段祺瑞轉任參戰督辦後，馮國璋的主和立場反而逐漸軟化，馮既然被迫放棄主和立場，7年2月5上一連串下達了六道命令，茲抄錄如下：
（一）查湖北襄鄖鎮守使兼陸軍第九師師長黎天才，暨湖北陸軍第一師師長石星川，分膺重寄，久領師干，宜如何激發忠誠，服從命令，乃石星川於上年十二月宣佈獨立，黎天才自稱靖國聯軍總司令，相繼宣告自主，迭次抗拒國軍，勾結土匪，攻陷城鎮，並經各路派出軍隊，奮力痛剿，將荊、襄一帶地方，次第克復，而該兩逆甘心叛國，擾害閭閻，實屬罪無可逭。黎天才、石星川，所有官職勳位勳章，應即一併褫奪，仍著各路派出軍隊，嚴密追緝，務獲懲辦，以肅軍紀而彰國法！此令。
（二）譚浩明等，擁眾恣橫，甘為戎首，前已有令聲罪致討。譚浩明以現任督軍，不思綏輯封圻，恪盡軍寄之責，乃竟自稱聯軍總司令，率領所部，侵擾臨疆，若再濫廁軍職，何以申明紀律，警戒來茲？署廣西督軍陸軍中將譚浩明，著即褫奪官職暨勳位勳章，由前路總司令一體拿辦。其他附亂軍官，並著陸軍部查明懲處，以彰國法而警傚尤！此令。
（三）前因湖南督軍傅良佐，代理省長周肇祥，擅離職守，曾令免職查辦。兩月以來，荊、襄叛變，岳州失守，士卒傷亡之眾，人民流離之慘，深愴予懷。追論前愆，該前督等實難辭失律僨事之咎。傅良佐一案，著即組織軍法會審，嚴行審辦。周肇祥職司守土，遇變輕逃，並著交文官高等懲戒委員會依法懲戒，以肅綱紀而儆方來！此令。
（四）陸軍第八師師長王汝賢，前令以總司令代行湘督職權，督同第二十師師長范國璋保守長沙，立功自贖，乃竟相繼挫敗，省垣不守。此次岳州防務，范國璋所部，又復先行潰退，總司令王金鏡，身任軍寄，調度乖方，以致岳城失陷，均屬咎有應得。王汝賢、范國璋，均著褫奪軍官勳位勳章，交曹錕嚴行察看，留營效力贖罪。王金鏡著褫奪勳位勳章，撤銷上將銜總司令，以示懲儆！此令。
（五）江西督軍陳光遠，於湖南戰役，疊有電令進援，乃該督軍托故延緩，致誤湘局，殊難辭咎。陳光遠著褫上將銜陸軍中將，仍留督軍本職，俾其奮勉圖功，以策後效！此令。
（六）馮覺得又主和又主戰，對國人頗難交代，於是下令「罪己」：「……迨前湖南督軍傅良佐棄職輕逃，前援湘總司令王汝賢，副司令范國璋，接踵潰退，長江陷落，大損國威。前國務總理段祺瑞暨各國務員等，以軍事失敗，政策撓屈，引為己責，先後呈准辭職，國璋於此，正宜申明紀律，激厲戎行，奮一鼓之威，作三軍之氣，乃因湘有停止進兵之電，粵有取消自主之言，信讓步為輸誠，認甘言為悔禍。方謂干戈浩劫，猶可萬一挽回，固料其非盡真誠，而終思要一信義，於是佈告息爭，以冀共維大局。孰意譚浩明等反覆恣肆，攻破岳州，今則攘奪權利之私，實已昭然若揭，不得不大張撻伐，一翦凶殘。然苦我商民，勞我師旅，追溯既往，咎果誰歸？傅良佐等僨事失機，固各有應得之罪，而舉措之柄，操之中央，循省藐躬，殊多慚德。兵先論將，往哲有言，泛駕之材，詎可輕馭。國璋不審傅良佐等之躁率，而輕用人，是無知人之明也。叛軍幸勝，反議弭兵，內訌終凶，言之成理。國璋欲慰大多數人之希望而徑許之，是無料事之智也。思拯生靈於塗炭，而結果乃重擾閭閻，思措大局於安全，而現狀乃愈趨棼亂。委曲遷就，事與願違，是國璋之小信未能感孚，而薄德不堪負荷也。耳目爭屬，責備難寬。既叢罪戾於一身，敢辱高位以速謗？惟攝職本出《約法》，詎容輕卸仔肩？鄂疆再起兵端，尤應勉紓籌策。所望臨敵之將領軍隊，取鑒前車，各行省區域長官，共圖後盾，總期大勳用集，我武維揚，俾秩序漸復舊觀，蒼赤稍蘇喘息。國璋即當返我初服，以謝國人。耿耿寸心，願盟息壤，凡百君子，其敬聽之。特此佈告！」
主戰派穩居上風後，不止是要嚴懲西南人物，同時也要整肅北方主和派，並且還明目張膽地寬赦帝制犯。2月4日北京政府下令：
「據督軍曹錕等呈：時事多艱，人才難得，查有梁士詒、周自齊、朱啟鈐三人，前因政治嫌疑奉令通緝，嗣於上年七月間軍事猝起，奔走擘劃，多所裨助，擬請略跡原心，復其自由等語。梁士詒、周自齊、朱啟鈐免予緝究。」
接下去便有康有為的弟子陳煥章（總統府顧問、孔教會會長）根據這道赦令，呈請為張勳和康有為開脫：
「帝制犯可赦，復辟犯亦可赦。人才難得，法律平等。」
北京政府批了「應從緩議」四字。
2月28日北京政府又有命令：
「督軍曹錕等呈稱：雷震春、張鎮芳歷居要職，卓著勵勞，名刑書，才有可用等語。著即開釋，發交曹錕軍前效力」。
這表示復辟派已有生機，於是張勳的嗣子也帶了30萬巨款由徐州到上海來活動特赦。不幸他走錯了方向，在長三堂子裡揮霍，錢化得精光，還負了一身債，被債主扣押起來，由他的母親備價贖回。同時馮德麟的舊部第二十八師中下級軍官在錦州開了一次會，聯名呈請北京政府，以南徵人才難得，請起用馮為奉天軍務幫辦。
3月15日北京政府發表命令：
「所有民國五年、六年通緝之楊戾、康有為等，均免予緝究。」
皖系主戰派繼續加大火力打擊直系主和派，他們把箭頭和目標集中在馮國璋的化身江蘇督軍李純身上。李純被迫請假不見客，湖北督軍王占元自請罷官，江西督軍陳光遠因受革職留任處分而請辭職。馮國璋深抱不安去電慰勉，電云：「璋與足下，交非恆泛，無論感受何種刺激，絕不容獨善以棄國家。」2月7日內務總長錢能訓在國務會議上提議懲戒李純，全體閣員都同意了，只有王士珍不同意。後有人折衷建議用國務院名義電斥李純，王士珍也不同意。最後由閣員九人聯名發出虞電（二月七日）譴責李純，王士珍沒有列名。2月8日張作霖發出庚電斥責李純：「身膺節鉞，首倡調和，長彼凶鋒，怠我士氣，實足貽我北派之羞而為天下所笑。」
李純對斥責他的電報都有反駁。他有佳電（2月9日）向王士珍聲明，他前此的世電是對南方緩兵之計，是可戰可和統籌兼顧，從沒有阻撓南方的軍事討伐。
李純同時也作了反擊，他指責九名閣員聯名的虞電，總理王士珍並未列名，不能算一件公文，只是一個私人攻擊，他說：
「斷章取義，任意吹求，故入人以亡國殃民之罪，在君主時亦未聞對於疆吏呵斥至於如此。」
他又有蒸電（2月10日）譏諷張作霖：
「主戰之聲高而且烈，然未見一兵南來，欲仗虎威殺盡同胞，削平內戰。」
馮國璋在北京已消失了權力，一切受主戰派的「太上政府」指揮。2月6日曹錕派他的兄弟新任直隸省長曹銳代理直隸督軍，自己動身南下，在孝感設立南征大本營，又在漢口劉園正式成立了第一路軍總司令部。同時把代理第三師師長吳佩孚改「代」為「署」，統率第三師由鄂北開往鄂南。2月12日，張敬堯統率第七師由徐州經鄭州南下，15日到達漢口。北京政府特派殷鴻壽為前敵總執法官，授予七獅軍刀一柄，對臨陣退縮的官兵可以「先斬後奏」，殷率劊子手40名到漢口。第二路軍的施從濱師也安全通過浦口，於2月18日搭輪船運到九江。
這一切顯示主戰派積極行動，南北大戰即將爆發。