段祺瑞討伐南方，武力統一的政策行不通，又受直系的反對，湖南情勢又突變，他只能出之辭職一途了。當他辭呈尚未提出時，江蘇督軍李純又來電建議總理不兼陸軍總長、解散臨時參議院、派唐紹儀為北方議和總代表、迅速召開南北和議。
11月16日段被迫提出辭呈，同時發出「正密」銑電痛論北洋派團結的必要，以及自己不得不辭職的苦衷，電云：
「祺瑞自五月罷職以後，久已厭絕人事，閉門謝客，國變再出，大違初衷。就任以來，賴諸君子群策群力，共濟艱難，私冀發揮我北洋同袍之實力，統一國家，奠寧宇內，庶幾人民得以安堵，法治乃能設施。此次西南之役，……迭經閣議，詢謀無間，既非私心自用，又非黷武佳兵，耿耿此心，可對同志。（指北洋同志）……乃奸人煽惑，軍無鬥志，刪日王汝賢、范國璋等通電傳來，閱之痛惜。不意我同袍中，競有此不顧大局之人，干紀禍國，至於此極也。……今日中國，盜賊盈途，奸人恣肆，綱紀日夷，習俗日敝，所謂護法護國，有名無實，徒供欺詐者-張為幻之具。……環顧國內，惟有我北方軍人實力，可以護法護國。果能一心同德，何國不成，何力不就。辛亥癸丑之間，我北方軍人，人數不及今日三之一，地利不及今日三之一，所以能統一國家者，心志一而是非明也。近來南方黨徒，亦知我北方軍人，宗旨正大，根底盤深，非彼西南勢力所能兼併，乃別出陰謀，一曰利用，二曰離間，三曰誘餌，昌言反對者，固為彼所深仇，即與之周旋，亦是佯為結好；無非啟我鬩牆之爭，收彼漁人之利，始以北方攻北方，繼以南方攻北方，終至於滅國亡種而後快。王汝賢為虎作倀，飲鴆而甘，撫今追昔，能無憤慨，湘省之事，非無收拾之法，我不忍使北方攻北方，以自抉藩籬，落彼陷阱也。王汝賢等不明大義，原不足惜，我不忍以王汝賢之故，致今同室操戈，嫌怨日積，實力一破，團結無方，影響及於國家也。我北方軍人分裂，即中國分裂之先聲，我北方實力消亡，即中國消亡之朕兆。祺瑞愛國家，不計權力，久荷諸君子深知，為國家計，當先為北方實力計，捨祺瑞辭職之外，別無可以保全之法，決計遠引，已於昨日呈中乞休，既非負氣而去，又非畏難苟安，大勢所趨，宜觀久遠，倘能達我愚誠，北方實力得以鞏固，艱難時局，得以挽回，則祺瑞今日之辭職，實為萬不可緩之舉。……自北以往，伏願諸君子……時時以北方實力，即國家實力為念，團結堅固，勿墮彼輩陰謀之中，以維持國家於不敝，此祺瑞鰓鰓愚衷所禱祈以求者也。臨別之贈，幸審存之。段祺瑞。銑印。」
段認為北洋軍閥是中國正統的勢力，因此沒有北洋軍閥便無中國。他說「北方軍人，宗旨正大，」忘記了他自己教唆督軍團造反以謀恢復自己的勢力，便是極不正大的行為；他的責備直系軍人不應該「啟閱牆之爭」，使西南「收漁人之利」，忘記了他自己的假對外以制內，便是「閱牆」，日本便是「漁人」；他說西南「始以北方攻北方，繼以南方攻北方，終至於滅國亡種而後快」。忘記了他自己始以西南攻西南，繼以北方攻西南。他詆毀西南用離間計來破壞北洋團體，其實北洋自己利害鬥爭，自行分裂何待離間。他一面責備王汝賢，一面仍想把北洋軍閥團結成一個勢力，作撐持中國的台柱。可是這根台柱，已經成了破朽的廢料，難以修補了。
段的密電發出後，徐樹錚另發一密電，要求皖系各軍閥復電擁護段。馮國璋於是也發出一通密電，原文如下：
「國事瀕危，人心浮動，一隅生隙，全國動搖。茲將數日經歷情形，暨失機可惜之點，通告於後：自復辟打消，共和再造，軍人實為功首，此後軍人團體，即為全國之中心點，生死存亡，有莫大之關係，此不但本國人所共和，亦外交團所共認。此次政府成立，所行政策，以改良民國根本大法為宗旨，故不急召集新國會，而為先設參議院之舉，在法律上雖微有不同，而用心實無私意存於其內。西南二三省，起而反對，無理要求，中央屢為遷就，愈就愈遠，不得已而用兵，只為達到宗旨而已，初非有武力壓迫之野心也。兵事既起，勝負雖未大分，而川事則中央頗為得手，黔、滇在川之兵，不日可期退出川界。廣東方面，陸、陳、譚雖有援湘之兵，因龍、李、莫傾向中央，暗中牽制，以是不能大舉。是時也，湖南戰事，我北軍將士，稍為振奮，保持固有之勢力，中央即可達完善之結果。不意我北軍九死一生，最有名譽之健兒，誤聽人言，壯志消沮，雖系一部分之自棄，而掣動新勝，暨相持未敗之眾，於是合謀罷戰，要求長官，通電乞和，不顧羞恥，雖曰其中有不得已之苦衷，而中央完全將成之計劃，盡行打消矣。諸君聞之，能不惜哉！能不痛哉！特是通電求和，主持人道，欲達宗旨，亦必能戰而後能和。假如佔住勢力，戰勝一步，宣佈調停，再進一程，徵求同意，為中央留餘地，保政府之威嚴，吾輩軍人之名譽大張，國家人民之幸福是賴，樂何如之。乃不出此而為搖尾乞求，縱達到和平目的，我軍人面皮喪盡矣。國璋亦軍人之一分子也，如此行為，萬無下場餘地，不為羞死，亦將氣死。諸君皆愛國丈夫，有何高見，如何挽救，能否賈勇救國，振奮部下士卒精神，籌兵籌餉，以謀勝利，則大錯雖已鑄成，尚可同心補救。國璋代行權位，惶愧奚如！國之不存，身將焉附？如有同心，國璋願自督一旅，親身督戰，先我士卒，以雪此羞。宣佈事實，渴望答覆！」
11月18日，直系四督直隸督軍曹錕、湖北督軍王占元、江蘇督軍李純、江西督軍陳光遠發表聯名巧電，主張停戰。長江三督忽然變成直系四督，聲勢大震，對段來說可算是制命之傷。直系四督通電如下：
「慨自政變發生，共和復活，當百政待理之際，忽起操戈同室之爭，溯闕原因，固由各方政見參差，情形隔閡，以致初生齟齬，繼積猜嫌，亦由二三私利之徒，意在竊社憑城，道乃乘機構釁，而黨派爭樹，因得以利用之術，為挑拔之謀，逞攘奪之野心，洩報復之私忿。名為政見，實為意見，名為救國，實乃禍國，於是鬩牆煮豆，一發難收。錕等數月以來，中夜彷徨，焦思達旦，竊慮覆亡無日，破卵同悲，熱血填膺，憂痛並集。蓋我國外交地位，無可諱言，歐戰將終，我禍方始，及今補救，尚恐後時。至財政困難，尤達極點，鴆酒止渴，漏脯療饑，比於自戕，奚堪終日？東北災浸，西南兵爭，人民流離，商業停滯，凡諸險狀，更僕難志。大廈將傾，而內哄不已，亡在眉睫，而罔肯犧牲，每一思維，不寒而慄，中心憤激，無淚可揮。夫兵猶火也，不戢自焚矣，如項城覆轍可鑒，矧同種相殘，寧足為勇？鷸蚌相持，庸足為智？即使累戰克捷，已足騰笑臨邦，若復兩敗俱傷，勢且同歸於盡。今者北倚湘而湘不可倚，南圖蜀而蜀未可圖，仁人君子，忍復騙父老兄弟於冰天雪地槍休彈雨之中？且戰局延長一日，即多傷一日元氣，展伸一處，即多貽一處痛苦，公等誠心衛國，偉略匡時，其於利害禍福所關，固已洞若觀火。況爭點起於政治，悲憫本有同情。錕等不才，抱寧人息事之心，存排難解紛之志，奔走啼泣，慘切叫號，而誠信未孚，終鮮寸效，俯仰愧怍，無地自容，誰希望之殷，始終未懈。故自政爭以來，默察真正之民意，仰體元首不忍人之心，委曲求全，千回百折，必求達於和平目的，以拯國家之危難，而固統一之宏基。區區愚忱，當邀共諒。現在時勢危迫，萬難再緩，不得不重申前說，為四百兆人民，請命於公等之前。伏願念亡國之慘哀，生靈之痛苦，即日先行停戰，各守區域，毋再衝突，俾得熟商大計，迅釋糾紛。魯仲連之職，錕等願擔任之。更祈開誠佈公，披示一切，既屬家人骨肉，但以國家為前提，無事不可相商，無事不能解決。若彼此之隱，未克盡宣，則和平之局，詎復可冀？公等位望，中外具瞻，輿論一時，信史萬世，是非功過，自有專歸，而旋乾轉坤，亦唯公等是賴，反手之間，利害立判，舉足之際，輕重攸分，救國救民，千鈞一髮。臨電迫切，不知所云」。
就在這個通電發出的時間，段祺瑞奉命免兼陸軍總長，遺缺由王士珍繼任。
曹錕雖是直系，以前並未加入長江三督的主和集團，且一向與皖系保持良好關係，被稱為直、皖二系的兩棲督軍，因此當時頗有舉足輕重之勢。直、皖兩系都極力拉攏曹錕，他則一直不作左右袒，他當時在北洋派中實力最大，又是清朝時的北洋大臣地位，他的一舉一動，對北京都有嚴重影響。
曹錕本在直、皖兩系明爭暗鬥中保持中立，忽然聯合直系的長江三督要求停止南北戰爭，對段來說是個無比的打擊，因此皖系的人拚命向曹拉攏，段的紅人徐樹錚曾跑到天津來遊說曹，要曹站在皖系這一方面，將來皖繫在召集新國會選副總統時，就選曹為副總統。他對曹說：長江三督以李純為首，南北和平如果實現，主和派的李純必然政治地位提高，曹錕必無所得。徐樹錚這些話很有力量，曹當然知道將來的新國會必然是皖系控制，此時幫皖系，皖系選他為副總統決無問題。同時黎元洪和馮國璋都是由副總統而扶正的，因此徐的說詞打動了曹。21日，曹錕自天津在長途電話中向段表白，說巧電未經本人同意，本人未參加任何行動。他這個電話，使段大感輕鬆。
關於曹錕究竟有沒有參加列名巧電，這也是政治上的一個微妙事件，原來李純曾向曹錕要求，大家聯合提出一個促進南北和平的電報，曹錕的答覆不置可否。李純便認為曹是默認了，乃自南京把巧電發出，以曹錕領銜，曹錕看到巧電過於嚴重，又怕與段結怨太深，於是予以否認，這一來，直系拉攏曹錕便弄巧成拙了。
於是曹錕在徐樹錚導演下，在21日單獨發表馬電：主張以南軍退出長沙為南北議和的條件。表面上好像仍是主和，或是主戰、主和中間的折衷方案，實際上對南軍是不利的。
曹錕馬電發表前後，皖系軍閥如：安徽督軍倪嗣沖，奉天巡閱使張作霖，浙江督軍楊善德乃其他軍閥：盧永祥、張懷芝、張敬堯、李厚基等紛紛響應段的號召，主張繼續對南方作戰，一時主戰派聲勢大振。
皖系叫戰，直系叫和，雙方遂在這一論爭上大作文章。皖系說：能戰始能言和，應該以戰迫和。直系說：和以示誠意，以和為手段，如果不能達到目的，再戰才能氣壯。其實主和派是對付段，主戰派則是對付馮。並不是真的要和，或是要戰。
北洋派在袁稱帝時已經分裂，不過那時的分裂，只是對袁，也可說是袁的眾叛親離。到了張勳復辟後，北洋派的分裂才告表面化，張勳復辟，段祺瑞誓師討伐還不是真正分裂，到了直系、皖系各走極端時，才是北洋派的正式分裂。
對馮國璋來說，自袁世凱死後就開始做新華宮的美夢，然而當他如願已償時，才逐漸地體會到輝煌壯麗的公府和大總統這個頭銜，並不是理想中的人間仙境，他所身受的痛苦，正是過去黎所受的。他和黎一樣，都是段內閣的蓋印機器。
當他在11月20日批准段的智囊徐樹錚辭去陸軍部次長時，徐卻在天津搞風搞雨，把曹錕從直系四督巧電中拉出來否認。而張作霖組織所謂的秦、晉、皖、奉大聯盟，據說也是徐樹錚的策劃，這個督軍大聯盟，好像又是督軍團再版。
同時，據說日本公使來見馮，放出威脅口吻，他說：「中國局勢正面臨極大困難，內閣不可更動，一更動必定有大亂子」。
然而馮仍下決心要罷免段，他難於物色總理，於是去找王士珍，苦口婆心地求王顧念多年交情，勉強出山，王士珍仍然和黎請他時一樣態度，怎麼說也不肯就，他說得更委婉，他說和段也是幾十年交情，怎肯賣友？他不止是不肯接受總理職位，連陸軍總長一職也稱病不肯就職。
馮國璋在無可奈何中，又去找熊希齡、田文烈、陸徵祥等，這些人當然也都拒絕，因為他們都知道這是一個短命總理，何苦在馮、段中間做夾心餅乾。
一切都是黎元洪時代的翻版，黎當時找到了老氣橫秋的伍廷芳，才免了段的總理，馮最後找到了病懨懨的汪大燮，汪經不了馮的苦求，便在病塌上提出一個古怪的條件：只做幾天總理，只簽署兩個公文。馮也是想找一個過渡，只要有人過渡，馮就可再請王士珍，於是馮答應了汪的條件。
段當然知道馮的情況，所以親赴總統府面請辭職，馮假意請段薦賢，段就推薦了汪大燮，並願親往勸駕。11月22日，馮下令准段辭職，派汪大燮代理國務總理，汪在病塌副署，另再簽署了一紙空白命令，請馮把繼任總理的名字填在上面。
23日馮通電解釋准段辭職經過說：
「以總理關係民國之重，鄙人與總理相知之深，斷不忍聽其恝然高蹈。但總理堅欲息肩，自商汪總長代理總理，不得已於二十二日准免本職。此後內閣改組，仍盼段公舉其所知，俾國璋得收指臂之效。段總理雖暫去職，而國璋倚重之殷，與段公扶持之雅，不異曩昔。」
馮國璋既然免了段祺瑞的總理職務，就想乘機完成總統的大權獨攬，因此第一步是恢復袁世凱時代的大元帥統率辦事處，不過把名目稍微改一下，稱為軍事辦公處，這個機構在黎元洪時代稱為軍事幕僚處。黎有心無力，沒有完成這個計劃，而馮也無法實現，因為皖系軍人紛紛通電反對，所以軍事辦公處的招牌只掛了兩天，就取了下來，仍然恢復軍事處老招牌。