應天府正式更名為南京，已經是數百年之後的事情了，不過在當時，民間對應天府的稱呼就是南京，這正好與順天府被稱為北京相對應。自成祖皇帝遷都順天府之後，南北二京的局面就在帝國保留了下來。在瓦刺入侵時，建議南遷之人，就是要將帝國的京城由順天府遷移到應天府去。當然，作為太祖皇帝建立帝國時的京城，應天府有著很高的地位的。加上幾年，江南地區的工業發展迅速，應天府的地位更是提高了不少。
朱祁鈺南巡的第二站就是應天府。在準備離開了松江府的時候，朱祁鈺收到了消息，負責保衛皇帝安全的帝國近衛軍已經從陸路到達了應天府，並且接管了應天府的安全防衛工作。隨後，朱祁鈺就乘船沿江而上，兩日後，就到達了。應天府的地方官員紛紛來到碼頭迎接皇帝的聖架。因為應天府也屬於京城，所以這裡的官員雖然實際上為地方官員，不過都屬於中央政府直接管理。
這次，朱祁鈺沒有再到其他人的家裡去借宿了。應天府的南皇宮是皇家財產，雖然南皇宮的規模並不大，比起北京的皇宮，以及後來新建的新宮差了很多，不過這總算是當年太祖皇帝居住過的皇宮，所以還是滿舒適的。這是朱祁鈺第二次來到這座皇宮，上一次，還是在南方發聲大洪災的時候，他到應天府來過，而那次，他只在這座皇宮裡面住了一個晚上，然後就趕往災區了。
應付當地的官員，以及應天府的社會名流，花去了朱祁鈺兩天的時間。隨後，朱祁鈺謝絕了所有人的邀請，趕往了安慶府。安慶也屬於南直隸，不過已經在南直隸的西南邊了。當年，安慶也遭了水災，後來朱祁鈺將吳長生留在了南方，讓他全權負責治理水患。十一年了，朱祁鈺因為常年征戰在外，就算是在國內，也忙於處理各種各樣的政務，幾乎把治水的事情給完全忘記了。這次到達應天府，朱祁鈺個想到的就是吳長生。派人詢問了治水的情況之後，得知吳長生正在安慶府，對雷池的堤壩工程進行檢修，因此朱祁鈺就立即趕往了安慶府，準備見見這個在南方為治理水患忙碌了十多年的年輕書生！
吳長生確實是個書生，他是當年帝國公立大學期學員中的佼佼者。因為從一開始，吳長生的理想就是治好大江大河，讓洪水遠離百姓，所以在學校的時候。吳長生最擅長的就是數學，物理學，以及工程方面的學識。當年，如果不是因為南方發大水，受災百姓達到了上百萬之多，直接影響到了帝國的穩定的話，朱祁鈺更希望讓吳長生去擔任帝國水利部門的官員。不過，時隔十多年，當朱祁鈺再次見到吳長生的時候，他已經不再是一個文弱書生了，如果不是有人介紹，恐怕連朱祁鈺都認不出這個嫡傳弟子了！
「陛下……」見到皇帝到了修建堤壩的工地上來，吳長生也是一臉的驚訝，「臣不知陛下到來，還望陛下恕罪。」
「吳長生，如果不是有人認出你來，恐怕朕還真是認不出你了！」
朱祁鈺笑著握住了吳長生的雙手，這才發現，當年執筆的那雙白皙的手已經變成了一雙如同皮革般粗糙的，長滿了老繭的手了。朱祁鈺心裡也是一陣顫抖，他連忙控制住了情緒，將段靈與柴美嬌兩人讓道了旁邊來。「吳長生，這次可不是朕一個人來看你的，還有你的兩位同學也一起來了！」
「皇后，段貴妃！」吳長生雖然與柴美嬌，段靈是同窗同學，不過現在身份有別，所以他還是顯得格外的禮貌，並且與兩人保持了一個恰當的距離。
「好了，陪朕走走！」朱祁鈺也看出了，這種身份上的變化，已經在當年的這些年輕人身上留下了不可磨滅的痕跡。「這次，朕南巡，到達應天府的時候，聽聞你正在這邊修繕雷池的堤防工程，所以就立即趕了過來。當年，朕將你留下來，到現在有多少年了？」
「整整是十一年！」吳長生淡淡地笑了一下，不過看得出來，在他的眉宇之間，十一年的滄桑，已經在他身上留下了不可磨滅的痕跡。
「十一年，整整十一年了！」朱祁鈺長出了口氣，停下了腳步，看著西面的雷池，「十一年，足以改變一個人一生的命運，足以決定一個國家的未來。這十一年裡，朕一直向跟你說一句話，不過卻一直沒有機會！」
吳長生微微皺了下眉毛，沒有想出皇帝有什麼話要跟他說。
朱祁鈺轉過身來，目光在吳長生身上停了一會，說道：「朕要代表帝國，代表帝國的所有百姓感謝你在這十一年裡為帝國，為百姓做出的貢獻！」
「陛下……」吳長生一驚，連忙說道，「臣為陛下效力，為帝國效力，為百姓效力，這是臣的職責與榮幸！」
朱祁鈺笑著拍了拍吳長生的肩膀。「這些冠冕堂皇的話，就不需要跟朕說了，如果帝國所有臣民都這麼想的話，那朕就不需要為什麼事情操心了。好了，現在跟朕談談，你這十一年來，給南方帶來了什麼樣的變化，你的治水工程到底有多大的進展了！」
可以說，治水是名副其實的百年工程。多少個朝代都為了治水而耗盡物力，財力，而又有多少個朝代真正把水患給徹底的杜絕了？帝國初期，正因為南方的水利工程嚴重缺乏，幾乎年年都有水患，年年都有水災，年年都有難以計數的難民。當年，朱祁鈺下了狠心要把南方的水患治理好，為此，他甚至給了吳長生一把尚方寶劍，給予了吳長生生殺予奪的權力，只要是為了治水，不管是誰，就算是內閣總理，都得配合，不得有半點延誤。也正是如此，十一年來，吳長生才能夠取得巨大的成績。
頭兩年，吳長生首先探查了南方的地理環境，以及水文情況。訂下了治水的總體方針，隨後他就從長江中游的宜川開始。按照他制訂的治水計劃開始修建沿江地區的堤壩以及其他防洪工程。
近十年來，吳長生在長江沿岸修建了數千里的堤壩，疏通了數百里的河道。另外還新建了上百個人工湖（水庫），將長江沿岸的十多個大型湖泊疏浚了一遍，其總體工程量達到了上千萬方。後世有人計算過，吳長生治水所耗費的工程量，要比當年秦始皇修建長城還要巨大！
「臣治水的主要辦法是疏防結合，以疏導為主，防範為次。為此，臣主要是在沿途修建可以調節長江水量的水庫。」吳長生將大體的治水情況講了一遍。「這些水庫的作用非常大，旱期，可以用水庫的水澆灌周圍地農田。保證農民的收成；汛期，則可以蓄水，以減輕長江主幹道的壓力，防範水災發生。通過這種疏防結合的方式，我們就可以徹底地杜絕水災發生。現在，臣正治理雷池，等到雷池的治理工作完成之後，臣就去治理長江幾條主要的支流！」
當時，長江的正式名稱叫大江，不過民間主要還是稱其為長江。關於吳長生治水的功績，在此就不多闡述了，即使是在數百年之後，長江沿岸各地仍然保留了大量當年吳長生建造的水利工程，其中不是好仍然在發揮著重要的防洪作用。比如，在俗稱長江九道拐的荊州段，現在就還保留著當年吳長生修建的堤壩，而且一直是主要的防洪設施。可以說，吳長生積一世之功，為長江地區後來千秋萬代的百姓確保了一個安全的家園，僅此一點，吳長生都無愧於帝國歷史上最偉大的水利工程師的稱號！
「這麼說來，現在治水的主要人員還是你？」
吳長生尷尬地笑了一下，說道：「陛下誤解了，這十多年來，臣已經不是主要的治水人員了。前些年，大學來了好幾位同學，他們現在都成了骨幹，而且，臣也培養了一批人員。現在，臣的主要工作就是制訂大體的計劃，並且偶爾來視察一下工程進展而已。」
朱祁鈺看了吳長生一眼，然後就笑了起來。「這是個好辦法，至少你要比于謙聰明許多，知道找人分擔壓力。不過，朕認為，你現在還留在這裡的話，就是大材小用了，有沒有興趣回京城去？」
「回京城？」
朱祁鈺點了點頭。「帝國水利道路橋樑部的金濂部長明年要要退休了，如果你願意回京的話，那麼朕把這個位置留給你！」
「這……」吳長生感到很為難，他也看得出來，皇帝在很誠懇的邀請他，所以他不好立即就拒絕。
「你好好想一下吧，朕相信，你應該知道這兩個位置誰輕誰重！」
朱祁鈺走到了堤壩邊上，「這些年來，有你在南邊，朕幾乎沒有為南方水患的事情擔心過。不過，你應該知道一點，治水只是一種功績，而且帝國不僅僅是長江才有水患！還有很多地方，都存在著同樣的問題。要想為國家做更多的貢獻，要想讓更多的百姓過上安居樂業，而不需要提心吊膽的生活，那麼，你就應該為自己的未來多考慮一下！」
吳長生略微猶豫了一下，說道：「陛下，臣還需要幾個月的時間，等臣把這邊的事情都安排好了，臣就去京城報道！」
朱祁鈺笑著拍了下吳長生的肩膀。「好好做，朕也要幾個月後才會返回帝國。現在帶朕去看看你在這邊的工程！」
雷池是長江北面，與鄱陽湖相對的另外一個大湖。而這也是長江中下游地區治水的重點地區。在吳長生的規劃中，只要把雷池與鄱陽湖這兩地的工程完成了之後，那麼長江的水患就將得到徹底的根治。所以，這也是長江主幹道最後一處大型水利工程，隨後就將主要治理長江幾條主要支流。當然，吳長生也早就為這幾條支流的治水工程做好了規劃後面需要做的，就只是按照他的規劃去實施而已！
在視察了安慶之後，朱祁鈺返回了南京，並且在這裡重點就長江地區治水工作做出了部署。吳長生也跟隨皇帝去了南京，當皇帝把吳長生帶到眾位官員面前的時候，這些地方官自然都很清楚，吳長生是皇帝御用的水利工程師，得罪了他，就是得罪了皇帝。當然，在這個節骨眼上，是沒有任何人敢與皇帝作對的。特別是在皇帝下狠手摧毀了寡頭商人集團之後，帝國的官員也都明白了一個道理，在這個皇帝面前，他們最好都老實一點，只要有任何一點把柄落到了皇帝的手裡，他們都沒有好下場！
朱祁鈺在南京還做了一件很重要的事，那就是撥款修繕南京皇宮。
這是眾多官員提出來的意見。畢竟南京皇宮也是皇宮，至少是列祖列宗留下來的遺產。而這些年來，用於維護南京皇宮的費用少得出奇，所以這座宏偉的宮殿也面臨著倒塌的危險了。朱祁鈺原本不打算在這上面花錢的，在他看來，即使帝國現在再富裕，也有很多急需要用錢的地方，絕不能把錢花到一些沒有意義的地方去。不過，最後朱祁鈺還是批准了修繕南京皇宮的提議，一個主要的原因就是，在維修費用中，政府只承擔四成，另外六成都是社會各界募捐的。很多工業資本家，愛國商人，在得知皇帝要修繕南京皇宮之後，都紛紛解囊，這也算是報答皇帝對他們的恩賜吧！
南京皇宮的修繕工程持續了十五年之久，結果成為了擴建工程，而不是簡單的修繕。當這座新的皇宮建成了之後，連朱祁鈺都極為驚訝。
也正是這個原因，在朱祁鈺時代的後期，這個帝國歷史上最偉大的皇帝就一直居住在南京。雖然當時帝國名義上的首都仍然是順天府，也就是北京，不過在十多年的時間裡，皇帝幾乎都在南京處理國務，連帝國內閣政府都搬遷到了南京來。這也為後來帝國南北二京的對立埋下了伏筆。