早在民國5年李根源在陝西省長任內受陳樹藩的壓迫，被迫離開陝西後，輾轉到了上海，擺在他面前是兩條路，一條路去北京投奔段祺瑞，一條路到廣東參加護法政府。他不是北洋系，當然不會選擇北上。廣州引誘他，因為第一：他是政學系，廣州非常國會，政學系是多數派；第二在廣東有一支滇軍，如果他到了廣東，便有機會可以把滇軍抓在手中。
李根源字印泉，雲南騰越（今騰沖）人，日本士官畢業，一臉麻子，自稱李大麻子，是一位權術家，其呼風喚雨手段，在當時和徐樹錚不相上下。
據說他從上海經香港到廣州一段經過極為生動，他到廣州後，要對三個人下功夫，其一是孫中山，其二是岑春煊，其三是莫榮新。他先去見岑，岑是軍政府首席總裁，又是政學系領袖。李去見岑時，穿的是青衫馬褂，腳登雙絆鞋，一付老派模樣，見到岑即行跪拜大禮，口稱：「根源行能無似，遘難陝西，此番間關來粵，願效馳驅。」然後分析一番大勢，有平閩、攻湘、會師中原三策，把岑春煊說得喜笑顏開，從此李根源便成為岑的重要軍師了。接著他換了一套西裝去見孫中山，力陳自己參加同盟會，獻身革命種種，此次在陝西就是因為反對不革命的軍閥陳樹藩而遭受打擊，現在不辭萬難，來廣州追隨先生革命。孫對每一個同志都是信任的，對李根源自然也不例外。最後他穿了軍服去見廣東督軍莫榮新，談到粵境滇軍的統率權，認為雲南督軍唐繼堯遙遙指揮這支滇軍是不合理的，也不符現實需要，應該由榮師（指莫榮新）指揮才是。莫榮新聽了正中下懷，便對這位來自陝西的雲南人刮目相看，引為知己。
李根源在廣州分別接觸了軍政府三位總裁，都贏得了他們的好感，尤其是莫榮新，他是實力派，不久他就發表李根源為粵贛湘邊防督辦，節制北江的滇軍。
滇軍是在民國5年護國討袁時，由李烈鈞率領到廣東的，此後一直留在廣東。軍政府成立後，李烈鈞出任參謀部長，仍指揮滇軍。這支滇軍共有兩師，番號是第三師第四師。第三師師長是張開儒，第四師師長是方聲濤。滇軍的防區本來是劃在北江，軍政府成立後不久，第四師師長方聲濤率部移駐西江，北江便只有第三師一師。7年5月，張開儒因為傾向國民黨。被莫榮新免職，由唐繼堯電派鄭開文繼任師長。
滇軍的矛盾是有雙重領導，系統上歸雲南督軍指揮，而實質上則要受廣東督軍管轄。李烈鈞因為是國民黨，所以不受莫榮新的歡迎，因此李根源一番遊說，很容易便打動了莫榮新。
唐繼堯聽說李根源被桂系的廣東督軍委派為粵贛湘邊防督辦，大為擔心，唐知道李的手段，生怕這支滇軍被李掌握後變成李的政治資本。但他又無法反對或阻止，於是乃加派李根源為靖國聯軍第六軍軍長。靖國軍和護國軍不同，護國是討袁，靖國是護法。另方面唐暗暗通知駐紮北江的滇軍師長張開儒，要他小心應付李根源。
李根源到韶關接事，他集合滇軍訓話，在講台上他先自己左右開弓地打了自己兩個耳光，然後用誠摯並且懺悔的語調對滇軍官兵說：「根源對不起家鄉，對不起三迤父老和弟兄，這次在陝西失敗，我自己痛加檢討，深深覺得過去自己在做人做事上太差，對家鄉父老尤其對不起，現在我是以贖罪的心情到北江來，請各位安心工作，我不會隨意調動每一個官兵。」他的話使到每一個滇軍官兵都很感動，大家本來對於這位李大麻子有戒心，自經他一番話後，完全冰釋，認為他經過陝西一役，確已改變了。
其實李根源是一步一步要抓住滇軍，他的行動當然惹起李烈鈞的反感，二李在日本是同學，後來護國之役在雲南又是同袍，本是極要好的朋友，就為了爭奪這支滇軍，為之反目。
8年秋天，國民黨元老張繼到了昆明，張繼是支持李烈鈞的，因此便在唐繼堯面前放了一把火，張說：「由於李根源插手其間，駐粵滇軍變成桂系和李根源個人的政治資本。」這時唐繼堯的滇軍在四川和廣東都有，在四川正和川軍作戰，而四川戰場上的滇軍兵力不夠，駐川的滇軍軍長顧品珍對唐也不夠忠實，唐懷疑顧品珍和李根源之間有勾結，因此聯想到滇軍一出滇後，就難為控制，不如把駐粵滇軍調回雲南。
9年2月3日桂系下手了，廣東督軍莫榮新命令李根源把滇軍第三師師長鄭開文和靖國聯軍第六軍參謀長楊晉對調。這個調動的目的，是要把滇系直接委派的師長調離軍隊，而派一個和唐繼堯沒有關係的人物來接收兵權。這顯然是桂系想吞吃滇軍的第一步。
莫榮新調換滇軍師長，事先並沒有徵求唐繼堯的同意，使唐大為光火，即於2月8日、10日連下兩道命令：解除李根源的靖國聯軍第六軍軍長一職，改派李為雲南參加軍政府建設會議的代表。同時聲明，駐粵滇軍由雲南督軍直接指揮，並就近秉承李參謀部長烈鈞辦理。這是很妙的事，雲南督軍支持一位江西姓李的，對抗廣東督軍支持一位雲南姓李的。
滇桂兩系因為駐粵滇軍的統率權而分家。
在北江的滇軍。本來駐有兩師，就是第三師和第四師。由於第四師方聲濤部調往西江，改編為「援閩軍」，所以在北江的滇軍另成立一個新的第四師，由雲南人朱培德為師長，保持第四師原有的編制和番號。滇軍將領因為歷史關係，多願意服從江西籍的李烈鈞，而反對雲南籍的李根源。
當2月11日，楊晉接任第三師師長時，滇軍將領秘密協議，為了反對桂系吞吃滇軍，所以密謀扣留李根源，公開反對桂系。只因朱培德是李根源的學生（朱是雲南講武堂畢業，李根源當過雲南講武黨的會辦），所以故意鬆了一手，讓這位老師未被扣留而脫險逃回廣州。
2月13日，滇軍師長朱培德、旅長楊益謙、魯子材等通電反對莫榮新更調第三師長的命令。同時第三師原來的師長鄭開文及所屬旅長盛榮超、魯子材，第四師師長朱培德及所屬旅長張懷信、楊益謙等聯名通電，表示「願意遵照唐督軍命令辦理。」
李根源回廣州前，通電辭去靖國聯軍第六軍軍長，督辦粵贛湘邊防軍務等職務。
滇軍抗拒桂系命令後，使到廣州的軍政府內部極為震動，因為滇軍不僅作戰力強，同時也象徵雲南支持軍政府，如今公開反目，對軍政府來說，是很嚴重的事。尤其是桂系認為這個釘子碰得太大了，嚴重地影響了他們在廣東的統治地位。
2月14日，莫榮新下令慰留李根源，同時以新任第三師師長楊晉和第五旅旅長盛榮超，第七旅旅長張懷信，第廿旅旅長楊益謙的聯名通電反對李根源解除職務，事實上這個電報是桂系強拉滇軍將領列名以壯聲勢的，例如楊益謙就不是支持李根源的。
莫榮新認為支持李根源就是加強桂系的地位，現在李根源竟被滇軍迫走，非用實際力量支持他不可，所以便調兵遣將。從2月14日到16日，桂系的軍隊源源北上，準備對滇軍採取強力威脅姿態。
16日莫榮新發出通電：「所有滇軍駐粵北江的兩師部隊，仍應由李督辦根源節制指揮。」同時正式表示：「駐粵滇軍軍餉軍械都是廣東供給的，因此這支軍隊一向由本督軍管轄節制，今後亦仍照舊。」
21日李根源通電復職。23日莫榮新竟以廣東督軍兼軍政府陸軍部長的雙重身份，下令撤銷駐粵滇軍第三第四兩師番號，改編為邊防陸軍三個旅及三個獨立團。這個做法簡直是和雲南翻臉。
2月24日一肚子冤氣的李烈鈞，在軍政府內找到了岑春煊，李質問岑：「桂系要吞吃駐粵滇軍，軍政府為什麼要同意？莫榮新的命令明明無理，為什麼要由軍政府同意發佈？」岑春煊支支吾吾以對，李烈鈞為之十分不滿，乃托詞巡視北江防務，離開了廣州，準備在北江集合滇軍反抗改編。
同一天，李根源在桂系支持下也由廣州回到韶關，勸告滇軍接受改編。
26日，唐繼堯電請李烈鈞責成滇軍第三師官兵拘捕新任師長楊晉就地正法。
滇軍分裂了，一部分留在韶關的，是服從李根源命令的，大部分由韶關向始興集中，則是接受李烈鈞號召，準備以武力抵抗桂系的改編命令。這一來，廣州局勢十分緊張，桂系宣佈了戒嚴令，粵漢路火車停開。28日、29日桂軍沈鴻英部在新街、太平市一線佈置作戰任務，廣東地方派軍人魏邦平、李福林等部也在桂系強大壓力下出發佈防。
北江兩李之爭，使岑春煊為之寢寐難安，尤其是李烈鈞的出走，使他覺得問題嚴重，因此他派劉德裕為代表，沿途追趕李烈鈞，要劉德裕盡一切可能，勸李回廣州。26日李烈鈞行抵花縣平山鎮，準備向源潭出發，當天追趕前來的劉德裕也到了花縣，但兩人沒有連絡得上。3月4日李烈鈞通過重重難關行抵花縣麻墟才接到軍政府派專人調停的電報，李立刻表示願意接受調停。
3月上旬起，滇軍親李烈鈞派和親李根源派在韶關、始興之間曾小小開火。雲南省議會、雲南各團體以及雲南全體軍官都先後發出通電，聲討李根源，反對改編，且對莫榮新也表示不滿。而廣州方面則對李烈鈞予以指責，雙方在槍戰之後，發動了筆戰。
在岑春煊的調停下，莫榮新願意讓步，不取消滇軍名義，同時改派不願接受改編的楊益謙為駐粵靖國軍第一軍總司令，魯子材為副司令，移駐湖南邊境，軍餉仍由軍政府負責，但須接受軍政府陸軍部指揮。
3月25日北江戰火停歇。27日岑春煊親自到韶關迎接李烈鈞，李答應由始興到韶關和岑見面後一同回到廣州。31日岑在韶關聽說軍政府總裁之一的伍廷芳由廣州出走，大吃一驚，不及等待李烈鈞到韶關，便先返廣州了。
4月2日李烈鈞到了廣州，廣州已成桂系一家天下，國民黨的重要人物，包括國民黨籍的議員都已離開廣州，李頗懊悔自己不該再投火坑，而岑春煊承諾的滇軍發餉移防，也借口伍廷芳捲走關稅餘款而不兌現。4月13日改編為邊防軍第二旅旅長趙德裕（李根源的部下）借口追查逃兵，公然包圍參謀部，先放槍示威，然後搜查，參謀次長蔣尊簋因此忿而辭職。同一天警備隊隊長進入贛軍司令部搜查。這兩處都是李烈鈞常到的地方，因此李烈鈞感到處境極不安全，遂跑到海珠海軍部暫避，4月27日秘密逃到香港，5月13日由香港到上海。