段系決定不顧一切改選總統，南方的桂系則盡一切努力想延長馮國璋的總統任期。7年8月31日廣州非常國會宣言，將繼續召集護法會議，並進行總統的選舉。對於所有北京政府締結的對外條約和公佈的法律，一概認為無效。政學系的議員進一步主張即選馮國璋為大總統。9月2日廣州的軍政府發表宣言，否認安福國會有選舉總統之權，如果選出了總統，西南決不承認。
段系既然決心要選舉，為了怕發生意外，於是召奉軍一旅開到南苑。張作霖向北京政府呈請恢復張勳的自由，而康有為又公然到了北京，於是北京內外人心皇皇，以為又要發生第二次復辟。
9月4日，安福國會組織兩院選舉委員會，到議員436人，徐世昌以425票當選為總統。據說投票前每位議員都領了出席費和一張徐世昌親筆題名的照片，少數不受控制的議員則以每張票5000元收買，由安福系所辦的華通銀行付款。整個大選經費是從日本借款中提出的。議員們在投票後，段內閣分別不同身價聘他們為顧問、咨議，每月送乾薪200元到1000元不等。
9月5日繼續選副總統，兩院議員到者僅88人，因人數不足流會。副總統本有四個人有希望競選，是馮國璋、段祺瑞、張作霖、曹錕。馮、段已有承諾同時下野，張作霖亦自動放棄，於是只剩下曹錕一人。交通系主張不要選北洋軍人，以免西南更走極端，俾讓徐世昌發動和平。積極主張的是梁士詒，北洋部分軍人認為梁是廣東人，想促成南方人當副總統，可是梁士詒則說他是希望緩選副座以留待對統一和平有功之人。梁曾有函致北洋軍人申述自己意見書云：
「夫主張速選者，本謂選出曹使，則北洋系固結可期。士詒忝廁北洋有年，北洋系之固結，邇年來竭力經營，未嘗稍懈。然士詒愛北洋系，而尤愛國家；且愛國家，即所以愛北洋系也。夫主張速選，以固結北洋系者，惟知固結北洋系，而不知因此足令國家分裂。曷言乎足令國家分裂？今日大總統已下令勸和，全國士商，多求罷戰，是和平統一已為全國心理所同趨，苟無意外之阻力發生，則和平統一，當可告成。今若速選曹使為副座，則全國士商，不免大起猜疑，將謂中央又復主戰，而西南人士，必以為故表對敵之意，是使已熟之和平終於無果。此足令國家分裂理由一也。西南對於主座之個人，本是同欽共仰，惟對於主座之選舉，猶以違法相攻，今若選曹使為副座則彼等必合個人與選舉而並攻之，其終也必至危及主座，若是則政局愈紛，去和平統一愈遠矣。此足令國家分裂之理由二也。副座未選之前，則西南猶懷或歸己得之望，此望未絕，則和平統一之機尚存。若一旦選出，則此望遂絕，而彼等必自行選舉，若是則南北分立之局以成，而和平統一終於無望。此足令國家分裂之理由三也。有此三理由，故士詒主張緩舉為有益於時局也。」
梁士詒因此一主張而和直系結怨，日後梁組閣受到吳佩孚的激烈反對，大部分由此而起。
徐世昌當選總統後有歌電謙辭，這是北洋政府官僚們例行地做作姿態。電云：
「國會成立，適值選舉總統之期，乃以世昌克膺斯選，世昌愛民愛國，豈後於人，初非沽高蹈之名，並不存畏難之見。惟-念國家杌隉之形，默察商民顛連之狀，質諸當世，返諸藐躬，實有非衰老之軀，所能稱職者。並非謙讓。實本真誠，謹為我國會暨全國之軍民長官並林下諸先生一言，幸垂聽焉！民國遞嬗，變亂屢經，想望承平，徒存虛願，但艱危狀況，有什佰於當時者。道德不立，威信不行。紀綱不肅，人心不定、國防日亟，邊陲之擾亂堪虞、歐戰將終，世局之變遷宜審。其他凡事實所發現，情勢所抵牾，當局諸公，目擊身膺，寧俟昌之喋喋？是即才能學識，十倍於昌，處此時艱，殆將束手，此愛國而無補於國，不能不審顧躊躇者也。國之本在民，乃者烽火之警，水潦之災，商業之停滯，金融之頓挫，土匪劫掠，村落為墟，哀哀窮民，無可告訴。吏無撫治之方，人鮮來蘇之望，固無暇為教養之計劃，並不能蘇喘息於須臾。忝居民上，其謂之何？睹此流離困苦之國民，無術以善其後，復何忍侈談政策，愚我編氓？此愛民而無以保民，更悚惕而不自安者也。然使假昌以壯盛之年，亦未嘗無澄清之志。今則衰病侵尋，習於閒散，偶及國事，輒廢眠食。若以暮齒，更忝高位，將徒抱愛國愛民之願，必至心有餘而力不足，精神不注，叢脞堪虞，智慮不充，疏漏立見。既恐以救國者轉貽國羞，更恐以救民者適為民病，彼時無以對我全國之民，更何以對諸君子乎？吾斯未信，不敢率爾以從，心所謂危，謹用掬誠以告，惟我國會暨我全國之軍民長官，盱衡時局，日切隱憂，所望各勉責任，共濟艱難，起垂蹙之民生，登諸衽席。挽瀕危之國運，繫於苞桑。昌雖在野，禱祀求之矣。邦基之重，非所敢承，干濟艱屯，必有賢俊，幸全塵翮，俾遂初服。除致函參眾兩院懇辭，並函達馮大總統國務院外，特此電達。」
歌電發出後，北方軍閥當然一致敦促如期就職，只有南方是勸阻徐就職的，廣州軍政府由岑春煊、伍廷芳兩總裁聯合拍電致徐，勸勿就職。
「讀歌日通電，借悉非法國會選公為總統，公既惕世變，復自謙抑，竊為公能周察民意，不願冒登大位，至可欽佩。惟公之立言，雖咨嗟太息於國事之敗壞，而所以致敗壞之原因，公未嘗言之，此春煊、廷芳所不能默爾而息者。致亂之故，雖非一端，救國之方，理或無二。一言以次之曰：『奉法守度而已』。《約法》為國命所托，有悍然不顧而為法外之行動者，有托名守法而行壞法之實者，均足以召亂。自國會被非法解散，《約法》精神橫遭-喪，既無以杜奸人覬覦之心，更無以平國民義憤之氣。護法軍興，志在蕩亂，北庭怙惡，視若寇仇，-張為幻，與日俱積，以為民國不可無國會，而竟以私意構成之，總統不可無繼人，而竟以非法選舉之。自公被選，國人深感北庭無悔禍之誠，更無以測公意之所在。使公能毅然表示於眾曰：「非法之舉，不能就也，助亂之舉，不可從也。」如此國人必高公義，即仇視國會，或感公一言而知所變計。戢亂止暴，國人敢忘其功？惜乎公雖辭職，而於非法國會之選舉，竟無一詞以正之也。竊慮公未細察，受奸人盅惑，不能堅持不就職之旨，此後國事，益難收拾，天下後世，將謂公何？如有謂公若將就職，而某某等省，可以單獨媾和者；國會可以取消，從新組織者；護法各省，如不服從，仍可以武力壓制之者，此等莠言，皆欲踞公於爐火之上，而陷民國於萬劫不復耳。願公堅塞兩耳，切勿妄聽。公從政有年，富於閱歷，思保令名，宜由正軌。煊、遷忝列舊交，愛國愛公，用特忠告，幸留意焉！」
馮國璋收到徐世昌一函，內容和歌電相同，立函復徐世昌，敦請出山，詞意誠摯，函云：
「頃奉大函，以國會成立，選舉我公為中華民國大總統，虞棼絲之難理，辭高位而不居。謙德深光，孤標獨峻，即茲舉動，具仰儀型。惟審察現在國家之情形，與夫國民感受之痛苦，倒懸待解，及溺須援。天下事尚有可為，大君子何遽出此？略抒胸臆，幸垂察焉！比年以來，迭更事變，魁杓既無所專屬，法律幾成為具文。內則-斧相尋，外則風雲日惡，以雲險象，莫過今茲。……然危廈倘易棟樑，或可免於傾圯，洪波但得舟楫，又何畏夫風濤？不患無位，而患無才；亦有治人，乃有治法。我公淵襟睿略，傑出冠時，具世界之眼光，蘊經綸於懷抱。與國記樞密之姓名，方鎮多幕府之偏裨，一殿巋然，萬流奔赴。天眷中國，重任加遺，所望握統馭之大權，建安攘之偉業，公雖卑以自牧，遜謝不遑，而欲延共和垂絕之紀年，當此固捨公莫屬也。邦本在民，誠如明示。爾在兵連禍結，所至為墟，士持千里之糧，民失一椽之庇。瘡痍滿目，饑饉-臻，定人謀之不臧，抑天心之未厭？我公仁言利溥，感人自深，縱博濟猶病聖人，恩澤難偏於枯朽，而至誠可格天地，戾氣或化為祥-，況旋轉之功，匪異人任，惻隱之念，有動於中，必能噓備瘠以陽春，挽沉冥之浩劫。公謂教養匪易，慮遠心長，實則彼呼號待盡之孑黎，此日已望公如歲也。夫以我公之憂國愛民也如彼，而國與民之相需於我公者又如此，既系安危之重，忍占肥遁之貞，平日以道義相期，不能不希我公之變計矣。至若慮蹉跎於晚歲，益足征沖淡之虛懷，但公本神明強固之身，群以整頓乾坤相屬，雖諸葛素持謹慎，而衡武詎至倦勤，亦惟有企視老成，發揮緒餘，以資矜式耳。國璋行能無似，謬攝政權，歷一稔之期間，貽百端之叢脞，清夜內訟，良用慚惶，所代及時，負擔獲馳，徒抱和平之虛願，私冀收效於將來。我公為群帥所歸心，小民所托命，切盼信期就職，早釋糾紛，庶望治者得以慰延頸-足之勞，而承乏者不至有接替無人之懼，耳目爭屬，心理皆同，謹布區區，願言夙駕，專肅奉復。」
徐世昌這年64歲，他是北洋的元老和重臣，本身不是軍閥。在前清時代，外任總督，內握軍機，民國時代則以超然姿態為政治上一大力量，因老成望重，而為北方泰斗。袁克定稱他為活曹操，皖繫在這個時候把他捧出來，只因為他是個文人，手中沒有兵權，不會組織一個軍事集團來爭權奪利。同時由於徐世昌是超然派和元老，可以利用他瓦解直系。段祺瑞本人希望借徐世昌一頂帽子促成以段為中心的北洋派大團結。其實，段這個打算是大錯特錯了，徐世昌是個老狐狸精，是玩耍政治陰謀的-輪老手，是透明的水晶球，他不會甘心做別人的傀儡和蓋印機器。
徐世昌從當選總統那天起，就十分機密地指使舊交通系領袖梁士詒、周自齊等聯合新國會中的非安福系分子，組織另外一個不公開的政治小集團，以對抗多數黨的安福系。
7年10月10日，徐世昌就任大總統，並發表宣言：
「世昌不敏，從政數十年矣，憂患餘生，備經世變，近年閉戶養拙，不復與聞時政。而當國勢糾紛，群情隔閡之際，猶將竭其忠告，思所以匡持之。蓋平日憂國之抱，不異時賢。惟不願以衰老之年，再居政柄。耿耿此衷，當能共見。乃值改選總統之期，為國會一致推選。屢貢悃忱，固辭不獲。念國人付託之重，責望之殷，已於本日依法就職。惟是事變紛紜，趨於極軌，我國民之所企望者，亦冀能解決時局，促進治平耳。而昌之所慮，不在弭亂之近功，而在經邦之本計。不僅囿於國家自身之計劃，而必具有將來世界之眼先。敢以至誠極懇之意，為我國民正告之。
今我國民心目之所注意，僉曰南北統一，求統一之方法，固宜尊重和平。和平所不能達。則不得不訴諸武力。乃溯其已往之跡，兩者皆有困難。當日國人果能一心一德以赴時機，亦何至擾攘頻年，重傷國脈？世昌以救國救民為前提，竊願以誠心謀統一之進行，以毅力達和平之主旨。果使鬩牆知悟，休養可期，民國前途，庶幾有豸。否則息爭弭亂，徒托空言，或虞詐之相尋，至兵戎之再見，邦人既有苦兵之歎，友邦且生厭亂之心，推原事變，必有屍其咎者。此不能不先為全國告也。
雖然，此第解決一時之大局耳，非根本立國之圖也。立於世界而成國，必有特殊之性質，與其運用之機能。我國戶口繁殖，而生計日即凋殘；物產蕃滋，而工商仍居幼稚。是必適用民生主義，悉力擴張實業，乃為目前根本之計。蓋欲使國家之長治，必先使人人有以資生。而欲國家漸躋富強，以與列邦相提挈，尤必使全國實業，日以發展。況地沃宜農，原料無虞不給，果能懋集財力，佐以外資，墾政普興；工廠林立，課其優劣，加之牖導；更以國力所及，振興教育，使國人漸有國家之觀念，與夫科學之知能，則利用厚生，事半功倍，十年之後，必有可觀。此立國要計，凡百有司，暨全國人民所應出全力以圖之者。
…………
內政之設施，尚可視國內之能力，以為緩急之序，其最有重要關係，而為世界所注目者，則為歐戰後國際上之問題。自歐戰發生以來，我國已成合縱之勢，參戰義務所在，唯力是視，詎可因循。而戰備邊防，同時並舉，兵力財力，實有未敷。因應稍疏，動關大局。然此猶第就目前情勢言之也。歐戰已將結束，世界大勢當有變遷，姑無論他人之對我如何，而當此漩渦，要當求所以自立之道。逆料兵爭既終，商戰方始，東西片壤，殆必為企業者集目之地。我則民業未振，內政不修，長此因仍，勢成坐困，其為危險，什百於今，故必有統治的實力，而後國家之權利乃能發展，國際之地位乃能保持，否則委蛇其間，一籌莫展，國基且殆，又安有外交之可言乎？此國家存亡之關鍵，我全國之官吏商民，不可不深長思也。
…………
昌一日在職，必本此以為推行，——之性，始終以之，冀以刷新國政，振拔末俗。凡我國民，亟應共勉……。」
徐世昌字菊人，直隸天津縣人。早年隨父親到河南做塾師，因得與袁世凱訂交，袁以鉅貲助徐赴北京應試，1886年得中進士，授職翰林院編修。袁小站練兵時，延徐為總文案，後來步步提拔他做到首任巡警部尚書和第一任東三省總督。西太后去世，袁奉旨養痾，歸隱洹上，而徐雖為袁黨，卻在宣統時代仍為紅極一時之漢人大官，辛亥年老袁東山再起，徐亦為從中奔走最力之人。袁洪憲稱帝前把徐從青島迎入北京，擔任國務卿。袁死後，徐歸隱天津。他是個喜怒不形於色，圓滑得像個水晶球的政治人物。袁雖重用徐，可是卻並不假以事權，徐對袁心懷怨恚而不外露。袁死後，他變成北洋派一致推重的老成碩望，和他有同樣地位的，如張謇、如唐紹儀，雖和袁淵源甚深，可是在北洋派中則不受歡迎和擁戴。如是用現代政治術語來形容徐世昌，他在馮段之間是以太極權術來周旋這北洋系的二大派之間。段的要角安福系首領王揖唐便是徐的門人。段斗倒馮，自己卻不願居總統之名，乃推徐出山。
舊中國的政客都有一套旁門左道，徐當然不能例外，他精於堪輿之術，他認為前三任民國總統都沒有好下場，是因為總統府的風水不好，他就任總統後，乃決定府院地址互遷，末遷之前先在自己私宅辦公。
段祺瑞為了實行和馮同時下野的諾言，在徐世昌就職大總統後，即請辭職，專任參戰督辦。國務總理乃由錢能訓代理。
徐世昌改變總統府的風水，並不能改變北京的政治氣氛，因此他也不能不承繼他的前任黎元洪和馮國璋的衣缽，要和段祺瑞發生磨擦，這不是風水使然，而是段祺瑞的過分專橫，使得總統除了乖乖聽話，垂拱而治以外，無他途可走。徐的政策並不能推陳出新，他仍是要借重曹錕吳佩孚以對抗段祺瑞。
徐不止是拉曹吳，拉直系，同時拉舊交通系，且對研究系表示友好態度，月助黨費，研究繫在安福國會中已受盡段派的奚落，而段祺瑞討平張勳復辟後，對新交通系極為重用，對舊交通系卻不假以辭色，因此這兩系對段都無好感，徐拉這兩系為己用，正是雙方都有事實需要。
老政客自然有他一套，他要主演「和平老人」，所以必需留下副總統一席給南方或是對和平有功的人，可是他不自唱，卻嗾使舊交通系首領梁士詒主唱，於是使曹錕競選副總統的美夢落空。皖系主張繼續用武力對付南方，他要錢能訓代理國務總理出面倡導和平。
不過，他卻留給段一條路，讓段進行他的參戰借款和編練參戰軍，這是段的新生命線，段認為新的參戰軍練好了，就可以實現統一中國的美夢，老徐不去碰段的這一點。因此徐段之間還能相處。
徐世昌是民國史上的第五任大總統，他就任於民國7年10月10日，民國雖換了五任總統，可是都有一個奇妙的巧合，國人從沒有見過新舊總統交接典禮。孫中山先生是在南京交卸臨時大總統，袁世凱則在北京就任臨時大總統，後來袁帝制失敗氣死，黎元洪以副總統繼任大總統，黎的下台是被辮子兵逐走，馮國璋便以副總統升任大總統，馮是臨時性質。袁黎的總統都不曾到交卸日期，到了徐世昌被安福系選為總統後，他便鄭重地問禮於內務總長錢能訓，錢說：「總統就職禮，本國無先例可循，只得求教於共和先進國例子來作藍本。」於是徐乃電駐美公使顧維鈞，駐法公使胡維德。顧維鈞復電說：「美國總統就職，由大理院長主持，在大理院外築台，新總統捧聖經舉手向全國國民宣誓。」胡維德復電說：「法國新總統就任，由上院議長導入總統府謁見舊總統，相互行禮，互致頌詞，詞畢，舊總統出府，新總統到議會宣誓就職。」徐看了電報，乃擱在一邊。
10月10日上午8點半，馮國璋派錢能訓和總統府大禮官黃開文備禮輿迎徐，徐卻乘汽車進公府，禮官導徐至懷仁堂禮台。9點正，馮由居仁堂到懷仁堂，與徐同向國旗行三鞠躬禮，禮畢，馮東向致頌詞，徐西向致答詞，詞畢互相一鞠躬，禮官送馮回居仁堂，馮即遷出公府，退居地安門外帽兒胡同私寓。
10時正，徐在居仁堂南向，向議長及議員宣讀誓詞，詞畢轉北向，與議長議員同向國旗三鞠躬，禮畢議長議員轉東向，閣員及文武百官西向，徐立於禮台宣讀就職宣言。讀畢，各行三鞠躬禮慶賀，10時半外交團入賀，11時清室代表入賀。
徐世昌就大總統後的第一道命令是：內閣總理段祺瑞辭職照準，派內務總長錢能訓暫代總理。徐想仿照黎元洪對孫中山先生的前例，聘馮國璋為最高顧問，馮也學孫前例表示不受。
馮段之爭到此告了一個段落，也可說是兩敗俱傷，馮在事實上困倒了段，段在法理上打倒了馮。不過段還坐在參戰督辦位子上，仍有他的威勢，他下台後，竟一次查封北京報紙八家，這些報紙因為載有一億大借款事。至於馮則躲在帽兒胡同私寓真正做了個下台總統，不聞不問。
段雖然把徐捧了出來，可是徐上台後並不是傀儡，自有一套作法，而其作法又大同小異於馮，仍要走和平之路，這是段所始料不及的。
馮在總統任內所堅持的政策並不錯，也可說他正符合全中國人民的願望，求取和平，他也許有私心，要和皖系主戰派唱反腔，但毫無問題他的立場是對的。他下台後鬱鬱困居帽兒胡同。一年後，8年12月28日，這位北洋三傑，做過大總統的馮國璋寂寞地病逝，享年六十有二。他病危時召張一-口授遺言給徐世昌，望和局早成，以不能親見統一為憾。他歿後，全國下半旗三天哀悼。