復辟宣佈後即改五色旗為黃龍旗。官制仍照宣統元年官制。即日以上諭封黎元洪為一等公。授張勳、王士珍、陳寶琛、梁敦彥、袁大化、張鎮芳為內閣議政大臣。萬繩-、胡嗣瑗為內閣閣丞，梁敦彥為外務部尚書，張鎮芳度支部尚書，朱家寶為民政部尚書，雷震春為陸軍部尚書，王士珍參謀部大臣，徐世昌弼德院院長，康有為副院長。
又授張勳為直隸總督北洋大臣，留京辦事。馮國璋兩江總督南洋大臣，陸榮廷兩廣總督，曹錕直隸巡撫，齊耀琳江蘇巡撫，張懷芝山東巡撫，閻錫山山西巡撫，趙倜河南巡撫，李純江西巡撫、譚延-湖南巡撫，楊善德浙江巡撫，陳炳-廣東巡撫，譚浩明廣西巡撫，王占元湖北巡撫，李厚基福建巡撫，唐繼堯雲南巡撫，劉顯世貴州巡撫，楊增新新疆巡撫，張廣建甘肅巡撫，張作霖奉天巡撫、孟恩遠吉林巡撫、許蘭洲黑龍江巡撫，劉存厚四川巡撫，陳樹藩陝西巡撫，田中玉察哈爾巡撫，王廷楨江北提督，盧永祥江南提督，張敬堯長江水師提督。
7月2日又授瞿鴻-，升允為大學士，馮國璋、陸榮廷為參預政務大臣，沈曾植為學部尚書，薩鎮冰為海軍部尚書，勞乃宣法部尚書，詹天祐郵傳部尚書，黃桑諾爾布理藩部尚書，張曾-為都察院都察御史，胡思敬、溫肅副都察御史，龍濟光廣東水師提督，吳光新湖南提督。
7月3日豁免宣統九年前民間舊欠錢糧。授陳光遠為直隸提督，范國璋浙江提督，蔡成勳福建提督，逵壽為理藩部左侍郎，顧瑗為右侍郎。李進才為陸軍部副都統，並派充京師軍警總執法處督辦。劉金標為陸軍第十三師師長，李得勝為陸軍步隊第二十五旅旅長。
7月4日諭各省督撫，每省推舉三人來京，籌議憲法國會。授徐世昌為太傅，張人駿、周馥為協辦大學士、岑春煊、趙爾巽、陳夔龍、呂海環、鄒嘉來、張英麟、鐵良、吳郁生、馮煦、朱祖謀、胡建樞、安維駿、王寶田為弼德院顧問大臣，馬安良為甘肅提督，馬福祥為固原提督，陸錦為陸軍部左丞，劉恩源右丞，吳兆毅左參議，韓運章右參議。
7月5日授方樞為內閣法制局局長，郭則-為詮敘局局長，吳廷燮為統計局局長，吳笈孫為印鑄局局長，梁用弧為郵傳部左丞，勞之常右丞。熙彥為馬蘭鎮總兵。
7月6日諭徐世昌以太傅大學士輔政，張鎮芳兼鹽務署督辦，梁敦彥暫行兼署郵傳部尚書，派孫寶琦充督辦稅務大臣，蔡廷干充幫辦稅務大臣，嚴璩署理鹽務署署長，兼稽核所總辦。授張茂炯為中國銀行正監督，曹銳副監督。馬蘭鎮總兵熙彥兼管內務大臣事務。
7月7日授吳錢孫為民政部左丞，張敬修右丞。吳學廉為度支部左參議，宋名璋右參議。
7月8日准張勳開去內閣議政大臣暨直隸總督北洋大臣各差缺。準度支部尚書張鎮芳開缺，以錢壽-暫行代理。準度支部右侍郎黃承恩開缺。
當張勳在清宮中宣佈復辟後，乃指定王士珍、江朝宗為民國代表，梁鼎芬為清室代表，李慶璋為自己代表前往總統府逼迫黎元洪退位，並在已經擬好的奉還大政奏折上簽名蓋章，黎忿忿地說：「我召張定武入京，難道是叫他來復辟的嗎？」梁鼎芬乃侃侃而談天命人歸，敦促黎元洪歸還先朝舊物。黎老毛病又發了，像木頭人一樣，既不動筆簽名，又不開口說話，他輕蔑地瞥了王士珍一眼，王慚愧地低下了頭。梁鼎芬繼續勸退，黎實在忍不住了，才開口說：「你是什麼人？我不要和你說話。」說完索性把眼睛也閉上了。
梁鼎芬是什麼人？他是溥儀的老師，又是黎元洪的兒女親家，是死硬派遺老。他自以為可以向黎勸退，不料碰了一大鼻子灰，正是乘興而來，敗興而返。回到故宮，一五一十地告訴了帝師陳寶琛和朱益藩。陳寶琛聽了這個消息，便和梁鼎芬、朱益藩一齊到毓慶宮見溥儀。陳寶琛竟荒謬地請「皇上」賺黎元洪自盡。這當然只是一句話，如果成了命令則太荒唐了。
不過，「皇帝」的第二道偽諭卻是「錫封」黎元洪為一等公，偽諭：
「黎元洪奏稱，前因兵變被脅，盜竊大位，謬領國事，無濟時艱，並瀝陳改建共和諸弊害，奏請復臨大統以拯生靈，自請待罪有司等語。……覽奏情詞悱惻，出於至誠。從亂既非本杯，歸政尤明大義，厥功甚偉，深孚朕心。著錫封為一等公，以彰殊典。尚其欽承朕命，永荷天麻。」
黎元洪當然沒有接受偽命，他在復辟事變後，立即發出三通電報，命各省迅即出師討賊。
第一電云：「本日張巡閱使率兵入城，實行復辟。斷絕交通，派梁鼎芬等來府遊說。元洪嚴詞拒絕，誓不承認，副總統等擁護共和，當必有善後之策。」
第二電云：「天不悔禍，復辟實行。聞本日清帝上諭，有元洪奏請歸政等語，不勝駭異。吾國由專制為共和，實出五族人民之公意。元洪受國民付託之重，自當始終民國，不知其他。特此奉聞，借免誤會。」
第三電云：「國家不幸，患難相尋。前因牢法爭持，致啟兵端。安徽督軍張勳，願任調停之責，由國務院總理李經羲主張，招致入京，共商國是。甫至天津，首請解散國會。在京各員，屢次聲稱，保全國家統一起見，委曲相從，刻正組織內閣，期速完成，以圖補救。不料昨晚十二點鐘，突接報告，張勳主張復辟，先將電報局派兵佔領。今晨梁鼎芬等入府面稱：先朝舊物，應即歸還等語。當經痛加斥責，逐出府外。風聞彼等已發通電數道，何人名義，內容如何，概不得知。元洪負國民付託之重，本擬一俟內閣成立，秩序稍復，即行辭職，以謝國人。今既枝節橫生，張勳膽敢以一人之野心，破壞群力建設之邦基，及世界承認之國體，是果何事，敢卸仔肩。時局至此，諸公夙懷愛國，遠過元洪。佇望迅即出師，共圖討賊，以期復我共和，而救危亡。無任迫切，臨電涕泣，不知所云。」
以上三通電報，因當時北京電報局都被張勳派兵把守，特派金永炎持往上海拍發。
7月1日傍晚，總統府仍然飄揚著五色旗（當時民國的國旗），這是北京城內僅有的一面國旗。
張勳對黎的反抗性估計不足，7月1日到2日上午，黎的對外活動並未完全受到限制。他寫了一道起用段祺瑞為國務總理的命令，責成段舉兵討伐叛逆，派府秘書覃壽衡把命令送到天津去，同時在天津發出請馮國璋代行總統職權的通電。
黎電副總統馮國璋代行大總統職務電：
「此次政變猝生，致搖國體。元洪不德，統御無方，負疚國民，飲痛何極。都中情形，日益險惡，元洪既不能執行職權，民國勢將中斷。我公同受國民重托，應請依照《約法》第四十二條，暨《大總統選舉法》第五條，暫在軍府代行大總統職務。目前交通梗絕，印綬繼送，深虞艱阻。現已任命段芝泉為國務總理，並令暫行攝護，設法轉呈。此後一切救國大計，請我公與芝泉協力進行，事機危迫，我公義無旁貸。臨電翹企，不盡區區。」
黎免國務總理李經羲職，以段祺瑞為國務總理電：
「此次政變猝生，元洪負疚民國，哀痛何已。於冬（二）日將任段芝泉（祺瑞字）總理國事，並電請馮副總統依法代行職權，在副總統未正式代理以前，一切機宜，統由段總理便宜處理。所有印信文件，業經送津，請段總理暫行攝護，並設法轉送副座，呈請接收。再頃者公府衛隊猝被撤換，催交三海。元洪亦即移居醫院。此後一切救國大計，務請諸君商承馮副總統、段總理合力進行。」
7月2日，張勳才派人通告黎，限於24小時之內遷出公府。北京外交團知道這消息，當天英、日、美、法、俄各國公使就在荷蘭公使館舉行會議，決定對復辟問題暫時採取不過問的態度，對中國總統的安全問題，公推荷蘭公使以非正式手續警告偽外交部，不得加以傷害，並須加意保護。因此，張勳就不敢公然派兵驅逐黎出府，僅於3日調換了公府的衛隊，加強了對黎的監視。
當公府調換衛隊的時候，黎與留在公府的少數幕僚舉行緊急會談，決定在衛隊交替的忙亂時期，冒險離開公府。他們採取了一個戲劇性的轉移目標的方法，就是由公府侍從武官唐仲寅中將偽裝為總統，乘坐總統的汽車出發，黎卻扮作普通職員的模樣，與秘書劉鍾秀等乘坐蔣作賓的汽車出發，約定在法國醫院集合。當黎到達法國醫院時，因為沒有醫生簽字的入院證，醫院拒絕收留，黎等一行只得轉往日本公使館武官齋籐少將的官捨棲身。
7月3日，日本公使館發表如下的通電：
「7月2日午後九時半，黎大總統不預先通知，突至日本使館區域內之武官齋籐少將官舍。日使館認為系不得已之事，並為顧及國際道義，決定作相當之保護，即以使館區域內之營房暫充黎大總統居所。黎大總統在日使館時期內，絕對不許作政治活動。」