玄教是符菉三宗分衍的支派之一。創始於元初，流傳至元末。
該派直接從龍虎宗分衍而來，其創始人為元初龍虎山道士張留孫（248∼32）。他在至元十三年（27），隨三十六代天師張宗演趙闕覲元世祖，留侍闕下。此後以祈禱術『有驗『，為元世祖所信任。十四年，賜號上卿，鑄寶劍與之。
十五年，賜號玄教宗師，授道教都提點，管領江北淮東淮西荊襄道教事，佩銀印。此後歷成宗、武宗、仁宗等朝，寵遇不衰，屢蒙加封，由上卿加特進上卿；由知集賢院事到領集賢院事；由玄教宗師到玄教大宗師，並加開府儀同三司。至延皊二年（35），頭銜為『開府儀同三司、特進上卿、輔成贊化保運玄教大宗師、志道弘教沖玄仁靖大真人、知集賢院事、領諸路道教事。『張留孫從至元十五年作玄教宗師以後，即陸續從龍虎山徵調道士到兩都崇真宮（後升崇真萬壽宮），或委以京師道職，或派至江南各地管理教務，以這批人為骨幹，逐漸發展組織，最後形成一個規模較大、轄域較廣的一個道派，時人稱之為玄教。
玄教的組織規模是比較大的。單就其領導骨幹而言，即有幾十人至百餘人。袁桷《玄教大宗師張公家傳》中，即載其主要弟子五十四人；首為繼任玄教大宗師吳全節；其次，以真人佩銀印者三人夏文泳、毛穎達、王壽衍；以真人制書命者三人余以誠、孫益謙、陳日新；以璽書命者九人何恩榮、李奕芳、張嗣房、薛廷鳳、舒致祥、張德隆、薛玄曦、徐天麟、丁應松；其他弟子三十八人上官與齡、何斯可、……
等。顯然這是玄教最主要的骨幹。趙孟訓《玄教大宗師張公碑銘》謂張留孫有弟子七十五人。元明善《大元敕賜上清正一萬壽宮碑》謂張留孫弟子中，『制授主名宮觀者百許人。『由此可以推知其規模之大。
據玄教宮觀的分佈情況看，其傳播範圍也很大。現存資料記載，除張留孫坐鎮京師崇真萬壽宮外，又選派大批弟子主持各地宮觀。如余以誠領鎮江路諸宮觀。孫益謙領杭州佑聖觀、延祥觀。陳日新除提點大都崇真萬壽宮外，又領龍興路玉隆萬壽宮，還領杭州宗陽宮。何恩榮提點信州真慶宮。李奕芳提點南嶽廟，兼領潭州路衡山昭聖宮、壽寧宮住持提點。
張嗣房提點潭州岳麓宮。徐懋昭主常州路宜興州通真觀，並在信州龍虎山建仙源觀、神翁觀。上官與齡任常州路通真觀住持提點。王壽衍提舉杭州開元宮，兼領杭州路道教諸宮觀。
薛玄曦住持鎮江乾元宮，又住持杭州佑聖觀，兼領杭州諸宮觀。薛廷鳳領鎮江馬蹟山紫府觀，後領杭州四聖延祥觀，再後兼領鎮江道教。徐天麟、馮志廣住持龍虎山仙源觀。何斯可主信州仙巖元禧觀等。以上這些，僅是現存資料中的部分記錄，分別見於有關傳記、碑刻。實際上玄教弟子所領主要宮觀，遍佈今江蘇、浙江、江西、湖南、廣東等省，加上在北方兩京附近的宮觀，可見傳播地域是比較廣的。組織規模、社會影響都超過當時南方諸符祭派和北方的真大道、太一道，較之北方的全真道也毫不遜色。
玄教之所以能在短期內發展成如此大的規模，主要是因為得到了當時統治者的大力。其原因，一方面是，蒙古族世奉薩滿教，在思想上較易接受龍虎宗和玄教奉行的符菉道術；另方面，更主要的是因元前期全真道勢力發展過猛，對群眾影響過大，引起了統治者的疑忌，從其統治的利益著想，必須對其略加制約，而把扶植道教的重點轉到張陵聽創道教這方面來。其得到元朝統治者的大力扶持，具體表現在玄教首領所受的尊寵上。前面說到，玄教創始人張留孫，從元世祖起，受到歷代皇帝的尊寵，其政治地位之高，道教權力之大，在當時道教諸派首領中是獨一無二的。不僅如此，他與他的弟子吳全節（玄教第二任掌教）還參與了元朝的政治，『朝廷有大謀議，必見咨詢『。多次受詔外出訪賢，向朝廷推薦官員；官吏間發生矛盾糾紛，又主動為之疏解。趙孟訓《玄教大宗師張公碑銘》說，張留孫『每進見，必陳說古今治亂成敗之理，多所裨益。士大夫賴公薦揚，致位尊顯者，數十百人。及以過失獲譴，賴公救解，自貸於死者，亦如之『。
他們的這些活動，一方面取得了皇帝更大的信任，將他們『比於親臣『；另方面，交結大臣並在其中獲得令譽。當延皊四年（37），張留孫年滿七十時，仁宗為之大舉祝壽，『賜宴崇真宮，內外有司各以其職供具，宰相百官鹹與焉『。元惠宗至元四年（338），吳全節年滿七十，慶典一如張留孫。張留孫死後，送回龍虎山安葬，『自京師至其鄉，水陸數千里，所過郡縣，迎送設奠，不約而集。比葬，四方弔問之使交至『。『自王公以下，治喪致客，未有若此盛者『。張留孫輩利用元室對玄教首領的尊寵和優越的政治地位，使玄教獲得很大的發展。
玄教是從龍虎宗分裂出來的，張留孫和他的許多弟子，都出身龍虎山，其基本信仰和主要方術，亦與龍虎宗無異。但是，它有自己的傳承系統，有獨立的組織體制。因而它是一個獨立的道派，與原龍虎宗有別。
其傳承系統共歷五代。第一代掌教張留孫，掌教四十四年。其生前所受的封號，除開府儀同三司以外，其餘各項，皆為其後歷代繼任者所承襲。第二代掌教吳全節（29∼34），字成季，號閒閒。龍虎山道士。於張留孫逝世之次年，即至治二年（322），繼任掌教二十五年，於至正六年（34）逝世。第三代掌教夏文泳（277∼349）。字明適，號紫清。龍虎山道士。延皊七年（320），張留孫預將教事付吳全節時，命夏文泳繼吳之後嗣教。至順二年（33），吳全節告老，夏即遵囑嗣教。至正六年（34），吳全節逝世後，正式繼任掌教。但僅四年，於至正九年逝世。第四代掌教張德隆（生卒不詳）。字元傑，自號環溪。張留孫從子。早年學道龍虎山。至正九年繼夏文泳掌教。時已至元代末期，至正十一年，韓山童的白蓮教和劉福通的紅巾軍相繼起事，天下大亂，元統治處於風雨飄搖中。張德隆掌教至何年，未見記載。
一般學者皆以張德隆為玄教最末一任掌教。但從王禕《馬跡山紫府觀碑》和蘇伯衡《梁道士傳》的記載中，發現繼張德隆之後，還有一個於大宗師掌領玄教，而據《漢天師世家》卷三《張正言傳》考之，此於大宗師當為於有興。他先後拜師何恩榮、薛廷鳳、薛玄曦，為張留孫之再傳。考上述諸文所記，至正十四年，於有興已任掌教，至正十八年仍在掌教任中。此時離元亡已不到十年，他可能是玄教最末一代掌教了。
在玄教掌教的嬗遞過程中，逐漸形成了一套掌教傳承製度。主要的有第一，除第一代掌教張留孫由元世祖直接任命外，其後的幾代掌教皆由前任掌教選定，推薦給皇帝，由皇帝降『璽書『加以任命。第二，繼任掌教在接任時，除必須有皇帝正式任命的『璽書『外，又須以張留孫遺下的大宗師印和寶劍相承傳，以為內部憑證。據袁桷《玄教大宗師家傳》記載，寶劍為至元十四年由元世祖所賜，上刻『大元賜張上卿『；印則是皇慶二年（33）仁宗所賜，上刻『玄教大宗師『，手授曰『以是傳教俾永遠『。這種以印、劍象徵教權的傳承辦法，是模仿歷代天師以張陵都功印和佩劍相傳承的制度而來。但玄教大宗師的印、劍都來自皇帝所賜，比張陵的印、劍更具有權威性。玄教掌教所受的璽書和印、劍，又明確表明其教權直接來自皇帝，他們可以憑借這些象徵教權、皇權之物，獨立自主地行使對該教派的管理權，不必再聽命於天師。因此，無論該教派所轄區域道官的任命、宮觀的建立，以及道士的吸收等，都是由玄教歷任掌教獨自處理。
玄教又有獨立的組織領導體制。其首腦機關在大都崇真萬壽宮，最高首領是玄教大宗師。下設玄教嗣師、崇真萬壽宮提點、江淮荊襄道教都提點等職，以輔助大宗師工作。其下根據元朝的行政區劃，設立各級地方組織。路設道錄司，職其事者為道錄、道判；州設道正司，職其事者為道正、道判；
縣設威儀司，職其事者為威儀；最基層是宮觀，設住持、提點、提舉。可見其組織體系已經相當完備，這是多年經驗積累的結果。
玄教在元代雖然興盛，但它在道教理論上卻無建樹，倒是有不少弟子在儒學方面有相當造詣。其中以玄教第二代掌教吳全節最為突出。其師張留孫『每與廷臣議論，及奏對上前，及於儒學之事，必曰『臣留孫之弟子全節深知儒學，可備顧問。『是以武宗、仁宗之世，嘗欲使返初服，而置諸輔弼焉『。當時大儒吳澄也對吳全節的儒學十分稱讚，謂『吳真人全節寄跡道家，游意儒術，明粹開豁，超出流俗。『（吳澄《題吳真人封贈祖父誥詞後》）許有壬曾奉敕給吳全節的畫像寫贊語，其中有兩句云『人以（公）為仙，我以（公）為儒。『
（許有壬《特進大宗師閒閒吳公輓詩序》）吳全節自幼向空山道士雷思齊學《易》，對《易》學有相當修養；又十分推崇陸學，向文宗皇帝進陸九淵《語錄》。第三代大宗師夏文泳對『三教九流之書無所不讀，而深明於先儒理學之旨。又嘗受《河圖》於隱者，有昔人未睹之秘。而於《皇極經世》之說，亦了然胸臆間『。在文學上有造詣的弟子則更多，如吳全節、陳義高、朱思本、陳日新、薛玄曦等，皆工詩能文，尤以詩著名當世。吳全節有詩集名《代祠稿》（現已不存）；陳義高有詩文集名《沙漠稿》《秋巖稿》《西遊稿》《朔方稿》（四庫全書現存其《陳秋巖詩集》二卷）；朱思本有詩文集名《貞一稿》（現存《委苑別藏》中）；陳日新詩文集不存；薛玄曦有侍集《上清集》《樵者問》（現僅《茅山志》存詩幾首）。他們的詩文皆博得當時許多詩文大家的好評。
玄教在修習方術上雜采兼收。除承襲龍虎宗的符菉齋醮外，雜采眾家。如吳全節既向南宗道士陳可復學雷法，又向東華派首領林靈真學道法，還向南宗道士趙淇學內丹。夏文泳對『道法、齋科悉加考訂、折衷，下至醫藥、卜筮，莫不精究『。徐懋昭『游衡廬名山，遇真人授異書，能役鬼神致雷雨，祭星斗，弭災沴，所至，人迎候之唯恐不及『。陳日新『道書丹經，大洞玉訣，靈寶黃菉齋科等書，皆極精詣。『『又能論人生甲子，推之以言其禍福壽天，奇中『。陳義高『旁通百家，用於致雷雨，役鬼神，於卜筮、推步，俱有大過人者『。玄教隨元世祖統一江南而興，隨元亡而亡，歷世既不長，對道教的建樹也不多，但在促成江南諸道派在元後期合併為正一道中，卻發揮了巨大的作用。一方面，歷代天師雖然受命掌管江南道教，但他們卻長期住在遠離京城的江西龍虎山天師府，而把聯繫皇室和聯絡各派的在京據點崇真萬壽宮，交給玄教歷代掌教居住。因而歷代玄教首領實際成了天師在京的常住代表和代理人，由他們擔當起聯繫皇室和聯絡各派的責任。通過他們的工作，幫助江南各派解決了需要解決的問題，協調了它們之間的關係，加強了它們的團結，為江南諸派最後聯合成正一道大派作了必要的準備。另一方面，玄教組織的發展，又壯大了龍虎宗的力量，為正一道的形成提供了必要的組織基礎。因此元代後期正一道的出現，不能忽視玄教所發揮的作用。它在道教發展史上的地位，也應予以應有的肯定。