為統一天下做足了準備。而此時李自成遺留在北京城中的大量財寶及糧草物資等倒起到了很大的作用。
又過了幾個月，到了鍾毓三年（1646年）三月，北方冰雪季節已過，正是春暖花開之時。而三桂經過幾個月的時間也已經整兵礪馬完畢。於是他上奏鍾毓帝，請求出兵西南川中，清剿盤踞在那兒的張獻忠所部。順便將各地活躍的小股義軍俱都剿滅，以還天下太平。
鍾毓帝准奏，並封遼國公吳三桂為天下兵馬大元帥，全權負責清剿殘留在各地的義軍匪患。三桂領旨，隨後將朝政暫時托付給重新入朝任職的首輔大臣洪承疇、兵部尚書祖大壽、吏部尚書牛金星和戶部尚書徐過強等人。自己則親率騎兵十萬，步兵十五萬，共計二十五萬大軍浩浩蕩蕩的出征南下。
而此時張獻忠已經在川中的成都稱帝，建國號「大西」，改元「大順」，並以成都為西京。擁兵數十萬，實力強盛一時。當三桂親率大軍進入四川後，張獻忠依然沒有將其放在眼內。並對手下眾將誇口要親手替闖王復仇。隨後他親率大軍直出成都主動向三桂的軍隊出擊。雙方激戰於彭山的江口，三桂先是利用各種犀利的爆炸性武器打了張獻忠一個措手不及，隨後又使用新開發研製出不久的地下石油圍堵住張獻忠的軍隊，最後趁其不備點燃起一把大火。令張獻忠數十萬大軍慘敗於火攻之下，使其傷亡慘重，大敗後退回成都。
三桂緊接著率軍圍攻成都，不給張獻忠一絲喘息的機會。只用了短短兩日，三桂大軍便利用炸藥炸塌了城牆及城門，一舉攻入成都城。張獻忠再次大敗，只率數千殘部倉惶逃出成都。而三桂則緊追不捨，終於在追到川西北充縣與鹽亭縣交界處的鳳凰山坡時將張獻忠殘部攔截。而張獻忠死到臨頭兀自不肯歸降，依然想做困獸之鬥。三桂一聲令下，數十萬大軍手榴彈、火箭、弓弩齊發，只過了不過一刻鐘這數千殘兵便全數被炸身亡。而張獻忠自然也沒能逃得脫劫難。
就此徹底平定了四川，三桂在大勝之後率軍返回，途中又不斷的派出各路軍隊清剿各地的小股義軍、山賊及匪患，共計剿殺、收服了七八萬人，這才安然返回京師。從此天下基本已經安定下來。
進了北京城，三桂受到了全城百姓的熱情歡迎。而滿朝文武更是被下旨親自步行到北京城門口處迎接三桂大軍凱旋。
接下來由鍾毓帝親自在皇宮內舉行了盛大隆重的晚宴，所有的王公貴族、皇親國戚、達官貴人以及各路的戰將均有份參與出席。氣氛空前的熱烈。
隨後，鍾毓帝開始論功行賞。三桂全軍各級將士都有封賞，尤其是三桂本人，由於功勞太大，只靠他一人之力便掃清了內憂外患，並平定了天下。挽回了大明王朝岌岌可危的險境，並使得它重新煥發了新朝的氣息。因此，經過再三的商討議論，鍾毓帝終於決定。特頒下聖旨並昭告天下，加封遼國公吳三桂為薊王，封地包括由薊州開始經山海關以東包括遼東的廣大區域。並且世世罔替，代代永襲。
這道聖旨一下，立時在整個天下造成了轟動。要知自大明開國幾百年來，還從未有哪一個異姓之人被獲封為王位。至多也就是封到公、侯、伯為止，而三桂則打破了這一慣例，（作者，《吳三桂新傳》！請大家用實際行動推薦、收藏！）成為了大明王朝開國兩百餘年來第一個異姓王。