董卓死了，朝廷卻沒有太平。王允呂布立下大功，自然要重重封賞。於是，王允錄尚書事，呂布為奮威將軍、假節、儀比三司，封溫侯，共同執掌朝政。然而，王允為人，剛愎自用。當初有個董太師在頭上壓著，因此還謹慎老實。如今董卓滅亡，王允又自認為是自己的功勞，就開始驕橫起來。偏偏呂布也把滅亡董卓的功勞算在自己頭上，不時自吹自擂。在王允眼裡呂布僅僅算個劍客，說得難聽點就是武夫，逐漸將相不和。呂布勸王允殺光董卓的餘黨以絕後患，王允認為他們沒什麼罪過，不同意；呂布又勸王允把董卓的「遺產」拿出一部分來賞賜有功的公卿將校，王允又不同意。王允還幹了一件令人心寒的事情：蔡邕是當時的名士，卻僅僅因為對董卓之死有所動容就被王允下獄。蔡邕博學多才，是當時著名的學者。生前編纂漢史，作靈帝紀以及個人列傳四十二回。雖然大多毀於後來的戰火，但仍然有詩賦銘吊等一百多回傳世。蔡邕還是個書法家。據唐代張彥遠《法書要錄？筆法傳授人名》說：蔡邕受藝於神人（天才啦），而傳與崔瑗及女文姬，文姬傳之鍾繇，鍾繇傳之衛夫人，衛夫人傳之王羲之，王羲之傳之王獻之。這麼算來，後世大名鼎鼎的王羲之獻之都是他的徒孫。董卓聽說他的才華，給了他兩個「建議」：要麼來我這裡當官，要麼等著被滅族！蔡邕哪裡敢不來，來了後頗受董卓器重。蔡邕絕不會忠於董卓，聽到他的死訊是也只不過是因為過去的個人恩怨而表示了些感歎，就觸怒了王允。這樣的人被王司徒下了獄，包括太尉在內的百官都來求情，請求王司徒網開一面，使得蔡邕能夠繼續編輯漢史。而王允卻顯示了其粗魯的一面：「當年漢武帝沒殺司馬遷，結果世上多了一部謗書（他指史記）。如今要是留下蔡邕，不是又要多一部謗書來迷惑天子，誹謗你我嗎？！」史家之絕唱，無韻之離騷，在王允眼裡居然只是一部「謗書」！蔡邕就這樣死在獄中。大家一看，走了個跋扈的董太師，又來了個驕橫的王司徒，也開始心懷不滿，牢騷滿腹。歷史總是重複著這樣的滑稽，勝利者抓住了失敗者的弱點後一舉獲勝，但偏偏又走上了失敗者同樣的道路。
這個時候董卓的部將牛輔李催郭汜等正奉命在陳留穎川等地劫掠，聽到朝廷如此變故，有如驚弓之鳥，各自擁兵自保。當時謠言滿天飛，都說王允要將董卓餘黨斬盡殺絕。連蔡邕都因為一些雞毛蒜皮的小事被下獄致死，牛輔李催能不信嗎？其實王允也曾想赦免這些傢伙，但卻又突然改注意想把他們繳械。部下雖然勸告他，這樣作行不通，但驕橫的王司徒哪還聽得進去？呂布派李肅去誅殺董卓的女婿牛輔。牛輔一看，果然殺到我頭上來了，來個垂死掙扎，反戈一擊將李肅打敗。這個時候，牛輔軍中卻突然炸營，牛輔也死在了亂軍中。李催等人沒辦法，上表請求王司徒高抬貴手，能夠赦免他們，又被王允拒絕。李催郭汜這個時候六神無主，魂飛魄散，甚至想解散部隊各自逃生。看似山窮水盡的時候，武威人賈詡（就是後來赫赫有名的賈文和）卻給他們出了個主意，說：「諸位就這麼走了，半道上一個小官就可以把你們繩之以法。不如召集軍隊殺上長安一賭勝負。勝了，就把持朝政；敗了，再逃命不遲。」李催等本來就是亡命之徒，賈詡說的又不是什麼深奧的長回大論，當即恍然大悟，立刻糾集了董卓的舊部幾千人西攻長安。
大難臨頭，王允還是漫不經心，派了兩個在涼州很有名望的人作使者去解釋招安，可言語中哪裡有絲毫撫慰的意思：「這幫小兔崽子，到底想幹什麼？你們去給我把他們叫來！」結果，這兩個使者半道就反叛投靠了李催，還順便拉走一批人馬作見面禮。王允又派董卓的舊部胡軫徐榮前往鎮壓，可徐榮戰死，胡軫（本來就和呂布矛盾尖銳）投降。就這樣李催郭汜一路招降納叛，來到長安城下時已經從原來的幾千人馬變成了十萬大軍，呼啦啦就把長安團團包圍。王允呂布沒想到這幫兔崽子居然如此有種，大驚失色，只好仗著長安城池堅固，苦撐死守。然而，六月，呂布軍中有人反叛，長安終於被兔崽子們攻破。呂布奮力巷戰也不能取勝，只好帶領幾百名騎兵逃跑。臨走前招呼王允同行。王允這時到體現了烈士氣概，拒絕了呂布的一番好意，表示要與朝廷共存亡，囑咐呂溫侯好自為之，並告訴關東諸侯為自己報仇。呂布無奈，只好逃離長安投奔了袁術。
李催進城後，放縱士兵劫掠，長安軍民死者上萬。董卓的部下，除了當強盜似乎什麼也不會。俘獲王允後雖然對他恨之入骨，但因為王允還有兩個心腹在外領兵，沒敢輕舉妄動，而是先以朝廷的名義徵調二人進長安。這兩個傢伙偏偏迂腐懦弱，明知是火坑，看看調令上面朝廷的大印卻不敢不向下跳（曹操挾天子以令諸侯的靈感，由此而來吧）。這下子李催郭汜不再有任何顧忌，三個人一起掉了腦袋。從此後，李催郭汜等人把持了朝政。
從初平三年四月到六月，王允呂布僅僅支撐了兩個月就失敗了。如此短命，有不少人將他們失敗的原因歸於賈詡的「餿主意」，其實這麼看實在是太抬舉賈文和了。李催郭汜聽從賈詡的「餿主意」起兵時手下僅僅有幾千人馬，殺到長安城下時卻有了十萬大軍。陳留穎川到長安的一路上居然擴軍幾十倍，遇到的各種武裝全都投靠了叛軍，還不能說明問題嗎？董卓覆滅後，如何處理他的餘部成為當務之急，但王允呂布對此是剿是撫左右不定。這樣的沉默，只能引起更大的恐慌。張口閉口又是「小兔崽子」，對於心有餘悸的董卓餘部，完全是一副官逼民反的態度。困獸猶鬥，何況李催郭汜本來就是虎狼之徒？那十萬大軍並非李催郭汜的本部人馬，全都是路上「撿」來的。試想，如果王允應對有方，事先做些安排，只要能讓那十萬人馬保持中立，或能召集其中一部為己用，就憑幾千士兵李催郭汜又焉能圍攻長安？來了也只能落得一個賈詡所說的先兵敗後逃亡的下場。賈詡的主意只是個trigger，真正的原因還是因為王允呂布未能妥善處理各種各樣的火藥桶，才會有後來一觸即爆不可收拾的局面。王允誅滅董卓，忠於朝廷，為人剛正，都是應予肯定的。但剛愎自用，一意孤行，做事僵硬而不講靈活性，終究不是能夠駕馭這個亂世的人。
長安城中的兵荒馬亂終於告一段落。原來的大臣們有的亂軍中戰死，有的被李郭殺害，有的四處逃亡，李催郭汜就任命百官，另建一個朝廷。李催當上了車騎將軍，郭汜後將軍，樊稠右將軍，張濟驃騎將軍，個個封候拜將。李郭樊三人在長安把持朝政，張濟屯兵弘農，防止關東的諸侯們趁機反撲。關東的諸侯們要是還惦記著這幫豺狼，能放過董卓被殺的機會對他們左右夾攻嗎？弔民伐罪的「義兵」當然是沒等來，但出乎意料，他們卻等來了朝貢的使者。
初平二年袁紹巧取韓馥的冀州後，鮑信就對曹操說：「袁紹身為盟主，卻這樣見利忘義，早晚會出亂子，簡直又是一個董卓。我們的力量還不足以討伐他，只能暫時躲避。這樣的人最好離遠點，先到黃河以南找個地方安身，靜觀其變。」正好東郡爆發了農民起義，當地官員束手無策，曹操就引兵入東郡鎮壓。表面上，曹操仍然和袁紹表示友好，袁紹也推薦曹操擔任東郡太守。曹操有了一塊自己的地盤後，就開始招兵買馬，擴充實力，東征西討。初平三年四月，正當王允呂布密謀誅殺董卓時，青州的黃巾起義軍進攻兗州，刺史劉岱前往鎮壓時兵敗身死。兗州群龍無首，又要面對號稱百萬的黃巾起義軍，頓時人心惶惶。陳宮當時是曹操的部下，自告奮勇地前去遊說兗州的治中別駕等要員，說東郡太守曹操是當時豪傑，如果請他來治理兗州定能平定叛亂。於是，曹操擔任了兗州牧並進兵鎮壓黃巾軍。孟德果然不負眾望，雖然初戰時寡不敵眾（黃巾軍號稱百萬，而曹操手下大多是沒有戰鬥力的新兵，人數也相當少），但曹操鼓勵士卒，嚴明賞罰，設計定謀，積小勝為大勝終於扭轉戰局。到當年十二月，曹操打敗並迫降了這股黃巾軍，得「戍卒三十萬，男女百萬口」（注1）。曹操挑選其中的精銳，組成青州兵，後來成為曹操軍事力量的骨幹。這一戰，曹操收穫巨大。首先，有了一片根據地，舒舒服服地得了個兗州牧的頭銜；其次，組織了一支精銳的軍事力量，雖然數量不會很多（兗州一地絕對養不了三十萬兵）；第三，獲得了「男女百萬口」。在當時軍閥混戰民不聊生的時候，洛陽長安都一度方圓幾百里雞犬不留，到處是有地沒人耕的情況下，這些勞動力就顯得十分珍貴，後來成為曹操屯田的物質基礎。唯一美中不足的是，曹操的好友鮑信戰死。
曹操在兗州逐漸站穩腳根後，手下的謀士毛介就向他提出了利用挾天子以令諸侯的初步設想：「現在天下分崩，社稷動盪，百姓流離失所，饑荒到處蔓延。公庫的錢糧，不夠一年的積蓄，各地的百姓，沒有安居樂業的想法，這不是長久之計。應當供奉天子以討伐各地的反叛，鼓勵耕種來儲備軍隊的錢糧。這樣的話，則不難成就霸業。」曹操非常同意他的觀點，就派遣使者到長安向朝賀。李催郭汜見到了曹操的使者，滿腹狐疑。曹操在平定黃巾軍的途中，李催郭汜把持下的朝廷曾經任命過一個兗州刺史，被曹操毫不客氣地趕跑，如今當然不會是來朝賀他們的。
朝賀漢獻帝？關東的諸侯們不是一度有另立新帝的打算嗎？這個使者，到底是來幹什麼的？因此打算扣留。當時任黃門侍郎的鍾繇勸說兩位將軍，如今天下大亂，各地諸侯都不把朝廷放在眼裡，只有曹操還來朝貢，不應該胡思亂想打擊人家的積極性。兩人一聽也有道理，就厚待使者，事實上承認了這個兗州牧。不久後，徐州的陶謙也來朝貢，又被李催郭汜正式地拜為徐州牧，安東將軍。這個小朝廷似乎也獲得了一些威望。
注1這個數字，多半有水分。袁紹在推薦曹操出任兗州牧的表章上說：「黃巾十萬焚燒青、兗，黑山、張楊蹈藉冀域。臣乃旋師，奉辭伐畔。金鼓未震，狡敵知亡，故韓馥懷懼，謝咎歸土，張揚、黑山同時乞降。臣時輒承製，竊比竇融，以議郎曹操權領兗州牧。」看來，曹操在這裡有虛報戰功之嫌。