辛亥年的六月間，直隸咨議局三番四次請願，要求速開國會，同時反對奕-的內閣，認為以皇族擔任內閣總理，不合君主立憲的原則，有失人民願望，措詞激烈而痛切。這些要求，與革命行動是無關的，各省咨議局的活動都是在致力於君主立憲，當時好多省咨議局曾派代表赴江蘇南通，拜訪江蘇咨議局議長張謇，請張赴北京一行，觀察清廷動向，作為各省咨議局今後對國是應采方針的參考。張謇欣然同意，遂偕雷奮和劉厚生同往，路經河南，順道赴彰德訪問在息隱中的袁世凱，交換對於時局的意見。兩人不見面已十餘年，在袁心目中，張謇在南方有廣大的社會力量和經濟力量，過去若干年兩人雖有芥蒂，但在今日變局中，兩人必須合作，張氏在南方有力量可以配合。因此當兩人握別時，袁很誠意地向張表示：「如果朝廷召我出山，我一切當遵從民意而行，換而言之，即當尊重各省咨議局，尤其是季老的意見，希望季老和我合作，並請把我的誠意轉達各省咨議局。」
辛亥革命起義後，革命黨要人，如黃興、宋教仁、陳其美、居正等都聚集上海，他們雖和張謇素昧生平，但因知道張、袁過去一段師友之間的關係，所以對張很拉攏。張這時亦贊成共和，民國成立前後，張的身價極高，隱然成為南北之間的一個重要人物。
袁世凱在這期間，確實花樣百出，翻手為雲，覆手為雨。一方面宣稱自己是贊成君主立憲；一方面卻又和汪精衛密切往還，暗中表示贊成革命。一方面命令馮國璋督兵猛擊武漢的革命軍；一方面又派人至武昌和談。忽進忽退，撲朔迷離，使人無法捉摸。就連他自己的出處，也是欲進欲退，弄得清廷對他也不知該如何應付。
自從武昌起義後，袁世凱的北洋系人都額手稱慶，認為這是袁宮保再起的大好時機，可是這些袁的幹部也對袁的手法莫名其妙，有人認為袁息隱兩年多，一切都有點不對勁。楊度有一天更把外邊這種看法對袁報告，袁聽了仰天大笑，他說：「-子（楊度的號），你是聰明人，怎不懂我的意圖，你知道拔樹的辦法嗎？專用猛力去拔，是無法把樹根拔出來的，過分去扭，樹子一定會斷折，只有一個方法，就是左右搖撼不已，才能把樹根的泥土鬆動，不必用大力就可以一拔而起。清朝是棵大樹，還是三百多年的老樹，要想拔這棵又大又老的樹木，不是一件容易的事情。鬧革命，都是些年輕人，有力氣卻不懂如何拔樹，鬧君主立憲的人懂得拔樹卻沒有力氣，我今天的忽進忽退就是在搖撼大樹，現在泥土已經鬆動了，大樹不久也就會拔出來的。」從這些話中可以看出袁的老奸巨猾。
武昌起義的消息於辛亥年八月廿日下午一時傳到了北京，清廷舉朝頓時駭得手足無措，廿一日有旨派陸軍大臣蔭昌統率近畿陸軍兩鎮南下征討，並令海軍提督薩鎮冰率領海軍即日赴援。
就在這天，袁世凱「奉旨養病」的洹上村，來了一位秘密客人，這個客人是被派南下作戰的馮國璋，他專門趕來向袁請示方策。袁給馮六個字的錦囊妙計，是：「慢慢走，等等看」。袁的這六個字，立即影響了蔭昌率領的北洋陸軍，他們果然以極遲緩的行動準備出發作戰，蔭昌一看苗頭不對，也就留在北京沒有動身。
八月廿三日，清廷起用已罷黜兩年餘的袁世凱為湖廣總督。袁世凱的再起是內閣總理大臣奕-保薦的，攝政王載灃雖然不歡喜老袁，可是要打仗必須倚靠北洋軍，北洋軍則全是袁一手訓練，所以不得不用袁。袁不僅是湖廣總督，同時兼辦剿撫事宜，照這道命令，等於是蔭昌的副手，袁當然很沒趣，於是以「足疾未痊」的理由，推辭了這個湖廣總督的任命。袁本來並沒有足疾，可是當年攝政王載灃放逐他的時候，硬說他有足疾，勒令請假養痾，如今袁正好用足疾來回敬。意思是：「我明明無病，你叫我養病，如今事急來求我，我也只好給你一個因病不能復起的回敬。」
奕-見到袁的來電，乃派內閣協理大臣徐世昌於八月廿九日微服前往河南彰德洹上村訪袁，這兩個老狐狸如此這般一番，徐就折返北京，裝出一副又喪氣又生氣的樣子對奕-和滿朝親貴說：「真是不知好歹，他竟提出條件，他說：要我干未嘗不可，可是必需得聽我意見。我看還是叫蔭督帥快赴前線去吧，沒有袁世凱不見得就不能打仗。」奕-問徐是些什麼條件，徐支支吾吾說出了袁的六個條件：
（一）明年召開國會；（二）組織責任內閣；（三）開放黨禁；（四）寬容革命黨；（五）授以指揮前方軍事的全權；
（六）保證糧糈的充分供給。
袁世凱和徐世昌串演的一幕雙簧，袁的條件是真的，徐的氣憤是假的，袁的用意是利用革命黨對付清朝，再留著清朝對付革命黨，自己有北洋軍為本錢，坐收漁人之利。袁的條件等於把清朝的軍事和政治大權都拿過來，在清朝政府不答應以前，他落得於「在黃鶴樓上看翻船」。
袁敢這樣「作狀」，自然是有恃而無恐，因為清廷在這時候，是非倚賴北洋軍不可了。
清廷自武昌起義後，已經完全明瞭局勢的嚴重，知道星星之火可以燎原，所以只好用軟功來緩和革命力量的膨脹，不敢用高壓的流血手段來鎮壓。因此八月廿九日下了一道上諭給各省督撫轉諭軍民：「從亂者不咎既往，倘搜獲名冊，亦當立予銷毀。」清廷的懷柔，比起袁世凱的六個條件當然差得多，袁的條件從徐世昌口中宣佈後，清廷要員都不贊成，照袁的條件，不但奕-的內閣總理大臣做不成，就連攝政王也幹不下去。
袁世凱算定了清政府不會一口氣接受了他所提出條件，於是他便暗中命令北洋軍將領按兵不動，不聽蔭昌的指揮。
蔭昌南下後，北洋軍全部停留在信陽和孝感之間，兵車阻塞不通。自八月下旬到九月初，蔭昌的號令完全不行，只落得在孝感滿頭大汗，跳著腳罵人。而一省一省的獨立，就像傳染病蔓延得那麼可怕，革命的聲勢一天大過一天，北方各省也醞釀著要學習南方諸省。
辛亥年九月初四日，革命軍在漢口發動攻勢，進展到三道橋，驚慌失措的清廷，不得不向袁更讓一大步，九月六日解除了蔭昌的督帥職務，派袁世凱為欽差大臣，節制馮國璋的第一軍和段祺瑞的第二軍（這時第二軍分佈在武勝關一帶，為後援部隊），以及水陸各軍。
袁世凱再起了，就在他的新命發表的這一天，北洋各軍奉到袁的秘密指示，要拿點顏色給革命軍看看，於是漢口的革命軍便受到前所未有的猛烈的進攻。革命軍前敵總指揮張景良通敵。張原任清軍第廿九標標統，武昌起義後被推為都督府臨時參謀長，但他對革命事業沒有信心，曾勸黎元洪棄職潛逃，被革命軍發覺本應處以死刑。因蔡濟民等是張的舊部，極力為之開脫，並推薦他為前敵總指揮，叫他戴罪立功。他懷恨在心，九月六日北洋軍發動攻勢時，張竟派人放火焚燒彈藥輜重庫，軍心因而大亂，北洋軍乘勢佔領了漢口的大智門。
袁這時還在彰德的洹上村，他露了一手，一方面給清朝嘗一點甜頭，一方面給革命軍看一點顏色。欽差大臣和前方軍事的指揮大權，對袁來說還不過癮，他要在這鷸蚌相爭的局面中得漁翁之利。因此他仍然在洹上村的養壽堂抱著他的「病腳」，欽酒賦詩，一付閒情逸致的姿態。對清廷來說，這真是急驚風遇著了慢郎中。
袁當然懂得如何養敵以自重，他要利用革命軍來威脅清廷，又要暫時保全清廷對付革命軍。
辛亥年九月廿一日，有兩個秘密人物由漢口過江到了武昌，要求面見黎大都督。這兩個人乃是袁世凱所派的蔣廷干和劉承恩，他們攜帶了一封英國駐漢口領事的介紹信，過江來洽談和，好像三國時曹操派蔣幹過江一樣，可惜黎元洪不像周瑜，但也唱了一段群英會。因為黎在接見這二個「和平使者」時，很費一番考慮，黎很想知道袁的和平條件是些什麼？可是又怕身邊的革命志士罵他對革命事業沒有信心，而在他左右的革命黨人，對這個問題也有兩種不同的意見，孫武和胡瑛認為既有英領事的介函，就不妨和他們談談，吳兆麟和張振武兩人則反對，黎採取了孫、胡兩人的意見，在都督府接見了這兩個「和平使者」蔡廷干和劉承恩。他倆見到黎都督時，就把英領事和袁世凱的信雙手呈給黎。黎慢慢地打開，慢慢地看，這時都督府大客廳上一片緊張氣氛，鴉雀無聲。黎一邊一看一邊細自思量如何應付這個場面，正好看到革命軍接受君主立憲作為和平的前提，於是黎便把臉一沉，把信折了遞給蔡、劉二人，並且說：「太奇怪了，袁慰亭到今天還要替一人一姓說話，君主立憲根本談也不必談。」
這時黎都督背後的屏風後面閃出了三個人，是朱樹烈、范義俠、蕭鶴鳴跑了進來，抽出指揮刀狠狠地凶凶地說：「誰人敢主和？主和就是漢奸，請先吃我們一刀。」蔡廷干、劉承恩一看這個場面，嚇得臉都變了色，黎元洪這時又慢慢吞吞地說：「不必怕，兩國相爭，不斬來使，我會派人送你們過江的。」蔡、劉就這樣抱頭鼠竄過江了。
黎眼見袁世凱的兩個使者去了以後，便對都督府內的革命黨人說：「昨天美國領事跑來看我，他說孫逸仙博士就要由美國動身回來，我想他回來就有辦法了。」黎這句話對當時的革命局面是一劑強心針，因為當時「孫文」兩個字代表一種魔力，對革命事業來說是有極大鼓勵作用的。
九月初七日黃興偕李書城、耿覲文、曾可樓由上海趕到漢口，黃等就被留在漢口指揮革命軍。這時漢口已危在旦夕，武昌也人心浮動。黎元洪派人把黃接過江來，選了一匹大馬，叫一個高大的人舉著一面旗子，上書「黃興到」三大字，騎馬在武昌城外繞了一個大圈子。黃過江和黎匆匆談了一下，就折返漢口指揮戰爭，佈置最後防線於演春茶園。九月八日、九日、十日、十一日黃一面抹汗，一面電調各軍上火線，可是士氣不振，若干人不聽指揮。黃親手殺了幾個，局面才稍定，但漢口卒於十二日陷落。黃興渡漢水到漢陽，豪氣猶在，余勇可賈，黎元洪再催請他渡江議事，黃乃於十二日下午抵武昌。
這時武昌因漢口失陷而岌岌可危，都督府內有人建議請黃興出任作戰總司令，黎欣然同意，乃於九月十三日在閱馬廠高築將台，舉行隆重的「拜帥大典」。將台上置有高桌，蒙以黃布，周圍是雄赳赳氣昂昂的武裝士兵，台口為營長以上的高級軍官，由都督府到將台過道兩旁，站滿了文武官吏，黎、黃兩人並轡而出，文官行脫帽禮，武官行撇刀禮，兵士行舉槍禮，氣象莊嚴隆重，有過於黎元洪就都督的誓師禮。
黎都督黃總司令就位後，典禮開始，由李玉山宣讀黎都督的任命狀。這篇任命狀是一篇文辭典麗的文章：「黃君興險阻備嘗，功在民國，各軍當悉聽調遣。」宣讀任命狀後即由黎元洪都督授令、授旗、訓話，然後是黃興總司令答禮、答詞。黎都督退席後，黃總司令則騎著那匹已經騎過的高頭大馬，繞場巡行，全場官兵舉槍致敬，禮成。
當黃興就任革命軍戰時總司令，即以防禦漢陽為主要任務，設總司令部於昭忠祠，任命李書城為參謀長。李原在北京軍咨府任職，由載濤派其與黃郛南下。李、黃離北京後即決心革命。黃抵上海，留助陳其美；李則兼程來漢口，抵漢時漢口已失陷，遂投奔黃興。副參謀長一為楊璽章，一為吳兆麟，參謀有姚金墉、蔡濟民、徐達明、甘績熙、高建翕、賓士禮、金龍章、吳醒漢、夏維善等。參謀處的任務是沿襄河入江處起，迤黑山以下挖壕築堡，僱用民夫數千人，晝夜工作。當時兩軍苦戰，隔江、漢二水對峙。革命軍因漢口之戰損失過重，新成立部隊官兵大半未受訓練，因此不堪大戰。
九月十八日據報漢口方面有清軍1萬餘人，在漢口劉家廟至橋口附近，並於上關、花樓、黑山對岸及沿江佈防。革命軍則在漢陽南岸嘴至三眼橋一帶防禦。二十三日決定渡河攻擊漢口，當時判斷漢口清軍兵力約一鎮以上。革命軍攻擊計劃：步四協張廷輔向漢口市街攻擊；步六協楊載雄向漢口龍王廟登陸，攻擊清軍左翼，武昌鳳凰山炮隊支援進攻部隊向漢口射擊，海軍炮艦亦加掩護，設信號於黃鶴樓、鳳凰山、大別山等處。九月廿六日渡襄河左岸攻擊，進攻時鄂軍在左，湘軍在右，鄂軍因系臨時召募，所以毫無作戰經驗，湘軍甚勇，但獨力難支，遂告敗北。革命軍傷亡慘重，計官57人，士兵792人，失山炮18尊，步槍600餘枝，子彈2300餘箱。
革命軍進攻漢口失敗，於是全力固守漢陽，清軍因洞悉革命軍方面作戰實力不強，軍令亦不統一，於是大舉進攻漢陽。自辛亥年九月二十八日至十月初六，劇戰八晝夜，革命軍死軍官137人，傷85人；士兵死2693人，傷400餘人。至十月初七日上午十時，漢陽遂告淪陷。
清軍之攻漢陽，出動了強大兵力，配以新式德國管退炮若干尊，實力在革命軍以上。革命軍守漢陽者，為鄂湘兩省軍隊，人數雖在5萬人以上，但缺乏作戰經驗，彼此又不協調，且全用於第一線，所以極感疲乏。漢陽之敗並不能怪黃興一人，可是由於黃興曾指揮過鎮南關之役、河口之役、黃花岡之役，都是功敗垂成，遂使人對黃有雖勇而不能戰的印象。黃自己亦有年年敗北的感慨，其和譚人鳳詩有云：「懷錘不遇粵途窮，露布飛傳蜀道通，吳楚英豪戈指日，江湖俠氣劍如虹；能爭漢上為先著，此復神州第一功，愧我年年頻敗北，馬前趨拜敢稱雄。」
漢陽失陷後，黃興退到武昌，軍政府即召開軍事會議，黎元洪主席，請黃報告漢陽戰役經過。黃即席演說，對漢陽失敗的原因未能詳述，但對於未來軍事演變，則認為漢口和漢陽已失，武昌難以固守，主張率領鄂湘兩軍前往攻取南京。黃的主張被軍政府多數人反對，參謀范騰霄憤然說：「漢陽既已不守，武昌又擬放棄，試問還有什麼能力可以攻取南京，如果湘鄂兩軍尚可用，則武昌當然可守。」他的話一講完被大家熱烈鼓掌，死守武昌的提議便成為這次會議的決定。其時黎元洪因都督府被炮轟，所以遷往城外卓刀泉辦公。黃興在會議結束後，即偕李書誠、湯化龍、胡瑞霖、陳登山和黃中塏等乘輪去上海。武昌方面決定重行佈置兵力死守，以鄧玉麟、何錫蕃兩協警備武昌，羅洪升一協守大君山，劉佐龍一協守小君山，王錫齡一營守京口，陳龍章的敢死隊守磁基山，標統張廷輔、謝流芳、張傑夫等殘部守白沙洲、標統劉廷璧、管帶李忠義等守青山。
十月初八日，即清軍攻克漢陽的第二天，清政府以二等男爵授給馮國璋。
漢陽之敗，對革命軍是一個大打擊。可是幾天後蘇、浙、滬聯軍攻克南京，使革命活動又見蓬勃。獨立各省在上海的代表，認為武昌已在危險中，革命事業必須擴大，乃於十四日集議，決定南京為臨時政府所在地，選舉黃興為大元帥，黎元洪為副元帥，即以大元帥組織中華民國政府。這一時期的武昌已經轉危為安，倒不是因為武昌有力量固守，而是袁世凱並不想徹底打垮革命勢力，幕後原因是獨立各省的代表曾於十月十三日開會，通過雷奮、馬君武、王正廷所起草的臨時政府組織大綱二十一條，且有一個秘密決議，就是倘若袁世凱反正，則公舉袁世凱為中華民國臨時大總統。袁亦聽到這個消息，所以在北洋軍可以一鼓作氣渡江攻下武昌時，突然煞車，並派代表至武昌談和。
武昌和上海兩大革命中心在一開始便發生意見，黃興對於上海方面同志推他為大元帥非常謙讓，一再懇辭。隨後的折衷意見是於十月二十七日重新改選，推黎元洪為大元帥，黃興為副元帥，黎因駐節武昌，不能前往南京，故由黃興以副元帥身份代行大元帥職務。
黎、黃之間不一定有芥蒂，但武昌方面的革命集團與上海方面的革命集團，彼此是有意見的，這是早期革命時的不幸事件，也是袁世凱得以利用的大好機會。