萬曆六年(1578年)，張居正以福建為試點，清丈田地，結果「閩人以為便」。於是在萬曆八年，張居正上疏並獲准在全國陸續展開清丈土地，並在此基礎上重繪魚鱗圖冊。
全國大部分地區根據戶部頒布的《清丈條例》對田地進行了認真的清丈，但也有一些地方官吏縮短弓步，溢額求功。如浙江海鹽「水涯草塹，盡出虛弓，古塚荒塍，悉從實稅。至於田連阡陌者，力足行賄，智足營奸，移東就西，假此托彼。甚則有未嘗加弓之田，而圖扇人役積尺積寸，皆營私窖。遂使數畝之家，出愈增而田愈窄焉。」然而由於大部分州縣清丈徹底，革豪右隱占，額田大有增加。萬曆八年，全國田地為7013976頃，比隆慶五年(1571年)增加了2336026頃。隨著額田的增加，加之打擊貴族、縉紳地主隱田漏稅，明朝田賦收入大為增加。儘管張居正清丈田畝、平均賦稅的做法被海瑞等人認為是下策，並不能真正解決民間賦稅不均的問題。但從理財的角度看，清丈田畝對於朝廷比較全面準確地掌握全國的額田，增加財政收入起了積極作用，更為重要的是它還為不久推行「一條鞭法」的賦稅改革創造了條件。
張居正很清楚，僅靠清丈田畝還遠遠不能徹底改變賦役不均和胥吏盤剝問題，不進一步改革賦稅制度就無法保證中央財政收入的穩定增長，將會有更多的貧民傾家蕩產，不利於社會的安定。賦役改革是一個十分棘手的事情，一旦過多觸犯權宦土豪的利益，弄不好就會引起強烈的反對，使自己的所有心血前功盡棄。
當時，不少地區已在試行適應本地區的賦役改革方案，如應天府(今江蘇南京)的「裡甲銀」，浙江、廣東的「均平銀」，福建的「綱銀」，還有江南的「十段錦」，以及有些地區的「一條鞭法」等。
一條鞭法最早於嘉靖十年(1531年)二月，由南贛都御史陶諧在江西實行，取得了成績。當時御史傅漢臣曾上疏說：「頃行一條鞭法。……通將一省丁糧，均派一省徭役。……則徭役公平，而無不均之歎矣。」此後王宗沐在江西，潘季馴在廣東，龐尚鵬在浙江，海瑞在應天，王圻在山東曹縣也都實行過一條鞭法。海瑞在應天府的江寧、上元兩縣「行一條鞭法，從此役無偏累，人始知有種田之利，而城中富室始肯買田，鄉間貧民始不肯輕棄其田矣」，做到了「田不荒蕪，人不逃竄，錢糧不拖欠」 。
萬曆五年，山東東阿知縣白棟推行一條鞭法，全縣錢糧均按地丁起科。但由於這種做法 觸犯了官紳的利益，他們便製造浮言，戶科部給事中光懋說：「至嘉靖末年，創立條鞭，不分人戶貧富，一例攤派；……然其法在江南猶有稱其便者，而最不便於江北。如近日東阿知縣白棟行之山東，人心驚惶，欲棄地產以避之。請敕有司，賦仍三等，差由戶丁，並將白棟紀過劣處。」幸虧張居正及時派人前往東阿巡察，才知道光懋歪曲事實。於是張居正擬旨答覆：「法貴宜民，何分南北？各撫按悉心計議，因地所宜，聽從民便，不許一例強行。白棟照舊策勵供職。」又致書支持白棟的左都御史李世達：「條鞭之法，近旨已盡事理，其中言不便十之一二耳。法當宜民，政以人舉。民苟宜之，何分南北。」
張居正認為一條鞭法不僅不應反對，而且可以「不分南北」，在全國普遍推廣。萬曆九年，他終於下令，在全國範圍內實行一條鞭法。用財有節。指出「天地生財，自有定數。取之有制，用之有節則裕；取之無制，用之無節則乏。」反對不顧人民的承受能力橫徵暴斂，「今國賦所出，仰給東南。然民力有限，應辦無窮，而王朝之費又數十倍於國初之時，大官之供歲累巨萬，中貴征索溪壑難盈，司農屢屢告乏」。張居正主張「固本安民」，不事聚斂。他強調「致理之道，莫要於安民。」「民本邦固，即有水旱盜賊敵國外侮之虞，而人心愛戴乎上，無土崩瓦解之勢，則久安長治之術也。」為了做到固本安民，張居正反對賦稅負擔不均，官吏貪污舞弊，豪強兼併偷漏等現象和行為。他說「今風俗侈靡，官民（指富民）服捨俱無限制。外之豪強兼併，賦役不均，花分詭寄，恃頑不納田糧，偏累小民；內之官府造作，侵欺冒破，奸徒罔利，有名無實，各衙門在官錢糧漫無稽查，假公濟私，官吏滋弊。凡此皆耗財病民之大者。」他提出增加財政收入的措施是「理逋負所以是國也」，「清隱占則小民免包賠之累，而得守其本業；懲貪墨則間閻無剝削之擾，而得以安其田里」，即清理欠稅，懲辦貪污、清查隱田。這些思想應用於一條鞭法的改革實踐中，取得了顯著成效。張居正還主張農業和商業互為依存，互相促進，反對在財政困難時依靠重征商稅來增加財政收入，認為只有減輕賦稅徵收才有利於農商發展。他說「古之為國者，使商通有無，農力本穡。商不得通有無以利農，則農病；農不得力本穡以資商，則商病。故商農之勢常若權衡然，至於病，乃無以濟也」；「余以為欲物力不屈，則莫若省征發以厚農而資商；欲民用不睏，則莫若輕關市以厚商而利農。