董卓不打了，聯軍總地找點事情幹。初平二年（公元191年）春，韓馥袁紹等人就想以皇帝被董卓劫持為由，另立幽州牧劉虞為帝，甚至連玉璽都準備好了。嘿嘿，他們為董卓列舉的一大罪狀不就是擅行廢立嗎？如今為了打倒董卓，就想先當一次董卓？曹操就反對。韓馥袁紹碰了壁，就給袁紹的弟弟袁術寫了一封信要他支持，想來個少數服從多數。沒想到袁術暗中有反叛的心思，一個遠在天邊的小皇帝正合他的口味，哪裡肯換一個近在眼前的成年人給自己找麻煩？堆了一大堆冠冕堂皇的辭藻應付他哥，不同意。韓馥袁紹一看大家都不同意，乾脆派使者直接向劉虞勸進，想先造成既成事實然後逼迫大家承認。可這個馬屁也拍到了馬蹄上，劉虞痛斥使者，認為天子蒙難不先討伐叛逆卻考慮這樣的事情，實在是大逆不道，甚至表示即使逃到匈奴那裡去（流亡國外）也不能聽從。韓馥袁紹碰了一鼻子灰，唯一的收穫是被曹操鮑信等人看透了，其實他們只不過是董卓第二。從此曹操看不起幼時的好友袁紹，直到徹底將他消滅。
董卓聽說反叛的傢伙們原來是這樣的一批活寶，得意忘形，在相國的基礎上又前進一步，自封為太師以示慶祝。然而好景不長，諸侯中又崛起了一員堪稱董卓剋星的狠將，這就是孫堅。
董卓對孫堅並不陌生。董卓還在西涼時，曾奉命與周慎等人征討羌人，隸屬於當時的車騎將軍張溫。孫堅當時是張溫的部下。圍攻榆中時孫堅曾經建議周慎給他一萬人先截斷羌人的糧道，來個「計毒莫過絕糧」。周慎不聽，執意圍攻榆中堅城。結果，自己的糧道反而被羌人趁機截斷。無可奈何之下丟盔棄甲，「棄車重而退」。董卓對孫堅的計策評價頗高，認為如果能夠被採納執行涼州就此可以平定。諸侯起兵反叛董卓後，孫堅也不甘落後。和袁紹等人無所作為不同，他始終積極求戰。雖然出師不利被徐榮打敗（看來這個徐榮真是個人物），但也抓住胡軫呂布內部不合的良機大破之，並「梟其都督華雄」（冤枉呀，三國演義顛倒黑白，孫堅反而成了華雄的手下敗將）。董卓知道孫堅的厲害，就派李催去遊說孫堅，又是要結親又是封官許願極力拉攏。孫堅不但嚴辭拒絕，還發誓要將董卓「滅之三族，縣示四海」。軟的不聽，只好來硬的。可是董卓呂布都不是孫堅的對手，親自出戰都被打敗，狼狽不堪。得勝的孫堅殺得性起，分兵出新安，澠池等地要尋找董卓決戰。董卓心有餘悸地囑咐部下，諸侯都是廢物，唯有孫堅非等閒之輩，你們要小心。一副「生子當如孫文台」的樣子。小心翼翼地部署了對孫堅的防禦後董卓返回長安。
孫堅也忙著給董卓擦屁股-救火，整復被董卓挖掘的陵墓等，戰場上出現了短暫的平靜。
如此忠勇的孫堅為什麼半道撤了兵，三國演義中寫到因為孫堅在洛陽城中得到了漢朝的傳國玉璽，起了私心後退兵，並因此結怨於袁紹劉表。其實，這個說法並不是公認的結論。陳壽在三國誌中雖然如此記載，但裴松之在他的註解中對此表示了有根據的懷疑。陳壽編纂三國誌時參考了各國史官的記錄，玉璽一段是從吳人的紀錄中抄來的。裴松之認為，這很有可能是吳人為了表示自己為正統而杜撰的。把孫堅退兵的原因歸於玉璽不太可信，至少是太片面。然而有一點，雖然三國演義不曾提及卻是白紙黑字為歷代史家所公認的，就是和曹操一樣，孫堅看到諸侯的內訌後心灰意懶。
原來，孫堅在前方奮戰的同時，後方的聯盟已經亂了套。初平二年七月，袁紹聽從了謀士逢紀的策略，兵不血刃地從韓馥手裡奪取了冀州。前後一系列的運作，大體和三國演義中所描寫的相符，只不過沒有殺死公孫越的一段。戰術上堪稱高明，但戰略上呢？董卓劫持小皇帝胡來，如今你這個盟主又帶頭向盟友下黑手，諸侯們這下子都明白了，什麼狗屁聯盟，狗屁盟主！於是這個聯盟徹底破滅，代之而來得則是「關東州郡，務相兼併以自強大」，人不為己，天誅地滅！孫堅攻擊董卓時依附於袁術（提供軍糧）並以豫州為後盾。袁紹袁術兄弟翻臉後（兄弟翻臉似乎是袁家的基因）袁紹另外派人為豫州刺史，引兵攻打豫州，明目張膽地要給孫堅來個釜底抽薪。孫堅聽說後仰天長歎，淚如雨下：「不是為了匡扶社稷而同舉義兵嗎，如今逆賊董卓屢戰屢敗覆滅在即而他們為什麼胡來！我又能和誰同心盡力！」無可奈何之下，回師先打敗袁紹的豫州刺史。此後孫堅不再有，也沒法再有任何討伐董卓的勁頭。在此一戰中，公孫瓚的弟弟公孫越作為袁術的部將被派來幫孫堅的忙，卻中流矢而亡。公孫瓚因此遷怒於袁紹，兩家結怨。
從此後，各地諸侯之間是真正的混戰。勢力最大的袁家也分裂成兩派，袁紹袁術哥倆勢如水火。袁紹是長子，但卻是庶出，小老婆生的；袁術則是嫡出，哥倆都有看不起對方的理由。袁術看到天下的豪傑仰慕袁家的名聲，卻大多投靠了袁紹後大為吃醋，鼓動公孫瓚進攻袁紹，又派孫堅進攻和袁紹關係密切的劉表。劉表的將領黃祖哪裡是孫堅的對手？然而，孫堅大勝之餘樂極生悲，追擊中反而一不小心被射死了。界橋一戰，原來頗佔優勢的公孫瓚又被袁紹打敗，袁術氣得兩眼發直也毫無辦法，從此再也不能把劉表袁紹怎麼樣。，這個討伐董卓的聯盟亂成一鍋粥，名亡實亡的時候，長安那邊卻傳來了好消息，董卓死了！
董卓離開洛陽後，並沒有立即前往長安，而是抵抗了一番孫堅的進攻，直到初平二年四月才親赴長安。董卓不在的一段時間（大約一年）長安的朝政由司徒王允主持。王允為人不漏鋒芒，處事得體，雖然暗中為東漢的朝廷考慮表面上對董太師卻相當恭敬，因此深得信任。董卓到長安後把他在洛陽的那一套倒行逆施完整copy到了長安，又大搞裙帶關係任人唯親。在洛陽時，他還能裝模作樣地禮賢下士，自己的親屬也沒有人擔任要職。大概諸侯的反叛讓他覺得別人都無法信任了吧，就把自己的弟弟侄子安插在要害官職上。自己的車駕服飾有如天子，也不上朝，把大小公卿都叫到自己府上「上朝」。又建造了眉塢，高厚都有七丈，並且在裡面儲存了足夠三十年吃的糧食，號稱：「若不能雄據天下，就躲到裡面去養老。」嘿嘿，作三十年縮頭烏龜的打算都有了，還談什麼雄據天下？
董卓也知道自己不得人心，也曾因此遇刺，於是就以弓馬過人，恩若父子的呂布為保鏢。可董卓為人偏激，曾經因為一點小過失對呂布大發雷霆，拔出手戟隨手就扔了過去。呂布身手敏捷地避開後，兩人都覺得太過分，互相道歉。然而，這件事不可避免地給呂布心中留下了陰影。呂布又和董卓的侍女私通，一直擔心被發覺。誠惶誠恐之際，看到王允一副長者的模樣，就把心中的憂慮以及差點被董卓殺掉的事情相告。
暗中一直在算計董卓的王允怎能放過這個機會，不失時機地將自己的計劃全盤相告，並極力勸說呂布入伙作內應，並稱：「君自姓呂，本非骨肉。今憂死不暇，何謂父子？擲戟之時，豈有父子情邪！」呂布終於答應。就這樣，董卓最信任的兩個人一同開始了誅殺董卓的密謀。初平三年（公元192年）四月，董卓到長安後整整一年，王允呂布終於找到了下手的機會。當時十一二歲的漢獻帝小病初癒，於是群臣進宮朝賀。董卓並不曾放鬆警惕，三步一崗五步一哨地前往宮中。然而，這些崗哨中夾雜了呂布安排的勇士十幾人，專門「伺候」董卓。董卓一入宮門，就被呂布的老鄉騎都尉李肅刺中了胳膊。董卓受了傷，掉下車後還在撈最後一根稻草：「呂布何在？」呂布應聲而出：「有詔討賊！」董卓這才明白，他的好兒子呂布，早就背叛了他！死到臨頭，估計他用盡世界上最惡毒的言語破口大罵後，被斬首。呂布立即取出詔書，聲稱但除元兇，從黨不問。於是士卒歡呼百姓歌舞，長安城中大家都相聚痛飲慶祝董卓的敗亡。皇甫嵩等人查抄了眉塢，將董卓滅族後從中搜出黃金二三萬斤，白銀八九萬斤，其餘的奇珍異寶不計其數。顯赫一時的董太師，就這樣永遠地退出了歷史舞台。
平心而論，董卓並不是一無是處的人。然而他的暴虐不仁，可謂空前絕後。裴松之評論，夏桀商紂也好，暴秦王莽也罷，全都是歷經歲月後才腐化墮落，倒行逆施。然而董卓從初平元年（公元190年）進洛陽到初平三年覆亡，前後僅僅三年間，罪惡昭彰，流毒四海，真是狼心狗肺，空前絕後。董卓進長安後，曾經問過德高望重的皇甫嵩一個傻乎乎的問題：「你怕不怕我？」皇甫嵩的回答簡明有力：「你要是能夠實行德政輔佐朝廷，我高興還來不及，怎麼會害怕；你要是胡作非為倒行逆施，天下誰不怕你，又何只我一個！」現在董卓大概會明白了，單純依靠暴力搞得天下皆畏之時，也就是自己身首異處之日。