北洋系軍人正在醞釀團結求存的時候，北京城內總統、總理在國會之間卻鬧得非常激烈，這當然更讓各省軍閥有了借口。民國5年12月27日，以馮國璋為首的全國廿二行省、三個特別行政區的軍民長官，對總統、總理和國會發出了一個「掬誠忠告」的長電。電略云：
「此次國體再奠，天下望治更切，以為元首恭已，總揆得人，議會重開，必能立定國是，計日成功。乃半歲以來，事仍未理而爭益甚，近日浮言胥動，尤有不可終日之勢。國璋守土待罪，憂惶無措，往復商榷，發為危言，幸垂察之……（下面是規勸黎）我大總統謙德仁風，中外所欽。……然而功效不彰，實惠未至，雖有德意，無救倒懸。推原其故，在乎政務之不振；政務之不振，在乎信任之不專……今後政客更有飛短流長為府院間者，願我大總統、我總理立予屏斥。……任賢勿貳，去邪勿疑，然後我大總統可責總理以實效，總理乃無可辭其責。有虛已之量，務見以誠，有負責之名，務征其實。……（以下規勸段）我總理清正沉毅，得此倚畀，當可一心一德，竟厥所施。自內閣更迭之說起，國璋等屢有函電，竭力擁戴，一則慮繼任乏人，益生紛擾，陷於無政府；一則深信我總理之德量威望，若竟其用，必能為國宣勞。……目前所急待設施者，軍政、財政、外交諸大端，皆早定計劃，循序實行。……近如中行兌現，實輕率急功，致陷窮境。……閣員必有一貫之主張，取鈞衡於總理，勿以一部所主管，或遷就乎閣員。閣員苟有苦衷，不妨開示，公是公非，當可主持，孰輕孰重，尤當量衡。……（以下規勸國會）此次兩院恢復之初，原出一時權宜之計。不意國會開會以來，紛呶爭競，較勝於前，既無成績可言，更絕進行之望。近則越侵司法，干涉行政，復議之案，不依法定人數，擅行表決，於是國民信仰之心，為之盡墜。……蓋必自立於守法之地，而後乃能立法，設循此不改，越法侵權，陷國家於危亡之地，竊恐天下之人忍無可忍，決不能再為曲諒矣……。」
這個電報是梁啟超——當時研究系的首領，為了維持段內閣，慫恿馮國璋聯合各省發出的，西南各省軍民長官也隨口附和。這個電報對國會的指責最尖銳，對總統的威信也有影響。此後，北方各督軍紛紛以個人名義發表擁護內閣和辱罵國會的通電。這一來，卻讓在徐州自封為各省軍閥大盟主的張勳為之大不愉快，因為他自以為應該是代表各省軍閥發言的人，如今好戲卻讓別人唱了，實在太失面子。因此他也聯合了一些軍閥，發出一個請求北京政府罷免國民黨系三總長（財政總長陳錦濤、司法總長張耀曾、農商總長谷鍾秀）的電報。
北京城內，黎、段的紛爭繼續擴大，前已敘述了許多院府不和，黎、段惡化的事件，但那些都是內政方面，現在增加了外交方面，是對日問題。
5年10月，日本大隈內閣倒台，繼任首相是寺內，寺內高唱日「支」親善，日本外相後籐邀晤中國公使章宗祥密談，希望中國派一個親善使節到日本進行關於解決中日懸案的談判，日本且願借款支持中國政府。日本希望中國政府先派親日的曹汝霖為秘使前來日本，把一切條件談妥，然後再派一個親日色彩並不濃的大員，如徐世昌之流，以正式使節出面來簽訂這個協定。章宗祥把這消息告訴了曹汝霖，曹本應列入帝制禍首名單內，由於日本公使的庇護才得逍遙法外。他得到章宗祥的秘訊，乃向段進言，他提出「攘內」必先「安外」，必須借外援統一這個四分五裂的中國；所謂的外援，就是取得外國的政治借款和軍火供應，有了這兩項，就可以鎮壓國內的反對力量。曹又推論袁世凱的外交失敗原因，是外交上採取了聯英聯美以制日的錯誤方針。日本近，英美遠，遠水不能救近火，英美忙於歐戰，抽不出力量到東方來。中國向美國借款，或者親近英美，首先就會受到日本政府的強力反對，而西方國家為了討好日本，在緊要關頭上也會犧牲中國，弱國不能採取「遠交近攻，以夷制夷」的外交政策，而只能採取「近交善鄰」的外交政策。段正苦於自己的政權不穩，財政上已經面臨山窮水盡，對外借款波折重重；軍事上他也不能控制南方，甚至不能控制北洋派；加上總統和國會又處處和他為難。所以他聽了曹的這番話，自然大受迷惑。
徐世昌是個老狐狸，當然不會上當，所以他拒絕擔任赴日特使的工作。5年11月26日，段根據曹的意見，以國務院的名義令章宗祥先與日本政府接洽，派曹汝霖為親善特使。這件重大任命，段既未通過國務會議，也把總統蒙在鼓裡，直到11月30日日本同意了，段才提出國務會議，可是他仍把問題的真相隱瞞著，只輕描淡寫地把這件事說成是外交上的一種儀式，因為日本內閣改組而派使致意，閣員們果然被瞞過，12月1日段把擬好的命令：「派曹汝霖為特使以大勳位贈與日皇」送到總統府去蓋印，並令曹親自去謁黎說明一切。曹見到黎，也是一番官話，不料曹的話還沒有說完，老好人的黎元洪竟陡然站起來，大聲叱罵說：「好，你們要賣國，我黎元洪偏不讓你們賣國。」曹汝霖碰了一個大釘子，垂頭喪氣地退了出來。
曹汝霖被黎元洪轟出來後，正巧新任國務院秘書長張國淦也來謁黎，黎餘怒未息，見了張還悻悻地說：「好，你們集體賣國！」張如丈二金剛摸不著頭腦，只好僵在一邊，直到黎氣平後，把經過告訴了張，張才知原委，乃向黎建議，把這個問題提交國會去解決。這時正是前內務總長孫洪伊下台後，國會中的韜園派議員提出了對段的彈劾案，以進一步倒閣，而擁段派議員也提案檢舉孫洪伊在內務總長任內有侵吞公款的嫌疑，以資抵制。屬於梁啟超、湯化龍一派的研究系議員雖然竭力維持段內閣，但也無濟於事，參、眾兩院同時提出了關於派曹汝霖為赴日贈勳特使，事先未經國會同意的質問案。
12月5日，段親自到參議院解釋說：「曹汝霖現任參議員，既為國民代表之一，就不能指摘政府用人不當。曹汝霖精通日語，熟習外交儀節，日本政府已經表示歡迎，未便改派別人前往。」同一天，段派外交部參事伍朝樞代表他到眾議院解釋說：「十一月十八日，政府接到駐日公使章宗祥的報告，日本政府表示歡迎曹汝霖為贈勳特使，這個問題未便變更前議。」參、眾兩院對段的答覆都不滿意，眾議院並立即作決定：關於派遣特使案，應於事前徵求國會同意，否則不能予以承認。
黎元洪和國會只是就法理程序反對曹赴日，卻不知道曹去日本是為了進行秘密外交，所以他們都不反對派特使到日本，而只反對派曹為特使。
由於這個原因，段乃改變方法，把派遣特使赴日授勳事弄假成真地作為一個外交禮節，12月13日北京政府下令：「派熊希齡前往日本呈遞大勳位。」這道命令中並未給熊以特使名義，以避免又要徵求國會方面的同意。可是這道命令發表後，又引起了日本的反對，本來在派熊命令發佈前，已獲得日本「沒有反對熊」之意，不料命令發表後，日本外相本野忽又面告章宗祥說：「貴國政府擬派曹汝霖，我們已奏明天皇，我國輿論也一致表示歡迎。今又改派熊希齡，足見貴國政府的內部並不一致，今後人選可能隨時會變，與我國輿論也不一致，請熊先生展期來日。」這是日本自拒絕周自齊後又一次拒絕接待中國特使。日方非正式透露他們反對熊的理由，是說熊曾在民國2年7月通電揭露日本分割中國的陰謀，因此不適當充任這個使節。
這件事拖到民國6年2月27日，日本政府同意中國改派汪大燮赴日贈勳，才告一段落。