齊、盧之戰於民國12年9月3日爆發。
3日晨10時許，兩軍前哨相遇於黃渡安亭間，各放排槍，正式接觸。浙軍為楊化昭部約一營，蘇軍為宮邦鐸部約一營一連。雙方部署情形如下：
（一）蘇軍方面，共分五路。第一、二、三路總司令為齊燮元。第四路司令為孫傳芳。其攻守計劃如下：
第一路——上海取攻勢，由宮邦鐸馬玉仁等任之。其進取方略，又分三路：（一）中路由昆山安亭，直趨黃渡南翔，沿滬寧線而達滬。（二）左路由瀏河太倉以拊吳淞之背，而以海軍攻其腹。（三）右路由安亭分兵攻朱家角青浦，橫趨松江，以斷浙滬連絡。
第二路——宜興取守勢，由陳調元等任之。亦分張渚、蜀山、烏溪三路防守，而以中路蜀山為尤重要。
第三路——廣德取攻勢，由皖省旅長王普等任之，擬由泗安直趨吳興，北斷長興歸路，南達杭州。
第四路——仙霞關取攻勢，由閩省孫傳芳軍及贛軍之一師任之，以拊浙省之背。
（二）浙軍方面共分三路，總司令一職盧永祥氏自任之。
其攻守計劃如下：
第一路——上海取守勢，司令為何豐林，朱廣聲、臧致平、楊化昭等軍屬之。防線甚長，凡黃渡、南翔、劉河、青浦嘉定等處，均在範圍之內。
第二路——長興取攻勢，司令為陳樂山，第四師第十師各有一大部分加入，擬用全力攻宜興、常州，以斷蘇省鐵路，直趨南京。其駐守湖州王賓之一旅，則命開赴泗安，以拒廣德方面之皖軍。
第三路——江山取守勢，司令為潘國綱，浙江省軍第一師及少數之第二師軍隊屬之。
當時兩方最初佈防兵力如下：
（一）蘇方：第一路上海（昆山青陽港一帶）約一師三旅，第二路宜興約二旅，第三路廣德約一旅兩營，第四路仙霞嶺約一師三旅。
（二）浙方：第一路上海（南翔瀏河吳淞龍華一帶）約一師一旅，第二路長興（連吳興）約二師，第三路江山約一師二營。
盧永祥在開戰之初，頗佔勝利，9月中旬孫傳芳佔領衢州，盧永祥後方受到威脅，又懷疑自己內部軍隊不穩，就於18日率部離杭，堅守浙滬，10月初旬戰況不利，12日乃通電下野，電云：
「全國父老公鑒：此次江浙用兵，齊為戎首，干犯眾怒，曹實罪魁，義憤所激，遂動天下之兵，交綏以來，永祥迭經宣言，願國人負共同改造責任，良以此事成敗利鈍，非個人得失所關，實人禽消長是判。本最大決心，期以公理戰勝，所幸將士用命，輿論贊助，鏖戰匝月，彼不得逞。現在敵方因我軍正面防線不能越雷池一步，乃竭數省援兵，會攻松江一隅，彼眾我寡，竟迫淞滬，現雖士氣奮發如故，而子彈已罄，肉搏相持，徒令師徒犧牲，心實不安。爰毅然放棄淞滬，潔身下野。伏念討賊戡亂，匹夫與有責任。救國未敢後人，功成不必自我。茲於本日解除兵柄，對國民引咎自劾，兵士均已付託有人，必能敬守秩序，以完天職。自慚棉薄，未竟全功，殊深內疚。倘有同志友軍，國中義士繼起奮鬥，俾國賊迅膺懲創，大局早慶澄清，則永祥退作平民，與有光寵矣，臨電悚惶，伏希亮察。盧永祥文。」
同日孫傳芳亦發出通電，宣告佔領龍華，電云：
「謹布者，頃據上海憲兵司令馬葆珩派馮副官來稱，敵被我軍攻擊，節節潰退，已不成軍，盧何等見大勢已去，於本日通電解除職務，乘船逃走，上海製造局暫由該司令維持等語。傳芳一面指定地點收容潰兵，一面飭所部停止軍事行動，傳芳擬即日率帶衛隊進駐龍華，暫維治安，以俟齊巡閱使蒞止，特此電布。孫傳芳。」
盧永祥倉皇棄軍出走，在形勢上還不到此地步，當時戰局雖不利，可是除了松江、青浦、嘉定被齊孫一方佔領外，黃渡、南翔、瀏河、吳淞尚在盧何一方，其部隊尚完整者，包括第四師、第十師、第六混成旅及臧致平、楊化昭之軍隊，合計不下3萬餘人，大都軍械齊備，子彈軍實猶有餘儲。盧、何出走後，這些軍隊群龍無首，紛紛退至閘北南市一帶和人民雜處。
上海租界方面耽心潰兵湧入租界，乃在交界處遍佈鹿角，網以鐵蒺藜，各國海軍陸戰隊和萬國義勇團亦出動巡邏，華界民居，十室九空。
齊、盧戰爭時，皖系巨頭徐樹錚正在上海，由於盧永祥等對小徐並不尊重，因此他只好做壁上觀，迨盧永祥通電下野，盧部下尚有可戰之兵3萬負隅上海，安福系的人對盧、何出走深致不滿，小徐前在福建時與臧致平、楊化昭舊部略有淵源，因授意這些軍隊擁徐樹錚出而維持，以租界為城社，抗拒蘇軍，以待變化。
為了擁徐出山，浙軍中級幹部召開了一次秘密會議，陳樂山、楊化昭均列席，小徐於是乘機而起。他下令將卅七團和卅九團及閩軍臧、楊部下由北火車站開至麥根路潭子灣一帶佈防，共設三道防線：第一道距真茹約三里許，第二道距閘北約三里許，第三道在閘北。
可是由於徐樹錚是住在公共租界的南洋路，公共租界工部局出面表示為了維持租界的治安，所以派了若干巡捕把小徐從10月15日起軟禁在家中，和外界完全隔絕，並於20日將小徐遞解離滬。
民國13年10月17日閩浙巡閱使孫傳芳和蘇軍第一師師長白寶山先後抵達上海，會同蘇皖贛巡閱使齊燮元的代表與浙滬聯軍磋商改編和遣散條件，戰敗一方由代理第十師師長朱聲廣出而接洽，先自行召開軍官緊急會議，大家認為盧永祥等已棄軍出走，徐樹錚又被扣留租界，群龍無首，再戰無力，決致函齊燮元和孫傳芳，要求改編敗軍，軍隊中不願改編者，每兵給餉20元，軍官按級加給。這封信交由齊燮元的駐滬代表轉致。
齊燮元復函表示，願受改編的在原防聽候點名改編，不願改編的，則給餉遣散，孫傳芳亦贊同齊的決定。10月19日敗軍集中至龍華、吳淞、江灣等處待命。
孫傳芳和齊燮元向敗軍發表訓詞云：
「國民戰爭無勝敗榮辱可言，況此次作戰官兵傷亡甚多，言念及此，不勝痛惜，想各官兵轉戰月餘，備經困苦，各該家屬定必懸念，本使等久歷戎行，深知此情，有願回家者，每兵給川資廿元，司務長卅元，排長四十元，連長五十元，其願改編者，即可收編，無兵之官則以原薪暫行候差。本使等對於各軍一視同仁，絕無歧視，幸勿觀望，其各凜遵。孫傳芳、齊燮元。」
孫傳芳的參謀處發佈結束戰事的通告如下：
「各報館均鑒：敬啟者，孫巡閱使旅滬以來，積極辦理善後諸事，並與齊巡閱使代表劉參謀長迭次會議，現已完全結束，各部隊已於本月十九日午後起分頭開拔，遄赴各地駐防，滬埠既無游騎無歸之兵，則地方治安及商業市政一切自可逐漸恢復原狀矣，知關廑注，特此奉聞。閩浙巡閱使署參謀處啟，十月十九日。」
齊燮元亦發佈結束戰爭的佈告云：
「照得盧何構亂，浙滬被兵，討逆興師，事非得已，兵連禍結，徒苦我民。今茲順逆分明，天人交應，大憝既去，彌念孑遺，本使於欣幸之餘，益覺-焉如搗，所有善後各事，業經特派專員前赴淞滬一帶分別籌議，剋日施行。本使日內即親蒞滬濱，躬修慰問，各該地方官吏紳耆，務當綏靖流亡，借副國家弔民伐罪之至意。為此佈告，俾眾周知，毋違此布。」
10月13日盧永祥和臧致平乘輪逃往日本。江浙戰爭時一月又十天而告結束。
盧永祥在北洋軍閥中也算一個重要角色，他在浙滬一帶也很有威望，現在只落得一名喪家之犬，逃至日本別館過流亡生涯。
北京政府早於9月3日下令免去盧永祥的浙江軍務督理，褫奪其官勳，明令齊燮元剿辦；9月20日任命孫傳芳兼督理浙江軍務，齊燮元兼淞滬護軍使。