邊軍進京期間，遼東基本上無兵駐守，後金新汗皇太極得以上中無老虎猴子稱大王，指東打西的，搞得遼東亂成一窩粥。
天啟七年，遼南侯、掌鑾儀衛事大臣兼右都督掛將軍印、殿閣大學士兼遼東總兵大人張善羽於紫禁城下負傷，昏迷不醒達三個月之久，爾後，鎮守山海關的袁書生也被天啟皇帝罷官，迫不得已的袁書生，決定回老家種田，遼東的兵沒人管了，於是發生了一場在當時影響相當惡劣的兵變，史稱「寧遠兵變」。
寧遠這個地方，是袁書生冒了極大風險崛起的地方，這裡的軍隊素質也比較高（與那些素質特別低的部隊相對而言），戰鬥力也馬馬虎虎（經受住了後金軍隊的二次打擊，據說或得的勝利，不過第一次斬首五十，第二次斬首二百，總共交給兵部一百八十首級，其中七十可能是半路上遺失了，不過兵部很客氣，還是給了袁書生二百五的賞銀）。
按理說，這支看上去不錯的軍隊應該不會發生兵變這類惡性事件的，但很不幸的是，兵變確實發生了，而且是在崇禎皇帝上任，啟用遼東巡撫袁崇煥之時。
原因很簡單，軍餉已經欠了八個月了，士兵們已經窮得比乞丐還不如了，沒飯吃，誰還給你打仗啊？當然要兵變了。
袁書生很幸運，兵變的當天邊，他還在京城去山海關的路上，袁書生不知道他的防區寧遠已經發生了惡意的兵變，正躊躇滿志，在半路上吟詩做賦呢！
此時的遼東巡撫是畢自肅，這個傢伙很倒霉，上任還沒有三個月，就被兵變的士兵給扣押了。
嘩變是從外地調來的士兵先發起的，當時有兩個傢伙鬧得最激烈，一個叫楊正朝，另外一個叫張思順（張善羽的老本家）。
這兩個傢伙本事仍就人群就找不到的流氓下民，用賈誼的話來說就是「甕牖繩樞之子，氓隸之人，而遷徙之徒也。才能不及中人，非有仲尼、墨翟之賢，陶朱、伊頓之富有；涉足行伍之間，掘起阡陌之中」，這兩個「遷徙之徒」，卻率先兵部，從而引起了骨牌效應，整個寧遠的駐軍都依次兵變了！
兵變先從四川、湖廣的部隊開始，進而波及到十三個營地，全寧遠的駐軍，事態不斷擴大，影響迅速蔓延，嘩變的士兵湧入巡撫衙門，將遼東巡撫畢自肅、遼東總兵朱梅、通判張世榮、推官蘇函淳等等官員從衙門拉出來，捆得似乎粽子一般，並且拿鞭子狠狠的抽打。
遼東巡撫畢自肅，被叛軍逼迫從銀庫中拿出銀子，結果打開銀庫，發現裡面空空如也，於是畢自肅倒霉了，被叛軍打得滿頭大包，狼狽不已，幸好兵備副使郭廣及時趕到，畢自肅看到郭廣，大聲呼救，郭廣與畢自肅交情頗深，於是郭一邊用身體護住畢自肅，一邊通嘩變的首領楊正朝、張思順談判。
這兩個傢伙說要十萬兩白銀，其中楊正朝和張思順要從中拿二萬兩平分，其餘的分給叛軍，郭廣說要價太高的，拿不出來，楊正朝和張思順不理他，喝令士兵繼續鞭打遼東巡撫畢自肅，郭廣無奈，設法籌集了二萬兩白銀先給了叛軍首領楊正朝和張思順，這兩個傢伙拿到銀兩，一分也沒有發給手下的士兵，自個走了，結果剩下的士兵仍然不肯放掉扣押的士兵，郭廣無奈，只好向商人貸款三萬兩銀子，發給叛軍，才將巡撫畢自肅、通判張世榮和推官蘇函淳等救出來。
畢自肅被救出來後，自覺得很沒有面子，一個堂堂的遼東巡撫，正三品的大官，居然被一群流氓士兵扣押勒索，於是在自己的屋子裡自縊而死。
此事，《明史》中有記載：
「是月，四川、湖廣兵戍守寧遠者，以缺軍餉四月大燥，余十三營起應之，縛巡撫畢自肅、總兵官朱梅、通判張世榮、推官蘇函淳於鼓樓。畢自肅傷重，兵備副使郭廣至，躬翼畢自肅，括撫賞及朋二萬金以散，不厭，貸商人五萬，乃解。畢自肅引罪，走中左所，自經死。」
此時，袁書生正好趕到山海關，錯過了好戲部分，只好善後。
袁書生是怎麼善後的呢？很有意思，本來像兵變這樣的惡性時間，應該及時剪除首惡，羽翼不記，而袁書生剛好的做法剛好想法，首惡不記，剪除羽翼。
「召首惡楊正朝、張思順至，寬言撫之，二凶唯唯。」
然後將次惡田汝棟等十五人抓起來，磔，即凌遲處死，說可以產生威懾作用，此時此刻，楊正朝和張思順正在自己屋子內分贓。
然後袁書生派人對這兩個傢伙說，你們「擒叛有功」，經奏報朝廷，還奏報朝廷，將他們「發前鋒立功」。
中軍被斬首，參將被受到斥責，都司左良玉等被罷免，通判張世榮等被降職，總兵官朱梅解職。
唯一沒有被解職，反而受到表彰的是都司祖大壽，因為唯一祖大壽的部隊沒有參加兵變，因此受到了獎勵。
袁崇煥處理完兵變一事情之後，向朝廷上報，經過，原因、處理及善後事情，得到崇禎皇帝的信任於批准。
於是，這一次看起來比較嚴重的兵變就被袁書生大事化小，小事化了，不過袁書生沒高興多少時間，錦州也發生了一場兵變。
這一場時間有花費了袁書生不少時間來平息，袁崇煥浪費了八個月，奔波與處理兵變及其善後事情之中，一時無暇向東江張善羽爭奪遼東統治權的問題，於是，東江看起來還是風平浪靜，十分安寧。
不過，東江的張善羽知道，長期的平靜下去是不可能的，同時，張善羽一直都不敢小瞧袁崇煥，這個人實在是太厲害了，看起來很客氣，很融洽，很不錯，但論起權利利益起來，這個看起來很和氣的人卻露出了其猙獰厲爪，並且武裝到了牙齒。