第二兵團也對曾國峑的主力進行了有限追擊，消滅了一部分殿後掩護的敵軍。曾國峑率部退往江西、浙江交界一帶。殿後的一部分湘軍在我軍停止追擊作戰的情況下戶那個不擇路逃向浙江左宗棠防區，左宗棠的做法幾乎和李鴻章一模一樣：讓和法國人合辦的常捷軍洋槍隊把他們繳械後再接收。
佔領南京的我軍倒也不急於向周邊擴大佔領區。只是艦隊繼續向西前進。安慶、蕪湖水面的湘軍水師殘餘被一掃而空。艦隊並沒有運載大量步兵登陸圍攻安慶，只是略略炮擊之後，繼續西進。西進的艦隻除了6條從英國進口的大船，其餘的返回了南京，那些快艇消失在了附近的支流港汊。甚至部分返回了淮河。好像根本沒有參戰過一樣。消滅湘軍水師都是從英國進口的艦隻的功勞，或者那條在進口英國設備和技師的天津船廠製造的邙山好也發揮了一些作用。現在邙山號停在正南京北面的江面威風凜凜地守衛著下關一帶水上門戶。旁邊的幾艘「河」級炮艇和它比起來簡直不值一提。猶如眾星捧月。
兩天後，6條進口軍艦到達了武漢江面，殘餘湘軍水師在他們到來前急忙向西撤退，希望在他們到來前撤入洞庭湖。
在此之前的幾天，駐守漢陽的我軍連續幾天零星炮擊武昌。羅澤南心中吃驚：「假洋們居然有能打這樣遠的大炮！？還好不多，要不然這武昌可就危險了。大約洋人自己這樣的大炮也不多，哼，不是英夷就是法夷，聽說那邊現在有冒出個普夷，造大炮的本事好的很，說不定是他們與徐陳假洋勾結也說不定。」思維方式倒是真的和漢口租界裡的洋人不謀而合。下游水師戰敗的消息傳來。羅澤南就做了撤退的打算。
6艘英國進口的對於湘軍水師而言的「巨艦」出現在水天之處的時候，武昌的湘軍難以名狀的恐慌。羅澤南馬上下達了撤退令。雖然已經做了準備，可是恐慌中的撤退還是演變成了潰逃。
隨艦隊而來的不到1千人的陸戰隊在漢陽門碼頭登陸，進佔武昌。這是海軍第一次單獨佔領城市，還是這樣重要的省城。
第二兵團開始大舉渡江。一切可以找到的渡船都用上了。艦隊中的幾條護衛艦也充當起了「渡輪」。
賴文光第一批過江，踏上武昌之地，心中感慨萬千，回憶起往事種種，不僅潸然淚下。不過他迅速控制住自己的情緒。先期過江的一個團已經整理出了建制，賴文光當即帶領該團向南追擊下去。追擊潰退的敵軍是收益最大的戰鬥行動。賴文光對此理解很深刻。他把隨同他過江進入武昌的軍部人員留在碼頭，囑咐，過來一個團就立刻投入一團參加追擊。直到接到停止追擊的命令，否則最遠可以允許追擊到湖南或者江西的邊界再停止。
賴文光的這一招果然奏效，在接下來的三天裡，羅澤南損失了全部的輜重，到了湖南境內的時候，兵力已經不足撤退開始時的10分之一。賴文光追得太快，而湘軍撤退的秩序又亂。被沖得七零八落，很多人被俘。幸虧賴文光舊部大半被姚大喜帶往陝南了，不然這些湘軍投降他們可是有可能性命不保的。雖然現在他們名義上是被朝廷的軍隊俘虜的。如果i追來的是太平軍，說什麼湘勇們也不會有這麼多人被俘的。()
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