慈禧高齡當國，風燭殘年，當時兩宮不和，光緒所期待的，就是慈禧遲早總要壽終正寢，所以唯一對抗慈禧的方法就是「等待」。不幸，正當慈禧病危時，光緒卻搶在她之先駕崩。光緒先慈禧而死，這件公案是清王朝最後歲月中一大秘密，有人說慈禧垂危時叫人先謀害了光緒，又有人說是袁世凱的陰謀。所有的傳說只是傳說，誰也無法證實真相是怎麼一回事。
袁世凱當然恐懼光緒重新執政，他死命地掌握著北洋軍，鞏固自己的力量，就是以防萬一。光緒卅四年（1908年）皇帝和太后都在病中，清廷計劃為光緒立嗣以備萬一，袁極力支持立慶親王的長孫為嗣，可是他的計劃卻不被慈禧所接受。慈禧雖然不喜歡光緒，但是她和醇親王一家人的關係非常密切，因為她的親妹妹便是嫁給醇親王奕。奕-的兒子中，一個是光緒，一個是載灃。載灃繼承了醇親王的王位，娶的太太又是慈禧親信榮祿的女兒。所以慈禧為了這種私情，寧願把天下交給載灃所生的，才三歲又好哭的溥儀，並命載灃以監國攝政王名義抱了他的兒皇帝統治大清江山。
另有一個傳說是當病中的光緒聽到自己親兄弟要作攝政王，也不禁流露了笑容，於是他秘密地寫了一個字條給載灃，上面只有四個字，是「殺袁世凱」。
袁世凱在醇親王載灃被任命為攝政王以後，也曾做了一番努力，他以國家需立長君為由，建議載灃自己做皇帝，他希望以擁立載灃自己做皇帝，來求取載灃的諒解，可是他這個建議不僅未被載灃接受，反而卻召來一頓很嚴厲的申斥。他乃稱病請假到天津小住。
載灃當國後，真的在籌劃要替皇兄報仇，誅殺袁世凱。康有為有一封「上攝政王」書，這封信強調光緒之死是袁所殺，請「殺賊臣袁世凱」。康函摘要如下：
「罪臣康有為稽顙上書監國攝政王爺殿下：十月二十一日驚聞大行皇帝上賓，天地晦冥，山川崩竭，薄海號痛，泣於昊天，鼎湖攀髯，呼號莫及。嗚呼痛哉！豈謂御宇三十四年捨身愛民之聖主，而棄我臣民如此其速，且如此其酷也。
有為僻居海外，逖聽所得，僉謂逆臣袁世凱蓄謀篡弒，已歷歲年，今次大喪，又適與大行太皇太后之喪後先銜接；稽諸前史，從所未聞，舉國洶洶，杯弓蛇影之痛，懷莫能釋，自推原禍首，莫不集矢於逆臣袁世凱之一身。有為痛急之餘，不揣冒昧，曾僭電殿下，請討賊臣人安社稷，未審九閽深邃能達典簽否也？
自頃日讀宮抄，見大喪之禮無異常，豈先帝之喪實由天禍，而非有如外間所擬議者耶？抑有深哀隱痛，為臣子所不復忍言，而為先帝諱之者耶？海外孤孽，固不敢妄為臆測。雖然逆臣袁世凱為先帝之罪人，固已昭昭然天下所共見，苟有弒逆之事，其惡固擢發難容，即無弒逆之跡，其罪亦難從末減。有為躬受先帝厚恩，而先帝之知世凱，實由有為，今有為若不揭其惡而正其罪，則將何面目以見先帝於地下，故敢瀝述前事，為殿下陳之。
夫使先帝之喪而有可疑，則逆謀必出自世凱，固無論矣。即日無可疑，然試思先帝方以鼎盛之春秋，曷為而棄我臣民，豈非戊戌以後，十年憂傷，抑鬱之所致乎？而孰使先帝積十年之憂鬱而卒繼志以殂落者，則皆逆臣世凱一人為之也。先帝之事大行太皇太后，仁孝恭謹，四十年如一日，天下之所共聞也。
戊戌春夏之交，先帝發憤於中國之積弱，強鄰之侵凌，毅然維新變法以易天下。其時慈宮聖意所在，非外廷所能窺伺，就令兩宮政見小有異同，而慈孝感召之誠，終未嘗因此而稍殺。自逆臣世凱無端造出謀圍頤和園一語，陰行離間，遂使兩宮之間常有介介，而後此事變遂日出而不窮。先帝所以備歷艱險以迄今日，實惟此之故。今使如世凱言而果有事也，則將謂先帝為此事耶？抑謂全由罪臣有為主謀，而先帝受罪臣之蒙蔽耶？
夫以先帝之仁孝，肯為此悖逆之舉？若世凱謂先帝為與聞，是誣先帝以不孝也。罪臣受先帝特達之知，稍有人心，固不忍行其蒙蔽，且以先帝之英明，又豈罪臣所能蒙蔽者！若世凱謂先帝為罪臣所蒙蔽，是誣先帝以不明也。推原世凱所以造出此無根浮言之故，全由世凱受先帝不次之擢，其事頗為廷臣所矚目，而盈廷洶洶，方與新政為難，世凱忽生自危之心，乃幻出此至狠極毒之惡謀，如俗諺所謂苦肉計者以求自解免，此戊戌冤獄之所由起也。
（中略）
罪臣當光緒二十八年八月初二日恭承先帝手頒朱諭，命以愛惜身體，善自調攝，期他日更效馳驅，共建大業。十年以來，每一憶誦，血與淚俱。今先帝大業已矣，罪臣不敢惜身，惟大仇未報，無以見先帝於地下，且舉國皆畏世凱無恥忘仇，然則先帝之冤非罪臣發之而誰發之？
夫圖治之序固有先後，以中國之大，致強猶反掌耳。但有賊不討，大倫已僉，大法全廢，更何道以治國乎？先帝喪苟有可疑，袁世凱固賊也；既無可疑，袁世凱亦賊也。許子不嘗藥，《春秋》猶書為弒君。夫世凱之所陷先帝者，又豈此嘗藥之比哉？昔齊陳恆弒君，孔子魯人，猶請討之。況罪臣曾受先帝生死骨肉之恩者耶！自念獲罪，不敢冒犯，待之彌月，不能隱忍，敢冒斧鋮之誅，謹以上聞，不勝悲痛哀憤之至，伏惟睿鑒。有為泣血謹上。」
宣統（溥儀）臨朝，攝政王載灃曾召見滿漢軍機大臣宣示先帝遺詔，這時老臣張之洞卻跪在地上連連叩頭，以「國有大喪，不宜誅戮大臣」為由反對，慶親王奕-也表示反對。當天載灃還密電徵詢北方幾個北洋系的漢族軍事首長意見，第四鎮統制吳鳳嶺，第六鎮統制趙國賢的答覆都是：「請勿誅袁，如必誅袁，則先解除臣等職務，以免兵士有變，致辜天恩。」
大臣的反對，和可能發生兵變，就使袁世凱逃脫了「誅戮」的命運。下面抄錄一段宣統廢帝溥儀關涉這一幕的回憶——
對我父親攝政王來說，最根本的失敗是沒有能除掉袁世凱。有一個傳說，光緒臨終時向攝政王托付過心事，並且留下了「殺袁世凱」四字朱諭。據我所知，這場兄弟會見是沒有的。攝政王要殺袁世凱為兄報仇，雖確有其事，但是被奕-為首的一班軍機大臣給攔阻住了。詳情無從得知，只知最後讓父親洩氣的是奕-的一番話：「殺袁世凱不難，不過北洋軍如果造起反來怎麼辦？」結果是隆裕太后聽了張之洞等人的主意，叫袁世凱回家去養「足疾」，把他放走了。有位在內務府幹過差使的「遺少」給我說過，當時攝政王為了殺袁世凱，曾想照學一下康熙皇帝殺大臣鰲拜的辦法。康熙的辦法是把鰲拜召來，賜給他個座位，那座位是一個只有三條好腿的椅子，鰲拜坐在上面不提防給閃了一下，因此構成了「君前失禮」的死罪。和攝政王一起制定這個計劃的是小恭親王溥偉。溥偉有一柄咸豐帝皇帝賞給他祖父奕的白虹刀，他們把它看成上方寶劍一樣的聖物，決定由溥偉帶著這把刀，做殺袁之用。一切計議停當了，結果被張之洞等人攔住了。這件未可置信的故事至少有一點是真的。這就是那時有人極力保護袁世凱，也有人企圖消滅袁世凱，給我父親出謀劃策的大有人在。袁世凱在戊戌後雖然用大量銀子到處送禮拉攏，但畢竟還有用銀子消除不了的敵對勢力。這些敵對勢力，並不全是過去的維新派和帝黨人物，其中有和奕-爭地位的，有不把兵權拿到手誓不甘休的，也有為了其他目的而把希望寄托在倒袁上面的。因此殺袁世凱和保袁世凱問題，早已不是什麼維新與守舊、帝黨與後黨之爭，也不是什麼滿漢顯貴之爭，而是這一夥親貴顯要和那一夥親貴顯要間的奪權之爭。以當時的親貴內閣來說，就分成慶親王奕-等人的一夥和公爵載澤等人的一夥。給我的父親出謀劃策以及要權力地位的，主要是後面這一夥。
其中最難對付的是奕-和載澤。奕-在西太后死前是領銜軍機，太后死後改革內閣官制，他又當了內閣總理大臣，這是叫度支部尚書載澤最為憤憤不平的。載澤一有機會就找攝政王，天天向攝政王揭奕-的短。西太后既搬不倒奕-，攝政王又怎能搬得倒他？如果攝政王支持了載澤，或者攝政王自己採取了和契-相對立的態度，奕-只要稱老辭職，躲在家裡不出來，攝政王立刻就慌了手腳。所以在澤公和慶王間的爭吵，失敗總是載澤。醇王府的人經常可以聽見他和攝政王嚷：「老大哥這是為你打算，再不聽我老大哥的，老慶就把大清斷送啦！」攝政王總是半晌不出聲，最後說了一句：「好，好明兒跟老慶再說……」到第二天，還是老樣子，奕-照他自己的主意去辦事，載澤又算白費一次力氣。
載澤的失敗，往往就是載灃的失敗。奕-的勝利，則意味著洹上垂釣的袁世凱的勝利。攝政王明白這個道理，也未嘗不想加以抵制，可是他毫無辦法。
誅袁計劃既然難行，載灃乃於光緒三十四年十二月十一日（1909年1月2日）以皇帝名義明降上諭：「軍機大臣外務部尚書袁世凱，夙蒙先朝擢用，朕登極之後，復與殊賞，正以其才可用，使效馳驅，不意袁世凱現患足疾，步履維艱，難勝職任。袁世凱著即開缺，回籍養痾，以示朝廷體恤之意。」
袁世凱在天津奉到「回籍養痾」的詔旨，這時他還和他的一位外國朋友取得聯絡，這位洋朋友是英國駐清公使朱爾典，他們早已建立了極親密的關係。據說朱爾典拍了胸膛願意擔保袁的生命安全，於是袁世凱才懷著沉重的心情由天津遄返北京，向皇帝謝恩和辭行。
權勢-赫的袁宮保，竟在幾天之內變成了喪家之犬，倉皇地告別了北京城，臨行前他把在北京價值卅萬元新購置的府學胡同私宅贈給了段祺瑞。這時北洋六鎮統制名單是：第一鎮統制何宗蓮，第二鎮統制馬龍標，第三鎮統制曹錕，第四鎮統制吳鳳嶺，第五鎮統制張懷芝，第六鎮統制段祺瑞。
袁離北京時，只有嚴復和楊度兩人送行。
袁從北京回到項城，先已在項城的衛輝城外購屋數十楹，故留居於此。宣統元年（1909年）五月移居彰德府北門外的洹上村。洹上村有天津何氏的別墅，袁予以購置添修，題名養壽園，自號洹上釣叟，一付閒雲野鶴的姿態，每天飲酒賦詩，遊山玩水，藉以消除清廷滿人對他的注意。其實京中動靜，朝廷消息，他瞭若指掌，北洋派大將馮國璋、段祺瑞和其他將領都經常輕車簡從來彰德，向袁報告情況，請示做法，袁則用非常親密的態度接待這些幹部，臨別時還要贈送豐厚的路費。
在政治上，他的老友徐世昌紅極一時，並未因袁失勢而受影響，時而外放總督，時而內調尚書。袁歸隱後，徐竟升任內閣協理大臣（就是副內閣總理的地位）；袁一手提拔的趙秉鈞則任民政部侍郎，掌理全國警察和特務；袁的長子克定仍在郵傳部任丞參，他們都負責京中聯絡工作。內閣總理大臣奕-，陸軍大臣蔭昌也和袁保持密切關係；而各省督撫大員中，袁仍有不少的親戚和故舊。因此，袁雖然在洹上隱居，可是卻擁有極大的政治潛勢力。
這時隨袁在洹上的有兩大智囊，兩人都是姓楊的，一個是楊度，他原任憲政編查館的提調，後來投入袁的門下滿以為可以成為立憲的風雲人物，怎知袁被逐，他亦只好隨袁出走，失去騰達機會。他常歎息地說：「伊籐博文的命太好，我的命太苦！」一個是沉默寡言的楊士琦。楊是安徽泗州人，直隸總督楊士驤的兄弟，楊士驤亦是袁黨。
袁在歸隱期間，曾做了一首五言絕句，詩曰：「樓小能容膝，簷高老樹齊，開軒平北斗，翻覺太行低」。袁的門下士一面作詩奉和，一面則貢以諛詞：「宮保珠玉在前，我輩不敢獻醜了。」這些趨附之輩又竊竊私議說：「詩雖不佳，可是氣魄雄偉，大似開國帝王口吻。」
這年恰好是袁50歲，可是他的頭髮鬍子早已斑白，他一共有七房太太，已生了15個兒子。他最寵愛的姨太太是五姨太，據說是段芝貴奉獻的。
載灃當政後，一方面放逐袁世凱，一方面更進一步排斥漢族。首先是在軍事方面，他把全國兵權總攬在皇室手裡，要建立一個駕乎一切軍隊之上的皇室武力。就在他擔任攝政和放逐袁世凱的同時，他宣佈成立禁衛軍，由他統率，同時設立貴胄學堂以培養滿族的高級人才；又代皇帝為全國陸海軍大元帥，並成立陸海軍聯合參謀機構軍咨處，派滿族大臣毓朗、善耆、載澤、載濤、載洵等主持建軍事務；派載洵赴歐美各國考察海軍，載濤赴德國考察陸軍，蔭昌為陸軍部大臣接統北洋各鎮；宣佈陸軍武官任用制度，近畿各鎮由陸軍部直接統轄，裁撤京畿督練公所；成立海軍部，以載洵為海軍大臣。後來軍咨處擴大為軍咨府。軍咨府的性質等於參謀本部，以載濤、毓朗為軍咨大臣。同時並宣佈今後軍隊首長的任用計劃，新軍卅六鎮的高級將領都由貴胄學堂畢業生擔任；全國綠營和巡防營次第裁撤，以禁衛軍拱衛京城，並控制全國新軍。
海軍大臣載洵、軍咨大臣載濤都是載灃的親兄弟，也是光緒的小弟弟，這兩人是清末全國聞名的大貝勒。海軍大臣載洵有一次被派到奉天去查案，他是坐火車前往的，到了奉天車站，滿城文武官員都到火車站恭迎，可是欽差大臣卻在車廂內發了脾氣，怎麼請也不肯下車。歡迎行列見欽差不下車，自然也不敢散走，其中有聰明的官兒們猜想欽差大臣大約是有什麼需求，乃偷偷地向欽差的親信隨從打聽。不打聽還好，一打聽可把人駭壞了，原來欽差大臣要地方官孝敬他3000套貂皮，如果不答應欽差就不下車。這可把地方官難倒了，因為關外雖然盛產貂皮，立刻要湊3000套則是辦不到的，可是如果湊不齊，欽差大臣就不肯下車，這樣地方官就要擔承很大的干係，因此只好答應下來，立刻派人赴各地搜購，總算在欽差回京之前湊齊了。欽差雖然滿載而歸，可是搜刮的醜聞已傳遍了關內外，從此載洵就被人稱為「三千套」。載濤雖然沒有這類笑話，但他卻是一個出名的膽小鬼。至於攝政王載灃呢？他當國後很像模像樣，每天坐朝聽政，批閱公文，可惜他聽政時，對群臣的報告，吶吶不能作指示，而批示則又別字連篇不知所云，常在朝堂上好像睡眠不足，呵欠連連。還有他是出名怕太太的。
禁衛軍雖由載灃統率，實際責任卻在載濤身上，而載濤也很少過問，又交給士官畢業生良弼負責。良弼本任禁衛軍第一協協統，其後任禁衛軍訓練大臣，他是滿族親貴中敢作敢為的少壯派，吸收了一批士官生作為禁衛軍的各級將領。