俄國在亞洲的侵略計劃，是依賴西伯利亞鐵道為唯一命脈，為了西伯利亞的安全，所以必須侵佔外蒙古。因為倘中國以蒙古置省，在庫倫駐大軍，則西伯利亞鐵路隨時會被中國佔領。因此西伯利亞鐵道建築後，俄帝占蒙古的野心昭然若揭，一方面優待佛教徒以爭取蒙人好感，同時對於庫倫活佛哲布尊丹巴加意拉攏，不斷派遣使節訪問哲布尊丹巴，並贈奇珍異寶，哲布尊丹巴乃漸有疏清親俄之意。加以清末在外蒙推行新政失當，使蒙人離心離德，清駐庫倫辦事大臣三多處置欠妥，遂予俄人有可乘之機。清宣統二年（1910年）日俄簽訂密約，俄帝對中國侵略乃更趨積極，同時加緊慫恿哲布尊丹巴為蒙古君主，以斷絕和中國的臣屬關係。哲布尊丹巴果墜術中，乘中國革命爆發，宣告獨立，驅逐清官兵於蒙古境外，俄政府亦同時向清廷外務部提出下列要求：（一）清國承認俄國有自庫倫至俄境築建鐵路之權；（二）清國須與蒙古訂約三點：甲、清國不得在外蒙駐兵。乙、清國不得在外蒙殖民。丙、蒙人自治受清辦事大臣管轄。（三）清國所有治蒙主權改隸辦事大臣。清俄交涉仍由兩國政府協商。（四）俄飭領事官協助，擔保蒙人對於清國應盡之義務；（五）清國在蒙如有改革，須先與俄國商酌。
俄國向清廷提出這些要求後，正值清廷應付革命軍力不從心，皇統亦將不保，自身尚顧不到，遂來不及和俄國交涉。宣統三年（1911年）十一月卅日外蒙集中大軍宣佈成立大蒙古帝國，驅逐清駐庫倫大臣三多和他的文武屬員。12月28日，哲布尊丹巴在庫倫登基，組織偽政府，年號「共戴」。
中華民國成立後，日在紛亂中，更無餘力兼顧外蒙，俄國遂乘機攘奪，派前任駐華公使柯索維茨於元年10月3日在庫倫與「哲布尊丹巴政府」簽訂《俄庫條約》。約文如下：
（一）俄國政府扶助蒙古保持現已成立之自治秩序，及蒙古編練之國民軍，不准中國兵隊入蒙古邊境、與華人移殖蒙地之各權利。
（二）蒙古政府准俄國人民及俄國商務，照舊在蒙古領土內享用此約所附專條內開各權利及特種權利。其他外國人自不得在蒙古享同等於俄國人民所享之權利。
（三）如蒙古政府以為須與中國或別國訂約時，無論如何所訂之新約未經俄政府允許，不能違背或變更此協約及專條內各條件。
（四）此友誼協約自簽押之日施行。
《俄庫條約》的附約甚為詳細，規定俄人在外蒙享有自由居住、移動和商務製作權，貿易免稅權，租賃或購買場地建築房屋權，墾殖權，享用礦產、森林、漁業權，俄國銀行在外蒙開設分行權，俄國政府與外蒙地方官協商派遣領事權，設置郵政權，自由航行權等等。這個附約幾乎壟斷了整個外蒙古，其侵佔外蒙權利，等於統治了外蒙。
庫倫宣佈「獨立」，曾傳檄內蒙古各盟，由檄文中可以看出庫倫傀儡政權的一切。
（第一次檄文）：「喀爾喀庫倫齊集各王貝子公扎薩克堪布商卓特巴達喇嘛等，為咨行事：本盟長副將軍何貝等，暨互來齊集庫倫汗王貝子公扎薩克以及倫堪布諾門汗副堪布，額爾德尼商卓特巴達喇嘛等，彼此相商，共同一致，於本年十月八日呈遞曼達爾請示活佛（註：即哲布尊丹巴活佛，外蒙古最高人物）呈稱：現今時勢艱難，甚為可懼，本蒙古前以清皇仁德，推崇黃教，是以傾心歸服。近年以來，有名無實，本蒙古所受一切困苦逐日增加，情事昭然，人所共見。現值南方大亂，各省獨立，清皇權勢日就凌夷，國體變更指日可待，我蒙古丁此時艱應如何造育生成之處請明白訓示等情。本日奉活佛諭：所呈各節均與時勢有關，甚合予意，滿漢之現象如此，亦滿洲之不德所致也。我蒙古亦宜聯合各盟，自立為國以便保我黃教而免受人權力壓制之苦，自應協力同心，奮勉圖雄。本喇嘛待遇蒙眾，一視同仁毫無偏倚，應將此意傳令各蒙眾一體知悉，等因。跪讀之下，伏查現在時勢既至如此，而活佛指示詳明，譬如大夢方醒，群疑盡釋，欣感無已。夫立國之道，首在兵強，應將各盟兵丁調派訓練，上可拱衛活佛維持黃教，下可固守地面，保護人民，業已商酌公佈在案。又自立為國一事，於本年夏間經庫倫齊集之汗王公各扎薩克等再三籌商，彼此意見相同，一面特派專使額林沁前赴俄國通好，並請保護一切，當得俄政府允許，此後蒙俄國交當益鞏固，一面推哲布尊丹巴喇嘛為蒙古君主，建立蒙古國家，北與俄國聯絡，彼此相助，以期黃教仍舊推行，不惟保護生命，且免將來禍機。此項情節自應一體知悉，相應飛咨內外各蒙古盟長總管等，於文到時妥為宣佈……」
（第二次檄文）：「竊查清國遣派大臣駐庫以來，欺壓蒙眾，騷擾地方，業將該大臣等逐出境外。建立蒙國，應由各盟旗同心協力，防守外邊所有各該遊牧要隘地方，當即分途派兵駐紮以資巡防而靖邊地。本喀爾喀汗王各扎薩克等疊次相商，總以漢官執掌國權，辦事多不平允，需索蒙眾，敗壞宗教，一切舊規並不體恤，因而各自失望。現在漢人互相仇視，所在軍興，一時斷難平靜，顯然共見。今借與活佛呈遞曼德爾之便，業將時勢危迫，本同族同宗諒必允從，現恐南路敵人行將舉兵來伐，即應妥為防守，以固疆域，凡交界關卡之處，須不時細心巡查，免貽禍患。……當奉法旨，非圖獨立，斷難生存，爰循舊制，喀爾喀蒙古創立國都，公舉活佛為君，驅逐漢官各情形已咨明分行各該處在案。伏查此案雖未與內蒙逐一議辨，然向我蒙古遊牧關津隘口等處迅速分途派兵駐紮防守，如有不肖劣民往來行走，即令驅逐，不准前行，一面飛報本處，以靖地方……」
這兩個檄文是由蒙文譯成漢文，所以有許多蒙古文法，讀起來不太流暢。
內蒙古分為六盟，東四盟是哲裡木、卓索圖、昭烏達、錫林郭諾。西二盟是烏蘭察布、伊克昭。伊克昭盟轄鄂爾多斯一部，分為左右兩翼，左翼三旗，右翼四旗，合共六旗。伊盟當時的正長是親王阿爾賓巴雅，副長是親王特古斯阿勒垣胡雅克圖。庫倫傳檄到內蒙古後，伊克昭盟主表反對，且提出13點質問庫倫：
「……竊謂現在時代核與古昔情勢不同，我蒙古擬欲自立國體一節，查哲布尊丹巴聖佛原系黃教正宗，原本一族公推為尊，並無違背，本王貝勒貝子公扎薩克堪布台吉官員俱系蒙古一族，經再四思維，頗多疑慮，用是送次會議，擬定十三條質問於左：
此事雖經聖佛喇嘛頒令獨立，究竟聖佛是否允認為君，此本盟所尚未喻者一；
如果聖佛允居大位，究竟黃教之主又推何人？俾得奉為國師，此所未喻者二；
若聖佛意重黃教，不居君位，既稱獨立，究竟推戴何人為君，此所未喻者三；
國家將興必有禎祥，歷親伊古以來，歷代興亡無不先有兆驗，今興國吉兆，有何見聞，此所未喻者四；
獨立之國必須兵力、財力足以自保，蒙古地域遼闊，防守各處軍隊數萬恐不敷用，若練成十萬之兵，餉糈將由何出，亦不得不預先籌劃。且辦理國務須立大小衙門設官分治，用人必多，一切薪俸行政經費及軍需各項銀兩將由何出，如何規定，此所未喻者五；本蒙古以黃教為本，重在後世因果福應，我蒙人只知佛法，宏渡優越漢人等數千名，而於世界學問書史概未寓目，且蒙人於治國之道，從來賢才甚少，即我元太祖定鼎之時，亦延請耶律楚材、郭玉實二人任以軍師、將軍之職，現聞我蒙雖有靈法廣大者八十一人，能否全蒙，此所未喻者六；
治國之道必得賢才，軍政學校行政司法各界須具有多數完全資格者方能敷用，我蒙人程度幼稚，若為獨立國，人才是否敷用，此未喻者七；
我蒙用人行政尚未定衡，能保存永久獨立不壞全局否？此未喻者八；
請求俄國保護，俄人涎我利權固屬樂於接受，惟其軍用物品，如餉糈槍械所費不貲，我蒙財政困難，俄能否源源接濟，此所未喻者九；果俄國能接濟，事後如何酬報？俄本貪心，豈無特別要求，此未喻者十；
我蒙二百年來即為中華領土，環球各國共見共聞，此次俄人承認保護，是否通知各國得其同意，此未喻者十一；
我蒙究於何年何月成立，各國均未預聞，現在有無外交官直接請求各國宣佈承認，此未喻者十二；
立國之道首重建都，我蒙首都現設何處？借俄國之保護力，是否保護國都，抑保護邊境，此外我蒙有無擔任國防軍隊，萬一不幸而至於開戰，如何防護如何對待，此未喻者十三。
謹擬愚見十三條照復。古語有之：天定勝人，人難勝天。是以照復貴老爺喇嘛等，請將一切情形詳議見復可也。」
北京政府對於外蒙傀儡政權是採用政治方法多於軍事行動，除了對內蒙設法爭取，阻止其和「庫倫政權」勾結外，對外蒙方面也下了不少力氣。袁世凱和「庫倫政權」君主哲布尊丹巴通信就是其中的一項策略。
袁世凱致哲布尊丹巴電如下：「外蒙同為中華民族，數百年來儼如一家，現在時局阽危，邊事日棘，萬無可分之理。貴喇嘛慈愛群生，宅心公博，用特詳述利害，以免誤會。各洲獨立之國，必其人民、財賦、兵力、政治皆足自存，乃可成一國，而不為人吞噬。蒙古地面雖廣，人數過少，尚不如內地一小省之數，以蒙民生計窘迫，財賦所入至微，外蒙壯丁日求一飽尚不可得，今乃欲責令出設官養兵購械諸費，不背叛則填溝壑，何所取給。若借之於人，則太阿倒持，必致喧賓奪主。又自奉黃教以來，好生忌殺已成天性，各部箭丁只知騎射，刀矛尚不能備，何論於炮？欲議攻戰，必無可恃。政治則沿黃族之制，行政、司法以較各洲強國，萬勿可企，更難自立。且各蒙並未盡能從服，貴喇嘛威令所及者僅圖車賽音三部，且聞尚未盡服。閱時稍久，人怨財匱，大眾離心，雖悔何及？試問百年以來，凡近於蒙古，而不隸中國之蒙回各部，有一自存者否？有不為人郡縣者否？各蒙與漢境唇齒相依，猶堂奧之於庭戶，合則兩利，離則兩傷。今論全國力量，足可以化外蒙之貧弱為富強，置於安全之域。舊日荷政，當此新基創始，自必力為掃除，此外如有要求，但能取消獨立，皆可商酌。貴喇嘛識見通達，必能審擇禍福，切勿惑於邪說，貽外蒙無窮之禍，竭誠致告，即希見復。」
哲復袁電如下：「渴仰仁聲非伊朝夕，頃承電示，諄諄告誡，感愧莫名。只以時勢危迫，宣告獨立，共推本哲布尊丹巴喇嘛為蒙古國君主，當經力辭未獲，不得已而俯順輿情，已允其請，即受其禮，佈告中外，良用歉然。外蒙此次起義，本為保族保教，保全領土起見，並非別有希冀，亦非惑於邪說，實困於虐政耳。所謂外蒙人數過少，貧弱已極，並不如兵，難期立國，均屬實情。足征大總統策裕轉危為安，德足輔世安民，秦鏡高懸，無微不至，欽佩奚如。至禍福利害惟仰貴大總統曲體與否。倘荷玉成，俾資勤修內政，敦睦外交，妥籌邊防，鞏固國基，則不惟外蒙得以保全，即中國亦無北顧之憂矣。本喇嘛生雖不敏，亦知處鄰之道端在樂天畏天，言念及此，殊深翹企。如雲殺人盈城盈野，率土地而食人肉，仁者不為，文明大國亦不忍言。此實外蒙僻處絕域，逼近鄰邦，勢如累卵，四無強伯，倘有不虞，必為台灣、朝鮮之續。中國遠隔瀚海，鞭長莫及，軍民雖眾，恐將無所用之。此我外蒙間於列強，進退維谷，乃不自立，難脫漁囊之實在情形也。本喇嘛視捨獨立，猶棄敝履，惟於清帝辭政以前，業經自主，佈告中外，起滅何能自由，如果欲令乃爾，請即商諸鄰邦，杜絕異議是荷。方今時勢，外蒙之存亡在公之操縱，操之過嚴，不潰即溢，則何異於為叢驅爵，而希菩心佛力大施汲引，玉成此舉以免群生溝壑之憂，即造萬世無量之福，幸何如之？大局攸關，用敢冒昧直陳，仍祈不棄，時賜指南，俾免隕越，是所至禱。肅此電復。」
袁復哲電：「電悉。貴喇嘛慈愛群生，維持大局之苦衷，並辱獎譽，殊深感愧。近年邊吏不職，虐我蒙氓，以致群怨沸騰，激成獨立，此等情狀內地胥同，貴喇嘛之歉忱，固國人所共諒。刻下國體確定，漢蒙一家，必須合力以圖，新基方能鞏固。來電操縱一節，深知歸重中央，不欲戀無謂之虛名，賈漢蒙以實禍，致人坐收其利，天地聖佛實鑒此心。今聯合五族組織新邦，本大總統與貴喇嘛，在一身則如手足，在一室則如昆弟，利害休戚，皆所與共，但使竭誠相待，無不可以商榷，何必勞人干涉，致失主權。前此各省怨苦虐政，多告獨立，自共和宣佈，全已取消，蓋皆不忍人民塗炭之心，而無爭地爭城之私見。來電詞旨尤愜鄙懷，務望大擴慈心，熟觀時局，剋日取消獨立，仍與內地聯為一國，則危機可泯，邦本可固。國民對於貴喇嘛同深感戴，必當優為待遇，即各王公及他項人員等，亦必一體優待。此後一切政治更須博訪輿情，詳為規定，以饜蒙族保安之希望，為進大同之化，共和幸福其各無涯量。否則鬩牆不已，禍及全國，將有同為奴隸之悔，以貴喇嘛之明智仁愛，當必不出此也。至蒙古與內地，合則兩利，分則兩傷，前電已痛言之，所有應行商榷各節，電內未能盡達者已派專員前往庫倫，趨謁駐錫，面罄衷曲，商議一切，到時切希賜晤，至為企禱，仍望見復。」
袁向哲直接致電，是從政治上希望有所挽救，局勢到了那種程度，僅憑文電是無法解決的，這時北京成立了一個「漢蒙聯合會」，發表了一個宣言：
「我漢蒙自元代以來，異徵聯合，然文言不同，政教懸隔，凡國家之法律，人民之習尚，往往多守『蒙自為蒙，漢自為漢』之舊，而莫得溝通……方今五大族聯為一家，放歷史未有之異彩，我漢蒙鼓舞歡欣，情何能已。同人等鑒宇內之近勢，慕歐化之大同，爰立斯會，冀以群策群力，同享和平之幸福……漢蒙若能聯為一氣，則凡行政諸大端皆可共謀幸福，同進文明……以實業上言之，金礦之富，甲於全球，煤鐵鉛錫之饒，更所在多有，鹽鹼之產，森林之多，種種實業斷非一人一家之力所能成……必合眾擎以舉，乃可漸次觀成……本會用是集合漢蒙閎通達識之士，公同研究，以上諸大端，以扶助共和成立之新基，而系東亞和平之大局，是為啟。」
外蒙附俄獨立已成騎虎之勢，北京政府乃不能不爭取內蒙，袁世凱把這個任務文給了上任不久的綏遠將軍張紹曾。
前面已提到，內蒙古分為六盟，即東四盟（哲裡木、卓索圖、昭烏達、錫林郭諾），和西二盟（烏蘭察布、伊克昭）。西二盟共轄13旗，但屬地頗廣，南界山西，西南連陝西，北抵上謝圖三音諾顏，東南鄰察哈爾，南北相距500餘里，東西相距1300餘里。西盟自共和宣佈後並未和綏遠連絡，張紹曾於民國元年10月29日照會烏、伊兩盟各旗，令派要員至綏，其照會曰：
「共和成立，五族一家，從前藩屬名稱悉已化除，本將軍奉命前來守土，以造福盟旗為當務之急。惟前此種種困苦，應如何一律解脫，後此種種障礙，應如何一切排除，各盟旗身家所繫，觀察較詳，文到之日，務各遴選通達政體蒙員作為各盟旗代表，限於本年舊歷十月二十五日齊集綏遠，公同籌議一切辦法，苟有可以利各盟旗者，本將軍自無不樂為設施也。」
張紹曾召集西盟代表來議的理由：（一）是謀求各盟旗的福利，（二）是斷絕庫倫的羽翼，（三）是曉喻蒙人瞭解共和真旨。不料張的照會送去後，烏蘭察布盟各旗聯銜反對，張乃密派朱泮藻少將為招撫使，督領馬隊一營、步隊一營、機關鎗炮隊各一連、巡防馬隊二隊，逕趨烏盟四子部，包圍四子王府，以武力迎烏盟長勒旺諾爾布親王返綏。勒王抵綏後晤見張紹曾，傾談之下，頓釋前嫌，張復派團長孟效曾率隊往迎伊克昭盟正盟長阿爾賓巴雅爾，同時烏盟盟長勒王亦發通電給烏、伊兩盟各旗，勸導來綏協商贊助共和，勒王的文告略云：
「竊念我蒙族僻處塞北，地方遼闊，文化阻遏，人民固守成見，一聞改革，罔不驚疑，受專制之慘酷而不知，被外人所欺騙而不悟，深堪浩歎。本王此次到綏，張將軍待遇優厚，恩禮有加，日夕暢談共和成立之起源，人民應享之權利，外人居心之奸險，自由平等之幸福，本王聞之憂然大悟。……茲將利害禍福為我盟長及各族諸公一述之。夫共和之成立，原以前清政體崇尚專制，國家事無鉅細均由一二人主持，因是內政外交諸多失敗……補救之道，非合五大民族結成一大團體，群策群力，不足以彌外患而振邦威，是以不憚犧牲，不惜生命，造成今日之共和……況待遇蒙古，尤為情至義盡，平等而外，更有特別之條，我蒙族何樂用不為民國之民乎？我蒙地接俄疆，俄人窺伺已久，輒欲假保護蒙古之名，以遂其併吞蒙古之願。即以此次俄庫協約條件而言，蒙民自由剝奪幾盡，併吞之心，顯露言表，將來果入俄人範圍，其苦處更何堪設想。此皆庫倫哲布尊丹巴活佛等蠢爾無知，甘受其愚所致也。凡我蒙人當知俄人之詭謀，活佛之無狀，非為我蒙謀福利，實為我蒙遺隱憂，本王有鑒於此，幡然醒悟，洞悉共和政體之善，深望我蒙族諸公，與我同心協力，贊助進行……」
張紹曾同時發出召集西盟會議的第二次文電：
「本將軍照會各旗，派令通達政體人員代表各扎薩克來綏會議……此次會議大都為各旗謀福利，為國家策治安，所關良非淺細，用特再申前令，表白微衷，前者四子郡王抵綏後即蒙總統進封為親王，民國之優待蒙人於茲可見。貴扎薩克猜疑之念當亦釋然，文到之日務望貴扎薩克攜印來綏，共同會議。……」
西盟會議在民國2年1月23日正式舉行，通過了以下的各點：
（一）實行贊助共和：甲、懸掛國旗。乙、選出議員。丙、大總統命令及公佈國會議決之法律均應遵從。丁、西盟地方一切興革，得由張將軍商令各王公辦理。戊、參議院議決之蒙古待遇各條件，均應遵照辦理。
（二）不承認庫倫協約：甲、由與會王公全體以不承認理由報請政府通知列國。乙、通知各省都督及政團。丙、勸告庫倫取消獨立。
（三）請兵保護西盟各地。
（四）籌劃蒙民生計。
（五）振興蒙人教育。
同時烏蘭察布盟和伊克昭盟各扎薩克發表一封勸告庫倫取消獨立的通電，電文是：
「蒙古疆域與中國腹地唇齒相依，數百年來漢蒙久成一家。去歲革命起義，內部諸省紛然獨立，中原鼎沸，騷動四方，蒙古僻在邊陲，深慮禍亂，貴喇嘛乘時獨立，保障蒙疆，本盟迭接來文，亦以計策自全，並非過舉，曾表同情。現在共和新立，五族一家，南北無爭，中央有主，從前各省獨立均已取消，我蒙同系中華民族，自宜一體出力，維持民國，與時推移。貴喇嘛遠在庫倫，或於民國近時情形有所隔膜，用特按照現狀縷述鄙懷。曩在前清無道，國民備受專制虐政，一切行動居處皆不自由，我蒙受害尤為特甚。民國改建以來，待遇我蒙，捐除前此一切苛例，並設種種優待條件，且於我蒙向來遊牧宗教習慣一體保存，循是以往，脫離羈厄，共享自由。……細按我蒙目前形勢論之，各地戶口人丁至為短少，財政奇絀，向無武學，戰爭之事，力所不能，長此反抗，希圖自尊，一旦民國赫然大興問罪之師，試問我蒙有何把握可以抵禦？……比者道路傳言，貴喇嘛已與俄人訂立條約，此必左右二三僉千貪得俄人厚賄，不恤斷送我蒙古人民之生命財產，犧牲我蒙古人民之自由幸福，自取滅亡，岌岌可懼。本盟王公等誼屬同體，再四思維，不得不苦心危言，諄諄切告，與其暫時依附外力，自貽不能保種之憂，何如竭誠扶助京邦，當收同舟共濟之益，用是縷陳一切，務望幡然悔悟，協助中華，並希婉謝俄人，取消協約。不特我蒙古人民永享共和幸福，即貴喇嘛粲譽亦將照耀千秋。……」
中俄談判《俄蒙條約》問題，中國方面最棘手的是沒有國際支持，僅賴法國公使以私人資格從中調停，而日本、英國和法國政府都好像默認，這與列強過去對中國問題的活動大相違背。舊的國際關係，無論英日、俄日、法日、美日的條約協商，都以維持中國現狀，保全殘餘中國領土，以及列強對中國機會均等為政策。俄「蒙」締約，是俄國奪蒙古為保護國，大有背於維持中國現狀，照理說，應為日、英、美各國所反對，可是為什麼各國都不發一言呢？這是由於俄國幕後和日本與英國有交易的結果，這個交易分為俄日和俄英兩部分。
日俄曾於1910年簽訂第一個密約，這個密約是俄國追認日本在朝鮮的一切。待辛亥革命後，俄與庫倫互相勾結，日本乃乘機向俄國敲詐，以遂其私慾，於是在民國元年7月，派桂太郎至聖彼得堡，與俄國簽訂第二次密約，劃長春以南的滿洲和內蒙古一部分（即自開原以北依長柵至寬城子間的東蒙古地域）為日本所有，長春以北的北滿洲及其餘蒙古地區為俄國所有，互相支援，不相牽制。日本認為俄國侵略蒙古是勢在必行，除了使用戰爭無法阻止俄國的行動，因此乘機與俄勾結，平分秋色，借可遂它自己侵佔滿蒙的夢想，所以提出上述條件，而俄國因為曾與日本有協約，保全中國領土，如今急欲使外蒙脫離中國，所以自不能不接受日本要求，免去阻力，於是日俄第二次密約遂在這種情形下簽訂。
俄國外相薩佐諾夫於該密約締結後，就在民國元年9月赴英國倫敦，與英外相古烈討論西藏之權利問題，以與英國交換蒙古。原來英國亦正支持西藏獨立，早在清宣統元年，清廷命趙爾豐率軍進藏，宣統二年（1910年）詔廢達賴十三，達賴出亡印度，英、印均極力籠絡達賴。辛亥革命後，藏人乘機背叛，迎達賴回藏，宣告獨立，袁世凱命四川都督尹昌衡征藏，雲南都督蔡鍔亦派兵進川助剿。元年7月，川滇軍迭獲勝利，英駐華公使朱爾典突提抗議，要求中國不得干涉西藏內政，不得派兵入藏，如中國不接受，英國便不承認民國政府。袁迫於形勢，乃改剿為撫，恢復達賴十三封號，撤消征藏軍，同意與英國在印藏邊境的大吉嶺開「西藏會議」。
俄英締結密約，其內容是俄國支持英國在西藏的活動，以交換英國支持俄國在蒙古的行動。
由於日本、英國、俄國三強的立場一致，利益相同，法國、德國、意大利都沒有表示，美國正好是威爾遜總統上台，在外交上反對擴張，自動放棄了東亞的發言權。因此，中國在沒有國際支援的情形下應付庫倫問題，當然是非常吃力的。
陸徵祥再任外長，負責與俄駐華公使談判，歷時凡八個月，由元年11月起至2年7月，共與俄使會議20餘次，最後協定草約，由袁世凱於2年7月提出國會，要求同意，其條文是：
「中俄兩國為免除蒙古現狀所能發生之誤會起見，協定條件如下：（一）俄國承認蒙古為中國領土完全之一部分。茲特承諾於此領土關係之繼續，不謀間斷。又此領土關係上出生之中國歷來所有之種種權利，俄國並承諾尊崇。（二）中國承諾不更動外蒙古歷來所有之地方自治制度。並因外蒙古之蒙古人，在其境內有防禦及維持治安之責，故許其有組織軍備及警察之專權，並許其有拒絕非蒙古籍在其境內殖民之權。（三）俄國一方面承諾除領署衛隊外，不派兵至外蒙古，並承諾不將外蒙古之土地舉辦殖民，又除條約所許之領署外，不設置他項官員，代表俄國。（四）中國願用平和辦法施用其權於外蒙古，茲申明聽由俄國調處。照上列各條之本旨，定立中國對待外蒙古辦法之大綱。（五）中國政府因重視俄國政府之調處，故允在蒙古地方將下開之商務利益給與俄人（即俄蒙附約商務專條）。（六）以後俄國如與外蒙古官吏協定關於改動該處制度之國際條件，必須經中俄兩國直接商議，並經中國政府之許可方得有效。」
根據這個《中俄協定》，等於中國已承認了《俄蒙條約》和蒙古獨立。因此，這個協定提交國會時，即遭國會否決。而趙秉鈞內閣因宋教仁被刺案而垮台，新外交總長是孫寶琦，重新和俄使磋商，又凡四個月，至民國2年11月成立協定，其精神與前次協定完全一樣。這時候，袁世凱因「第二次革命」取消了國民黨議員360人，使國會不足法定人數，於11月4日命孫寶琦簽署了《中俄協定》，該協定內容如下：
「（一）俄國承認中國在外蒙古之宗主權。（二）中國承認外蒙古之自治權。（三）中國承認外蒙古人享有自行辦理自治外蒙古之內政，並整理本境內一切工商事宜之專權，中國允許不干涉以上各節，是以不將兵隊派駐外蒙古，及安置文武官員，且不辦殖民之舉，惟中國可任命大員偕同應用屬員暨護衛隊駐紮庫倫，此外中國亦可酌派專員，駐紮外蒙古地方，保護中國人民利益。俄國一方面擔任各領事署護衛隊外，不於外蒙古駐紮兵隊，不干涉此境內之各項內政，不在該境有殖民之舉動。（四）中國聲明承認俄國調處。（五）凡關於俄國及中國在外蒙古之利益，暨各該處因現勢發生之各問題，均另行商訂之。」
照上述協定，俄國雖承認蒙古為中國之領土，然僅承認其宗主權，中國對於蒙古既不能干預其內政，又沒有監督蒙古外交之專權，則宗主權只是一個空名，同時中國既承認俄蒙商務專條，即等於承認外蒙古獨立。民國成立後第一樁對外交涉結果如此，招致了日後更多的喪權辱國事件！
俄帝在侵奪外蒙古時，西藏也發生了問題。西藏在中國歷史上一直地位特殊，有它獨特的宗教和政治制度，同時又是政教合一的民族。英國人一直視西藏為禁臠，俄國人也參加逐鹿。清帝遜位後，西藏也鬧起獨立來了。陸軍統領鍾穎遂率軍由西康開入西藏。四川都督尹昌衡令鍾穎為西藏行政使。藏人受英人挑唆，於元年4月6日與鍾部發生衝突，演出激烈戰事，5月19日後藏江孜、亞東失守，拉薩危迫，6月初旬裡塘陷落，8月藏兵進攻巴塘，川邊大震。
當藏兵攻勢順利時，英國駐華公使為西藏問題向中國外交部提出照會，內容為：
（一）中國不得干涉西藏之行政，並不得於西蒙改設行省。（二）中國政府不得派無限制之軍隊，駐紮西藏各處。（三）英國現已認定中國對於西藏有宗主權，應要求中國改訂新約。（四）英政府前曾遵據條約，特設通信機關，後經中國軍隊擅行截斷，以杜絕印藏之交通。（五）如中國政府不承認以上各條件，英國政府亦絕不承認中華民國之新共和政府。
中國政府根據英方照會加以討論，袁世凱因和英駐華公使朱爾典私交頗好，所以中英關於西藏問題，不似中俄關於外蒙問題那麼棘手。中國答覆英國之照會，大致內容如下：
（一）中國按照1906年之《中英西藏條約》，除中國外，其他國皆無干涉西藏內政之權，今謂中國無干涉西藏內政之權，理由甚無根據。至於改設行省一事，為民國必要之政務，各國既承認中華民國即不能不承認中國改西藏為行省。況中國對於西藏，並無即時改設行省之意，此中頗有誤會。惟現在中國認定不許其他一切外國干涉西藏之領土權及及其內政。（二）查中國並無派遣無限制軍隊駐紮西藏之事。惟按照1908年之通商條約，英國以市場之警察權及保護印藏交通，委任於中國，故中國於西藏緊要各處，當然派遣軍隊。（三）中英關於西藏之交涉，已經兩次訂立條約，一切皆已規定明確，今日並無改訂新約之必要。（四）中國政府從前並無有意斷阻英藏交通之事，以後更當加意保護，斷不阻礙英藏交通。（五）承認中華民國是另一問題，不能與西藏問題並為一談，深望英國先各國而承認中華民國。
中國政府復書發出，英政府一時未有覆文。9月1日西藏達賴派堪布求和，川軍克復裡塘。25日袁下令以尹昌衡兼川邊鎮撫使。10月28日復封達賴名號。12月25日尹昌衡報告川邊已告肅清，西藏問題總算拖了下去。