正當北方殺伐之聲驚天動地，長江中游突然又爆發了主和的聲浪。7年2月14日馮玉祥在武穴發出通電宣佈自主，力斥南北戰爭是一種最無意識和最無情理的戰爭。他以前奉令「援閩」開到浦口不再前進，就是為了促進南北和局。而和談的基礎是岳州歸湖南，荊襄歸湖北，各守疆土，兩不侵犯，並不是不能達到的。最後他說軍人應當服從總統。而總統從來就是主和的，所以主和就是服從總統。他的結論有兩途：「或罷兵，或殺玉祥以謝天下。」馮此舉當然是主和派的安排，以打亂主戰派對湖南進攻的步驟，因為武穴處於湖北與江西之間，馮的行動對主戰派的第一、第二兩路軍都有影響。據說這是陸建章在幕後策劃的，陸並且還有突襲安徽，趕走倪嗣沖的計劃。倪在安徽並不得人心，趕走了倪，陸就可取倪而代，如此一來，安徽加入長江三督的陣營，津浦南段全在主和派掌握中，力量就大了。與馮玉祥發表寒電的同時，鄂皖邊境和霍山、六安一帶出現了安徽討逆軍，發佈討倪檄文，公推陸建章為討逆軍總司令。倪嗣沖倉皇調兵自衛，並且電請北京政府下令罷免李純，討伐馮玉祥。
然而馮玉祥和陸建章的行動，竟未能夠得到長江三督的響應，因此孤立無援，主戰派大聲疾呼要懲辦他，王士珍則像個老僧入定，絕不開口。
7年2月25日北京政府下令免馮玉祥旅長職，交曹錕查辦，以該旅團長董世祿代理旅長。馮玉祥電張懷芝願戴罪圖功。馮旅全體官兵亦於3月1日電請北京政府收回撤換旅長的成命，電云：
「六年四月一日我旅長罵傅良佐辦事不公被免職，討逆時始得復職。……此次調兵，楊書記道沫在浦口阻止出發，於二月二日投江死。……寧與旅長同死，不願任其獨去，如不獲請，請將我官兵九千五百十三人一律槍斃，以謝天下。」
段祺瑞對於馮玉祥突然主和極為震動，因此把一切憤怒都集中到馮國璋身上，決心要搞一次軍事政變以驅馮下台。可是由於皖系的兵力都調赴南方，所以手中沒有足夠的兵力來支持他的計劃，因此便派其親信智囊徐樹錚，以「接洽國防」為借口，前赴東北找張作霖，說動張作霖調派他的奉軍入關，來執行驅馮計劃。
張作霖雖然綠林出身，但他早有大志，他在關外擁兵自重，就是等待機會問鼎中原。段向他求援，他慨然應允，立即揮兵入關。奉軍入關消息傳出後，最感不安的當然是馮國璋了，奉天是在北京後方，朝發夕至，說來就來。早在袁世凱時代對關外力量就刮目相看，極力懷柔。馮國璋不由想到一年前張勳率辮子軍入京後，黎元洪就被逐下台，現在奉軍入關，可能舊戲重演。他是個無兵無權的總統，在北京身不由己，他預感自己隨時可能被逐或被軟禁，因此他盤算三十六計，仍以走為上計，暗中佈置第二次「南巡」，打算由京漢路南下到湖北，可是段系的人怎會放虎歸山。當然不讓他離開北京城。
不過，段祺瑞召集他的親信舉行秘密會議後，大家又把軍事政權改為軍事威脅，使馮旦夕感受威脅而不立即驅逐他。
同時計劃早日召集新國會以便提早改選總統。
2月17日，馮國璋被迫公佈了臨時參議院所修正的國會組織法與兩院議員選舉法，18日命令內務部籌備新國會的選舉。
段系同時發動倒閣，王士珍正企望辭職，正好乘此下台，提出辭呈後即不到院辦公。2月20日馮國璋勉強地派內務總長錢能訓代理內閣總理。
2月24日京奉路火車被奉軍扣留運兵。25日奉軍第廿七師第五十三旅關到灤州，奉天軍署參謀長楊宇霆帶兵到秦皇島，把日本政府根據中日軍械借款協定第一批運到的步槍27000餘只劫走。消息傳到北京，馮國璋和段祺瑞，同感震驚；尤其是段祺瑞向日本借款購買的這批軍械是為了訓練自己嫡系部隊「參戰軍」的，如今卻被奉軍捷足先登，怎不大傷腦筋。26日段電張作霖請「原物交還」，運來北京。張也在同一天發出通電，說他早已佈置南征，因缺乏軍火，所以未便開拔，現在未經呈報即提去軍火，因怕往返請示費時，所以不得已先留用後呈報。27日他答覆段說：
「此次奉天請領軍械，系奉元首討伐明令，整飭軍隊，為政府之後盾。所練軍隊，無論對內對外，均屬擁護中央，一旦編練成軍，悉聽政府驅策，運京留奉，宗旨無殊。蓋全軍均屬國家，尚何器械之足計？」
張作霖並不是擅自劫取軍火，因為他並不知道這批軍火抵達秦皇島。那麼是誰暗示張作霖的呢？原來卻是徐樹錚，小徐奉命到關外召奉軍入京，他知道如不許以重利，張作霖不會奉召的，而事實上奉軍不入關，北京局勢不會一面倒向皖系，可是段為人剛愎，事先如果向他請示，他一定不許，唯有用行動先做了再說。他做過陸軍部次長，知道購買日本軍火的詳情，同時在他交卸次長職以前，曾留下好幾張蓋了印信關防的陸軍部空白公文紙，因此他用劫取這批軍火作為交換條件換張作霖派兵入關，奉軍即是持小徐發給的假陸軍部證件去劫取這批軍火的。
由於奉軍迅速入關，使馮玉祥進攻安徽的「奇兵計劃」無法實現。北京政府前此撤換馮玉祥旅長的命令，馮曾以全體官兵同旅長共進退為威脅，這時情勢也迫得他低頭了。倪嗣沖請北京政府迅電曹錕派兵夾擊馮旅，以弭長江巨患，並且控訴馮抗不交代，又於武穴上下游加兵扼堵，暗中與蘇督往返密商軍略，足見野心不悛，受人指使。但是曹錕不肯派兵，所以倪嗣沖也不敢單獨進攻。
馮玉祥這時已出人頭地。張懷芝建議調馮旅到黑龍江駐防，馮玉祥當然不肯充軍，「發往邊疆效力」。而張作霖也不歡迎這支軍隊。直到3月18日，北京政府採納曹錕的意見，給馮玉祥「革職留任」的處分，擄去陸軍中將，暫准留任旅長，交曹錕節制調遣。
奉軍入關後，張作霖提出罷免李純和討伐馮玉祥兩個要求，他說這是為了「擁護元首」。可是被他擁護的元首卻嚇得心慌意亂。2月26日在總統府召集緊急會議討論奉軍入關的對策。馮用悻悻的眼光問段：「這次奉軍出兵入關事前既未奉令，也未呈報，居心何在？」段答不知。馮又大聲問：「前任陸軍次長徐樹錚到奉天作何勾結？」段更忸怩無以置辭。這次會議當然沒有結果。馮想要段叫張作霖退兵，段就是召奉軍入關的原始人，他怎會再要奉軍退出呢？何況召虎容易退虎難，他即使願意叫張退兵，事實上也辦不到了。
段何嘗不知道關外王張作霖不是好惹的，請了來就不容易請出去，可是既然飲鴆止渴，也只有「硬行」了。
馮知道叫段退奉軍是辦不到了，他只得央請前清末年做過東三省總督，親手招撫過張作霖的趙爾巽到奉天說服張作霖退兵，然而時移勢易，張作霖早就不買他老上司的賬了，趙爾巽自然是白跑一場。
馮國璋這時的痛苦，真是求為太平百姓而不可得，他現在是一個光桿總統，內閣總理雖由錢能訓代理，可是錢不肯代下去，天天鬧著要交代。馮寫信給楊士琦，要求這位安徽老狐狸出山，楊連信都不回。而督軍們自作自為，目無總統，奉軍不僅是擅自出兵，而且還擅取軍械，是而可忍，熟不可忍？
3月4日馮國璋擬就如下的通電致各省軍政首長：
「國步屯-，日甚一日，內則蜩螗羹沸，干戈之劫難回，外則慘淡風雲，邊境之防日亟。剝膚可痛，措手無從。國璋代行職權，已逾半載，凡所設施，力與願違，清夜捫心，能無愧汗？然國璋受國民付託，使國家竟至於此，負罪引慝，亦何必嘵嘵申訴，求諒國人。但揆其所以致此之由，與夫平日之用心，為事實所-格，屢投而不得一當者，緣因複雜，困難萬端。欲避賢求去，苦無法律之可循；欲忍辱圖全，又乏津梁之可濟。長此悠忽，必召淪胥。諸君子為國干城，同負責任，用特披瀝肝鬲，為一言之。溯自京畿變生，國祚半斬，元首播越，舉國騷然。於是黃陂委託於前，段前總理敦促於後，皆援副總統代職之規定，強國璋以北來，明知禍亂方殷，菲材絕難負荷，惟冀黃陂復職，主持有人，則不佞捍衛南疆，尚可分擔艱鉅。乃商請無效，各省區督軍省長、及文武官吏，分馳電牘，敦促入都。猥以藐躬，過承督責，湯火之蹈，且不容辭，矧安危不僅繫於個人，匡助可取資群力乎？驚濤共濟，全恃同舟，初不料璽綬方承，而內部轉愈趨紛擾也。國璋抵京，首先奉政黃陂，不獲許可，而後受職。其時國會早經解散，政府尚在板輿，繼絕布新，有同草創。段前總理投艱遺大，獨任賢勞，正宜共濟時艱，中外一致，而西南諸省，忘再奠共和之績，以非法內閣相攻，別挑釁端，遂開戰禍。迨內閣改組，宜可息爭，國會問題，又生枝節。對於中央之任命官吏，則嘖有煩言，對於石黎之擾亂荊襄，則引為同志。是非乖忤，真相莫明。譬解百端，欲促返省，初不料唇舌俱敝，而結果仍訴諸兵戎也。民國元二之交，風雨漂搖，幾毀家屋，項城運其雄才大略，曾不數月，而七省同時戡定，大權集於中央。國璋能力，固不逮項城，然前事之師，不妨相襲，徒以觀念所在，元氣之凋殘，民生之疾痛，實過元二年。佳兵不祥，古有明訓，內訌宜息，人具同情。本無厲行專制之心，何取經營力征之舉？以故軍事初起，第望促進和平，不因敗績而求伸，反示包容而停戰，無非欲融洽南北，盡釋猜嫌，耿耿寸衷，可質天日。乃北則疑其寡斷，兵氣幾為之不揚，南則信其易欺，驕蹇益難於就範。湘桂各軍，乘機陷岳，意在示威，予政府難堪，激同胞之宿憤。中央縱無統馭，亦何至聽命於地方？必背公德而矜強權，不留餘地以相讓步。則最後解決，惟戰乃成。因事制宜，絕非矛盾。更不料干城之寄，心膂之司，或竟觀望不前而損聲威，行動自由而滋謠諑也。凡此種種，皆事實上隨時發生之障礙，足使國璋維持大局之希望，悉消滅而無餘，而逆計未來應付之難，事變之鉅，則更有甚於此者。國會機關，虛懸日久，頗聞舊議員麇集粵省，有自行開會之說。姑無論前此解散，是否合法，既經命令公佈，已不能行使其職權，即各省區人民，亦斷無承認之理……正式選舉總統之期，轉瞬即屆，根本無著，國何以存？此大可憂者一。財政艱窘，年復一年，曩者政府每值難關，亦當恃外債以為生活，然能合全國之財力，通盤籌畫，猶得設法挹注，勉強撐持。蕭牆哄爭，外省內解之款，大半截留，來源漸絕，而軍政費之支出，復倍蓰於平時。羅掘久窮，誅求鮮應，主藏作仰屋之歎，乞鄰有破產之虞，桑孔再生，亦將束手，此大可憂者二。內閣負責，取法最善，段前總理為國戮力，橫被口語，托詞政策撓屈，與各國務員相率引退，而總理一職，後來者遂視為畏途。聘卿暨今諸閣員，皆國璋平昔至契，迫於大義，礙於感情，暫允——，初非本願，滿擬時局漸臻統一，再行組織以符法治，心力相左，激刺尤深。今聘卿業已殷憂成疾而在假矣，設錢代總理諸人，復謂事不可為，褰裳而去。強留則妨友誼，覓替則恨才難，推測其終，將陷於無政府之地位，此大可憂者三。至目前外交之情形，尤應激起吾人之警覺，個中利害，另電詳聞。國璋一武夫耳，因緣時會，謬握政權，德不足以感人，智不足以燭物，抱救民之念，而民之入水火益深，郁愛國之憂，而國之不顛覆者亦僅。澄清無術，空揮三捨之戈，和平誤人，錯鑄六州之鐵。馴至四郊多壘，群盜如毛，秦豫之匪警頻聞，畿輔之流言不息，雖名義同於守府，而號令不出國門。瞻望前途，莫知所屆。何敢久居高位，自誤以誤國家？自應求卸仔肩，歸還政柄，惟民國既無國會，而總理現屬暫攝，又不能援《約法》條例，交其代行，追原入京受職所由來，實出諸君子之公意，國璋既備賞艱阻，竟不獲補救於萬一，坐視既有所不能，辭職又無從取決，只有向各省區督軍省長暨文武官吏，詳述危殆情形，應請籌商辦