民國7年秋天，段祺瑞所領導的督辦參戰（第一次世界大戰）事務處之下，成立了一個西北邊防籌備處，由徐樹錚任處長，作為把「參戰」改為「邊防」的一個準備。邊防籌備處成立後，剛巧遇上俄國革命，共產黨奪取政權，使外蒙古有心脫離俄國控制而傾向中國。
外蒙古的獨立，是帝俄策動外蒙的哲布尊丹巴於辛亥年陰曆十二月二十八日在庫倫登基，號稱「大蒙古國」，年號「共戴」。民國成立，一切正在草創，遂予帝俄以可乘之機。民國2年11月22日，中俄聯合聲明，中國正式承認外蒙古的自治權，並允許不派軍隊進駐外蒙古及安置文武官員，且不辦殖民。民國4年6月7日中、俄、蒙三方又共同簽定了一個「恰克圖協定」，重申中俄聲明文件中的一切條款。到了民國6年，由於俄國內亂，失掉了對外蒙古的控制，逐漸引起了日本的垂涎。8年春天，日本利用布裡雅特人謝米諾夫和蒙匪富升阿來策劃組成一個包括布裡雅特，內、外蒙古及呼倫貝爾的大蒙古國，在日本控制之下。主持這項工作的，是日本駐庫倫武官松井中佐。松井和布裡雅特人的會議及宴會照片後來被中國參謀本部得到。這時，外蒙古的許多王公鑒於獨立的失算，又怕日本乘機侵佔，所以醞釀重新歸屬中國。
外蒙的內向，給徐樹錚一個發揮野心的好機會。徐樹錚是一個極有政治野心的人。北京局勢的混亂，使他不能施展抱負，而他一舉一動又容易引起政治風波，加上段祺瑞的督辦參戰處已不見容於國人。剛好他擔任西北邊防籌備處處長，正遇上外蒙古內向問題，因此他便於8年4月17日提出了「西北籌邊辦法大綱」，6月10日經國務會議議決照辦，6月13日政府特任他為西北籌邊使，6月24日又命他兼任西北邊防軍總司令。
當時總統徐世昌非常贊成派徐樹錚籌邊，以調虎離山。因為他留在北京搞風搞雨極為不妥，倒不如請他向邊疆發展，少一個麻煩。
西北籌邊使的官制於7月18日公佈，其職權如下：
（一）政府因規劃西北邊務，並振興各項地方事業，特設西北籌邊使。
（二）西北籌邊使由大總統特任，籌劃西北各地方交通、墾牧、林礦、硝鹽、商業、教育、兵衛事宜，所有派駐該地各軍隊，統歸節制指揮。關於前項事宜，都護使應商承籌邊使籌助一切，其他長官佐理員，應並受節制。
（三）西北籌邊使辦理前條事宜，其有境地毗連，關涉奉天、黑龍江、甘肅、新疆各省，及其在熱河、察哈爾、綏遠各特別行政區域內者，應與各該省軍政最高長官及各都統妥商辦理。
（四）西北籌邊使施行第二條各項事宜，應與各盟旗盟長扎薩克妥商辦理。
（五）西北籌邊使設置公署，其地址由西北籌邊使選定呈報。
（六）西北籌邊使公署之編制，由西北籌邊使擬定呈報。
當西北籌邊使新命甫下時，北京派駐庫倫的都護使陳毅，正和蒙古王公交涉撤消自治的問題。陳毅字士可，湖北人，是晚清中興名將陳-的孫子。張勳復辟時被任為「郵傳部侍郎」，復辟失敗，逃出北京，在黃村車站被捕，當地駐軍剪去他的辮子，叫他具結，永不參加復辟才放他走。民國6年8月他被任命為都護使。
外蒙古的政制是王公管政，喇嘛管教，界限分明；迨自治後，活佛哲布尊丹巴為政教領袖，於是喇嘛專權，王公受排斥，只因喇嘛有俄人為靠山，可以為所欲為，迨俄國內亂，無力兼顧，王公乃發動撤銷自治，其目的不是在歸附中央，而是在恢復前清的舊制，藉以重掌政權。代表蒙古公王集團來和陳毅接洽的，是外蒙古自治政府中的外務總長車林多爾濟。
陳毅和車林從8年1月中旬商談撤銷自治問題，一直沒有具體的發展。到了8月4日，庫倫大會開會，王公喇嘛之爭益烈，王公們為了重掌政權，決心犧牲自治，故授權車林與陳毅具體磋商，雙方決定了兩項原則：（一）恢復前清舊制，五部直屬駐庫大員（以代替活佛）。（二）設置地方自治議會，由王公組織之（以排斥喇嘛）。以上的協商和條款，均系秘密進行，俄人及喇嘛毫不知情。
陳毅把交涉情形電告北京政府，國務院於8月21日提出閣議討論，當時對於條件內容並無任何意見，不過認為在程序上必需由外蒙王公先用全體名義呈請政府恢復原制，然後政府根據外蒙的請求再與磋商條件。國務院根據這個意見訓令給陳毅，陳卻沒有辦到，只是繼續和王公們磋商條件，同時敷衍政府說外蒙古希望先以非正式商妥協商各項條件，才能安心撤消自治。
陳和車林商妥的條件，於10月1日派秘書黃成-把條件草案送到北京，這就是外蒙善後條件六十三條，其中重要的事項如下：
一、中央政府無論何時何事，不能更改外蒙原有之分盟分旗制度。各盟旗沙畢，盟長、將軍、扎薩克，高卓特巴等原有之管轄治理權，永遠照舊。中央政府並不得施行殖民事項，將蒙旗土地改歸他人所有。
二、設駐札庫倫辦事大員一員，烏、科、唐、恰，可設參贊人員，幫辦參贊一員。正副人員，必須一蒙一漢，並且輪流更換（如第一任漢正蒙副，則第二任蒙正漢副），而漢員必須以文職為限。即在北京之蒙藏院，其正副總裁之一，亦必須以外蒙王公任之。
三、中央在外蒙駐軍，其計劃佈置及額數，由駐庫大員及幫辦大員會同商定。遇有緊急事項，增派軍隊，事定仍須撤回。
四、內地人民建築房屋，經營商工等業，以及開墾，種菜，伐木，割草，必須先取得該管扎薩克之許可。
五、開發礦產，興辦鐵道，電報，郵政，必須由駐庫大員及幫辦大員會商辦理。如必須借用外款，並必須先得外蒙地方議會通過，始得辦理。
陳毅和外蒙古王公們的交涉有個最大的阻礙，就是陳毅所選的對象根本沒有力量，外蒙古自治政府的一切，完全操縱在喇嘛手中，而外蒙古人民的偶像是哲布尊丹巴活佛，也就是自治政府的領袖，活佛只信賴喇嘛。現在陳毅和王公商量外蒙古撤消自治就是對抗喇嘛，王公們想借北京政府的力量來推翻喇嘛，喇嘛既然有勢力，當然不會輕易就範，所以成功的希望不會太大。
陳毅想透過王公去說服喇嘛，又透過喇嘛去說服活佛，可以說只是一廂情願；而王公們又不斷供給陳毅錯誤情報。8月19日陳毅給北京外交部電報說：「至喇嘛方面，王公既願，彼必無詞。且活佛亦久向中央，殊無可慮。」9月26日陳毅又有電報說：「喇嘛方面，經王公竭力疏通，亦全體通過，冊封一事……復經回稟活佛，亦奉允許。」可是這封電報發出後的第五天，10月1日，哲布尊丹巴活佛卻寫了一封致徐世昌總統的信，叫墨爾根堪布等五個喇嘛於10月9日帶到北京，信內略云：「今突由中國駐庫辦事大員陳毅，提出取消自治……並提出所擬60餘條前來……於是本外蒙大眾，鹹以單獨破壞協約……徘徊猶豫，本哲布尊丹巴呼圖克圖汗，亦多憂慮，實深不安。」這封信很明顯地看出活佛是不同意六十三條的。
哲布尊丹巴接著又於10月24日給徐世昌第二封信：
「大總統鈞鑒：頃據庫倫陳都護使聲稱，給予請求取消我外蒙自治公文，並編造蒙古以後遵行條件六十餘條，與各賽持私室傳觀會議等情。本處當以如果大總統知悉此事，宜暫候如何平定謝米諾夫所招之亂黨，並招集本蒙古各王公扎薩克會議，解決內患等情，函至大總統去後，今蒙古各扎薩克大致尚未到齊，間有來者，不但不願取消自治，希望仍舊存在，即庫倫所有眾蒙古喇嘛民人所屬人等一聞知此舉，亦議論沸騰。據此以觀，非惟本外蒙各官民等，咸稱仍舊保存舊制，難於迫其遵從。即取消自治之舉，亦非出自我蒙賽特等之本意，只系陳都護使授意，借邊患未平宜取消自治等詞，迫令出此。
本呼圖克圖汗至再思維，我外蒙不惑謝黨諂言，一意恪守三方協約，保持自治。今復違反協約，請求取消自治，實多不合之處。而庫倫陳都護使對於此案，異心不息，反根據與各賽特私議事件，不體眾議，再三勒迫，近日益甚，由應在買賣城駐紮之防兵內，撥出支隊，分駐逼邇庫倫學經及喇嘛等地點，擅占外國商人房院。似此種種滋事情形，委實有拂眾議，鄙心殊抱不安。深信前此我大總統密諭親王朝克圖爾巴達爾胡之仁諭，為此列舉情形，密請鑒核。特派薩密迪巴克什諾門罕北勒崗禪呼圖克圖達木唐巴札爾，前去與我大總統獻帛請安。懇將在我邊地內人地不宜之陳都護使立予調任，自治官府仍舊存留有效。若是，則黃教益形尊重，逐漸擴張，永昭仁慈。中華大國與外蒙古之睦誼，益覺敦重無極矣。謹呈。
哲布尊丹巴特派地位僅次於他的嘉亨尊活佛，親持這封信，送往北京，嘉亨尊於26日啟程，11月1日到京。
哲布尊丹巴既然表明了反對撤治的態度，於是陳毅和王公們只好片面進行了。王公們決定單獨具名遞送一件呈文，由陳毅於10月29日、30日電達北京。這時的王公們已勢成騎虎，在外蒙的自治政府看來，王公們這項向北京政府請求撤銷自治，無異是外蒙自治政府內部發生了政變。
北京方面，這時的國務總理已是靳雲鵬，他在收到陳毅專人帶來的六十三條後，立即召集各部開會商討，並於10月20日電告陳毅說：「徐籌邊使日內赴庫，撫視所有軍隊，對蒙方面並無直接任務，蒙事仍由都護使完全負責，以明權限。」
在段系中，靳雲鵬和徐樹錚是不合的，因此靳內閣當然不願意見到徐樹錚在蒙事上立功。陳毅以為外蒙撤治交涉，始終是自己一手經營，當然不願徐樹錚干涉，所以陳當於收到靳閣20日來電後，立即復電詢問國務院：「前送條件，徐使曾否得閱？」
徐樹錚當然知道這個秘約，所以他於11月1日電告北京，對於六十三條件表示有「七不可」。同時要求待他召集一個會議研究後再作決定。靳雲鵬對徐電大為反感，提交國務院會議時，靳認為此案已經閣議通過，就唯有決定去做，不可出爾反爾，自損威信。並且對徐要召集籌邊副使等開一個會議，認為籌邊會議只可在邊防範圍內討論問題，而外蒙撤消自治案，已經政府交給陳都護專辦，就不必他人越俎代庖；至於後果如何，等辦理後再說，縱有不便，再行取消也沒有損失。靳且指示照他的這番意見電告陳毅。
原來，陳毅的秘書黃成-攜帶六十三條密件到京時，徐樹錚尚在北京，黃到後六七天，陳毅有電給徐樹錚說：「黃成-有秘密要務赴京，到時祈面晤」。可是黃成-由庫倫動身時，陳毅又曾囑咐黃避免見徐，不要讓徐知道此事，所以黃在北京盡量避免見徐。有一天黃在國務院碰到徐，黃不知陳毅有電給徐，所以見到徐時支吾其辭，只是說這趟是因私事請假赴奉天，陳都護囑就近到北京來催隊伍。
徐樹錚於10月23日由北京啟程赴庫倫，動身前一天，往謁徐世昌，大徐問及小徐有關外蒙古撤治事，小徐答稱沒有見到原案，大徐即令他向國務院秘書廳去調卷，卷調來後，原來是陳毅送來的秘件，上面有外交部所加的簽注。徐因系奉總統命令，所以攜帶該件北行，10月29日抵達庫倫。陳毅並不知道他送去北京的全案已在徐樹錚手中，所以對徐尚支吾其詞。而徐則於11月1日電告北京反對這份條件，認為有七不可。
這件案中，陳毅不希望徐樹錚介入，是認為已成的功勞不願徐分享。國務總理靳雲鵬則因與小徐有夙怨，自不願見小徐立功，所以搞得非常複雜。
陳毅可能不懂利用王公和喇嘛之間的矛盾，達成政治上收回外蒙主權的目的，他只是很呆板地和車林商討辦法，所以《外蒙善後條例》簡直就是陳毅幫忙蒙古王公向中國「爭取」自治，而不是「撤消」蒙古自治。當時外交部對這個六十三條的批評是：「如就條件全文加以研究，則名義上政府雖收回統治之權，仍屬有限制。外蒙雖有取消自治之呈請，而按之條件，自治之精神與基礎仍屬照舊存在。……至於對俄國各條……則俄國在外蒙一切利益，並未因之受有損失。」
徐樹錚也向政府就此條例作如下的建議：
「陳使所擬外蒙撤消自治善後條例，中有不妥之處，擬俟恩副使不日到庫會同熟商，昨經陳明在案。茲先將管見所及，及連日採訪蒙人言論，陳請鑒核。
查原件共六十三條，其——之大而顯著者，約有數端……蒙在元金之際，雄武甲歐亞，而一蹶不振，極於今日，病在宗教限嚴，人口不昌，又土地屬人私有，不能以政規法令，使民服習，逐漸昌盛其事業。利棄於地，日即窮困，所謂窖金而食脫粟，政府亦無如之何也，治蒙之要，既欲導之富庶，被以文化，即不得不漸有興革；縱不宜強拂舊習，要必預留相機因應地步。此項條例乃舉其歷來錮疾，更從而護以重障，是不撤自治，尚可於中國領土名義之下，因勢利導，權宜措施。既撤之後，反無術可進以文明，是曰堅固蔽之障，不可一也。所貴乎撤消自治者，非貴乎其名也，貴乎政府獲設治之實耳。今則政權統於中央，不過首條中籠統語，而餘數十條皆增重蒙古王公把持之力。或慮深言之蒙人不應，故姑從其情以誘之，然後施以強力，以期得志。抑知國家行大政，胡可詐騙從事？伊古以來，又豈有詐騙而能久者？是曰乖輕重之宜，不可二也。撤消自治之後，關稅如何改定？財政如何整理？農商礦業如何振興？一未計及，但言王公扎薩克喇嘛歲俸唸經等費，率由政府支給。樹錚誠愚，不知從何處支給？若曰取之於蒙，則蒙民既須供應中央，而喇嘛王公之權存在，自必照舊供應，以蒙民之困苦，寧忍更令增此輸納乎？若曰取之帑儲，則今日帑儲之窮，自顧且不暇，何暇顧蒙？恐今日制定條例，明日即失去政府威信，蒙情乃他向矣。且帑儲即有餘力，亦無輦金而瞞漏-之理。是曰戾財政之情，不可三也。……夫誘掖蒙人撤消自治，美名也；展開地方，浚發民智，美事也；得名而有益於事，美之美者也。若徒鶩虛名，而不審其於事有礙，非謀國之至者也。樹錚料理軍事而來，本不願妄有瀆議，惟邊防所寄，亦不應懈職責，專志一意，惟以國家疆域蒙民利樂為念。謹用略陳所懷，上煩聰聽，如有百分之一稍可採納，擬請飭下陳都護使及各副使另擬簡括條文。
其條文大意，在樹錚愚見，以為政財大權，由政府斟酌情形選員督理，遇事與王公扎薩克商酌妥洽，然後施行。宗教榮典，政府一意優崇，有加無已。王公喇嘛歲俸以及地方經費，由政府從優核給，所有封冊榮典，一概照舊。地方安危，一律由政府保護，外交一律由政府交涉，寥寥數條足矣。蓋文字愈繁，-漏愈多，名種意見，愈見叢雜，將來阻梗愈無限量。不如統括言之，蒙心尚可獲安，而無阻於啟化之計也。」
徐樹錚早在接任「西北邊防籌備處」處長之初，對蒙古一切外在關係，即已注意及之，故於日、俄對蒙的一切陰謀企圖，無不瞭如指掌。他認定蒙古對中國之徘徊觀望，與都護使陳毅之久無成就，皆由日、俄之盅惑所致。故當他入蒙之前。先購置了80輛大型卡車，作為日後運兵之用。80輛卡車，在今天看來，固然算不了什麼，而在民國10年以前，卻是個驚人數字。
徐樹錚在決定入蒙時，即命準備入蒙的西北軍第三旅褚其祥部，先由宣化（在北京與張家口之間）徒步開至多倫（在張家口北480公里處），然後乘上備好的這80輛大型汽車，向庫倫去的大道進發。自多倫至庫倫約為兩千華里，途中多為沙磧，以汽車輸送，需時五至六天始可抵達。徐為了保持軍容的整肅，特規定七日期限到達。他自己的座車並與先頭部隊按日徐行。至10月29日，徐於抵達叨林（距庫倫140里）時，忽然停車不進，拿起電話叫接駐庫倫的日本武官松井中佐的辦事處。他的日語原極流利，用不著舌人代譯，當松井接電話時，徐先說出自己的姓名和使命，然後開門見山地說：「根據我派駐庫倫的辦事人員報稱，貴國派駐庫倫的武裝部隊多達兩千餘人，請問是否真有此事？」徐在此以前，曾偵得庫倫有日本兵約100餘人，現在故意作此誇大之語，只不過要松井承認日本有駐軍在庫倫耳。果然，松井聽到徐的詐語後，急忙辯道：「你這一情報是不確實的，我這裡實在僅駐了120名武裝部隊呀。」徐聽罷松井這一坦白的承認，即時大笑說：「我並非準備與你們對壘作戰，你們的駐軍數目多少都與我無關！我所要問的是：你依據中日兩國何項條約，公然在中國領土內的庫倫駐軍？」這時松井才明白徐的談話用意所在，但一時卻找不出適當的答覆，囁嚅了半天，才強辯說：「這是我國政府因為庫倫地方不靖，怕外交人員的生命得不到保障，才派來少數軍隊，以策萬全，並無其他用意。」徐以松井的答詞已越出範圍，乃不再客氣，決然答道：「兩國之間，凡在任何一方面有所措施，而又牽涉到對方國家的利益時，必需根據事實，徵得對方國的同意行之。你們現在駐軍庫倫，既無條約依據，又未得到中國政府同意，顯然是違法行為。就請你在三小時之內，將你這120人的武器，送繳我駐庫倫的辦事處去，倘若超過了時限，則我所率的部隊進入庫倫時，如雙方發生衝突，其一切責任須由閣下負之。」松井懾於徐的理直氣壯，又怕徐果真帶來了大量軍隊，其後果更難想像，乃藉詞拖延說：「閣下的要求未免太苛，而且也非我的權責所能答覆，必須假以五天時限，等向政府請示後再作答覆。」此時徐已聽出松井語氣中，含有畏葸之意，只是想借此拖延時間而已，當以斬釘截鐵的口吻答道：「此事的根本錯誤，系出於日方，閣下是代表日本政府的負責人，當然有責任替政府認錯，並且也有責任改正這種錯誤。現在就請你拿出『負責』的勇氣，作一肯定的答覆吧！」松井聽徐的口氣，料已沒有迴旋的餘地，只是嘴對話筒，乾咳無語。於是，徐乃故意為他留一緩衝餘地，說：「我們之間的談話，就此告一段落，我現在就命令我的部隊，將行程向後展延一個小時，希望你在這段時間裡，和我的辦事處長解決此一問題。我只憑我的辦事處長一個電話決定行止了。」說罷之後，他猶恐對方再事囉嗦，乃不等對方回話，即將話筒一掛，揚長而去。果然不過半小時，庫倫辦事處的電話來了，向他報告說：「日本武官松井，已將駐庫倫軍隊120人的武器，全部繳來。」於是徐立即下令，命80輛卡車，載著武裝整齊的雄師，浩浩蕩蕩，開進了庫倫。
徐樹錚與駐庫倫辦事處長通過電話之後，即意興豪邁地站在大道旁邊，目送一輛一輛的兵車，向庫倫方向馳去。他料知日本駐軍解除武裝之後，蒙人因失去奧援，對於將來取消自治的交涉，一定順利無阻；但又想到國內的政爭和內戰，正在方興未通，就在得意與感慨交織的情形之下，以「早發叨林」為題，作了七言律詩一首。詩曰：
沖寒自覺鐵衣輕，莫負荒沙萬里行，
似月似霜唯馬嘯，疑雲疑雨問雞鳴。
中原攪轡信孤憤，大海回瀾作夜聲，
且促氈車趁遙曙，沉沉閶闔漸清明。
當他揮軍進入庫倫時，為了向蒙人炫耀武力，預先命令各部隊長，每一輛卡車，限載20名官兵，並將每一士兵所攜武器，盡量顯露於外，使自車外觀之，真合了俗語所謂「鎧甲鮮明，槍刀如林」了。待兵車進入庫倫市區，又特意繞著幾條店舖連綿、人煙稠密的街巷，徐徐前行，然後才開向庫倫西郊的紅城（袁世凱當國時命令修建的駐軍區域）。但當車輛進入營區之後，並不准士兵下車，而由軍官監視著，要士兵們都俯伏於車廂之內，然後自外以巨幅帆布覆蓋，使車外看不到車內有人。安排妥當之後，將車重又開離營房，於離庫倫不遠之處，又重行雜入新來的兵車行列以內，一同進入庫倫市區。就這樣往往返返，把那些未見過世面的蒙古人，看得眼花撩亂，簡直就不知西北軍開來多少人馬？接著，當日上午日本駐軍的繳械事件，同時傳遍庫倫全城，使一般蒙古人對這位少年英俊的徐將軍（徐是時的實際年齡40歲，不過看起來好像三十許人）敬若神明一般。
庫倫西郊的紅城營房，原是袁世凱派人督建的，其規模之大，足夠五個師居住。徐樹錚此番僅帶來一旅人，其編製名額雖較一般部隊為多，但8000多名官兵總無法住滿這樣大的一所營房。但徐對此亦早有安排，他在軍隊到達之前，即規定每一個連應住入容納一團人的營房，且須在各營門外邊佈滿衛兵，並嚴禁當地人民接近營區，以免洩露真相。因此蒙人以為各營房內皆住滿軍隊。其數目至少應在5萬人以上，卻不知尚不足1萬人。由於徐這一佈置，對蒙古人的心理作戰，已收了顯著的勝著。
徐樹錚於民國8年10月29日抵庫倫後，即感覺蒙人秉
性多疑，如在談判交涉時用翻譯，不但將會失去原意，尤容易導致誤會，故於抵庫的第三日，即請來一名翻譯人員，向之習學蒙語，並告左右人：「在我學習蒙古文之時，非有特別重要事故，概不會客。」當他在北京時，對蒙古語言亦曾留意及之，故僅費去兩周的「惡補」時間，對蒙古普通語言即能暢談無阻。及至11月14、15兩天和蒙古「總理」巴特瑪及各喇嘛會談，就是他親自用蒙語發言，而不用翻譯的。由於他洋溢的天才與靈敏的手腕，僅在庫倫住了22天（8年10月29日到達庫倫，11月21日動車回京），即成功地使蒙古自動撤銷自治。
小徐在庫倫，於11月6日見到了哲布尊丹巴活佛。11月10日和陳毅談到六十三條件問題，陳還是吞吞吐吐。小徐曾有電給徐世昌，報告當時情形，電云：
「頃陳使面約樹錚明晚到署商酌蒙事條文，屆時當約集李恩兩副使，並率褚旅長其祥，楊參議志澄會同往商，庶免一二人偏見難洽。如慮人多洩密，樹錚可以軍法處之。
查陳使原擬條例定稿之初，樹錚即有所聞，渠遣秘書黃某甫到京，亦即知之，因未來見告，故亦不過問。黃到六七日後，陳使忽電樹錚，謂黃有秘要赴京，到時祈面晤。詎黃晤時，躊躇其狀，閃爍其神，吞吐其詞。詢其有何秘要，則雲無他事，因請假赴奉，故都護囑便道一催隊伍耳。樹錚更笑而遣之。樹錚啟行前一日，謁大總統叩辭，奉詢及撤治條例事，飭取閱研考。歸向院秘書廳借得外交部簽注原件，即攜之北行。途次，日夕審核，頗悉利弊所在。意到庫陳使必以見商，故早作準備。又來時，本望以籌邊事業，問諸陳都護及各副使，公共計籌，明年開春，即可興辦。一備國家另設官額，一使外約之官，潛移默化，漸致為民治之區。於行時亦經陳明大總統鑒核，奉諭『甚好，問陳為助，自是善策』。故停車之即夕，即取治蒙條例秘案，傾誠相示，而渠始終意殊不屬，略與談及撤治事，其閃爍吞吐，亦與黃同。樹錚不便再言，是以電陳意見，擬俟李恩兩副使到後，公共商酌。嗣知陳使接政府中人秘授意旨，囑其不須以條文相示，意在勾結一二蒙員，自行分報辦理。
查樹錚自到庫之日起，一言一動，每日必電陳政府鑒核，事因所見所聞，或所意揣，無不分析明白，自問無負於政府，無負於道義。樹錚在外之將，權宜甚大，豈好為馴謹哉？只以歷年來國家威信，不出都門，天下蔑視者多，故欲率為矩式，納人以軌物耳。今再敬陳管見，祈賜察照。
東電請核示之原議七不可，及條文大義，既奉鈞院公電，大總統諭許為卓識遠謀，明晨公議時，自當抱定此旨，和衷商洽。又條文中有與籌邊使官制職權攙越者，概予削去，然後責成陳使妥辦；如不能辦，即請責成樹錚妥辦，辦妥後仍移交陳使坐承其功。樹錚亦本邊使職權，力自圖之。樹錚只重國事，決不以榮枯毀譽介意。總之，西北籌邊使為外蒙已定之官，官制及其職權，為國家已定之法律，命令不得有所變更，速發亦屬無效。樹錚承命守職，一日不離職，一日即暫死守更職之義，無論外交，無論蒙情，無論土地，均應負其全責。明日卸職，即可幅巾騎驢，逍遙湖上；今日未去職，即絲毫不容人侵犯，故作侵犯，即是破壞法律。民國以法律為保障，破壞法律即是破壞民國，即天下之公敵，雖有周親，亦必仇之！樹錚忝為國將，與國同休戚，保法律即保國家，皆天職中所有之事，又不僅邊使官制而已也。謹電陳鑒核。制樹錚。灰（十日）」
徐樹錚抵庫倫後立即發現陳毅處理外蒙撤治案抓不到重點。徐的特點最顯明的是才氣高，能把握問題重點，恃才傲物，不易與人相處。這兩個特點在庫倫都充分發揮出來。他認為陳毅言過其實，所以他於11月11日給北京政府的電報就直率地指出：
「陳使言過其實，急切功名，而心思不能沉細；自覺明於萬里，其實蔽於目前。其人真實何如，樹錚不敢斷言，惟心目中見為如此，故實不敢盡情信任……」
同時他不理國務院的指示（不許他過問蒙事），而專斷地自行把這事抓過來處理。13日他給北京政府的電報中便明白說出他的決定：
「……然敢斷言，經年累月，亦非渠（陳）所能了。蓋渠判事不切，物慾蔽之，初步已蹈荊棘，糾纏不清，此時若樹錚撒手不管，則立即中止耳。如此中止，聽取國家損威失重，非樹錚所忍出也。……鈞電志在撤治，請坐待撤治可也。前電言定否只在三五日內，現佈置已定，不煩一兵一矢，一發而中，幸之幸也。發而不中，樹錚箝口結舌，息影南歸，靜俟陳使辦結之日，敬領溺職之罪耳。」
在這期間，他不只是強奪了陳毅的交涉權，同時他也對外蒙統治者哲布尊丹巴發動攻勢。他給北京政府的電報敘述各情甚詳：
「昨晚活佛派人請燕，伊柬不如禮，當經拒出。另派蒙總理兼內務長巴特瑪王來請，亦經嚴詞面數活佛之非，婉詞深慰巴王之老而多勞，並告以活佛多病，死期不遠，囑其為黃教自愛，渠深領感而去。然其人頗具邱壑，亦頗諳外邦情勢，撤治事，多向此人身上加工，定可得手。語之陳使，極以為然。陳使即囑向喇嘛一派示威，樹錚言邊事與兵事通，不外恩威並用四字，而用恩用威，先後彼此，頗費斟酌。以撫蒙而論，蒙性多猜，威則不易近，故必先恩以結之：恐其久而易視也，然後威以折之。蒙無實力，必悚而就範；再待以恩，以結其心，則不思勾結外援，乃永無反側矣。武侯擒縱遺法，可師其意，而稍變通之，以策久遠，非僅今日計也，陳使亦以為然。此非空言所能了，必時時留意，事事經心，乃得緩緩入手耳。樹錚能否自行其言，仍盼廟算樞謀，隨時督誨，俾獲成效。謹用陳明，伏祈核察。制樹錚。元（十三）」
徐樹錚施出他的混身解數，向巴特瑪大施壓力，其間經過曾於11月14日他給北京政府的電報中詳載：
「活佛前最重要者四人，一總理兼內務長巴特瑪多爾濟，一大沙畢商卓特巴，一繃楚克，一棍布，均最高之喇嘛，活佛惟其所左右，王公皆側目而視。王公之贊允撤治，名為情殷內向，實與喇嘛爭權，事成權歸王公，政府無大便利。陳使前擬六十三條，雖不適用，確曾煞費經營，而喇嘛從中牽掣，活佛雖大開會議，皆喇嘛令王公分謗之策。蓋會議時，活佛並不質詢可否，但問汝輩不以為然耶！則王公什人而九高聲應諾而散會矣。陳使雖欲速定，而明知喇嘛為祟，無術制之。又過聽王公之請，益忤喇嘛不敢相近，牽掣愈力。此樹錚所謂『聽信陳使自辦，即經年累月亦不得定』也。
樹錚察知此情，擒賊應先擒王，王公可暫從冷淡，一意向喇嘛市好，俾知依附，然後濟以恩威，期遂吾計。本意與陳使協同妥辦，奈每與晤談，稍及喇嘛，渠即苦口向樹錚代王公求情，一若樹錚與王公有深仇大恨不能相容也者，故前電有『不敢盡情信任』之說也。自嚴諭岱青王繃楚克後，迭向喇嘛中人日加灌溉。又深知巴特瑪因前充商卓特巴為活佛所奪，又年輕者皆封親王，而伊只有王銜，心中亦多不平。且現任總理，手執政柄，其人又頗諳外事，可諭以利害，故專意結之以信，感之以情。每於大議場中，當眾極與謙下，尊以老輩，譽以清操，諷以活佛多病，可接其任。看操之日，示以軍規之嚴，軍容之肅，兵士放假觀劇，苦樂與共，俱知軍心之固，期可入我彀中。連攜與談，皆謂現公與喇嘛相持不下，非黃教之福，宜勸活佛立功自固，勿久執迷。其實活佛應否，全惟此四人是視。而四人之中，巴年最長，位最高，活佛信任較薄，故屬其盡力以自托於中央，樹錚亦許以全力相輔，巴甚感戴。數往謁佛，往來三數日，佛仍推宕不應，托詞非待會議，既聲言外交有關。昨晚遂與勒限，謂外交有中央政府在，會議無可待，活佛向來辦事不待會議，今不能獨待，我只責求活佛與執事兩人意見，他有異言，我自當之。執事如此高年，不憚奔走，以謀黃教之安，而活佛罪惡已極，尚不肯發一言，徒令喇嘛假威福以禍王公，王公不平即久，必思報復，爭亂相尋，則黃教已矣！黃教去，蒙古必如散沙，則外蒙已矣！是執事有愛外蒙愛黃教之心，而活佛持之以釀亂也。外蒙為國家領土，我為外蒙長官，有彈壓地面之責，不能坐視。請往告活佛，明日速應則已，不應當即拿解入京，聽政府發落。巴又稍以俄人及蒙兵為言，意在謂如是必致驚恐地方。樹錚謂即有驚恐，是昏佛使然，非我之咎。然執事至此，尚為此言，意令傾佩，真黃教之主也。渠許再往面佛力勸，更略談其不平之事。樹錚許以事定後，王銜立可冊真，並其弟皆與雙俸。渠更約明晚再見。今晨獨坐默念，萬一佛再不應，安能經行拿解？當即坐罪彼四人，責以不能善輔活佛，姑作拘禁之狀以恐之，再圖別策，庶剛柔相濟，而不損國家之威。
正自籌酌，巴忽匆匆而來，握手告語云：昨晚別後，連夜面佛，痛陳利害，繼之以泣，佛感悟，遂允撤治。惟言陳使偏袒王公，所擬條件，決不願用。又前三音諾顏之死，佛之野子襲封，出自陳使指使，而彼今輒舉之以為佛罪。加汗增入京，佛曾專函令謁大總統，請撤換陳使，故今日之事，佛不願其與聞，亦不願他喇嘛王公預其事，但由樹錚與彼換交商定條件，具呈政府可矣等語，並縷舉活佛懇代維持往事數件。樹錚以機不可失，遂許以今夜偕其謁佛面商，決不令佛有失體面，或喇嘛王公有何不均。巴稱謝而去。臨行又堅請守密，深盼定後再告他人云云。俟議定後，詳電馳報。」