袁從來不放心任何人，他大權總攬，遇事躬親，真是一個名符其實的獨裁者。在他垂亡的時候，他發現自己已經陷於眾叛親離，四面楚歌了，這才請出黎元洪、徐世昌、段祺瑞來共撐危局。他請黎每天和他一塊兒辦公，意思是要培養黎作為一個國家的元首，來接替他的地位，使他可以放心地告老還鄉，釣遊洹上；他把政治方面的一切交給徐世昌，由徐全權負責；又把軍事問題全權付託段祺瑞。
然而，不管袁是真心或是假意，這一切都嫌太遲了，黎根本和他貌合神離；徐世昌雖然位高望重，但對北洋軍系或是南方的反袁運動完全不發生影響；只有段祺瑞還在北洋軍系中有極高的威望，南方護國軍方面也把段當作一個實力派來看。
5年4月22日，徐請辭國務卿，他僅僅作了一個月的馮婦，就辭職前往河南輝縣水竹村做「掛冠詩人」去了。
23日，袁發表段祺瑞為國務卿兼陸軍總長，陸徵祥為外交總長（不久陸退休，由曹汝霖兼任），王揖唐為內務總長，孫寶琦為財政總長（不久孫亦不幹，乃由周自齊繼任），劉冠雄為海軍總長，曹汝霖為交通總長，張國淦為教育總長，金邦平為農商總長，章宗祥為司法總長，王士珍為參謀總長，莊蘊寬為審計院長。
段奉命於危難之際，其處境和辛亥革命後袁出而組閣時一樣，他要求變更政事堂而成為真正的責任內閣。袁是個老狐狸，他在表面上完全接受了段的意見，發表申令說：「依照《約法》第二十一條，制定政府組織法，樹責任內閣之先聲。」可是這只是一張空頭支票而已，段這時候態度很堅決，他宣稱如果沒有實權他就不幹，袁這才被迫於5月8日下令，廢除政事堂，恢復國務院。
段的第一步目的達到，就要求第二步，他請求撤銷大元帥統帥辦事處，袁在這個呈文上批了一句：「君能每日到部辦公乎？」段又請求讓陸軍部接收模範團和拱衛軍，袁來個相應不理。袁這時看出段所走的路完全和自己當年對付清朝一樣。
段組閣後不久，他接到梁啟超一封信，略云：
「今日之有公，猶辛亥之有項城。清室不讓，雖項城不能解辛亥之危；項城不退，雖公不能挽今日之局。」
然而段是袁一手提拔起來的人，他雖然不滿意袁，可是正如他自己所說的，對袁是「受恩深重」。他是個十足的舊中國軍人，因此認為自己出面倒袁是萬萬不可以，他需要護國軍來打倒袁，然後自己以北洋軍系領袖的身份來對付護國軍。他知道在此以前是袁一個人和護國軍作戰，所以護國軍能居上風，如果護國軍和整個北洋系作戰，護國軍不一定會居上風的！
袁、段之間在這最後關頭仍舊不能諧和，不愉快出在國務院秘書長身上，段一天也離不開他的得意門生徐樹錚，他想用徐為國務院秘書長，但因為徐是袁最不歡喜的人，所以段怕當面和袁談此事時弄僵了，乃轉托王士珍。王是個閱歷很深的黃老派，他當然也知道袁討厭徐，又不便對段推辭，乃來一個「拖」字，拖了幾天沒有下文，段忍耐不住，乃請張國淦代他向袁提出。張礙於段的拜託，乃去見袁，輕聲地對袁說：「總理想自己物色一個院秘書長。」他的話才說完，袁的臉色就沉了下來問：「他想用誰？用誰？」張一看情形不妙，可是總統如此追問，只好勉強地說：「想用徐又錚（徐的別號）以資熟手。」袁的臉色更難看了，恨聲地說：「真是笑話，軍人總理，軍人秘書長，這裡是東洋刀，那裡也是東洋刀。」然而袁氣儘管氣，當前情況不是鬧氣的時候，所以又自己轉彎，平下臉色對張國淦說：「你去告訴芝泉（段的別號），徐樹錚是軍事人材，就叫他再任陸軍次長吧！」張國淦是知道段曾托過王士珍的，這時王士珍也在坐，他偷眼望了望王；只見王臉上毫無表情，就好像完全什麼也不知道，他心裡想王真有道行，不愧是「北洋三傑之龍」。
張從袁處出來，立刻就去見段，他當然不把袁那些難聽的言語和難看的臉色告訴段，只把袁要徐樹錚做陸軍次長的話講了出來。他的話還沒有講完，就見段猛地把桌子一拍，隨手把銜在嘴中的煙斗使勁地扔在地板上，臉色的難看超過了袁，大聲地說：「怎麼，到了今天，還是一點都不肯放手嗎！」段這時雖然走袁辛亥年的老路，然而形勢上卻不如袁，所以他雖然取得責任內閣的虛名，結果連國務院秘書長都不能派，仍是袁指定的王式通擔任秘書長，不過折衷辦法由徐樹錚為幫辦秘書，就是副秘書長。
這一幕歷史重演來得太快了，辛亥武昌起義後，清政府四面楚歌，草木皆兵，面臨垂亡之頃，明明知道用袁世凱是等於吃毒藥，然而卻不得不飲鴆止渴。不到五年，袁在全國人民一致反對他，舊部紛紛叛離他的危急關頭，也不得不起用段以求渡過難關。袁何嘗不知道他的這個老幹部已經學會了他的本事，以子之矛攻子之盾，他當然是有戒心的：我只是請你來解我的圍，不是請你來篡我的位。辛亥年我接收清政府的兵權，現在你想接收我的拱衛軍和模範團，辛亥年我向清政府提出責任內閣的條件，而現在你也向我提同樣條件，你真是「孔夫子門前賣文章」。
在袁危急存亡關頭，段頗想另有作為，大幹一番，想不到上台所辦的第一件事，卻是加速送終袁的天下，就是下令中國、交通兩行停止兌付現金。出這個主意的人是梁士詒，梁是民國初年財政巨頭，交通系領袖。段、梁兩人本極相投，段上台後，認為收拾袁的殘局必先整頓財政，所以找梁請教。梁把當時財政內幕全盤托出，並將中國、交通兩行實際情形亦告訴了段。梁說：中、交兩行流行市面的鈔票有7000餘萬元，而庫存只有2000餘萬元，放出的商款約2000萬元，歷年貸給政府的有4000萬元，目前如果要維持應發的軍政各費，又借不到內債或外債，則只有增發鈔票一途，增發鈔票通貨膨脹，可能發生擠兌，局面將不堪收拾。段認為巧婦難為無米炊，只有冒險一途，通令停兌，騰出時日，整理兌現。段遂於5月12日由國務院下令：
「五月十二日國務院令：溯自歐戰發生，金融停滯，商業凋敝。近因國內多故，民生日蹙，言念及此，實切隱憂。查各國當金融緊迫之時，國家銀行紙幣，有暫行停止兌現及禁止提取銀行現款之法，以資維持，俾現款可以保存，各業鹹資周轉。法良利溥，自宜仿照辦理。應由財政、交通兩部，轉飭中國、交通兩銀行，自奉令之日起，所有該兩行已發行之紙幣，及應付款項，暫時一律不准兌現付現。一俟大局定後，即行頒布院令，定期兌付。所存之準備現款，應責成該兩行一律封存。至各省地方應由各將軍、都統、巡按使，凡有該兩行分設機關，地方官務即酌派軍警，監視該兩行，不准私自違今兌現付現。並嚴行彈壓禁止滋擾。如有官商軍民人等，不收該兩行紙幣，或授受者自行低減折扣等情，應隨時嚴行究辦。依照《國幣條例施行細則》第九條辦理，一面與商會及該兩行接洽，務期同心努力，一致進行。並飭該兩行將所有已發行兌換券種類額數，剋日詳晰列表，呈報財政部，以防濫發。仰各切實遵行。此令！」
這個命令到上海後，上海中國銀行經理宋漢章精明練達顧全大局，立即邀約股東開會商討應付辦法，決定五點：
（一）上海中國銀行，由股東聯合會舉定監察員二人，到行監察，合行事務，悉歸股東聯合會主持。以後政府不得提用款項，一切悉照普通銀行營業辦事。（二）本行所有財產負債，已移交外國律師代表股東管理一切，並隨時有查帳之權。（三）上海分行鈔票，將準備金備足，移交外國律師保管。隨時兌現，不得停付，即中央有令他處停止兌現，惟上海仍照向章辦理。（四）所有存款，均到期立兌。（五）將來如商家有損失，悉歸股東聯合會負責向南北政府交涉，歸正式政府承認。
由於上海中國銀行的這一舉措，使得上海商場穩定，毫無驚擾，各省中國銀行多有傚法。
中、交兩行停兌後，外人多歸罪於梁士詒，認為是梁恐怕交通銀行周轉不靈，乃出此策。又有謂袁想逃走，先將中、交兩行現款偷運到國外。總之，這是下策，因為這樣一來，民心更散，袁個人和袁的政府信用完全破產。
5月29日袁發表《宣佈帝制案始末》。這是一篇「大」文章，把變更國體責任諉諸各省公民，把自己說成是一個維持共和的人物，是一個容易受騙的老實人。最後袁且威脅說要把各省區軍民長官要求改變國體和先後推戴、請早登大位的文電公佈。這是袁死前最後一個、也是最重要的一個文告，特全文登錄如下：
大總統告令：據海軍總長劉冠雄巡洋回京面稱，帝制議案撤銷後，群言淆亂，謠諑繁興，好事者借端煽惑，龐雜支離，請將關於帝制議案始末，明白宣佈，以釋群疑等語。本大總統前於本年三月二十一日特發明令，將上年十二月十一日承認帝位之案，即行撤銷，並以菲躬薄德誠不足以感人，明不足以燭物，引咎自責，不欲多言。乃近來反對之徒，往往造言離奇，全昧事實，在污蔑一人名譽顛倒是非之害小，而鼓動全國風潮，妨害安寧之害大，不得不將事實始末，明白敘述，宣佈全國，以息謠煽，而維治安：
查上年各省區公民及滿、蒙、回、蒙公民王公等，先後趕參政院代行立法院請願改革國體，以本大總統之權限，雖不當向國民及立法院有所主張表示，然於維持共和國體，實是當盡之職分；是以特派政事堂右丞楊士琦代蒞立法院宣言，以為改革國體，不合事宜，至國民請願，不外鞏固國基，振興國勢，民國憲法，正在起草，衡量國情，詳晰討論，當有適用之良規，是本大總統於國民之請願，實欲納諸憲法範圍以內。
制定憲法程序，既根於民國《約法》，則國體自在維持之中。旋經立法院據各省區公民及滿、蒙、回、藏公民王公等請願書，建議政府，或提前召集國民會議，或另籌徵求民意妥善辦法，以為根本解決。
本大總統咨復，以決定憲法為國民會議職權，俟復選告竣，召集開會，以征正確民意；蓋猶是以民國憲法為範圍之本意也。立法院復據全國請願聯合會、全國公民代表團等再行請願，開會議決，按《約法》第一章第八條中華民國主權本之國民全體，定以國民代表大會決定國體，並議定《組織法》，咨請公佈施行。
查立法院原咨稱本大總統咨復，辦法已定，不敢輕易變更，特以尊重民意，重付院議，僉謂民心之向背，為國體取捨之根本，該院議決投票，標明贊成或反對，各代表本有自由之權，是立法院為尊重民意而建立此項法案，本大總統自當如議公佈。其時滿、蒙各王公及各省區文武官吏等，仍請速定君主立憲，情詞摯切，迫不及待。本大總統又以改革國體，事端重大，輕率更張，殊非事宜，但《約法》所載，中華民國主權本之國民全體，解決國體，自應聽之國民，惟令以督飭所屬，維持秩序，靜候國民之最後解決；是本大總統不肯輕聽急迫之請求，而兢兢以正確民意為從違，尊重國民主權之心，固可大白於天下。且迭有明令電諭，嚴誡各省區國民代表大會選舉監督等遵照法案，慎重將事，勿得急遽潦草，致生流弊，並特派大理院院長董康、肅政史蔡寶善、夏寅官、傅增湘、麥秩嚴稽查國民代表選舉不合法者，更正取消。本大總統尊重民意，務求正確，杜漸防微，尤無所不至。
迨國民代表大會報送決定團體票數，全體主張君主立憲，又由各國民代表全體推戴本大總統以帝位，並委託立法院為總代表，籲請正位前來；本大總統以《約法》內民國主權本於國民全體，既經國民代表大會全體表決，在國體自無討論之餘地，惟於推戴一舉，自問功業本無足述，道德不能無慚。
又以民國初建，本大總統曾向參議院宣誓竭力發揚共和，今若帝制自為，則是背棄誓詞，於信義無可自解，特將推戴書送還，並令熟籌審慮，另行推戴，以固國基；而在本大總統則仍以原有之名義及現行之各職，維持全國之現狀，此不願以帝位自居之心，昭然可見。國民代表大會總代表等不諒鄙誠，迫謂無功薄德，為謙抑之過言，又謂當日誓詞，根於元首地位，而元首之地位，根於民國之國體，國體實定於國民之意向，元首當視乎民意為從違，民意共和，則誓詞隨國體為有效，民意君憲，則誓詞亦隨國體而變遷，迫切籲請，使本大總統無可諉避，只得以創造宏基，事體繁重，不可急遽進行，致涉疏率，飭令各部院詳細籌備，籌備完竣，再請施行。
本大總統所以藉詞籌備，不即正位者；蓋始終於辭讓初衷，未嘗稍變也。本大總統以誠待物，凡各官吏之推戴，容有不出於本衷，各黨派之主張，容不免於偏執，及各監督之辦理選舉，各代表之投票解決，容有未臻妥善完備之處，然在當時惟見情詞敦摯，眾口同詞，本大總統既不敢預存逆臆之心，實亦無從洞察其用意。即今之反對帝制者，當日亦多在贊成之列，尤非本大總統之所能料及，此則不明不智，無可諱飾者也。
滇、黔兵起，本大總統內疚不遑，雖參政院議決用兵而國軍但守川、湘，未嘗窮兵以逞，且憫念人民，寢饋難安，何堪以救國救民之初心，竟資爭利奪權之借口？而籲請正位，文電紛馳，特降令不許呈遞，並令提前召集立法院，冀早日開會，徵求意見，以期轉圜。繼念萬方有罪，在予一人，苦我生靈，勞我將士，群情惶惑，商業凋零，撫衷內省，良用矍然；是以明令宣示將承認帝制之案，即行取消，籌備事宜，立即停止。事實本末，略具於斯，原案具存，可以復按。除將各省區軍民長官迭請改變國體暨先後推戴並請早登大位各文電另行刊布外，特此宣佈，鹹共聞知！此令。
國務卿段祺瑞