結局果然跟王鑫預感的一樣，老湘軍的進攻不但在東門慘遭失敗，在其餘三個方向的進攻也均遭到了慘敗！
趙江南成功地發動了新余城裡的民眾，以土地和糧食換取了這些憨厚的窮苦百姓的完全信任，將他們和護國軍的命運緊緊地捆在了一起！為了捍衛自己的切身利益，數萬新余百姓在趙江南的組織下走上了城頭，以簡陋的武器頑強地和湘軍展開了殊死搏殺。
在武裝民兵潮水般的阻擋下，湘軍的進攻很快便敗下陣來。
打到傍晚時分，王鑫不得不接受失敗的現實，第一次進攻新余算是徹底失敗了！除掉損失了將近兩千精銳之外，他什麼也沒有撈到！巨大的反差深深地刺痛了王鑫，他怎麼也不想不通，先後投入四千精銳湘軍，卻居然攻不破僅僅只有一千人把守的新余！
不但沒有攻下新余，自己反而損兵折將，折損了將近兩千兵馬，仗打到這個份上，王鑫也算是栽到姥姥家了。
「大帥，怎麼辦？」部將張靈武焦急地詢問王鑫，「如果要繼續進攻，必須從東線抽調兵力了。」
「不可。」王鑫斷然搖頭道，「東線負責防禦護國軍的兩個主力團，絕不可妄動。」
「大帥，不如我們撤吧。」張靈武突然提議道，「就算攻進新余，殺了秦漢又怎樣？大帥還打算向曾大帥領賞嗎？既然已經決定要單干，又何必在這裡白白消耗寶貴的兵力？這不是替人作嫁衣裳嗎？」
「你懂什麼！」王鑫厲聲罵道，「不幹掉秦漢，你以為我們能在湖南立住腳嗎？做夢吧你！」
「大帥，戰又不戰，退又不退，你倒是說說該怎麼辦？」
王鑫左思右想、毫無所得，只得歎氣道：「先從東線調回一千人，重新組織包圍圈，還是將新余圍起來，攻城的事慢慢再想。」
「大帥不可。」張靈武反對道，「時間不等人哪，一旦護國軍解決了樟樹的曾國荃所部，然後回師來襲，我軍將陷於萬劫不復之境！還有，大帥莫要忘了，護國軍裡還有一個獨立騎兵團，可到現在為止卻像蒸發了一樣，影子都沒見，說不定這個騎兵團已經趕來新余了。」
「不可能。」王鑫斷然道，「曾國荃在樟樹足有一萬裝備精良的精銳，護國軍雖然集結了六個主力團，但真正用於進攻的只有四個團，從兵力上分析，兩軍是不相上下，護國軍斷無可能在短時間裡攻下樟樹！不過，你說的獨立騎兵團，倒是個問題……」
張靈武急道：「是啊，一旦護國軍的騎兵團糾纏上來，我們怕是跑也跑不掉啊。」
王鑫眸子一陣亂轉，忽然道：「如果這個騎兵團能夠出現，今天早出現了！既然到現在還沒有出現，必然也是陷於混戰難以抽身了，你不必多慮，就按本帥說的去做。」
張靈武只得領命而去，臨出帥營的時候又長長地歎息了一聲，心忖王鑫這廝生性多疑卻又剛愎自用，老湘軍只怕覆滅無日了！可憐羅帥辛苦創立的精兵，就要這樣毀在王鑫這混蛋的手裡了嗎？
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戰報源源不斷地從前線送進了吉水湘軍大營。
聽到最後軍報，曾國藩日見衰老瘦弱的身軀猛地一顫，提在手裡的毛筆頓時落在桌案上，頃刻間便在潔白的紙張上染出了一團烏雲，就像現在曾國藩的心情一樣，烏黑而又沉重，壓抑得人喘不過氣來。
「你……說什麼？」
曾國藩小心地看著羅澤南，希望是自己的耳朵出了問題，或者是羅澤南這老東西慌裡慌張，傳錯了話。怎麼可能？九弟統帥五萬大軍，坐鎮南昌，怎麼可能在樟樹被護國軍生擒呢！謠言，這一定是敵人惡毒的謠言，是用來動搖湘軍的軍心的。
羅澤南有些同情地看著曾國藩，曾國藩的心情他可以理解，但羅澤南更清楚，這絕非謠言，而是事實！曾國荃確實是被護國軍生擒活捉了，還有湘軍悍將鮑超戰死，這已經得到了從前線敗逃回來的殘軍的證實，這已經是板上釘釘的事實了。
「大帥，鮑超將軍陣亡，九帥被擒已經是事實了！樟樹一丟，最精銳的一萬精兵被全殲，湘軍全線被動，贛江這條生命線已經被護國軍從中截為兩斷，陷於首尾難存的困境。」羅澤南道，「以卑職淺見，再不策動雲貴總督褚克昌和廣西督軍劉松山出兵，江西怕是……」
大營裡的所有湘軍將領和幕僚聞言盡皆色變，羅澤南雖然沒有說出下文，但誰都知道他的言外之意，曾國藩的神色頃刻間便陰沉了下來，就像六月裡的雷雨天，陰得讓人心驚，黑得讓人膽戰。
以沈葆楨為首的贛系將領便紛紛鼓噪起來，樟樹既然已經淪陷，北上增援的計劃自然作廢，再和護國軍在吉水打下去已經毫無意義，便急切要求先撤回吉安休整，從長計議和護國軍的生死大戰。
曾國藩頹然竣坐回大椅裡，整個人彷彿在一霎間蒼老了十歲，顯出老人遲暮的晚景來，半晌才輕聲道：「全軍先撤回吉安，派人火速知會褚克昌和劉松山，說服兩人出兵合攻湖廣，進擊秦漢後方。」
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在曾國藩決定策動褚克昌和劉松山合攻湖廣之時，新余戰役也進入尾聲。
由於王鑫的剛愎自用，不聽從部將張靈武的建議，最終錯失了撤退轉移的良機，在樟樹戰役一結束，張大河的十二團和鄭建國的十一團便星夜西返，協同孫子良的獨立騎兵團，將王鑫的老湘軍主力合圍在新余城東。
王鑫組織了三次突圍，都慘遭失敗。
最後，王鑫在絕望中崩潰，自殺身亡。老湘軍分裂，一部份在部將李元化的率領下企圖突圍南下，與曾國藩的大軍匯合，但最終被獨立騎兵團圍堵在野豬溝一帶，全軍覆沒！另一部約兩千人在部將張靈武的率領下投降，接受護國軍的整編。
1859年1月，田石頭在放過鮑超殘部南下增援之後，率領第九團喬妝鮑超所部北上，成功騙開守備空虛的南昌城門，南昌守將棄城逃走，留守的兩千贛軍不戰而降。1月中旬，田石頭部繼續北上與南下的第一師第三團在德安勝利會師，盤踞在贛北的曾國荃集團兩萬餘人龜縮進九江城裡，與南康大營的聯繫被徹底截斷。
從1858年11月東征以來，護國軍連戰連捷，已經成功地殲滅了近三萬湘軍，其中曾國荃的一萬精銳是曾國藩以洋槍洋炮精心武裝起來，是精兵中的精兵！論戰力，這一萬精銳足以抵得上十萬湘軍的半邊天！這一萬精銳的覆滅以及曾國荃的被生擒，對曾國藩的打擊是毀滅性的！
護國軍還趁勢攻陷了贛西、贛北的大片地區，曾國藩的湘軍被分割成了三塊，贛南湘軍大本營、贛東的李左集團、以及龜縮於九江城裡的曾國荃殘部。其中實力最強的南康大本營又陷於派系之爭，短時間裡，湘軍已經再無力對護國軍發起主動進攻了，秦漢的東征戰略意圖基本完成。
但由於倉促東征，許多主力團都補充進了大量新兵，還缺乏基本的戰術訓練，尤其是步炮協同方面更是不足，護國軍最終也付出了慘重的傷亡。劉勝的第二師最為慘烈，在吉水、樟樹同時投入戰鬥的三個主力團基本上都被打殘，全師八千餘指戰員，最終倖存的不足三千人，減員幾乎達三分之二，田石頭的第三師也傷亡過半，只有秦漢兼任師長的第四師，由於成軍不久，在大戰中擔任預備隊，傷亡較小。
據最後統計，不計算蒙虎的第一師，護國軍損失兵力達一萬人左右，達東征軍主力的三分之一弱，軍需的消耗也相當驚人，炮彈的庫存再次見底，步槍子彈的供應也變得侷促起來！秦漢初步計算了一下，東征打到現實，花掉的軍費已經超過十萬兩銀子，這還沒把陣亡將士的撫恤金計算在內！按平均每名陣亡將士十兩銀子發放撫恤金，這又是一筆高達十萬兩銀子的巨款。
但從大局考慮，秦漢認為這次東征完全是值得的。
雖然付出了不小的代價，但收穫更大！最現實的收穫就是打斷了曾國藩的脊樑，徹底打掉了湘軍對湖廣地區的威脅！解除了湖廣地區周圍最大的隱患。
比這更大的收穫，自然就是在實戰中成長起來的一大批老兵了！這一戰雖然慘烈，卻像一場優勝劣汰的淘汰賽，倖存下來的戰士都已經稱得上是老兵了，在殘酷的戰火洗禮中，一大批優秀的將士嶄露頭角，登上了護國軍的歷史舞台。
其中最讓秦漢側目的就是湘楚軍校二期生，原十二團團長張大河，憑借在樟樹一戰中的出色表現，在戰役一結束，就被秦漢破格提拔為第四師的師長。