袁世凱在小站練兵時，清廷發生了一件重大的事件，就是「戊戌政變」。袁世凱和戊戌政變有重要的關係，因此我們在敘述這一段歷史之前，必須先把西太后和光緒之間的種種作一個交代。
同治皇帝死後，因為他沒有兒子，也沒有過繼兒子，於是沒有主見的慈安太后（東太后）和有野心的慈禧太后（西太后）便共同商定，以醇親王（奕-）的次子載-，為咸豐帝的承繼兒子，繼承皇位，這就是光緒皇帝。按照清室的皇位繼承法，這本是不合理的，因為同治和光緒都是「載」字輩，他們倆人是堂兄弟，兄終弟及，在滿清還無先例。可是光緒的父親奕-是咸豐皇帝的兄弟，光緒的母親是西太后的妹妹，兩兄弟娶兩姊妹。西太后既是光緒的大伯媽，又是光緒的大姨媽，親上加親，除了親生兒子，這種關係應該是最親的了。選擇這樣關係的親人來做皇帝，是有把握可以控制的，何況這時西太后有極旺盛的權力慾望，如果她不作太后，則如何垂簾聽政呢？
光緒五歲即位，還是個不懂事的小孩子，清廷一切政事全由東西兩位太后垂簾聽政。東太后素來不願管事，因此西太后便掌握了實權。到光緒十二年（1886年）光緒已17歲了，這時東太后也死了五年多，西太后不好意思再繼續聽政，乃宣佈於明年正月「還政」，其實還政不過是個名目，她換了個「訓政」的名目繼續攬權。到了光緒十四年（1888年）光緒才宣告親政，這時光緒已19歲，可是二品以上大員的黜陟，仍要由慈禧決定。
不論從哪方面說，光緒帝總算是一個可愛的、值得同情的年輕小皇帝。他想做一個有為的好皇帝，可惜在一個無可施展的政治環境中，上有慈禧的專橫，而朝中滿籍官吏儘是頑固守舊愚昧無知，不要說政治上他不能有作為，甚至於在愛情上也不能自由。清王朝的家法本來就極嚴格，加上慈禧的跋扈，結果造成同治和光緒兩朝的皇帝悲劇。
清宮中有一個不公開的秘密，就是關於慈禧迫死他親生兒子同治和他的皇后一件公案。據說選定同治的皇后是東太后所主張的，所以西太后不高興，在同治新婚時借口皇后年輕，不懂宮中禮節，所以不許小夫婦在一塊。同治出天花時，慈禧把皇后喊去斥責，皇后深感委曲，乃遄赴養心殿同治皇帝處哭訴。同治勸她忍受，安慰她說：我們夫妻終將會有出頭的一天。不料這句話卻惹來了大禍。原來慈禧既不喜歡這個媳婦，因此早就在同治周圍設下了監視的耳目。這天她聽說皇后在探視同治，就不許聲張悄悄到養心殿的東暖閣外偷聽兒子和媳婦的談話。這對小夫妻萬沒料到說幾句私房話會闖下了滔天大禍，只見慈禧怒氣沖沖地闖了進來，一把抓住皇后的頭髮，舉手痛打，並且叫內廷準備棍仗侍候。同治嚇得昏厥過去了，慈禧因此沒有對皇后用刑。等到同治一死，慈禧便把責任全部加到皇后的頭上，下令限制皇后的飲食。兩個月後，皇后也就被折磨死了。皇后死後，慈禧的怒氣還不消，又革掉了皇后的父親崇綺的侍郎職位。第二年，有個多事的御史上了一個奏折，說外邊傳說很多，有說皇后死於悲痛過度，有說死於絕粟，總之，節烈如此，應當表彰，賜與美謚云云。結果皇后的謚號沒有爭到，這位御史把自己的官也丟了。
在同治死前，慈禧、同治母子不和已是一件公開的秘密。故宮的老太監都證實同治給東太后請安，還留下說一些話，在自己親生母親那裡，簡直連一句話也說不出來。同治親政時，西太后在朝中的親信羽翼早已形成，東太后又一向不大問事，皇帝辦起事來如果不先問問西太后，根本得不通。這就是母子不和的真正原因。慈禧是個權力慾非常強烈的人，絕不願丟開到手的任何權力，她為了自己的權威，對自己的親骨肉或親信都是順我者生，逆我者死。
光緒年間，她的脾氣更加喜怒無常。有一個太監陪她下棋，說了一句「奴才殺老祖宗的這隻馬」，她立刻大怒道：「我殺你一家子！」就叫人把這太監拉了出去活活打死了。
慈禧還政後，恣意享樂，通過李蓮英賣官鬻爵，挪用海軍款修頤和園。中日甲午戰爭時，她正在做60歲生日，從西苑到頤和園，沿途紮彩，奏樂演戲。她還當著皇帝的面對大臣們說：「誰使我生日不高興，我便使他一輩子不高興。」慈禧既然對待她自己親生兒子同治都那樣專制，因此她對待光緒自然也極霸道，尤其表現在光緒選後方面。她強迫光緒選她的內侄女為皇后，就是隆裕，可是光緒卻喜愛自己所選中的珍妃。隆裕在光緒大婚後倍受冷落，光緒寵愛珍妃，也被慈禧禁阻。光緒比同治勇敢，他看到慈禧窮奢極侈，又頑固地把持朝政，甚至連皇帝的婚姻也不能自由，內心起了極大的反感。加以當時的清王朝已到了危亡的關頭，這位年輕皇帝於是大膽地接受新的思想，真正地掌握朝政。可憐他生不逢時，維新變法只不過百日，他就被慈禧打入冷宮裡去了。
戊戌政變是維新運動的結果，維新運動可以說是康有為所一手促成的。康有為的維新運動是自上而下，方法是上書皇帝。康第一次上書是在光緒十四年（1888年），那時他應順天鄉試落第，於是上書請變成法。這篇文章約6000字。當時清廷都是些頑固保守分子，只有國子監祭酒盛昱、翰林院編修黃紹箕、刑部主事沈曾植和光緒的師付翁同-很贊同康的意見，但大臣們都沒有膽量把康的文章遞上去。到了光緒廿一年（1895年）康以舉人身份入京會試，正值甲午戰後中日議和，他聯合了1200位舉人，費了一天一晚的時間起草一個萬言書，內容是反對和議，遷都再戰。重要條目是：下詔鼓天下之氣，遷都定天下之本，練兵強天下之勢，變法成天下之治。這封書亦未被轉上，可是，卻傳遍了北京城，就是有名的「公車上書」。公車上書的第二天會試發榜，康中進士第五名，殿試降二甲48名，授職工部主事。他再起草一個奏疏，請及時變法，富國養民，教士治兵，求人才而慎左右，通下情而圖自強。這奏疏由都察院轉遞，終於被光緒看到了，非常感動，命抄四份，一份呈西太后，一份留軍機處並分發各省督撫將軍，一份存乾清宮，一份存勤政殿。由於這次奏疏被光緒賞識，康乃再上一個奏疏，主張設立議院，下詔求言。這次奏疏都察院不肯轉，工部衙門也不肯轉。可是康的議論已被翁同-所欣賞，特地找康談變法，又把康的著作都拿了去看。由於翁是帝師，又兼軍機大臣，和光緒皇帝最親近，翁因此常把康的變法維新思想向光緒灌輸。光緒的傾向變法，這時已開始了。
光緒廿一年（1895年）六月，翁同-得到光緒皇帝的同意，令陳熾起草實行新政的詔書12道，準備陸續頒布，但怕慈禧和一班守舊大臣反對，於是去說服恭親王奕山作主頒布。奕不肯同意，事情便擱了下來。這時清廷的守舊派都很不歡喜亂上書的康有為，大學士徐桐、御史褚成博都上奏劾他，陳熾、沈曾植勸康有為暫離北京，康乃於八月底出京回粵。第二年慈禧殺太監寇良才，杖責珍、瑾二妃，太后和光緒之間的關係勢成水火，變法維新是完全談不到了。
光緒廿三年（1897年）冬天，德人強佔膠州，康有為又趕到北京上了一個很長的奏章，陳說國際形勢和當前中國處境，提出幾個要點：（一）實行君主立憲。（二）整頓吏治與財政。（三）實行新式教育政策。（四）興辦社會福利。（五）振興工商事業。（六）聽任疆臣各自變法。（七）倣傚俄法日以定國是。這篇洋洋大文不僅傳遍北京，連上海的報紙也刊載出來了。
由於上述這篇奏章震動了朝廷上下，光緒本想召見康，但奕說：「本朝成例四品以下官吏不能召見」，於是乃改為大臣代表皇帝傳康到總理各國事務衙門談話。
光緒廿四年（1898年）正月初三日下午三點鐘，康有為和當時清廷著名大臣李鴻章、翁同-、榮祿、廖壽恆（刑部尚書）、張蔭桓（戶部左侍郎）等會見，地點是在總理衙門西花廳。這是一幕精采的辯論會。榮祿說：「祖宗之法不能變」。康有為答：「祖宗之法是為了治理祖宗的土地，如今祖宗的土地都不能守，則還守什麼祖宗之法？舉例來說：現在談話的總理各國事務衙門，也不是祖宗時候就有的，因時制宜是適應需要。」他的回答駁倒了榮祿。廖壽恆問：「變法如何著手？」康有為答：「應從改革法律官制入手。」李鴻章問：「那麼六部可以盡撤，則例可以盡棄嗎？」康有為答：「法積久而弊生，而且今昔異勢，現在的法律官制實在應該改弦更張，就是一時不能全改，也應斟酌情形逐步更改，這樣才能推行新政。」接著他從政治談到經濟財政，又說日本因倣傚西洋維新而富強，如今制度已很完備，中國和日本鄰近，應該向日本學習。這次談話由三點鐘談到天黑才散。
第二天翁同-把談話情形報告光緒，光緒又要召見康，恭親王主張叫康先條陳意見，於是光緒命康具折上陳，並把康所著《日本變政考》、《俄大帝彼得變政記》一併進呈。康有為乃在正月初八日上了一個「統籌全局」的奏折，折中說：「現萬國之勢，能變則存，不變則亡，全變則強，小變仍亡……方今之病在篤守舊法而不知變……」然後舉明治維新時的改革為證，要求光緒先做三大事：（一）大集群臣於天壇，詔定國是，除舊布新；（二）設上書所於午門，派御史二人收書，許天下士民上書言事；（三）設制度局於內廷，選天下通才數十人入直其中，皇上每日親臨，損益庶政。並於庶局下設法律、度支、學務、農、商、工、礦、鐵路、郵政、電報、陸軍、海軍等12局。康並在著作的序文上警告清廷，如果不自動變法，等別人來變時，清朝就完蛋了，但如能自動地變，則清廷仍可以永遠統治下去。在康有為的奏折裡一方面強調變法可以富強，而變法又是非常容易。這些意見把年輕而有抱負的光緒皇帝完全打動了，他把康有為的著作和奏章都放在案頭，天天翻閱。
康有為不僅只爭取光緒皇帝贊同他的變法主張，同時還聯絡許多能接受新思想的官吏和知識分子。他在長興裡講學時，已經拔識了幾個同門弟子，其中最著名的是梁啟超。後來康中了進士，名氣日大，在京中結識了翰林侍讀學士徐致靖、御史楊深秀、給事中高燮曾，以及張蔭桓、李端-、楊銳、林旭、劉光第等一班同志。在督撫中得到陳寶箴、張之洞（後來反對康）的支持。其他如黃遵憲、陳三立、徐仁壽、汪康年、屠守仁、黃紹荃等都給予他精神上的響應。他還有一個私淑弟子譚嗣同，是他同志中最得力的一員。
推行維新運動，組織方法是創立學會，宣傳方法是開辦報館。光緒廿一年（1895年）康在北京自己出錢創刊了一份日報，名叫《中外紀聞》，由梁啟超、麥孟華負責編撰。每天印2000份托送邸報（清政府的公報）的人隨邸報附送。七月間由文廷式出面組織強學會，會員有江標、袁世凱、黃遵憲。每十天集會一次，每次有人演說。張之洞特別捐了五千金作會費，辦了一個強學書局，刊行書報，翻譯各國名著。九月間康南下，特別到南京去見兩江總督張之洞，促成在上海設強學會分會。後來北京強學書局改為官書局，最後官書局改為京師大學堂。上海方面強學會分會發行了一種《時務報》，銷路很好。接著各地紛紛組織會社，湖北有質學會，廣州有聖學會，湖南有南學會、地圖公會、明達學會，廣東有粵學會、群學會，蘇州有蘇學會，上海有不纏足會、農學會、譯書會、蒙學會，北京有知恥會、經濟學會，陝西有味經學會。
光緒廿三年（1897年）康有為到桂林，和唐景崧、岑春煊開聖學會。其後再返北京，邀各省旅京的人士倡設學會，有粵學會、蜀學會、閩學會、陝學會等，這是以各省旅京人士來負責把維新運動推廣到各省去的。接著由御史李盛鐸和康有為發起一個保國會，其宗旨是保衛國家的政權和土地，保衛人民的自立，講求變法之宜，研究外交之利等等。由於保國會成立，各省乃成立地方組織，如雲南成立保滇會，浙江成立保浙會等。守舊派乃又加以攻擊，御史黃桂-上奏彈劾，可是光緒卻置之不問。御史潘憲瀾再劾保國會，軍機大臣剛毅主張查禁，光緒說：「這個會能夠保國，豈不是一個很好的組織麼，何必還要查究呢？」後來禮部尚書許應-、御史文悌先後上疏彈劾康有為，說他發起組織保國會，是保中國，不是保大清。光緒仍不理睬，而文悌卻因此革職。不過由於反對派的強力攻擊，保國會的工作也無形停頓了。