終於將高拱給趕出了京城了，這時的馮保可以說是最為得意的。「哼，死老頭，都一把年紀了還跟我較真，我讓你較真，這下可好了，讓你一輩子都較不了。還你還能拿什麼跟我較」！想到高拱，馮保不由的感到高興。他此刻心裡除了高興就沒有別的了。他是一個四十多歲的人了，由於保養的好，看起來像一個三十多歲的樣子。他的一雙手因為長年的書寫和彈琴，所以尤為保養的好，看起來就像是初生嬰兒的小手一般，嫩滑滑的。此刻的他高興的坐在高大的太師椅上，閉幕養著神。現在的他已經是欽差總督東廠官校辦事兼掌御用幹事司禮監太監。這個他想了多年的位置今日終於可以坐上了。他十幾歲淨身入宮，做事處處小心仔細，漸漸受到世宗皇帝的喜愛。馮保自幼聰明，進宮以後學習琴棋書畫，樣樣精通。世宗皇帝就提攜他做了司禮監的秉筆太監，掌管著皇帝批閱的章奏和文件。穆宗皇帝登基以後，因為身體長年有病，怠於政務，使他進一步大權獨覽，成為凌架於內閣之上的大太監。想到這些的時候，他心中就十分的受用。
突然他一下驚起，因為他突然想到高拱在朝中做了多年的首輔大臣，他的弟子門生，親朋故交不少，如果他們聯合起來，那麼遲早一朝一日他們會給高拱報仇的，而且朝中的那些所謂的正派人士是那樣的多，他不由的心中一陣陣的發怵。他知道高拱沒有犯什麼過錯，只不過是說錯了幾句話而已。說起才幹，馮保知道高拱的才幹也不在徐階、張居正之下。所以說不定有朝一日他會東山再起。想著想著馮保越想越驚。「不行，得想過法子，讓那個老傢伙徹底的在人間消失，再好事帶上他的那些門生故吏。他在房中渡來渡去。終於他想到了一條好的辦法。
正月十九日，登基不久的明神宗小皇帝清晨出宮視朝，突然，一名身穿太監服飾的男子徑直朝神宗的轎子撲過來，神宗的侍衛見勢不妙，一擁而上將男子擒獲，當場從他的身上搜出刀劍各一把。經過訊問，此人自稱叫王大臣。神宗下旨道：「王大臣送東廠審問，還差的當辦事校尉著實緝訪來。於是，馮保親自去東廠密審王大臣，他屏退左右隨從，密語王大臣說：「你只要說是高閣老教你來刺皇上，我當讓你永享富貴。」隨後，馮保又派自己的心腹辛儒進入牢房與王大臣朝夕相處，教導他誣陷高拱的家人高本、高來是同夥。安排完畢以後，馮保又派東廠四名緹騎飛馳河南新鄭縣。表面是捉拿高拱的家人，實際是想逼迫高拱自殺。
這王大臣不是大臣，是一個逃兵，從前線逃回來的。在北京逛游，守門禁軍就讓他進了甬道裡，看到一拔人，一個小孩在簇擁中，大臣沒見過世面，貼牆根站著，小孩看了兩眼他。他突然往前跑，奇怪，小孩喊跑什麼跑。悶頭跑，小孩火了。逮住他，抓住了。搜手，短刀掉下來了，小孩嚇了，別人都嚇得白了。保護皇上。事實上，沒什麼保護的。原來這是萬曆。身邊是馮保。萬曆知道自己沒坐穩，緊張。馮保更是緊張了。小萬曆看看沒什麼危險，踹大臣，叫馮保好好收拾他。押往東廠了。馮保問到什麼？
朝中張居正最先知道這事。他注重與馮保的關係。審問後，知道是戚繼光手下的逃兵，至少看出，馮保喜歡挑事，這時剛剛經過高拱與馮保的紛爭，正需要政治局勢穩定；說明馮保沒有眼光，審出的是什麼結果？暗含的是戚繼光派來的，他是張居正最親的心腹。張居正火了，這動的是根本利益。說明馮保的政治眼光不遠。三也說明馮保確實能對政局產生不好的影響。張居正立即找到馮保，保證與戚繼光無關。馮保連忙保證不上報，張居正囑咐不要放走風聲。這事很快忘了。只過兩天，游七說不好了，張居正問是什麼。游七說上報給皇上了。張居正一想做過工作，放心。怎麼不好？游七更著急了，說是主謀是高閣老，張居正氣憤，高拱下台，許多人議論是張居正與馮保勾結，馮保把冤案做成，張居正脫不了干係。游七都看得出來，張居正趕快去見皇帝與太后。
張居正一看，太后正抹眼淚，萬曆在勸媽媽。太后在抱怨高拱這麼狠心，還不放過我們。馮保得意。張居正參拜。都看著張居正。張居正說息怒，這個大臣所言不足為信，太后轉頭看馮保。馮保說確實如張閣老所言。顯得張居正秉公，不藏私心。李太后聽張居正的，問怎麼回事呢？張居正說，現在這事鬧得上下沸沸揚揚，處理不好會產生惡劣影響，建議由東廠和大理寺三法司會審，審出的結果會水落石出，會服眾。李太后聽從了。馮保也沒什麼意見。張居正著手處理這事，讓兩個王侯參與，達到制衡馮保。家人通報吏部尚書左都御史。行政與監察系統兩個最高長官來了。張居正對他們敬重。二位坐下後，說起這個案子，馮保想陷害高拱人盡皆知了。他們說你張居正得饒人處且饒人。張居正臉色沉下來，他性格沉穩，輕易不打斷別人。現在聽到他們都說自己要和馮保聯手陷害高拱，兩人都不說了，沉默後，張居正爆發了，猛然站了起來，眼含熱淚，居正一心報國，只知鞠躬盡瘁，惟願死而後已，罷了罷了。送客。進了內堂。把兩人晾在當場。馮保堅決還要用這事。甚至安排大臣串供是高拱派來的。這個冤案做成了，張居正就難逃惡名了。派心腹去王大臣處，給生漆酒，喝完後，幾分鐘後發作了，本是要串供，卻說不出來了。很短時間內按既定程序按默認來處置了，所以最後按偶然事件定案了。（附註：馮保小傳 馮保，河北深縣人，明朝太監。明朝著名改革家，萬曆首輔張居正的政治盟友。嘉靖時任司禮監秉筆太監，隆慶元年（1567年）提督東廠，萬曆元年（1573年）神宗顧命大臣、司禮監掌印、提督東廠兼掌御馬監。萬曆六年（1578年），馮保在《清明上河圖》上題跋，自署官稱「欽差總督東廠官校辦事兼掌御用司禮監太監」，兼總內外，權傾一時。
馮保有很高的文化修養。他在司禮監任上刻了許多書，如《啟蒙集》、《四書》、《書經》、《通鑒直解》、《帝鑒圖說》、《經書音釋》等，直至崇禎年間，還在宮中流傳。他的書法頗佳，通樂理、擅彈琴，並造了不少琴，「世人鹹寶愛之」（《酌中志·卷五》）。
萬曆四年（1576年）五月，馮保會同三法司進行全國「大熱審」，平反昭雪了許多冤獄（同前引）。
他的政治盟友張居正評價他：「勤誠敏練，早受知於肅祖，（世宗）常聽為「大寫字」而不名。」（《司禮監太監馮公豫作壽藏記》） ）