1865年來臨了。為了南下作戰的需要對部隊進行了整編補充。在對湘軍作戰之初，第一師和第三師的大批老兵骨幹就被抽調補充第二軍部隊，甚至整連整營成建制補充到第二軍各師及其劉奮戰第二師。隨即將地方部隊和部分民兵補充進主力部隊。部隊人數增加。軍校教導隊培養軍官和士官加民兵日常訓練儲備後備兵員的制度大顯威力。到了年底，人員被大批抽調的第一師、第三師人數不但沒有減少反而訓練出了更多新部隊。成了前方的部隊選練基地。
為了大舉南下西進統一全國。必須改變這種臨時抽調的辦法。
1月份軍委會下達了中華軍部隊整編命令。
以在華北的第一師為基本成立第一兵團，將直隸、山東、山西一些地方部隊納入野戰軍體系，並從民兵中徵召一部分人員參軍。第一兵團下設5個師，防區包括京津、直隸、山東、山西。總兵力約5萬人。第一兵團司令由辛興擔任。
第一騎兵師併入綏遠軍區，該軍區負責內外蒙古區域的防務，共有4個師野戰部隊，其中兩個騎兵師。總兵力4萬人。董天賜任軍區司令員，耿仲民任副司令員，劉根任政治委員。
以第二軍第五、第六、第七為基幹組建第二兵團，第二兵團下設軍一級單位，第一軍下屬四個師，總兵力4萬人，第二軍下屬三個師，總兵力3萬人。張林擔任兵團司令，嚴學文兼任政委。朱貴任參謀長。第一軍軍長賴文光（暫時因學習未到任，由朱貴暫時兼任）。第二軍軍長姚大喜。第二兵團現駐防地域包括河南，湖北大部和安徽西部。該兵團負有向南進攻兩湖向西攻略陝南漢中地區以及控制出川峽口的戰略任務。
以原劉奮戰第二師為基本組建第三兵團，原淮河軍分區部隊劃入該兵團。兵團下屬三個師總兵力約4萬人，淮河艦隊及未來的長江艦隊暫歸該兵團指揮。駐防區域從蘇北到安徽的長江以北地區。負有牽制當面敵人並在必要時渡江攻取南京、安慶等要地並進軍江西、浙江等地區的任務。劉奮戰任司令員，秋永年任政治委員。
以秦雄第三師為基幹組建第四兵團，轄四個師及黑龍江艦隊。總兵力4萬人。負責東北老三省、新三省以及千島群島的防務。
以齊岳的第四師為基幹組建第五兵團，下轄三個師。總兵力約2萬5千人。現防區為關中及陝北、寧夏。渭河快艇大隊以及馮果航空隊暫由該兵團指揮。這是一個唯一水陸空兵種齊全的部隊。特別是馮果航空隊不僅補充了50名動力傘兵，還把試飛完成的12架雙翼輕型螺旋槳飛機裝備了部隊。廣闊的西北地區是我們演練航空兵的絕好地區。既可以在戰場上鍛煉新生的航空兵又不至於過早在西方列強方面暴露我們的這個大秘密。就是有人看見到外面談論起來，西方人也會認為這是一個阿拉伯飛毯式的神話，談論者是被戰爭嚇瘋了的膽小鬼。
在空氣動力學方面我們處於絕對領先的位置。這個學科我們是不對外開放交流的，同樣，電子通訊以及石油化工，內燃機製造方面都是我們的絕密項目，秘密等級高於火炮和槍支製造。處於領先地位而又對外開放交流的也有一些，主要是醫學的一些科目以及製藥行業與西方互通有無。飛機研發和製造的機構、人員設備都遷到了西安附近。
第五兵團司令員齊岳。該兵團不僅要配合第二兵團進軍陝南漢中地區，還肩負壓制四川敵軍可能的攻擊並相機進入甘肅青海接受控制地方平滅地方叛亂，以及稍晚些時間的進軍新疆的任務。或許還會與沙俄發生衝突。除了野戰部隊，第5兵團還管轄了一部分鐵道工程部隊，目前他們正在夜以繼日加緊把鐵路從西安向寶雞延伸。當地也僱傭了大量民工參加這一工程。
崔明貴第三軍改編為第三摩托化集團軍。兵力仍然只有1萬人，但是裝備數量和質量都大有增長。仍然是總部直屬的王牌突擊力量。崔明貴任集團軍司令員。
以上主力野戰部隊加上總部機關，後方醫院等等。正規陸軍總兵力達到了26個師，又一個摩托化軍附一個航空大隊，29萬人。軍事院校人員不在此列。各兵工廠開足馬力為部隊補充武器彈藥，新編成的部隊加緊訓練磨合。炮兵優先集中於南線兩個兵團。這兩個兵團除了兵團直屬炮兵外，每師配屬一個炮兵營。每個步兵連配一門迫擊炮和兩挺重機槍。
海軍現有各種艦艇總噸位1萬3千餘噸。海軍加上基地後勤人員總兵力1萬五千人。
另外，工業部隊統一編成了工業建設兵團。分為鐵道、礦山、軍事生產、軍事工程建設等若干兵種，下轄10個師，20萬人。東北地區的軍工生產歸第四兵團負責，人員不在此列。
中華軍正規化建設初步成型。軍隊仍然由軍委會指揮，設參謀部負責具體指揮，執行軍委會的命令。在陳浩一再要求下，由徐亮出任中華軍總司令、陳浩任副總司令兼軍政大學校長，董大海擔任總參謀長，王平擔任總後勤部部長，嚴學文任政治部主任。整編後的中華軍初步有了西方列強軍隊的大致模樣。軍銜制度也在醞釀之中。計劃在完成統一逼迫清帝退位之後實行。()
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