直、皖兩系是為了湖南戰爭問題而公開分裂的。湖南局勢如何呢？自北軍退出長沙後，湘軍第一師師長趙恆惕便進入長沙，他抵長沙後，就接到湘軍總司令程潛的電報，令他掃徑以待聯帥，這所謂的聯帥，便是湘粵桂聯軍總司令譚浩明。接著程潛抵達了長沙，於6年11月24日接任湖南省長。可是譚浩明也有電報叫他：「勿得擅有建立，致涉紛歧。」12月8日程潛解除湖南省長兼職。12月12日譚浩明到長沙，18日宣佈「暫以湘粵桂聯軍總司令名義兼領湖南軍民兩政事宜。」
譚延-在傅良佐入湘時被迫下台，下台前他就作了準備，等桂軍援湘，騙逐北軍出境，他就可以復職。原來桂系軍閥一直是支持譚延-的。趙恆惕是湘軍將領擁譚的，而當時的省議會也以擁譚議員居多。趙恆惕先到長沙可能支持省議會電請譚復職，或是再選舉譚為督軍。程潛來電制止不許發佈任何名義，以及程後來抵達長沙不做督軍而做省長，就是因為要留待「聯帥」譚浩明入省後決定。不料譚浩明入長沙後，竟毫不客氣地「兼領湖南軍民兩政」。這表示桂系想把湖南併入他們勢力範圍內。當時的情勢，湘軍內部不和睦，湘、桂軍之間也不和睦。
桂軍為了保全兩廣的門戶而援湘，打起仗來，湘軍在前，桂軍在後，佔領長沙後，湘軍主張乘勢奪回岳州，桂系則主張以佔領長沙為止境。當時岳防司令是王占元所屬的第二師師長王金鏡。桂系認為進攻岳州就會破壞直、桂兩系的同盟關係，可能引起北方直、皖兩系由分而合。不進攻岳州卻可利用直系牽制皖系，由此達成與北方的和平妥協。這當然和湘軍意見相反，湘軍認為不奪回岳州，就守不住長沙，桂軍不肯支持湘軍奪回岳州，顯見桂系的援湘不是為湘人打算。桂系的「聯帥」譚浩明不僅不聽湘軍意見，且與駐守岳州的北軍王金鏡簽定了各守原防的互不侵犯協定。
湖南人民紛紛要求驅逐北軍全部退出湖南，湘軍也一再請纓，要北攻岳州，譚浩明為之頗難應付，因此電請直系四督轉達北京政府撤退岳州的北軍，其實直系四督早已破裂，因為直隸督軍曹錕已是征南軍統帥，桂系不是不知道，不過這樣做法是為了敷衍湘軍。
這都是督軍團在天津舉行會議以前的事，這時馮國璋還想促成南北和議，責成李純直接與陸榮廷接洽，主張湖南先行停戰，南軍不進攻岳州，北軍也不反攻長沙，暫以七旬老人劉人熙為湖南督軍。一切問題留待和平會議解決。馮暗示這是他所能為力的最大限度，否則他就無法阻止皖系的進兵。
桂系催促馮國璋下停戰令以期實現和平。馮則遲遲未予答覆。11月26日陸榮廷首先下了停戰令，28日譚浩明據以發表，不許湘軍繼續前進。陸榮廷又致電直系四督謂：「已飭前方停戰，請極峰（指馮）速下停戰令。」
馮的停戰令為什麼沒有發表呢？原來馮的停戰令早已擬就，忽然接到督軍團在天津開會的消息。隨後曹錕等十人聯名電馮，要求對西南下討伐令。這樣一來，停戰令當然無法下達，12月馮下了一道命令，既不是停戰令，也不是討伐令，卻是再任命譚延-為湖南省長兼署督軍。
主戰派對馮的命令置之不理，仍然積極安排軍事行動，馮乃告訴段芝貴，要大家靜候中央決策，採取一致行動。可是主戰派卻說：只有下討伐令才能取得一致行動，如果不下討伐令，我們也要進兵。
6年12月15日馮國璋邀請段祺瑞和王士珍到總統府舉行會議，這北洋三傑面和心不和，馮希望大家能取得一致意見，避免北洋派分裂。段祺瑞表示除了下討伐令而外，別無他法。王士珍則兩面敷衍，不作左右袒，完全打高空。馮本以為在會議中可以聯合王士珍說服段祺瑞，怎知王士珍太滑頭，結果反被段所嚇倒。
12月16日，馮國璋發表電令，派曹錕、張懷芝為第一、第二兩路總司令。這個人事命令，不以命令發表，而以電令發表，是馮避重就輕的辦法。馮認為總統命令不能出爾反爾，而電令則隨時可以變更。這樣便可以敷衍主戰派，而南方也可曲諒。其實不下討伐令而派出兩路討南的司令，真可算做大笑話。
馮的電令發表後，曹錕和張懷芝立刻要求發給南征軍費200萬元。各省軍閥也在對南用兵的大帽子下紛紛催索軍餉，截留稅收，招兵買馬，以擴大自己的武力。馮對主戰派逐漸讓步，6年12月18日又特派段祺瑞為參戰督辦，特任段芝貴為陸軍總長。同一天並下一道手令，以後關於參戰事務均交參戰督辦處理，不必呈送府、院。馮的私意這樣一來便和段劃分了勢力範圍，對外問題交段處理，對內問題由他主持，希望彼此各得其所，和平相處。段為什麼樂意做參戰督辦呢？因為他深知督軍團是一種利害結合，張勳復辟前車可鑒，如果他自己無可用之兵，則一切是空的，做了參戰督辦，就可暗中建立自己的軍隊，利用日本軍械和借款。
段祺瑞就任參戰督辦後，督辦公署正式成立，以靳雲鵬為參謀處處長，張志潭為機要處處長，羅開榜為軍備處處長，陳-為外事處處長，衛興武為副官處處長。並聘各部總長為參贊，次長為參議。這個督辦公署是內閣以外的一個政府，事實上段並不是對出兵國外作戰有興趣，而是想利用出兵之名編練一支可以由他自己控制的參戰軍。正好像當年袁世凱在洪憲時期編練模範軍作為自己的新建武力，今天段想編練參戰軍乃是為自己建立嫡系部隊。要知道，中國對德國是宣而不戰，世界上豈有先宣戰，然後才訓練參戰軍的？
至於馮國璋本意是要把段祺瑞的權力限制在對外問題上，可是結果適得其反。參戰督辦並不隸屬內閣，他的一切決定可以直接發交有關各部辦理，對內可以發號施令調動軍隊，對外可以憑借這個機構直接取得外援。結果依然抓住了軍政大權。因此自這個參戰督辦公署成立後，內閣便名存實亡，馮想剝奪段的權力，和逐段下台的一切努力都化為烏有。
據說直系和桂系之間曾有密約，就是直繫在北方推翻段內閣，桂系則在南方推翻護法的軍政府。直繫在北方取消臨時參議院，桂系則在南方取消非常國會。然後南北合流召集新國會，新國會推舉馮國璋為大總統。這是直、桂兩系政治勾結的如意算盤。
在段內閣垮台後，直系並不能掌握北方的局勢，天津會議讓主戰者氣焰高漲，這一來，桂系對於取消廣州的護法軍政府和非常國會便不能不有所觀望。
馮的處境左右兩難，因為主戰派威脅叫囂著要他對南方下討伐令，而桂系則催促他下停戰令。他在兩難中想出一條妙計，他密令李純電勸陸榮廷取消兩廣自主，由於兩廣取消自主，主戰派便師出無名，這樣就可以進行南北和局。
桂系鑒於段內閣名倒而實不倒，同時主戰派殺伐之聲不絕於耳，因此堅持北京政府先下停戰令作為北方不進攻南方的確切保證，然後召開南北和會以達成南北統一。陸榮廷向李純表示：只要北軍退出岳州，桂軍也可以從湖南撤退回粵。
馮為了表示對桂系的讓步，12月21日下令任命李靜誠為廣西省長。這也是將順陸榮廷的意思，李靜誠是廣西督署的參謀長，陸有意升他為省長，馮即先期發表。李靜誠向北京政府保薦張德潤為政務廳長，這表示桂系已經事實上取消自主了。
直系、桂系之間所爭的，是先後問題，直系希望兩廣先取消自主，然後北京政府下停戰令。而桂系則希望北京政府先下令停戰，然後兩廣再宣佈取消自主。
桂系不但先下了停戰令，還間接表示了不繼續作戰。「聯帥」譚浩明在答覆漢口和南昌兩個商會的電報中特別強調和聲明南軍決不侵犯湖北和江西。
直系的湖北督軍王占元為了配合桂系的行動，也請求北京政府准其調回第二師，以新開到岳州的第十一師師長李奎元接任岳防司令，這些都表示直、桂兩系的合作關係正在積極加強。
馮國璋前已發表了一則青電，表示他也是一個主戰派，他說：「前因湘事失敗，欲利用停戰之名，騰出時間以籌軍備。」並以大元帥名義電令各軍分途出發。這個期間北洋派大家是在兜圈子做文章，直系是「寓戰於和」，皖系是「寓和於戰」。
12月26日馮忽然下了停戰佈告，使主戰派為之相顧失色。不過他仍然是在公文程式上繞圈子，一方面向桂系表示接受了他們請下停戰令的要求；另一方面又向北方主戰派解釋停戰佈告與停戰令有區別，停戰佈告不是正式文告，隨時可以改變。他把「停戰佈告」說成是「武裝和平」，如果南方不聽話便仍然進行討南軍事。
桂系對馮國璋的停戰佈告感到滿意，陸榮廷建議推岑春煊為南方議和總代表，希望北方也推出議和代表來以便舉行南北和議。12月28日，陸榮廷有勘電致西南各省，聲明他對國會問題無意見：「請從多數取決，但期早日召集」。在這電報中，護國、護法早已拋到十萬八千里之外。這個電文並未打給孫中山。
12月31日主戰派曹錕、張懷芝、張作霖、倪嗣沖、閻錫山、陳樹藩、楊善德、趙倜、孟恩遠、鮑貴卿、李厚基、姜桂題，田中玉、蔡成勳、盧永祥、張敬堯等16人發表世電，堅決反對恢復舊國會。認為：「舊國會兩次召集，兩經解散，成績無聞，名譽失墜，萬無恢復之理。請我大總統敦促參議院迅將政府提出之選舉、組織兩法剋日議決施行，以為召集新國會之張本。」這個電報是對馮示威的，因為馮打算在南北統一實現，舊國會與臨時參議院同時取消之後，根據舊的國會組織法與兩院議員選舉法，進行新國會的選舉，再由這個新國會進行總統的選舉，而新國會的選舉，皖系是無法加以控制的。
皖系反對恢復舊國會，反對南北和議，企圖用臨時參議院制定新的國會組織法與兩院議員選舉法，利用南北不統一的局勢，一面在北方進行新國會的選舉，一面用指派的方法包辦西南五省的選舉。因此「政治倒馮」與用兵西南是相輔相成的。
直系對於主戰派皖系的16人聯名世電，予以反擊，由發出支電（民國7年1月4日），主張解散臨時參議院，1月12日馮同意一俟臨時參議院通過《關於國會組織法的修正案》，即可進行新國會的選舉。
直、皖兩系由主和、主戰的爭論，蔓延到對國會的爭論。
那位一無作為的王士珍總理面對著南北複雜局勢為之搖頭，他覺得，這年頭不獨對南疏通困難，對北也難疏通，他乃向馮求退，馮說：「我也幹不了，要走我們一起走。」
「走」，也不是一件容易的事。政治的可怕就在於此，政治火坑跳下來就不容易脫身。尤其是在北洋時代，像袁世凱這樣老奸巨猾，強項剛毅，坐上了總統位子，都脫不了身。像黎元洪那樣能夠忍氣吞聲，柔和庸懦，仍是成為高級政治俘虜，因此馮國璋又何能例外？
主戰派以行動來答覆主和派，曹錕派吳佩孚率領第三師由京漢路南下，會合張敬堯的第七師，通過湖北進攻湘北；張懷芝派山東暫編第一師師長施從濱率部由津浦路南下，會合倪嗣沖所抽派的安武軍二十營，通過江西進攻湘東。不過這兩路人馬都必須經過長江三省，長江三督既然主和，主戰派兵馬假道自然受到阻撓。
江蘇督軍李純、江西督軍陳光遠都嗾使地方團體通電呼籲和平，拒絕客軍假道。湖北督軍王占元處境比較困難，因為湖北既靠近湖南，又毗連四川，是主戰派進攻西南的主要路線，而湖北境內既有北軍，又有南軍，所以王占元不能露骨採取拒絕客軍的態度，因此王授意湖北團體在呼籲和平的電報中，附帶表示，如果戰爭不可避免，應將武漢三鎮劃在戰區之外。
主戰派認為李純是長江三督之首，是直系的第二把交椅，乃集中攻擊李純，罵李是破壞北洋派的一個敗類。其中罵李純罵得最刻薄的，是李純一手提拔出來的張敬堯。張平素在電報中稱李為「秀帥我夫子」（李純字秀山），現在張竟造謠說：「非常國會將移南京開會」。氣得李新年不見客。並在1月11日正式向北京政府辭職，且舉督署參謀長齊燮元代理。
李純這時手中添了一張王牌，是馮玉祥，馮玉祥一旅是在段內閣倒台後由廊房調往福建用以進攻廣東的，可是到了浦口後就停留不進了。馮玉祥的舅父陸建章是直系倒段的幕後人物，這時也到了南京。江蘇督軍李純電請馮國璋准許留馮旅在浦口，拔歸李自己節制調遣，這是準備在必要時以武力阻止第二路軍南下的主要步驟。
「南征軍」第二路軍施從濱師由津浦路開到滁州，果然就被駐防浦口的馮玉祥阻止他們前進。這是一個新的緊張情勢，全國各方面注意力都集中在浦口，因為如果施從濱真的繼續前進，戰爭就會爆發，這個戰爭卻是北洋派內主戰派和主和派的戰爭。
主戰派的皖系，這時既要討伐南方，又要對付北方的主和派直系，使得皖系軍人群情憤激。7年1月8日，以曹錕為首的督軍團又在天津開會，有人建議懲戒李純和陳光遠，不過未獲一致協議。馮耽心主戰派日趨極端，乃秘密關照李純：
「各方集兵於寧，希補救遠嫌。」李才有辭職電發出。
這一期間北洋派的佔領區內也起了一些騷動。6年11月25日浙軍旅長葉煥章、寧台鎮守使顧乃斌在寧波宣佈自主，推蔣尊簋為自主軍總司令。12月1日湖北第一師師長石星川在荊州宣佈自主，16日湖北第九師師長黎天才在襄陽宣佈自主。7年1月4日，河南民軍首領王天縱在汝州宣佈自主。寧波的獨立，由於浙軍內部不合作，浙軍第一師師長童葆暄派兵在隔江曹娥開了幾炮，自主軍將領就逃走了。
荊、襄兩地的自主軍推黎天才為湖北靖國軍總司令，石星川為湖北靖國軍第一軍軍長。荊、襄自主使王占元的地位發生極大的困難。他是南北調人之一，不肯與西南為敵，可是在他的轄境內發現了與西南採取一致行動的自主軍，又不便置之不理，因此他心平氣和地勸告他們取消自主，並且保證不向他們發動軍事進攻。自主軍除了反對北京政府外，對王占元也並未加以惡言。
王占元雖然不對自主軍進攻，可是湖北西部還有另一支屬於皖系的軍隊，那就是由四川敗退到宜昌的吳光新軍。吳光新在四川打了敗仗，很想收復荊、襄，立功贖罪。吳光新的力量並不強大，可是荊、襄兩地自主軍在地形上互相隔離，並且各自為政，互不相下，這樣便予敵人以可乘之機。王占元自己不願進攻自主軍，也不願假手別人，尤其是吳光新，因為倘若吳光新剿平了自主軍，則對他有極大的威脅。不過他不能公開反對吳光新對自主軍的進攻，因此王處於十分尷尬的地位。
河南汝州的自主更增加了問題的複雜性，河南督軍趙倜雖名列主戰派，可是他不是北洋派的正統，汝州在河南西南部，與湖北西北部襄樊毗連，如果兩個地區的自主軍合流，對趙倜也是一種威脅。
荊、襄自主給桂繫帶來了煩惱，尤其是援湘的聯帥譚浩明，因為湘西的民軍紛紛要求開往鄂西和自主軍打成一片。而自主軍又是和西南方面打成一片的，譚浩明沒有理由予以拒絕。可是湘西民軍開往鄂西，便是對王占元的一種敵對行動，王占元是北洋派中的主和派，因此他又不能不竭力加以阻止。他致電北京政府說：「如果北軍攻荊、襄，則南軍也會進攻岳州。
這時，直軍第三師已經開到廣水，準備進攻湖南。由於北方主戰派和主和派在對南問題上展開了激烈的鬥爭，曹錕也有所顧慮，想把軍隊在湖北停留觀望一下，再作行止。於是曹錕、趙倜、吳光新便進行會商，他們決定在進攻湖南以前先消滅荊、襄自主軍，同時請王占元派兵協助，以便擺下一個四面圍攻的陣勢。王占元對這計劃無法拒絕。
荊、襄兩地自主軍統師黎天才（湖北靖國軍總司令）的形勢並不利，當地駐軍旅長張聯升不肯附和，率領所部移駐南陽。湖北靖國軍第一軍長石星川不願屈居黎下，竟和黎分了家改稱護國軍，企圖向譚浩明靠攏。黎天才因之日陷孤立，加上王占元不斷用勸告方式請他放棄自主，他於是把策動這次自主的前鄂軍第八師師長季雨霖、旅長關龍予以逮捕，並且加以殺害。這一來荊、襄自主軍的活動變成曇花一現，不待北軍進攻已成土崩瓦解之勢。