當南北局勢變化時，湖南也顯著地不安。趙恆惕在湖南雖然力求安定，可是外在的局勢時刻影響湖南，趙對譚延-雖很尊敬，可是譚的部下總是希望逐趙迎譚。
11年5月湖南省議會改選，親趙派政黨民心社和林支宇派政黨湘社共佔109席，親譚派政黨民康社僅佔50餘席，於是親譚派第六混成旅旅長陳嘉-在郴州通電不承認這次選舉，有召集舊省議會在郴州舉行非常會議的傳言，同時主張湘軍收復岳州，譚派軍人宋鶴庚、謝國光、吳劍學、蔡巨猶和中立派軍人魯滌平一致表示贊成。
趙恆惕在長沙召集軍事會議，請大家就這個問題表示意見，魯滌平竭力主張進攻岳州，鄒序彬發言反對，鄒本是魯的直屬旅長，竟公然和魯唱反調，魯大感失去威信，乃忿而辭職，宋鶴更、謝國光、吳劍學、蔡巨猶等為之抱不平。
趙提出一個折中的意見，因岳州在直軍手中，如果貿然進攻，怕給直軍借口，乘機進攻湖南，這時直奉戰爭還看不出誰勝誰敗，更不該輕易樹敵。所以提議約請川軍同時出兵，以免湘軍單獨作戰。趙為了讓魯滌平平氣，所以把鄒序彬調職。迨川軍復電願意和湘軍採取一致行動時，直奉戰爭已經結束，直系已大勝，因此收復岳州問題就孕死腹中了。
湘軍醞釀收復岳州，如果吳佩孚堅決拒絕，就有可能把湖南逼上梁山，一面倒向南方。所以吳向趙提出以湖南贊成統一為交還岳州的條件，不過直軍退出岳州後湘軍亦不得進駐，岳州由警察維持秩序。7月1日趙恆惕通電贊成統一，但仍主張採行聯邦制，並聲明湖南仍為自治省區。7月27日岳州直軍撤往河南，吳一再電催湖南取消自治，趙決定提前省長的選舉以避免北京政府的任命。
當北伐軍未改道前，趙發現有人醞釀迎譚回湘奪取政權，因此他便函譚，請譚回湘主政，自己願意下台。後來北伐軍改道江西，譚也派人向趙解釋誤會，表示決不會回湘。
這時候，南北局勢都有利於趙，北伐軍回粵靖難失敗後，滇軍朱培德、贛軍李明揚部均開入湘境，朱、李等均表示不過問湘事。趙且歡迎李烈鈞到長沙養病。
11年9月10日，趙以多數票當選湖南省長。
四川方面在這一個期間也有很多變化。川軍第一軍軍長但懋辛屬於熊克武派，第二軍軍長劉湘（後由第九師師長楊森升任）自成一派，第三軍軍長劉成勳是中立派。直奉戰爭時，湘軍約同川軍出師武漢，四川各軍代表在重慶開會決定請劉湘帶兵進攻湖北，熊克武帶兵進攻陝西，而以楊森代理總司令，劉成勳代理省長。只因直奉戰爭結束得很快，所以川軍出師計劃沒有實現，而川軍內部這時卻發生了內訌。
但懋辛的第一軍，和劉成勳的第三軍聯合劉存厚的舊屬鄧錫侯、田頌堯、賴心輝、劉斌等組織「同盟軍」對抗實力強大的第二軍。
劉湘於11年5月24日通電辭去四川總司令兼省長，把軍民政務交由王陵基和向楚成代拆代行。
7月初，第一軍但懋辛部隊和第二軍楊森的部隊在合州、忠州、墊江、萬縣一帶發生接觸，楊軍兵多械精，但軍不能抵擋，退守梁山，再退綏定，即向成都方面的劉成勳靠攏。7月10日一、三兩軍在成都召開軍事會議，共同推舉劉成勳為四川總司令兼省長，分派鄧錫侯、賴心輝、田頌堯、劉斌等往攻重慶、瀘州各地。
二軍遭遇一、三兩軍的聯合對抗，亦積極部署，推舉在酆都休養的劉湘為靖衛軍總司令。可是這時劉湘卻以調人姿態勸告一、二兩軍停戰息爭。二軍接連佔領了墊江、大竹等縣，並向一軍軍部的駐在地綏定進攻。
7月11日第三軍將領及鄧、田、賴、劉等聯名通電痛斥楊森，並分兵兩路援助一軍，東路賴心輝（也是劉存厚舊部）為總指揮集中資州，北路鄧錫侯為總指揮集中遂寧。由於二軍主力在忠州、墊江、梁山、大竹一帶與一軍作戰，因此鄧、賴兩軍得以乘虛由資州、內江進攻滬州，一軍也由綏定乘勢反攻。16日楊森通電願意停戰議和，退回重慶，8月7日三軍佔領重慶，二軍向川鄂邊境退卻。
一、三兩軍聯合戰勝了二軍後，楊森所部敗退到利川、建始一帶。楊早就和吳佩孚有聯繫，川戰發生時，吳曾令盧金山率北軍第十八師開進夔州，吳新田率北軍第七師由陝入川援楊，由於二軍敗得太快，第七師尚未開動，而駐防宜昌的長江上游總司令孫傳芳（這時孫尚未取得福建地盤）並不積極奉行吳佩孚的武力援川政策，所以在8月26日一軍佔領夔州後，川、鄂兩省維持了一個短暫的休戰時候。
劉成勳、但懋辛、鄧錫侯等擊敗楊森後，便組織了一個省憲會議籌備會。
吳佩孚和楊森有密切的關係，他當然不滿意楊森被排逐。當楊森兵敗退入川鄂邊境後，吳佩孚曾給以中央軍第十六師師長名義，助楊收集殘部，養精蓄銳，待機反攻。
四川內部，第一、第三兩軍聯合劉存厚打敗楊森後，接著又有第三師師長鄧錫侯、第十師師長劉斌、第廿一師師長田頌堯、第廿二師師長唐廷牧、第一混成旅旅長劉文輝、川邊鎮守使陳遐齡、第七師師長陳國棟、屯植司令胡遠耀組織八人同盟對抗第三軍軍長劉成勳。第七師屬於第三軍，陳國棟企圖將第三軍直屬第四混成旅何金鰲部併入第七師，因此與何旅在大足發生了衝突。何旅敗退到樂聖，劉成勳即將陳國棟免職而自兼第七師長。12年2月7日鄧錫侯偽裝調解第三軍爭端，帶兵離開重慶，其目的當然不是為了援助陳國棟，而是想聯合同盟者掃除一、三兩軍勢力，首先掃除川西劉成勳和川南賴心輝的勢力，以達到取得四川總司令的地位。
在鄧錫侯的策動下，第廿一師進駐安岳，第廿二師進駐犍為，第一混成旅向瀘州前進，川北邊防軍總司令賴心輝被迫退往自流井、合江。鄧錫侯還聯合川北劉存厚和在川鄂邊境的楊森為外援。第三師離開重慶後，第一軍第六師余際唐部於2月8日開到重慶。此時第一軍主力在川北潼川一帶，軍長但懋辛已改稱東防督辦，也於2月13日移駐重慶。
四川的內訌，正符合了吳佩孚的願望，為他奪取四川創造了有利的條件。他積極支持楊森回川，同時還佈置了兩路攻川的計劃，一路派北軍第七師師長吳新田由陝南進兵川北，一路派北軍第八師師長王汝勤為援川軍總司令，第十八師師長盧金山為援川軍副司令，由鄂西進兵川東。2月15日楊森部由利川偷渡戴溪襲取萬縣，這支部隊和集中在忠州的第一軍發生了接觸，19日劉存厚部佔領綿州，21日盧金山部佔領巫山。
吳佩孚對北京的政治不太有興趣，可是他認為武力統一是重要的，如果各省的武力都削平，中央政權就不在話下了。他的武力統一野心，幾乎超過了他的前輩袁世凱和段祺瑞，所以他雖然在北京政治圈中受到了打擊，可是在洛陽卻埋首他自認是重要的工作——征閩、攻粵、入川、收湘同時並舉。
吳佩孚在中央政權上和曹錕是有極大距離的，但在武力統一方面則和曹的意見又是一致了。
川軍第三師師長鄧錫侯部西進後，和陳國棟部在永川會師，進攻隆昌，與第三軍第七混成旅旅長藍世鈺部激戰，劉成勳即下令罷免鄧錫侯的第三師師長，並責成賴心輝等回師加以討伐。鄧、陳兩部曾以破竹之勢佔領江津、永川、榮昌、隆昌、銅梁、大足、合川、璧山、內江、資州、簡陽。成都大為震動，劉成勳被迫派員向鄧講和。2月22日賴心輝部回師攻克簡陽，24日進兵解成都之圍，鄧、陳兩部退往新都、廣漢。於是形勢又為之一變。27日省軍繼續向北進攻，鄧、陳兩部退往田頌堯、劉斌的防區德陽、綿陽一帶。這兩個同盟者開始也是偽裝調解，阻止省軍前進，隨後即加入了戰鬥，公推鄧錫侯為聯軍總指揮，與省軍在川北展開了拉鋸戰，劉存厚、唐廷牧也都加入了聯軍。
3月下旬，聯軍反攻，佔領綿陽、羅江、德陽。劉成勳願意讓出成都，4月4日聯軍另一同盟者劉文輝也是偽裝中立，以成都衛戌司令名義先行帶兵進省，5日聯軍佔領成都。
川東方面，3月8日楊森部佔領萬縣，與第一軍相持於梁山、忠州一帶。由於第一軍發生內訌，引起重慶大火，聲勢大為削弱。3月下旬楊森部佔領梁山、長壽，4月6日佔領重慶，第一軍向川西退卻。
這次四川內戰，開始的時候是以鄧錫侯為首的八人同盟，利用第三軍發生內部糾紛的機會，以調解為名進攻成都。戰事發動後，川北方而劉存厚乘虛而入，川東方面楊森聯合北軍大舉反攻，因此戰爭的規模愈大，而形勢也愈為複雜。劉成勳下台後，劉存厚由廣元到了綿陽，自稱四川督軍。楊森部一路尾追第一軍先後佔領合川、銅梁、永川、瀘州。楊森的目的也是四川督軍。
然而想做督軍寶座的，不只劉成勳、劉存厚和楊森，鄧錫侯又何嘗不想，其他的軍人也一樣想。鄧錫侯看到形勢對自己不利，大為失望，因此與退往遂寧、潼南、安岳、簡陽的第一軍相約，互不侵犯，自己立於坐觀成敗，黃鶴樓上看翻船的地位。
這時，第一軍公推熊克武為靖國自治軍總司令，向楊森提出條件，只要北軍退出四川，四川內部問題可以和平解決。這個條件當然不是楊森所肯答應的。在這時期，唐繼堯已在貴州得勢，唐以大西南主義為旨志，對四川也不放鬆，所以唐和熊克武又聯合起來，協助第一軍抵抗楊森，並大舉反攻成都。
12年5月14日，第一軍攻佔成都，20日繼續佔領綿陽，劉存厚與鄧、田各軍向廣元退卻。從此川軍一、三兩軍聯合起來共同抵抗楊森，四川的內戰便無法結束了。
川湘兩省多事之秋，雲南已進入穩定局面。唐繼堯改任各軍軍長為鎮守使，廢除軍師制，以團為單位直屬總部，共有兵力20團。7月27日唐又取消靖國軍總司令名義，以雲南省長主持一省軍民兩政。貴州也隨雲南之後，袁祖銘取消了定黔軍總指揮名義，改稱貴州省長。
廣西局勢比較混亂。從貴州撤出的盧燾，在慶遠和谷正倫會師後，自稱黔桂討賊聯軍總司令。廣西境內的滇軍共有兩起，一起是由雲南繞道責州進入廣西慶遠，長安的顧品珍殘部；一起是由廣東北江繞道湖南進入桂林的中央直轄滇軍，由朱培德統率。除了黔軍、滇軍而外，桂軍也有三起，一起是以林俊廷為首的「廣西自治軍」，其根據地在南寧，經常在桂北、柳州一帶與滇、黔軍發生拉鋸戰；一起是劉震寰所統率的中央直轄桂軍，駐防梧州；一起是由江西繞道湖南，驅逐滇軍，佔領桂林的沈鴻英部。
在桂的滇軍兩支有意聯合起來回師雲南驅逐唐繼堯，但是因為桂北混亂不停，而他們內部意見也不一致，因此這個計劃無法實現。
11年9月10日林俊廷迎接陸榮廷回到南寧。北京政府抓著這個機會任命陸榮廷為廣西邊防督辦，沈鴻英為了取得桂林鎮守使，曾企圖把桂軍林俊廷部、陸榮廷部和沈部結合起來，同時外面獲得唐繼堯、袁祖銘的協助，將廣西境內的滇黔軍勢力完全消滅，然後把廣西完整地投入北京政府勢力範圍內，可是這個計劃由於陸榮廷看不起沈鴻英，兩人不能合作而落空。
廣東方面，9月16日陳炯明復任粵軍總司令。
當時西南六省，除貴州的袁祖銘、廣西的林俊廷和吳佩孚早有勾結外，廣東的陳炯明也和吳有密約。至於湖南的趙恆惕、雲南的唐繼堯、四川的劉湘（後來的劉成勳）對於北方恢復法統，黎元洪復職事都不反對。不過西南還是主張聯省自治，制定省憲，如果北京政府同意，則西南各省才願意服從。
四川內戰時，唐繼堯發動進侵貴州，在此以前，貴州督軍劉顯世為袁祖銘所逐，不讓劉再握政權，因此他就到昆明去求助於老同學、老同事（護國時）唐繼堯，而唐這時在雲南地位也日趨穩定，他一向視川、滇、黔為一家，所謂大西南主義。他對於袁祖銘趕走了劉顯世，極不同情，因此決心援劉復職，組織了滇黔聯軍，自任總司令，請劉顯世擔任副司令，派他的兄弟唐繼虞以「東南巡宣使」名義，率領張汝驥、吳學顯等部攻佔黔境的盤縣、普安、鎮寧等縣。
袁祖銘在貴陽聽說唐繼堯派了大軍壓境，顯然是唐繼堯用軍隊支持劉顯世回到貴州，因此一面派兵堵防，一面用電報質問劉顯世，為什麼要無故勾引滇軍侵犯貴州？劉回答說：滇軍是假道貴州前往廣西，「宣撫」在外的滇軍，並沒有侵犯貴州的打算，請不必在意。
劉的電報雖然避重就輕，可是事實仍是事實，黔軍王天培、彭漢章等部都和滇軍發生了戰爭，袁祖銘又電劉顯世質問滇軍為什麼要侵犯貴州？這一次劉顯世沒有回答，而是由唐繼虞回答，他說：
「我軍假道赴桂，適值副帥劉公（指劉顯世）由滇返里，一部黔軍突出拒抗，副帥令本軍就便協助，不得不敬聽指揮。」
袁祖銘知道滇軍的企圖是假道滅虢，是項莊舞劍志在沛公，可是他卻不願意和滇軍正式衝突，以避免滇軍大舉入黔，因此乃虛偽地向劉顯世提出條件，請劉負責交涉，只要滇軍退出黔境，自己願意推位相讓。這是一張空頭支票，劉顯世不會相信，滇軍更不會答應。3月12日滇軍攻入貴陽，劉顯世出任貴州省長，袁祖銘率軍由湘西的鳳凰退入鄂西的施南。
袁祖銘也像楊森一樣，和吳佩孚拉上了關係，吳叫袁先到四川去與楊森匯合，待機回黔。
劉顯世雖然重新掌握了貴州政權，可是唐繼虞卻以滇黔聯軍前敵總指揮名義駐兵貴陽，成為責州的實際統治者。