樞政院除設立八部主要政務部門外，還設有具體事務機構大理寺、國家貨幣錢莊、都司寺。
大理寺，掌邦國折獄詳刑之事，主要職責是專門審核天下刑名，凡罪有出入者，依律照駁；事有冤枉者，推情詳明，務必刑歸有罪，不陷無辜。設寺卿一人，少卿二人。下設大理丞六人，掌分判寺事，正刑之輕重。大理正二人，根據刑律科條參議用刑之輕重，若大理丞斷罪不當，則以法正之。此外，又有主簿二人，掌大理寺之印章，凡官吏抵罪及雪免，皆立簿籍。
國家貨幣錢莊，掌國家金、銀、銅礦的開採、冶煉，負責國家貨幣的鑄造、發行，負責貨幣存儲，有利借貸。設莊卿一人，少卿二人。
都司寺，掌全國治安，負責偵緝盜賊，抓捕違法，主要維護都城的正常秩序。
改軍府為樞軍院，樞軍院為最高軍政機關，負責戰略謀劃、處理日常事務，招募、訓練軍隊，武器裝備生產、後勤保障、預備役組織等事，設樞軍相一人、副相二人。
樞軍院下設兵部、參謀部、後勤部、軍訓部、軍工部五部、各部設總長一人，副總長二人。
兵部，掌管全國軍職將官的任免、考課、爵封、升降、調動、備案，軍隊編制、兵員統計等事。
規定將領的選授制度是各部副總長以上將官、軍情處統領，各軍團副軍團長以上級別的將領由國王親自選授；副師團長以上級別將領由軍團長提名，樞軍院考核，報呈吳嫣督相親自面試，最後呈國王御批；大隊長以上師團長以下各級將領由軍團長提名，樞軍院考核任命；大隊長以下將領軍團長可以直接任命，報樞軍院兵部備案。
除兵部外，其餘各部與軍府時職能沒有變化。
軍機閣，負責決策和審議軍事政務，專議征伐軍機大事，軍隊調動、對外發動戰爭皆決於軍機閣會議。軍機閣由凌雲志，三督相、樞軍相、副相、樞軍院各部總長、樞政院宰相，左、右二相、戶部尚書、監察御史府總監察御史、內府總理、各軍團長、海軍軍部總長、密營統領組成。
成立禁衛軍，下設兩個師團，負責守衛都城。
監察御史府，為全國最高監察機關。掌以刑法典章，糾正百官之罪惡，諫議於王，獨立於各院府之外，獨立行使職權。設總監察御史一人，御史大夫二人。
監察御史府下設六司，為糾舉彈劾司、推鞠獄訟司、觀風司、比部司、禮紀司、諫議司。
糾舉彈劾司，掌糾正百官罪惡之責，設監察御史五人。
推鞠獄訟司，掌被告發官員的審理，監督大理寺、刑部的獄訟。設御史中丞七人。
觀風司，掌察各郡、縣官員，觀各地民風民俗。設監察御史十一人。
比部司，掌國家財政的審計與稽核職能，糾察兩院一府出納諸事，設監察御史七人。
禮紀司，負責糾察殿廷供奉儀式，軍紀軍貌諸事，設監察御史十一人。
諫議司，掌論議設諫國王糾錯之責，設諫議大夫三人。
規定監察御史府糾舉彈劾官員時，必須查有實證，有理有據方可糾舉彈劾。其官員由國王親自選授。
成立薊城府，負責管理整個都城。
兩院一府改組完成以後，凌雲志隨即任命了各院府的主要官員。
樞政院宰相蘇煥、右相淡顏、左相蘇秦，吏部尚書單延方、戶部尚書蕭會、禮部尚書歐陽丁、刑部尚書施英、工部尚書翟方、農部尚書伊寅、教部尚書南宮吟、商部尚書馬義山，大理寺卿席季、國家貨幣錢莊卿毆殳、都司寺卿冷易顯；
樞軍院軍相江子奇，右相姚子魚，左相滕毅，兵部總長由姚子魚兼任，參謀部總長由江子奇兼任、後勤部總長梅盛、軍訓部總長由滕毅兼任、軍工部總長管通，禁衛軍統領闕東；
監察御史府總監察御史韋嘯。其餘官員一一進行了任命。
薊城府太守由蕭會兼任。
這次任命中，凌雲志最得意地弟子之一，凌雲鄉學最優秀的學員，為人足智多謀、沉穩的冷易顯得到了破格提拔，成為冷家村那批學員中的佼佼者。
由於單延方改任吏部尚書，開發較早、比較富庶的遼東郡守一職頓時成了熱門，因那裡的地理位置非常重要，凌雲志醞釀多時，才宣佈了任命，在顧郡經濟發展中表現突出的奚嚴調任遼東郡守。
蕭蘭被任命為顧郡郡守，則出乎了很多人的預料，女性出任地方長官這在當時還是首例。
凌雲志當時徵求幾位重臣的意見時，大家一片愕然，蕭蘭的能力自然是沒得說，只是顧郡地接中山國，屬於戰略要地，按常理應該派去一位懂軍事、執政強硬一些的大臣前去擔任郡守才正常，主公卻出人意料地派去了一位女性郡守，不由引起他們一陣沉思。
「主公聖明，微臣懂了，妙計。」淡顏最先反應過來，眼裡閃過睿智，淡雅笑道。
蘇煥、江子奇對後也露出了恍然的神色，微微一笑，韋嘯和董先良就有些不懂了，不禁向淡顏看去。
凌雲志讚許地看了淡顏一眼，笑道「淡愛卿，不妨說說，為何妙。」
淡顏笑道「因為去歲顧郡剛剛收服的原因，所以奚嚴採取的是高壓政策，雖然一時頗見成效，經濟不但得以恢復，而且取得了長足發展。不過，常言道，物極必反，高壓政策可以使用一時，但不可使用時間過長，否則必定會引來牴觸反抗的情緒，這時候主公派去一位女性擔任郡守，正是要平息高壓政策所產生的後遺症，懷柔政策正其時也。安撫顧郡只是好處之一，對外我們則向中山國、趙國擺出了一個和平的姿態，表示出了我國無意西進的誠意。這樣，就為我們下一步的戰略轉移打下了一個良好的基礎。」
韋嘯和董先良馬上也明白了主公的意圖，未來國家的戰略重點將轉向塞外了。