戰役結束之後，朱祁鈺進行了防禦性的部署。當時，大部分將領都主張繼續進攻，甚至連楊天奉都認為應該乘勝追擊，利用奧斯曼帝國陣腳大亂，後方防禦部署完全沒有到位的機會，派遣騎兵向伊斯蘭堡發動進攻，一舉消滅奧斯曼帝國。不過，朱祁鈺卻根本就沒有理會這些將領的意見，直接下令，讓部隊在新的戰線上轉入了防禦狀態。當然，朱祁鈺這麼安排，有很多理由。
讓朱祁鈺放棄繼續進攻的主要原因有三個，一是戰役目的已經達到，而要實現戰略目的，進攻不是最好的選擇。二是軍隊需要休整，幾支主力部隊都連續作戰數日，已經達到了官兵體力極限，必須停下來休整，而且補充彈藥物資需要時間。三是，完成新佔領區的控制，調遣其他國家的軍隊也需要時間。正是這三個原因，讓朱祁鈺決定暫時轉攻為守，當然，還有另外一個原因，朱祁鈺沒有說出來，不過他會用行動告訴手下的將領。
這次戰役的三個目的，分別是：大量殲滅奧斯曼軍隊的有生力量；扭轉戰場局面，迫使奧斯曼軍隊轉為戰略防禦；將戰線推進一百到兩百里，將東部與南部戰區銜接起來。從戰役的結果來看，這三個目的都達到了。顯然，戰役已經獲得了勝利，也取得了成功。而戰役是為戰略服務的，而在針對奧斯曼帝國的戰爭中，戰略目的自然是要徹底消滅奧斯曼帝國，而要做到這一點，殲敵有生力量是關鍵中的關鍵，只要消滅了奧斯曼帝國的主力軍隊，那麼就消滅了奧斯曼帝國，如果沒有消滅奧斯曼帝國的主力軍隊，就算攻佔了奧斯曼帝國的首都，那也算不上是完全的勝利，奧斯曼帝國的勢力仍然可以在其他的地方死灰復燃。為了達到這個戰略目的，那麼通過有效地戰役部署。並且利用每一次戰役來消滅敵人的有生力量，這就是最為重要的了。
從當時的情況來看，如果明軍繼續進攻的話，以眾多騎兵軍的快速突擊能力，以及騎兵部隊在得到了炮兵後的強大陣地戰實力，要攻打伊斯蘭堡，甚至是打下伊斯蘭堡，確實不成問題，也許就只需要幾個月的時間。朱祁鈺就可以到伊斯蘭堡去慶祝勝利了。但是這個勝利是不完全的。奧斯曼帝國在歐羅巴那邊還有著廣袤的土地，而明軍在攻佔了伊斯蘭堡之後，還需要花費不少的時間來控制住奧斯曼帝國在亞洲地區的領土。因此不可能在短期內進軍歐羅巴，這就給了奧斯曼帝國喘息的時間，導致的結果就是戰爭時間延長。顯然，與其讓奧斯曼帝國被迫退到歐羅巴去休養，還不如引誘奧斯曼帝國將更多的兵力投入到亞洲戰場上來，耗乾奧斯曼帝國的所有力量，以此來獲得徹底的勝利。
對於明軍自己來說，在經過了這場大規模戰役之後。六個參戰軍的官兵已經非常疲憊了，特別是近衛軍，軍，第二軍以及第九軍，幾乎都連續作戰好幾日，官兵幾乎沒有得到休息的時間。而這四支部隊都是主力，其中三支是騎兵部隊，如果讓他們繼續進攻的話，顯然，這只能拖垮他們。除了官兵的體力之外，作戰物資的補充也需要時間。當時軍就已經出現了物資短缺的情況。而且第二軍與第九軍在攻佔了摩蘇爾之後，也沒有立即得到所需要的全部物資。而等待下一批物資運抵白羊王國，這更需要時間。
戰線推進的一個結果是壓縮了奧斯曼帝國軍隊的活動空間，而另外一個結果就是。新出現的戰區需要花時間來穩定。當時，負責前線地區。也就是戰線後方地區的控制任務的是白羊王國的軍隊，以及聯合軍團，而主力就是白羊王國的軍隊。而這次明軍一次性地將戰線推進了一百五十里到兩百五十里，白羊王國的軍隊需要充足的時間來穩定新佔領區的局勢，控制住這一地區地居民。當然，在明軍承擔了主要的進攻任務之後，白羊王國地軍隊基本上已經從一線戰場上抽調了下來，不再需要他們去守衛防線了。
這三個原因是朱祁鈺用來說服手下將領的，當然，就算他不給出理由來，只下一道命令，那些將軍們也自然不敢多言了。當然，轉入防禦狀態只是暫時的，而且朱祁鈺也保證，將在軍隊恢復了精力，作戰物資得到了補充，以及新佔領區的局勢穩定下來之後，立即發動下一輪進攻行動。不過，在此之前，防禦任務還是要安排下去的。
當時，負責戰線防禦的主要是第三軍與軍。其中，第三軍負責守衛東部防線，軍則負責守衛以安條克為核心的南部防線。除此之外，朱祁鈺還將第八軍調到了前線來，將第八軍部署在了摩蘇爾，負責軍與第三軍防線的結合部的防禦工作。摩蘇爾的安全直接決定著明軍整條防線的安全，讓第八軍來負責這裡的防禦工作，自然是最為穩妥的了。當然，第八軍在後方的工作也全都移交給了聯合軍團。
除此之外，第五軍撤回去繼續休整，這次是迫不得已才讓第五軍參戰的，本來第五軍的休整工作就沒有完成，而楊天奉又一直鬧著要進攻，結果，朱祁鈺就很乾脆的把朱祁鈺派到了白羊王國南部去接受全面休整。第二十二軍回到了大不裡士，與第九軍一起擔負起了為第三軍提供支援的任務。第二軍進駐大馬士革，為軍與第八軍的預備隊。
只有之前沒來得及參戰的第二十一軍分到了一份美差，那就是以摩蘇爾為根據地，對奧斯曼帝國的腹地進行襲擾，拖住奧斯曼軍隊重新部署防線的速度，為下一次進攻打下基礎。
對於皇帝的這番安排，大部分的軍長都感到滿意，可能意見最大的就是楊天奉了。在楊天奉看來，第五軍已經得到了幾個月的休整時間，這已經足夠了，沒有必要再進行休整。結果，皇帝卻把第五軍給調到了大後方去，直接就把第五軍給安排在了離戰場最遠的地方。顯然，楊天奉心裡是很不滿的。他可做夢都在想到個進入伊斯蘭堡呢。不過，楊天奉不滿歸不滿，還是得乖乖的帶著第五軍南下了，這是他沒有辦法抗拒的事情。
當然朱祁鈺也對戰區的指揮權限做了安排。衛平負責東部戰區，謝正卿負責南部戰區，胡沱負責兩個戰區之間的協調，而陳豫則負責總協調工作。另外，張國煮，馬壽成，李天長三人也都有各自的位置，只有楊天奉一個人被皇帝涼快到了一邊去，大概是朱祁鈺要他好好反思一下吧。或者說，是讓楊天奉不要光想到作戰的時候，去專心安排第五軍休整的事情。
做完了這番安排與部署工作之後，朱祁鈺宣佈了另外一件事情：他將前往顧成林的大西洋艦隊，並且在下次戰役開始之前返回遠征軍。這下，所有人都蒙了，皇帝可是遠征軍的總司令，皇帝一走，那遠征軍怎麼辦？當然，朱祁鈺並沒有任何擔心的，他已經為各支部隊做好了安排，而且奧斯曼帝國在幾個月時間之內根本就不可能對明軍構成威脅。另外，他將近衛軍留在了貝魯特港，命令梁岳暫時代替他管理各部隊之間的事務。
本來，朱祁鈺去大西洋艦隊也沒什麼，畢竟各軍的軍長對自己的任務都很明白，而且在這些軍長中，已經有了一種得到默認的等級關係。其中衛平的資歷最老，陳豫次之，然後是張國煮，楊天奉，胡沱，謝正卿，馬壽成，李天長，雖然，這八個軍長之間的軍銜高低並不如此。
不過當時仍然是以資歷為主的。也就是說，如果有突發事件的話，那麼就是按照這個順序來決定指揮權限的。當然，這只是一套默認了的等級關係，不過這卻是比較有效的。不過，問題也就出在了這裡。雖然，在幾個軍長中，梁岳的資歷與陳豫是同等的，不過，對於大部分的將軍來說，其實梁岳就是個近衛軍軍長而已，與其他的將領有很大的區別。
如果朱祁鈺不安排梁岳來暫時替代他的位置的話，這個問題就不存在，不過，朱祁鈺卻讓梁岳來暫時執行總司令的職務，這下問題就有點嚴重了。不過，並沒有人反對皇帝的安排，畢竟皇帝這麼安排是有理由的，不管這個理由在其他人看來是否成立，這怎麼都是皇帝的安排吧，而且對朱祁鈺率領的這批將軍來說，皇帝有政策，下面地將軍就有對策。
當時，幾個人的對策很簡單，那就是說服梁岳，讓梁岳最好少干預各軍的事務。而被選出來的說客就是陳豫。陳豫與梁岳的關係是非常密切的，在朱祁鈺還不是帝國皇帝，而只是個王爺的時候，陳豫與梁岳就已經並肩作戰了。兩人是陳懋手下的主要將領，在戰場上共同經歷了生與死的考驗。而在朱祁鈺登基之後，兩人也都得到了重用，雖然後來基本上都天各一方，很少有合作的機會，不過兩人之間的感情仍然非常好。讓陳豫去做說客，這自然是最好的選擇了。
當然，朱祁鈺並不知道手下將領在他背後搞的這些鬼。在他安排各軍的部署與任務的時候，就派人去聯繫上了顧成林，隨後，他就帶著近衛軍去了貝魯特港，將近衛軍留在了貝魯特堡之後，朱祁鈺就帶著那些從來不會離開他半步的侍衛登上了「皇帝」好旗艦。當然，顧成林是到港口裡來迎接他的。此時，大西洋艦隊雖然已經北上進入了愛琴海，不過顧成林還是特意趕了回來。
陳豫等人也趕到了貝魯特港來給皇帝送行，朱祁鈺並不想讓陳豫他們都過來，不過想到這些部下的心情，他也就不好拒絕了。
「衛平，你是眾多軍長中年紀比較大的一個，而且第三軍的任務也是比較沉重的，朕去艦隊的時候，你這邊要盯緊點！」
衛平笑著點了點頭。「陛下放心吧，第三軍還等著陛下率領我們遠征呢！」
「陳豫，你也算是有眾多經歷的了，當年陳懋推薦你的時候，朕就知道你是個值得讓朕相信的將軍。」
「陛下……」陳豫嘴唇微微顫抖了一下，「第二軍不會給陛下丟臉的。」
「張國濤，你是最穩重，也是年紀最大的一名軍長了，這次好好表現，回去後，朕會好好獎賞你的！」
張國濤只是點了點頭，而沒有多說什麼。
朱祁鈺一一向這些軍長做了吩咐，然後長出了口氣，看了一眼停靠在身後碼頭旁邊的「皇帝」號旗艦，最後又看了一眼站在他面前這一排將軍。這都是跟隨朱祁鈺征戰多年的將領了，其中很多都與朱祁鈺一起在戰場上拚殺過，對帝國的貢獻不可以說不大。當然，他們也從來沒有讓皇帝失望過，可以說，帝國能夠戰勝這麼多的強大敵人，這些將軍的功勞是最大的，而且正是在他們的率領下，帝國軍隊才一次又一次的獲得了勝利。
「陛下，時間不早了！」顧成林在皇帝耳邊小聲的說了一句，然後看了一眼對面的那些陸軍將領。
陸軍與海軍將軍在服飾上的差別就很明顯。帝國陸軍將軍的軍服與軍禮服都是統一的暗黑色，給人一種嚴肅的，莊重的感覺。而帝國海軍將軍的軍服與軍禮服是深藍色的，雖然在遠處看上去，深藍色與黑色的差別並不是很大，但是在近距離上，仍然能夠準確的分辨出來。另外，兩個軍種將領的配飾也是不同的，陸軍以莊嚴為主，而海軍以輕快為主。不過，究竟哪種軍服更好看一點，這就是仁者見仁，智者見智的事情了。
朱祁鈺也沒有再多耽擱時間，在向眾多將軍告別之後，就登上了「皇帝」號戰列艦，隨後，這艘龐大的戰艦在幾艘護衛艦的伴隨下離開了貝魯特港，駛向了茫茫大海，不遠處，專程趕來的護航艦隊已經在海面上排列好了隊列，等待著皇帝前來檢閱。