15年3月間馮玉祥離平地泉宣佈出國赴俄，於23日抵達庫倫。代馮出任國民軍第一軍司令的張之江卻請辭西北邊防督辦和察哈爾都統，並保李鳴鐘和鹿鍾麟繼任。北京閣議復電慰留。25日國民一軍將領一致擁護張之江，張不得已勉強主持國民一軍大計，所謂大計就是固守京畿，倘無和平辦法及正式交代，決不放棄京畿。倘欲國民軍讓步，須通過和平途徑，武力壓服決不接受。這都是國民軍中鷹派的主張。鷹派的代表人就是鹿鍾麟，他認為國民軍以前應付灤州、滄州、保定、朝陽、大同各戰線都能支撐，現在縮短了戰線，怎麼不能守一個北京城。當時國民軍的兵力共有步兵十一師，除甘、熱、察、綏留四師外，在京畿附近的有步兵七師，騎兵兩師。而國民二、三、四、五四軍殘部已完全撤至長辛店及北京西郊，實力仍完整，足可一戰，所以應該憑借掌握北京作為談和的條件。
4月1日國民軍將領在北京警衛部開緊急會議，一軍鹿鍾麟、韓復渠、鄭金聲、門致中、程奇聖。二軍弓富魁，三軍胡德甫，五軍方振武均出席，一致決議聽鹿鍾麟指揮、備戰、籌餉、謀和。一、二、三、五各軍並組聯合辦公處。
當時對北京具有威脅性的，是奉軍和直魯聯軍，這兩支軍隊都是奉軍系統，由於奉軍對國民軍有威脅性，同時由於有郭松齡聯結國民軍對奉張倒戈的一幕，所以奉張咬牙切齒派兵入關，當然要消滅國民軍以報一箭之仇。在這個時候，國民軍內部多以聯吳拒奉為改善當前困境的一著棋。由於直系巨頭曹錕在北京，也可以說在國民軍手中，如果恢復曹錕的自由，就是疏通直系之路。
和平運動本是由北京父老王士珍等組織調人團向各方疏通，奉張表示需國民軍放棄直隸、熱河、京畿三區為先決條件。這當然是國民軍無法接受的，於是國民軍乃派王乃模、何遂赴保定與吳軍先頭部隊田維勤搭線，接觸情況頗順利，田並派耿乃熙入京，會見鹿鍾麟，鹿且領銜國民軍將領公宴耿，即席表示歡迎直軍入京，駐防南苑，共同御奉。4月9日丁春喜電鹿鍾麟，謂吳佩孚必先去段，恢復曹錕自由，才有談和餘地。耿乃熙亦以相同意見告鹿。吳的條件驅段釋曹，比張作霖的退出北京和直隸，熱河要好辦得多，因此鹿鍾麟遂決心發動政變。
15年4月9日夜10時，北京警衛司令鹿鍾麟先下手為強，派出大刀隊監視電話局，斷絕通話，另派大刀隊、保安隊5000餘人分守九城和交通機關，由東單牌樓起斷絕行人。以（一）金佛郎簽約。（二）屠殺學生。（三）挑撥戰爭諸大罪包圍執政府。宣佈討段迎吳。段率安福系諸要員在國民軍進入執政府前逃入東交民巷。
北京警衛司令部於4月10日發佈佈告云：
「為佈告事，照得段祺瑞自就任執政，禍國殃民，無所不至，其最巨者，如擅定金佛郎案，槍斃多數學生，尤為國人所痛恨。其左右親信皆系安福餘孽，逢奸長惡，違法營私，挑撥戰事，塗炭生靈。……本軍為國家計，為人民計，迫不得已……。並電請吳玉帥即日移師入都，主持一切。京師地方秩序，仍由軍警負責維持，合亟佈告商民一體周知，各安營業。倘有造謠生事，妨害治安之徒，一經捕獲，即依法懲治，以警傚尤……。中華民國十五年四月十日。總司令鹿鍾麟。」
北京政變後，段祺瑞及其親信逃入東交民巷，即令國務院發佈兩則通電如下：
「十萬火急，各省區軍民長官鑒，本月九日夜半，鹿鍾麟率兵圍困府院，截斷交通，意圖危害。不特一切政務無由執行，且致首都秩序不保，市民恐怖異常。在此擾亂期間，所有捏造事實，假借名義之文件，概屬無效。各省區地方治安，均盼軍民長官妥為維持。奉諭特達。國務院。蒸一。」
「十萬火急，各省區軍民長官鈞鑒，蒸一電計達，本院暫行停止辦公，執政安全。國務院。蒸二。」
北京國務總經理賈德耀於15年4月12日通告外國駐北京的公使團，告以政變經過，內云：
「逕啟者，頃因京畿警衛總司令鹿鍾麟，突於本月九日深夜之際率兵圍困府院，意圖危害，以致一切政務之執行，暫時陷於停頓之狀態。本總理誠恐上述事變之真相及其結果，不無足以引起貴公使及各國公使深切之注意，是以不得不說明其要點如左：
（一）現在段執政雖為在京一隅之暴力所障礙，暫時不能得使其職權，然未嘗因此而為辭職之表示。且對於全國治安業經通電訓令各省區軍民長官，本其職守，妥為維持。並嚴重聲明，在此紛擾期內，所有一切捏造事實及假借民意之電文，概屬無效。
（二）此次鹿鍾麟之軌外行動，不能得任何方面之同情，其他深明大義之各軍事當局，及訓練有素之軍隊，且將自動激起而制止之。預計在最短期間必能排除目前一切之障礙，而恢復從前之政治原狀。
以上兩點頗關重要，用特專函奉達貴公使，即希查照。中華民國國務總理賈德耀。」
國民軍逐段後即往迎曹錕，希望因此而得到吳佩孚的諒解，聯吳以討奉。其起事的通電中，對吳推崇備至，有云：「吳玉帥以命世之才，抱救國之志，數奇不偶，養晦黃州，志士仁人無不扼腕。彼乃密派兵艦前往加害……。幾摧柱石，此又異邦人士全國婦孺同深憤慨者也！……用是萃集將領，共同討論，僉以法統不復，無以樹立國之基，障礙不除，無以開和平之路。……謹於四月九日保護總統，恢復自由。所有禍國分子分別監視，靜待公決。……此後動定進止，惟吳玉帥馬首是瞻……」
4月11日國民軍全體將領再致吳佩孚並孫傳芳、閻錫山等電云：
「蒸電計達，查此次促段下野，實因順全國之輿情，平各方之公憤。原冀實行監視，聽候解決。不意敝軍改編衛隊之消息傳出，段已事前風聞避入使館界內。現在京師治安，業由軍警負責維持，秩序如常。至於建國大計，諸公素抱偉略，當能主持一切。敬祈隨時見教，俾有遵循，無任感禱。鹿鍾麟、何遂、方振武、鄭金聲、唐之道、韓復渠、徐永昌、石友三、佟麟閣、門致中、孫連仲、龐炳勳、顧占鰲同叩。真。」
這時，北京新華門外又是一番新氣象，昨天還是待罪的階下囚曹錕，被人指責斥罵，忽然搖身一變而為人人擁戴的「總統」了，請安者不絕於途，饋遺者亦絡繹於路。曹錕有蒸電給吳佩孚云：
「子玉吾弟……鹿君識見過人，深明大義，願隸麾下，以當前驅。已於本日不動聲色，不鳴一槍，復我自由，拘彼元惡。即遣該軍師長韓復渠赴漢報告。兄亦派劉中將文亮同往。乞予優待，以示獎借。時至今日，論公論私均無再戰之理，鹿君如此傾向，尤應曲全，即電奉方停止軍事。兄憂患餘生，智盡能索，得脫危疑之境，端資號召之功，私衷慶幸，欲言不盡。」
曹並且親書「文武吉甫」四字贈吳，以酬庸吳救駕之功。並跋云：
「孔子作春秋，撥亂世而致太平。撥亂以武，致治以文。文武之道，一張一馳，不剛不柔，布政優優，子玉仁弟兼之矣。錕志於軍旅，疏於政治。思維吾人陳力之誡，恝然遠行，未盡之責惟吾弟竟之。天下至大，責任至重，服天下者不惟其力而惟其心，治天下者不惟其名而惟其實。文王至聖，小心翼翼，桓公九合，失在一矜，吾弟勉乎哉！詩曰：文武吉甫，萬邦為憲，敢以此言為吾弟頌。曹錕跋。」
曹錕這篇跋，有推崇，也有勉勵。所謂「恆公九合，失在一矜」，這個矜字就是曹所勉責於吳的。吳嘗自況關羽，關羽也是失在一矜。
曹錕受夠了國民軍的苛待，他的兄弟曹銳死於馮玉祥倒戈政變時的馮軍司令部中，他的佞幸李彥青也為馮所殺，他不會對國民軍有好感，可是他獲釋後，仍在國民軍手中，他便不得不虛與委蛇。
吳佩孚在查家墩收到曹錕蒸電，在電末批「假電」二字，雖不中亦不遠。
當北京的「投靠」電報到達查家墩吳佩孚總部時，這真是天降喜事，兩年來隨吳流離轉徙，吃盡了苦頭的直系，如今總算重見天日了。馮玉祥出國，馮的軍隊無條件地聽吳的驅策，吳佩孚叱吒風雲的黃金時代又重新出現了。大家都靜聽大帥的命令——如何接收國民軍？如何勝利旋師北京？如何重組政府？
吳佩孚沒有一點喜色，踞坐公案，拿起毛筆在北京來的鹿鍾麟投靠電報上批了四個大字「全體繳械」。這一下可讓吳的部下倒抽了一口冷氣，大為失望，他們平素對吳的任何決定都無條件的信從，然而今天對吳的決定卻大為不滿。因為叫國民軍全體自動繳械根本是不可能的，困獸猶鬥，逼上梁山，這簡直是和自己作對。
吳不僅要國民軍全體繳械，並且親自草擬答覆鹿鍾麟等的電報，中有「恨不能食汝之肉，寢妝之皮」句。
吳總部的低級幕僚面面相覷，不能說話，只有二三高級幹部向吳要求，對於繳械問題予以考慮。吳岸然地說：「我用不著考慮了，他們可把槍械繳存在保定軍庫，我派齊撫萬（燮元）前往點收就行。他們既然來電說絕對服從我，我叫他們繳械他們就得遵令以示誠意。」
吳佩孚的不善運用權術，又一次得到了證明。他不乘奉張之危而逼垮奉張，現在也不願揀便宜利用馮軍。如果他收容了馮軍，令他們去打奉軍，自己隔山觀虎鬥，待他們兩敗俱傷，然後一舉而消滅這兩支軍隊，北洋天下豈不是吳佩孚的。他不願這麼做，寧願逼馮軍上梁山。
本來吳的威嚴是不可侵犯的，其左右只可唯唯諾諾，然而對於納降問題，茲事體大，禍福攸關，所以他的左右一再苦諫，幾至聲淚俱下，吳才稍稍改變，塗去「全體自動繳械」字樣，改為「除酌留張之江一師聽候改編外，其餘一概繳械」。這一改等於不改，大家覺得這樣辦法還是逼馮軍為敵。吳的倔強自矜，在人格上不肯欺世取巧，可是在政治上則太不能隨機應變。
吳認為：第一赤禍不可不防（由於馮赴蘇俄更足證明馮投靠外國），政綱不可不振，這不是區區恩怨問題而是是非問題。第二已經和奉張聯合討馮，自不能今天聯甲倒乙，明天聯乙倒甲，這種翻復，姓吳的是決不幹的。
張之江有電來，派門致中為代表，願竭誠擁護，聽候改編調遣，吳命秘書電復：
「除執事與瑞伯（鹿鍾麟）下野交出部隊外，別無善策。蓋執事非如此不能表示反赤之決心，鄙人非如此不能取信於群帥。一俟群疑盡釋，自當借重長才。」
鹿種麟的孤注一擲完全沒有成功，因為段逃入東交民巷，釋曹後又未發生預期聯吳的效果，其他國民軍巨頭張之江、李鳴鐘、宋哲元等亦不贊成鹿的這著險棋。鹿曾派人赴天津請張紹曾入京，張雖熱中政治，亦裹足不來。
北京執政府要員大多數逃入東交民巷，但還有外交總長胡維德（原任顏惠慶於3月25日辭職）、財政總長賀德霖、司法總長盧信、教育總長胡仁源未入東交民巷，政變當晚四位閣員開會，推胡維德往謁王士珍，請暫任維持，王予拒絕。又推賀德霖往訪座鐘麟徵求意見。11日又在胡維德寓開會，一派主張維持現狀，一派主張辭職，可是現狀既不存在，請辭的辭呈又無處投遞，談不出一個要領。12日下午再開會，內務、陸軍、海軍、交通、農商五部次長亦均列席，經議決正式政府未成立之前，暫維現狀。
段祺瑞在東交民巷亦部署一切，密令駐通州的國民軍第九師唐之道放棄通州撤返北京。唐之道這一師原是段的內弟吳光新的部隊，段早已和這支部隊暗通聲氣。唐之道接受了段的命令，率軍回師北京，對鹿鍾麟來說，這是一個突變。
讓鹿鍾麟決定退出北京的，還是吳佩孚的繳械復電，吳既然不接受國民軍謀和的要求，留在北京等於是困獸在籠子中。
天下事的微妙即在於此，鹿鍾麟欲驅逐段祺瑞，想不到卻被段的伏兵所驅逐。
4月15日晚鹿鍾麟率領國民軍退出北京，撤退前要求退兵費200萬元，北京銀行公會勉強湊齊。
唐之道軍隊奉段令入城，即駐守警衛總司令部，段祺瑞也於當天從東交民巷返吉兆胡同，並發表通電云：
「民國成立十有五年，紛亂相仍，迄無寧日。本執政蒞事以來，振導和平，不圖德不足以感人，才未足以弭變。……本月九日之亂，關係國家紀綱，軍人職責者至鉅。曩臨時政府開始，曾規定應辦事項，此後是否按程繼進，本執政聽諸公論，當此亂極思治，不無貞下起元，共速擬妥善後，俾國政不致中斷，僉謀朝同，初服夕具。本執政從容修省，得為海煙逸民，休養餘年，所欣慕焉。」
段的通電主旨，在表示雖復職而依然願意下野。
才恢復自由幾天的曹錕，在15日傍晚即赴東交民巷格蘭頓旅館。
賈德耀於同日通電，恢復辦公。當天閣議決定齊燮元、張志潭、張英華、吳景濂，劉永謙等免予通緝。免除鹿鍾麟本兼各職。免除司法總長盧信職，以王文豹次長代理部務。
段這次復職，是打算聯絡奉張以抗吳，所以派遣親信策士曾毓雋到天津，會同吳光新遊說奉系諸巨頭。可是奉方對曾毓雋和吳光新都很冷淡。
國民軍退出北京後，奉軍、直魯聯軍和吳軍都向北京疾進，奉軍進駐北京城東北郊，吳軍進駐北京西南郊，直魯聯軍進駐北京東南郊，奉系派參謀長李藻麟晉京，與吳軍會商防區劃分問題。
4月16日北京城內組成了京師臨時治安會，由王士珍、趙爾巽、熊希齡、顏惠慶、江瀚、孫寶琦、惲寶惠、王家襄、王寵惠、汪大燮、江朝宗、馮恕、周作民、張嘉-、高金釗、師景雲、吳炳湘領銜，於15日起在市公所辦事，辦事範圍包括（一）和平之呼籲，（二）民食之維持，（三）閭閻之治安，（四）外僑之保護。
17日國務總理賈德耀向段祺瑞投了辭呈，文云：
「呈為弭變無方，引咎自劾，請予罷斥事。竊德耀猥以庸才，謬承知遇。投艱遺大，本屬難勝。月餘以來，備深兢惕。不圖事變紛乘，贊襄無策，上驚鈞駕，使中樞政務同時停頓。揆諸持危扶顛之義，既虧職責，彌疚神明。此時若再辱高位，不特難資表率，尤恐貽誤國家。惟有具呈仰乞鈞座俯予即日罷斥，另簡賢能，以重樞寄。不勝悚惶待命之至。謹呈。」
附呈段手折：
「竊以四月九日變起非常，前警衛總司令鹿鍾麟，稱兵犯上，罪不容辭。現雖免其本兼各職，率師退去，紀綱具在，自應按法以繩。惟一年以來，京師治安，鹿鍾麟始終維持，不無功勞足錄。我執政豁達大度，靡所不容，擬懇寬其既往，免予深咎。是否有當？出自逾格鴻慈，無任惶恐待命之至。謹呈臨時執政！」
4月17日賈德耀致馮玉祥電云：
「十萬火急，庫倫探投馮上將軍煥章弟賜鑒：自審輇材，難勝鉅任，受命危難，實秉尊旨。月餘以來，險阻備嘗，勉力支持，萬不獲已。所以然者，執政知遇之雅，吾弟督責之殷。苟利國家，寧惜頂踵。不意四月九日變起非常，事前既無所聞，臨時又無法補救。虎兕出柙，龜玉毀櫝，焉用彼相，良用咎心。我公平日主張，所以擁護執政者甚至。德耀之敢於任事，亦即在此。喋血都門，倒戈內向。此等舉動，明知決非尊旨，是以不敢隨聲附和，更背初衷，此中委曲，當荷鑒諒。今西北各軍全師以去，奉直軍隊亦未入京，以後政治應如何改善之處，自應聽之全國賢豪。惟德耀個人經此變故，外慚清議，內疚神明，已呈懇執政准予辭職。特將經過情形奉達左右。貴軍雖退南口，實力甚充，此次樹敵太多，各方應戰，以平日訓練之精，故能支持如是之久，紀律功績，有口皆譽。此後分駐西北，正可廣辟利源，精煉勁旅，撫此大地，永備於城。一時政治之得失，本不足計較也。素承推置，敢布腹心，佇候明教，無任企禱。兄賈德耀叩。」
段祺瑞復出後，能不能存在端在討馮諸軍對段的態度，因此，段於4月17日分電張作霖、吳佩孚、閻錫山、孫傳芳等，電云：
「祺瑞自前歲出膺艱鉅，原冀內維國本，外應潮流。民國前途，期於鞏固。乃一年以來，事與願違，心力具瘁。能忍辱而不能負重，欲撒手而無以卸肩。進既招尤，退亦懼禍。回心九轉，如墜深淵。自九日事變發生，綱紀凌夷，肝腸尤裂。德薄至此，更復何言。弟等均系患難至交，論公為國家干城，論私為祺瑞手足。紀綱應如何整飭？大局應如何奠定？公忠體國，不乏嘉猷。詢謀僉同，必能善後。祺瑞以遲暮之年，既無希冀，復無成見，區區此心，諒獲鑒察。祺瑞筱。」
這通電報段希望能得各方復電，俾有商量餘地，19日張作霖有復電云：
「段芝老鈞鑒：筱電敬悉。法律政治問題，自有海內名流公同討論，霖本軍人，早經宣言不問政局。敬復。」
張作霖這通復電既不稱執政，又顧左右而言它，對段是一個很重的打擊，然而更重的則是吳佩孚方面。吳根本對段的筱電不作答覆，但卻有巧電給唐之道和他的所屬的三個旅長，要拿辦安福黨人，監視段祺瑞，同時以王懷慶為京師警備總司令，吳電全文如下：
「北京唐之道師長、王、李、武三旅長鑒：……頃據路透社電，段氏又因馮賊遠去，恢復執政。又據探報，借尊銜通電擁段者，系曾毓雋所為各等語。該安福黨禍國至此，尚敢橫行都下，望從速將安福黨人拘捕，並監視段氏，以便依法控其賣國諸罪。至於京師治安，已電王懋帥從速入京維持。所有保護京城軍隊，除調毅軍張愷臣旅就近聽調外，所有貴部統歸懋帥指揮調遣。應即以王懋帥為京師警備總司令，請即速電迎懋帥入京為要。除電雨帥、懋帥、撫帥及張、李、靳、王、田各司令外，特達。吳佩孚。巧。」
19日下午5時，段祺瑞在私邸召開會議，根據各方情況，已無法戀棧，遂決心下野。6時段攜眷偕安福系要員赴東交民巷暫駐。曾毓雋、吳光新、梁鴻志於19晚自天津赴北京迎段，段乃於20日下午1時半偕眷及吳光新、姚震、姚國楨、曾毓雋、梁鴻志、龔心湛、許世英、段宏綱、張樹元、章士釗、曲同豐等乘專車赴津，段在行前發佈三道命令：
（一）國務總理兼陸軍總長賈德耀呈請辭職照準。
（二）特任胡維德署國務總理。
（三）本執政茲已決定引退，自即日起著由國務院攝行臨時執政權，此令。
同時發出下野通電云：
「祺瑞忝居執政，一載有餘，時局愈紛，心力交瘁。自經本月九日之變，內疚尤深。茲決定引退，已於本日下令將政權交付內閣暫維現狀。謹布悃忱，諸維公鑒。」
張作霖在國民軍宣佈投靠吳佩孚的時候，捏了一把汗，他自郭松齡之變後，元氣已傷，擔心吳佩孚真的和馮軍聯合討奉。可是吳態度光明磊落，對馮軍不假辭色，因此使奉張印象更深。他有急電給吳云：「鹿等施其挑撥伎倆，我輩一切舉動無不光明磊落。」
吳佩孚既然拒絕國民軍投降，國民軍唯有自謀出路了。當時的情況，北京是守不住的，只有撤出北京城，重新作一番部署，其部署是：張之江在張家口統籌全局，鹿鍾麟在懷來指揮南口的保衛戰，宋哲元、孫連仲在多倫以抵擋奉軍吳俊升、湯玉麟的騎兵，徐永昌、韓復渠，石友三則在平地泉、豐鎮一帶防山西閻錫山襲擾國民軍後路。國民軍後方的安全地帶是甘肅，由劉郁芬率孫良誠、張維金入甘。派李鳴鐘和劉驥繞道赴廣東連繫國民黨。
南口是京北重鎮，有居庸關和八達嶺等天險，萬里長城也經過這兒。早在15年3月間，國民軍劉汝明的一師約15000多人就開到南口加強工事。守南口的決定，是劉汝明所部三十旅旅長王書箴建議。