道教宗元於三洞，以三洞為三元，道教的基本信仰和經教體系無不宗元於此，是道教的根本宗元。
三洞宗元，是以「三元」為宇宙混沌之始。稱「一分為三元，三元變化三氣，三氣變生三才，三才既滋，萬物斯備」。然「三洞之元，本同道氣，道氣惟一，應用分三」。這是《雲笈七簽》對三洞宗元的基本論述。概括來說，「道」氣衍化為三元，三元分別是，第一混洞太無元；第二赤混太無元；第三冥寂玄通元。由三元變化為三氣，三氣分別是始、元、玄三氣，再由三氣化生萬物。其造化開闢的過程是，混沌之前，元氣之始也。元氣運行，而後天地始立。再由始、元、玄三氣化生萬物。在《道德經》中則說道生一，一生二，二生三，三生萬物。
三洞宗元作為「道」化萬物的信仰宗元，還有其更重要的一面，就是三元即三寶君。第一天寶君，從混洞太無元化生；第二靈寶君，從赤混太無元化生；第三神寶君，從冥寂玄通元化生。三寶君分別治於三清境，故三寶又稱三清。天寶君治在玉清境，即清微天，其氣始青；靈寶君治在上清境，即禹余天，其氣元黃；神寶君治在太清境，即大赤天，其氣玄白。而三元皆本同道氣，所以，三寶君的名號雖殊，卻本同於一。
三寶君、三清，道教全稱玉清元始天尊、上清靈寶天尊、太清道德天尊(太上老君)。為道教最高尊神，乃神明之宗，造化之祖。同時還是經教之教主，為道教傳下了三洞三十六部真經。《道教三洞宗元》說天寶君說十二部經，為洞真教主；靈寶君說十二部經，為洞玄教主；神寶君說十二部經，為洞神教主。三洞合成三十六部尊經。三洞經又各有垂教的對象，以合乎學道修道的品級。開始人道修學之人，始入仙階，登無累境，故初教以洞神神寶經。其次智漸精勝，既進中境，故中教以洞玄靈寶經。最後即登上境，智用無滯，故上教以洞真天寶經。其目的都是通過經教文化，誘俗修仙，從凡證道。故後世《道藏》的編纂，就是以「三洞四輔」來分例的，並構建起了以「三洞宗元」為信仰的經教體系。