清微派為符菉三宗分衍的支派之一。形成於南宋，流傳於元至明初，清初間有傳承。
清微道士為了將自己的道派托之古遠，宣稱傳自元始天尊。陳采《清微仙譜》序云『其傳始於元始，二之為玉晨（大道君）與老君，又再一傳，衍而為真元、太華、關令、正一之四派。十傳至昭凝祖元君（名舒），又復合於一。繼是八傳，至混隱真人南公（名畢道）。公學極天人，仕宋為顯官，遇保一真人（陳少微）授以至道。遂役鬼神，致雷雨，動天使，陟仙曹。晚見雷淵黃先生（黃舜申），奇之，悉以其書傳焉。『該序作於元世祖至元三十年（293），是目前所見到的清微派源流和歷史最早的記載。所云元始天尊傳衍為二，再衍為四派等語，事屬教內傳說。但所云『十傳至昭凝祖元君，又復合於一『云云，是否可信呢？趙道一《歷世真仙體道通鑒續編》卷五《祖元君傳》云『祖舒，又名遂道，字昉仲，唐廣西零陵永川祈陽縣人。……九月九日生。壽一百三十二歲。遍游名山，師事許真君（許遜）、鄭真人（鄭隱）、靈光聖母，……遇太玄夫人降於溪濱，又從而師之。乃授以元始大道。……由是會四派而一之。職位清微元上侍宸。復化身為清微察令昭化無君，又號通化一輝元君，統轄雷霆，變相不一。……功成沖舉，居金闕昭凝宮，主清微洞照府。『觀此，即使唐代有祖舒其人，已被完全仙化，是清微派道徒所奉的一代祖師，似不可能是清微派的創始人。即清微派在後代尚未出現。該書又謂從祖舒以後，八傳而至『混隱真人南公『，據該書和《清微神烈秘法》《清微齋法》等所記，系指祖舒下傳的休端、郭玉隆、傅央煜、姚莊、高奭、華英、朱洞元、李少微、南畢道等九代宗師（實為九傳。諸書所記名字略有差異）。諸書對李少微以上八人的事跡所記極簡，且未註明其活動的時代，故難據以判定清微派在當時已經成立。對南畢道的記載稍詳，但仍多歧異而彷彿。《清微仙譜》雲南畢道，『本複姓東南，名珪，丙辰十一月初三寅時生於眉山（今屬四川——引者注），幼擢儒科，登仕版。嘗倅湖右。夜夢神人語以師至，達旦郊迎，果肖夢中之相，詢其姓名，即保一真人（指李少微——引者注）也。迎歸待以師禮，數以難事試之，堅心如金石，遂悉付以隱奧。……後佐宋理宗，數諫不從，歸隱不知所在，人以為仙去。『《清微齋法》云『南畢道，字斗文，乃清微保元仙卿，眉州人，丙辰十一月初三日寅時降生眉山，性淡榮利，學通天人，仕宋累官至廣西憲。
嘗遇保一真人授至道，能役使神*。……隱青城山。『《道法會元》卷二云『諱畢道，號西濱，眉州人。……十月初三日生。……李真人數試之，不怠，以四派玄奧授之。……後西濱仕至廣西憲司，休官入青城山。『略其岐異之文不論，南畢道蓋生於宋理宗之前的丙辰年，即寧宗慶元二年（9），至理宗即位之甲申（224），已三十歲。他在理宗朝仕至廣西憲司。曾受李少微傳清微法，後隱青城山，不知所終。觀南畢道一生，除傳授弟子黃舜生外，別無二人，故尚未形成為一個道派。清微道派的形成，蓋始於南畢道之弟子黃舜申時。黃舜申（224∼？），名應炎，字晦伯，舜申為其法名。福建建寧人。出身閩中世家，少通經史百家之學。年十六，侍父於廣西幕府。某日染疾，遇官於廣西的南畢道，以符療之。病癒，授以清微雷法。寶皊（253∼258）中，出任檢閱。理宗召見，御書『雷淵真人『四字賜之。元世祖至元二十三年（28）應詔赴闕，奏對明敏。未幾，乞請還山，制授『雷淵廣福普化真人『。黃舜申有弟子近百人，使清微道法大行於世。
可以說至黃舜申時，其教派組織始正式宣告成立。
黃舜申既是清微派的組成者，又是清微法理論的集大成者。陳采《清微仙譜》序雲黃舜申『覃思著述，闡揚宗旨，而其書始大備。『張宇初《道門十規》也稱『清微自魏（華存）、祖（舒）二師而下，則有朱（洞元）、李（少微）、南（畢道）、黃（舜申）諸師，傳衍猶盛。凡符章經道齋法雷法之文，率多黃師（舜申）所衍。『《正統道藏》中所存的清微道法著作，如《清微元降大法》《清微神烈秘法》《清微齋法》《清微丹法》《清微玄樞奏告儀》等，蓋皆出於黃舜申及其門人之手。
清微派亦以行雷法為事，其雷法理論，亦類於神霄派。仍主天人合一，內（煉）外（法）結合，而以內煉為基礎。強調誠於中，方能感於天；修於內，方能發於外。《清微齋法》捲上云『蓋行持以正心誠意為主。心不正，則不足以感物；
意不誠，則不足以通神。神運於此，物應於彼，故雖萬里，可呼吸於咫尺之間。『又『將吏只在身中，神明不離方寸。『將吏、神明，皆指施行雷法時所劾召的鬼神。意謂能劾召鬼神，全在於心誠意正和深厚的內煉工夫。《道法會元》卷一《法序》也稱『五行之妙用，寂然不動，感而遂通。夫天地以至虛中生神，至靜中生氣。人能虛其心則神見，靜其念則氣融。
……凡氣之在彼，感之在我；應之在彼，行之在我。是以雷霆由我作，神明由我召，感召之機在此不在彼。『故該宗著《清微丹法》，專言內丹修煉之道。其《發用章》引雷淵真人（黃舜申）之言曰風、雲、雷、雨、火等，皆以行法者深厚的內煉工夫為基礎，待臨場時，靠運氣從體內發放出來『耳熱生風，眼黑生雲，腹中震動即雷鳴，汗流大小皆為雨，目眩之時便火生。入息靜定良久，神息既調，直待內境不出，外境不入，但覺身非我有，天地虛無入定光中，……次復收斂運一氣七遍之妙，……釀成五事，臨壇之際，撥動關捩，隨竅而發也。『
清微派在南宋形成之後，至元代，取得很大發展，名目甚多。鄭所南《太極祭煉內法序》『正一法外，別有清微法雷，名逾數百。『元代清微派，仍以黃舜申一系所傳最盛，他的弟子分為兩支向南、北發展，一支以福建建寧為中心，傳行於南，一支以武當山為中心，傳行於北，從而使清微道法很快傳播於大江南北。南傳一系為黃舜申弟子西山熊道輝（號真息），道輝傳安城彭汝勵（或作礪），汝勵傳安福曾貴寬（號塵外），貴寬傳浚儀趙宜真（號原陽）。因未見熊道輝、彭汝勵、曾貴寬等人的傳記和其他資料，唯知趙宜真活動於元未明初，故此繫在元代的發展情況不詳。北傳一系的主要傳人是黃舜申弟子張道貴，其主要特點是全真道士兼傳清微法。
張道貴先為全真道士汪真常的門徒，《武當山志》載，張道貴，名雲巖，號雷翁，長沙（今屬湖南）人。至元（24∼294）間入武當，禮汪真常為師。隨後又『同（葉）雲萊、洞陽（劉道明）謁雷淵黃真人（黃舜申）得先天之道。歸五龍宮，潛行利濟，門下嗣法者二百餘人。行其奧旨，唯張洞淵（張永清）焉，終於自然庵。『可見張道貴是兼傳全真與清微的道士。
葉雲萊與劉道明也是黃舜申弟子，同樣是兼傳全真和清微的道士。據上書所載，『葉雲萊，名希真，號雲萊子。辛亥年（25）三月初五日巳時生，唐天師葉法善之後裔。生於建寧（今屬福建），得清微道法之妙，避兵遷古禳，入武當山。
至元乙酉（285），應詔赴闕。……至元丙戌（28），欽受聖旨領都提點，任武當住持。『『劉道明，號洞陽，荊州（今屬湖北）人。與葉雲萊同師雷淵黃真人，授以清微上道，居五龍（觀），搜索群籍，詢諸耆舊，纂為一書，命曰《總真集紀勝錄》。『
張、葉、劉等人下傳張守清，清微法由此更盛。張守清也是一身而二任的道士，先為全真道士魯大宥（或作有）弟子。陳友珊《長春道教源流》卷七雲張守清，『名洞淵，號月峽叟，宜都（今屬湖北）人。幼習舉子業，未成，棄去，更為縣曹掾。年三十一，……聞魯洞雲（大宥）名，投禮出家。
洞雲傳以道要。……後由張雲巖（道貴），復得葉雲萊、劉洞明之道。至大三年（30），皇后聞其道行，遣使命建金菉醮。
皇慶元年（32）春，京師不雨，召守清至，禱而雨。逾年春不雨，禱而雨，又禱又雨。兩京大悅，賜號體玄妙應太和真人。賜虛夷宮額曰天一真慶萬壽宮。置提點甲乙住持。延皊元年（34）春，奉旨還山致祭，管領教門公事。『由於張守清在當時頗有名望，所傳弟子又多，故被後世清微派北系道士尊為一代祖師，《清微神烈秘法》所列『師派『，在黃舜申之後，即列葉雲萊、張道貴、張守清，張守一。
張守清弟子最著者有張悌、黃明佑、彭通微、單道安等。
從他們開始，清微派的傳法即由元入明。張悌，字信甫，號無為子。浙江象山人。奉親能備孝養，早從方士學。既壯，出遊南粵北燕，後止武當，師張守清。守清啟以道要，署為首眾。三年而化。黃明佑，字太霞，潭州（今湖南長沙市）人。
『早歲抗志煙霞，歷諸名岳，禮武當太和張真人（張守清），嗣清微法派，凡有祈禱，無不感應。『彭通微，『原名宏大，號素雲，河南汝陽人。大德十一年（307）二月十五日生。年十二，事劉月淵為師。至正四年（344）游武當山，時太和張真人主紫霄宮，素雲服勞執役三年，得真人授煉氣棲神之旨。……明洪武十四年（38），始至細林山，結茅居之。……
明太祖遍求天下高人，有司以聞。二十七年（394）秋八月返真。是歲中使入山宣召，以羽化聞『。單道安，『均州人，從南巖張真人（張守清曾住南巖天一真慶宮——引者注）學，精究道法，執弟子禮，勤懇弗怠。……洪武初，游西華、終南諸山，仍居重陽萬壽宮。一日，以所授玄秘付與門人而去，弟子李素希攜冠履葬於五華仙塋『。但此後傳承情況缺乏記載。
明初除張守清弟子傳清微法外，還有其他武當道士傳清微雷法。如金台人李德淵（號古巖），『自幼入陝西重陽萬壽宮出家，《道德》《南華》三教經書，得其要旨。壯年游武當，於紫霄宮禮高士曾仁智為師，授以清微雷法，明先天之理，知體用之源。徙居元和觀。洪武二十三年（390），湘王來謁武當，嘉其有修煉之功，賜住荊州長春觀。一日，謂人曰吾將返矣。作頌曰『八十餘年光陰，不染不著『。黎一泉，均州人，『幼出家於紫霄宮。元末游江右諸名山，訪道尋師，……
再謁毛公壇、張公洞，得林屋洞天王無偽授以太極上道清微底（法）妙，仍歸紫霄宮，八十餘翛然蛻去『。簡中陽，字欽和，武昌人。『不喜榮達，得異人授以中黃上道清微秘法。洪武辛未（39）來武當，居紫霄之巔，辟榖坐忘，葆和養素，江右學人聞風而至，見其才器，可入道者必納之，於是道價益增。永樂丙戌（40）召見，問以玄帝（真武）升真事跡，一一奏陳，賜以祠部護身符牒。還山後隱於福地峰之上，杜門守靜，凝神太漠。一夕，……端坐而去『。
前述南傳一系，至元末，傳至趙宜真（？∼382）。宜真，號原陽子。其先浚儀（今河南開封）人，元時徙安福（今屬江西）。早業儒，後入道。初師清微派道士曾貴寬（號塵外，黃舜申嫡傳），嗣清微法；繼師道教南宗和全真道士，得南、北派內丹之學；又師徐異，得淨明忠孝之道。師承多途，所傳亦雜，但他對上述諸派的理論多有所闡揚。如他曾據師傳，再補以他書，對清微雷法、齋法，加以整理，疏解，並對其理論加以闡發，作《玉宸登齋內旨》《玉宸經法煉度內旨》等篇。強調道為體，法為用，道與法皆具於我心。心地誠明，就能通天感神，『天人合德，此感彼應『。如奏章齋科，首在於存思凝神，方能感通天地，如果相反，『但以宣科唸咒、掐訣燒符、令色華音、馳心外想為務，徒以亂其神思，困其肢體，……尚何望有所感格哉！『超度亡靈也如此，『矧鬼神之於人，非可以聲色相通，惟可以心誠相感。若我悟，他亦悟；我迷，他亦迷。其幽冥境界，亦隨心念化現。我心昏昧猥小，則幽冥之境亦成夜府窮鄉，我心廣大光明，則幽冥亦成天宮淨界，我能修持正道，則鬼神感悟，亦返邪歸正矣『。由於趙宜真對清微道法多所闡揚，故後世清微派南系道士奉之為一代祖師。如《道法會元》卷三十二《上清龍天通明煉度大法》和卷四十六《上清神烈飛捷五雷大法》等中，皆在黃舜申之後，列熊道輝、彭汝礪、曾貴寬、趙宜真。
趙宜真所傳弟子中，以劉淵然為最著。劉淵然（被淨明道尊為第六祖）傳邵以正，邵以正傳喻道純、胡守法。劉、邵、喻、胡諸人皆是明代有名道士。劉淵然在永樂間受命任道錄司左正一，仁宗朝被封為『沖虛至道玄妙無為光范演教長春真人『，宣德初，進大真人，領天下道教事；邵以正在正統中遷道錄司左正一，領京師道教事。景泰間，賜號『悟玄養素凝神沖默闡微振法通妙真人『；喻道純在成化十年（474）受封為『體玄守道安恬養素沖虛湛默演法翊化普濟真人『，任道錄司左正一，領道教事；胡守法在成化十一年受封為『沖虛靜默悟法從道凝誠衍范顯教真人『，弘治改元，授道錄司左正一，掌道錄司事。以上諸人皆通法術。但諸傳中皆未註明曾受清微道法的傳承。故在趙宜真之後，清微派南系的傳承如何，現尚難於稽考。
《東嶽廟志》之『靈濟先祠神牌表『，列有明代清微派的歷代祖師，為故始祖南京朝天宮道錄司右玄義禹貴黌，稱為『明朝清微派第一代『。其下有『皇清羽化清微派第四代『劉守誼，第五代都全皊、李全安、朱全皊，直至第十五代龐源本等。據上面第四代神牌所書『皇清『二字推測，從四代至十五代，蓋皆為清代清微派的傳人。但皆無事跡可考。且此『神牌表『中稱道士禹貴黌為清微派第一代和始祖，又與上述南畢道、黃舜申等不相接，或許是清微派傳至明、清時所分衍的支派。
閔一得《金蓋心燈》卷二《呂雲隱律師傳》中，又記有清微派第二十三、二十四兩代傳人。該傳雲，全真龍門派第八代律師呂守璞（號雲隱）之父呂貞九，在明末清初棄儒為道，嗣清微法，為第二十三代法師。呂守璞在十七歲時，受其父傳清微法，其後才拜龍門派七祖王常月為師，入龍門派。
故該傳曰『師（呂守璞）於清微為二十四代，於龍門為八代律師。『他下傳弟子呂徵，為龍門派傳人，但不知並傳清微法否。且此二十三、二十四之代數，又不知上承何人。明中葉後，道教衰落，清微派詳情也就難以考知。