與孟飛龍這次長談之後，朱棣下定決心，開始著手他們的計劃。首先，他派大才子解縉、姚廣孝、王景、鄒輯等人整理孟飛龍帶回的幾十車圖書。
孟飛龍帶來的這些書多達數千冊，上至先秦，下達明初，經、史、子、集、釋莊、道經、戲劇、平話、工技、農藝、醫卜、文學等等種類，無所不包。解縉等人將整理後的詳細情況報告給朱棣後，朱棣十分重視，他本人酷愛讀書，現在又有如此多的圖書在手裡，他便萌發了編修一部巨著，以傳後世的想法。於是朱棣親自製定氣勢宏偉的編纂宗旨，要求解縉等人「凡書契以來經史子集百家之書，至於天文、地誌、陰陽、醫卜、僧道、技義之言，不一書，毋浩繁」。
在朱棣的親自關心及孟飛龍源源不斷的財力下，永樂元年（1403年）七月，由大學士解縉帶領一百多名飽學之士開始著手編書的工作。他們夜以繼日，終於在一年後，也就是永樂二年的11月將書編輯完成。
這部編輯完成的圖書為朱棣賜名為《文獻大成》，但是他認真閱讀後，對此書的內容並不滿意，認為全書太過單薄，沒有能夠按照他當初的意願包羅天下奇書。
負責編書的大學士解縉沒有完成好皇帝交待的差事，很是苦惱，但他也是確有難處。編書任務來得突然，人手不夠，朱棣還要他限期完成，這些原因決定了圖書編輯的簡單、粗糙。
在孟飛龍與姚廣孝等人的斡旋下，朱棣瞭解情況後，決定增派人手，重新編修。為編纂此書，朱棣召集朝野文士、宿學高儒約三千多人，仍由解縉負責，在保證其一切費用的同時，還允許他們調用皇家圖書館文淵閣中的全部藏書，並派人到各地搜采圖書，為編纂圖書提供了充分的保障。
就在圖書編輯進行得如火如荼的時候，另一項計劃也緊鑼密鼓地進行著。早在與孟飛龍密談後，朱棣便有了主持該項事務的負責人選，那就是跟隨自己多年，一直以來忠心耿耿的太監鄭和。
鄭和原名馬和，洪武四年（1371年）出生於雲南昆陽，11歲時被擄入明營，遭閹割，後來19歲的馬和被朱棣看中，選入燕王府服役，從此成為自己的貼身親信。朱棣選中他做出海主事，除去他是自己的親信、深知自己與孟飛龍的關係之外，也是考慮到他是個太監。在朱棣看來，一個『無慾無求』的太監，在面對金錢與美女的時候要安全本分得多。
永樂二年，33歲的馬和獲成祖賜姓『鄭『殊榮，從此改稱鄭和，並擢拔為內官監太監，負責監督建造海船，為出海南洋做準備工作。永樂三年，所需海船順利建成，而出海所需的一切商品也由孟飛龍準備妥當，於是明著是鄭和主事，實際上由孟飛龍統領的一隻二萬八千多人的船隊，在永樂三年六月十五，從南京龍江港起航，經太倉出海，遠復南洋。二年之後，也就是永樂五年的九月初二，他們完成任務回國。這次朱棣與孟飛龍的合作，又取得了巨大的成功，直接的成果，便是帶回了朱棣急需的大量黃金與白銀。
有了金銀的，編書的工作也進展得神速起來，永樂六年，即公元1408年，這部巨書終於編好，明成祖朱棣閱後非常滿意，特將其命名為《永樂大典》。《永樂大典》全書共22937卷，分裝成11095冊，光是目錄就長達60卷，總字數約3億7千萬字，成為中國歷史上最大的一部百科全書，對後世影響極大，這也許是當初朱棣與孟飛龍所沒有想到的。
得了便宜的朱棣欲罷不能，而他由於遷都北京、修復運河等工程，資金的支出越來越大，國庫的收入已經遠遠無法滿足於他，他便把更多地希望寄托在出海航行上，於是又有了第二、第三次的出海行動。這兩次出海行動也很成功，但是第三次的時候出了點意外，是朱棣萬萬沒有想到的，那就是孟飛龍一家的離開。
由第一次出航開始，孟飛龍便帶了自己的嬌妻們一起出海，說是生意，其實遊玩的成分更多些。也許是海外美麗的風光，或是那裡自由的空氣，可能還有他們內心對朱棣深深的戒心，總之，他們留在了海外。
孟飛龍一家的離開，對朱棣打擊極大，細心的人們發現，由這天開始，朱棣明顯地衰老了，而且是終日裡陰沉著臉，稍不隨心便是怒火沖天。於是有人開始責備起鄭和來，鄭和也覺得自己失職，在後來的幾次出海中，他把尋找孟飛龍做為自己的主要任務，格外留心，越尋不到便越向遠行，幾乎是一次比一次走得遠。後人證明，鄭和先後率領龐大船隊七下西洋，經東南亞、印度洋遠航亞非地區，最遠到達紅海和非洲東海岸，航海足跡遍及亞、非30多個國家和地區，成為世界航海史上的一個奇怪，但是當時的他是苦悶的，因為他最終也沒能完成自己的心願，找到孟飛龍一家。
越是找不到孟飛龍，朱棣就越是不開心，以至於後來在他面前，孟飛龍三個字成了誰都不敢提起的忌諱，恰巧這時朱棣的幾個嫡系與原來龍鳳會、聖教出身的一派官員有了口角，於是他們便在朱棣面前搬弄是非，說出北邊蒙古人不安分，全是當年孟飛龍永寧之戰，俘其五萬，積怨太深所至。
原來，元順帝妥歡貼睦爾棄大都北逃之後死於應昌（今內蒙古克什克騰旗達裡諾爾西），其子愛猷識理達臘繼位，退到漠北，仍用大蒙古——大元國號。由於明朝的多次進攻和蒙古貴族內部的激烈鬥爭，其勢力逐漸削弱，元順帝后裔雖然仍被奉為正統，但汗權衰微。漢位四傳至坤帖木兒，正是朱棣與朱允文征戰之時，坤貼木兒為朱允文重利所惑，聚集鐵騎十萬，出兵永寧，卻為孟飛龍所破，事後坤貼木兒越發勢弱，終在內爭中被殺。坤貼木兒死後，貴族鬼力赤篡奪了汗位，因非汗裔，部眾不服，其部將阿魯台殺之，另立坤帖木兒弟本雅失裡為汗，鬼力赤、阿魯台、本雅失裡皆為當年永寧大戰的參加者，朱棣登位以來，三人多次對大明邊疆進行騷擾，成為大明安全的最大禍患，這些人在朱棣面前搬弄是非，正是源出於此。
朱棣由於孟飛龍的離開對他怨恨已經深，現在聽了屬下讒言，再加上對元蒙多次出兵不利，越發對孟飛龍痛恨起來。到他老年，三修《太祖實錄》及相關史料，不僅把孟飛龍的過去隻字不提，便是跟了他去的永寧、福臨他也不放過，刪去了家書中對她們的一切記載，只用『早薨』兩個字一帶而過。
由於朱棣對孟飛龍態度的改變，原來出身於龍鳳會與聖教一派的官員，罷官的罷官，流放的流放，而更多的是轉投到別人的門下，自然上上下下對孟飛龍這個人不敢提起，又過了若干年，曾經的一代風流、那個人人仰慕的孟少俠，終於為塵世所遺忘，埋沒於歷史的塵埃之下。當然，這一切都是後話。