神宗從他的祖父那裡隔代遺傳下來的，除了自大心理之外，還有乾綱獨斷的心態。神宗是一個權力慾極重的人，而且，與他的父親不同，他不是一個平庸的君主。實際上萬曆一朝的大事，如萬曆三大征，還都是在神宗的佈置下進行的
平定唐菖崖?br/>
唐菔敲曬坯讒安咳耍㖡尉改曇渫督得鞒𨩊囈𦭓Ｓ。𤉸罄垂僦聊𨰹母弊鼙秌Ｍ蚶孴敍唚輳?589），唐菀願弊鼙煏率恕６㼄訂承恩襲為指揮使，充巡撫門下旗牌官。唐菟較呂鐨鈦𦇝艘慌焾义停𤦩槌梢恢Р醞肪蕋㖡駡骶𦮗灋聿徽繧梦陀蟹磁閻䬷摹Ｍ蚶禀𨫢携輳?592）二月， 唐縈虢嵋逍值芰醵珪D同時發難，殺寧夏巡撫黨馨，繳去總兵張維忠的印信。劉東暘自任總兵，昱卸魑侫弊鼙媑瑔拜為謀主，扯旗反叛，企圖佔據寧夏，自為一個割據政權。當時，朝廷對於蒙古的羈縻政策因俺答汗之死，漸漸失控。唐莨唇岷猶椎拿曬牌銼媑姉笸劑𤤳梢黃秌Ｃ鞒𦭑芏轎貉г煊環矯媲卸蝦猶椎拿曬牌銼��雴拜之間的通道，一方面圍住寧夏。在朝廷，神宗命大臣各獻平叛之策。當時的兵部尚書石星提出的方案是掘開黃河之堤，以黃河之水灌淹寧夏城，則「一城之人盡為魚鱉」；御史梅國楨推薦原任總兵李成梁前往平叛；甘肅巡撫葉夢熊請命討賊。神宗後來對於三種方案竟然都能接受，一方面命葉夢熊趕赴寧夏；一方面命李成梁出征寧夏。李成梁當時在遼東，便命其子李如松前往。神宗還下命懸賞緝拿唐蕕熱恕５攪肆畧攏𡚒𨰹某峭庖丫鞽形貉г秌⒚飯篐濉⒁睹渦堋⒗釗縊傻仁賖Т缶蕋𦹅晌貉г熖騁壞鞫取５𠮏牽𦶦貉г䄄䄄治薏擼𡘾χ髡邪病Ｕ餿蒙褡詿笈𡷹姹暈㝃錳錳斐檝谷荒魏尾渙誦├蔥〕螅壠珊翁逋常科灰攏𦴪褡讜誚擁郊嗑䒠甎訪飯篐宓木䓤楸ǜ婧螅𪅐�捶t匾砸睹渦莧〈秔宋貉г媑㕡⒔叶貉г澟鉁鼐┌牽㕡⒅苯硬渴穡骸熬觶ɑ坪櫻┤𡟼喑侵携保𦶦愕靡焱𦶦笫?。」既然最高當局已經下令灌城，前方的將領自然再無異議。於是，當初在反對俺答封貢中 似乎沒有多少遠見的葉夢熊，這時顯得非常有膽略。他在七月十七日之前，圍著寧夏城築了一道長約1700丈的長堤，將寧夏城圍成一個水洩不通的池塘，然後掘開黃河大堤，向寧夏城灌水。八月，城中糧食短缺。同時，李如松擊敗了從河套來援的蒙古騎兵。九月，明軍攻破寧夏城南城。但是，叛軍退據的大城依然易守難攻，明軍的攻勢受挫。這時，一個名叫李登的賣油郎，挑著擔子在街上邊走邊唱：「癰之不決，而狃於痏；危巢不覆，而令梟止。」監軍梅國楨將他請入營中，讓他帶著三封書信去見昱卸鰲＠畹酋艘蛔悖浱掛謊郟媫諑飛細㻗揪筒槐蝗俗⒁狻Ｋ縧唫環廡漚桓鴨承恩，勸昱卸魎擔簡氏有功於朝廷，監軍深為可惜，可殺劉東暘以自效；接著，李登又去見了劉東暘、許朝，勸他們說：首亂是喪希够厮𦹷倈喝耍𤉸慰啻榢聳芄衞空飧隼爰浼乒𠁨懷曬Α＞旁率擥瓈眨𡘾醵珪D殺土文秀，接著，昱卸魃繃醵珪D、許朝，投降明軍。九月十八日，明軍進城，剿滅了唐蕕牟醞肪蕋瑔拜自殺。昱卸韉熱吮謊航餼┌恰Ｖ鏈耍𡚒𨰹鈉蕉ā?br/>
援朝之戰
援朝之戰，也是始於萬曆二十年（1592）。這一年，日本關白豐臣秀吉派小西行長等人領兵20萬從釜山登陸。沉湎享樂的朝鮮國王根本就無法抵禦，只會頻頻遣使向明朝求救。消息傳來，神宗立即做了三項準備：一，令兵部向朝鮮派遣援兵；二，命遼東、山東沿海整頓軍備，小心戒備；三，如果朝鮮國王進入明朝境內，擇地居之。但是，當時的兵部尚書石星，確是無能之輩，只派一個游擊史儒率少量兵馬入援朝鮮。對於20萬日軍來說，這無異於羊入虎口，史儒戰死；隨後趕到的副總兵祖承訓也只有3000兵馬，結果也是僅僅隻身逃脫 。這兩仗的大敗，激怒了神宗。於是，神宗命宋應星為經略，從西北前線調回李如松，一齊東征。擔任前線指揮的有名將李成梁之子李如松，能征善戰。明軍前幾仗打得都很成功，但在萬曆二十一年（1593）正月在碧蹄館附近遭日軍伏擊，損失慘重。雙方最後決定議和。日本方面撤兵南下，朝鮮漢城以南的大片國土恢復。日本方面，以與明朝通貢為和談的條件。神宗一面敦促朝鮮國王練兵自守，一面與群臣商量是否與日本通貢。萬曆二十二年（1594）十二月，明朝和日本方面互遣使節。明朝冊封豐臣秀吉為日本國王。豐臣秀吉身著明朝的冠服，迎接明朝的使臣。事情似乎得到了解決。然而，兩年之後即萬曆二十四年（1596）十二月，豐臣秀吉不遵守當初議和的條款，發動第二次朝鮮戰爭。明朝遂於次年正月以邢玠為總督，楊鎬為經略，再次出援朝鮮。但是，明軍這一次在島山附近再遭慘敗。萬曆二十六年（15 98）正月，明軍退守到平壤南部的王京，與日軍進入相持階段。但是，七月九日豐臣秀吉死去的消息，讓日軍士氣低落，陣腳大亂。明軍遂發動攻擊，日軍無心戀戰，紛紛登船渡海東歸。中朝聯軍與撤退日軍在東南露梁海面發生激戰，明將鄧子龍，朝鮮將領李舜臣指揮軍隊奮勇殺敵、將日軍殺得大敗。鄧、李二將亦戰死海上。這一次援朝之戰，雖然耗損巨大，但對於確保明代的海防與東北邊疆，意義非常之大。
平定楊應龍叛亂
萬曆二十七年（1599）二月，神宗命令還在朝鮮戰場的幾支部隊迅速移往西南，其中包括最能征戰的總兵劉綎(tinɡ)的部隊。此行的目的地是四川的播州。明代在播州設立播州宣慰使司，其駐地約相當於今遵義市。播州宣慰使姓楊，世代為當地的土司。隆慶五年（1571），生性雄猜、陰狠嗜殺的楊應龍世襲了父親楊烈的宣慰司一職。萬曆十四年（1586），神宗又賜楊應龍都指揮使銜。但是，楊應龍對於四川的官軍弱不經戰的士氣看在眼裡，早就想佔據整個四川，獨霸一方。他的居所都是雕龍飾鳳，又擅用閹宦，儼然是一個土皇帝。從萬曆二十年（1592）起，楊應龍就時叛時降，反覆不定。萬曆二十七年（1599）二月，貴州巡撫江東之派都指揮使楊國柱討伐楊應龍，結果三千軍隊全軍覆沒，楊國柱戰死。當時，朝鮮戰爭已經結束。因此，神宗決定一勞永逸地解決楊應龍問題。他任命李化龍為湖廣、川貴總督，兼四川巡撫，郭子章為貴州巡撫，討伐播州叛軍。萬曆二十八年（1600）初，各路兵馬陸續彙集播州附近。李化龍持尚方寶劍，主持討伐全局，坐鎮重慶；郭子章以貴州巡撫坐鎮貴陽；湖廣巡撫支大可移駐沅江。明軍分兵八路進剿：總兵劉出綦江；總兵馬禮英出南川；總兵吳廣出合江；副總兵曹希彬出永寧；總兵童無鎮出烏江；參將朱鶴齡出沙溪；總兵李應祥出興隆衛；總兵陳璘出白泥。每路兵馬3萬，共計20餘萬人。這種安排，足以說明神宗對於剿滅楊應龍的決心。八路大軍中，以劉所部最為驍勇善戰。綦江在播州的北面，楊應龍也重點屯兵於此，以他的兒子楊朝棟親自領苗兵數萬進行防守。然而，苗兵每遇上身先士卒的劉，只會大叫：「劉大刀至矣。」往往不戰而潰。羅古池一戰，楊朝棟差點被俘。劉率軍一直攻到了婁山關下。婁山關是楊應龍老巢海龍囤的門戶，與海龍囤並稱天險，易守難攻，但是，卻被劉在四月至六月兩個月內連續攻破。六月初六日，楊應龍與愛妾周氏、何氏關 門自縊，兒子楊朝棟、弟楊兆龍被俘。戰役前後歷時114天，斬殺楊應龍的部隊2萬人。萬曆二十八年（1600）十二月，李化龍班師回朝，並將楊朝棟等69人押解到京師，磔於市。至此，平播一戰以完勝結束。