自洪荒破碎之後，天地又過了幾萬年多。
而現在新的洪荒地界東方，經過伏羲這位人皇二十幾年的治理，黃河長江這兩河流域的人族部落越發的強盛。一日，伏羲在河邊靜息，卻夢見一龜馱河圖、一龍馬馱洛書而來，醒來一看，發現在身邊正是河圖洛書。
伏羲本為妖族大聖，聖人女媧娘娘的兄長，曾在紫霄宮聽道，可惜在太古之時，受巫妖大戰之厄，身隕而歿，投身人族。鴻鈞化天道，伏羲命數該證人皇道果，因此有河圖洛書來。
伏羲經過對河圖洛書的研究之後，畫出了充滿大道至理的先天八卦圖。太極就是一，是道，是天地未分時物質性的渾沌元氣。太極動而生陽，靜而生陰，是生兩儀，一陰一陽就是兩儀，兩儀又各生一陰一陽之象，也就是一分為二，生出四象，四象即少陽、老陽、少陰、老陰，是謂『兩儀生四象『。四象再各自生陰生陽，生出八卦。八卦是以八種簡單的符號一乾、二兌、三離、四震、五巽、六坎、七艮、八坤代表天地山澤，風雷水火，乃至於萬物。八卦按其所代表的東西的性質兩兩相對，分成四時，每對都是二個性質相反的東西，相對立的站在各一端，即陰陽相對，這四對東西交錯起來，就構成了先天八卦方位圖，比之老子的太極兩儀生四象更加通俗，使修道之人更容易上手。
天地感其功德，在他禪位後，便證得人皇聖位，去火雲宮修煉。烈山部落神農氏有大德，為眾人敬仰，故伏羲將人皇之位傳給了神農。神農得了人皇大位後，除了發明農耕技術外，還發明了醫術，開創九井相連的水利灌溉技術等，使東方人族更加興盛。
黃清當時留下乾坤鼎，實是有大用。想那伏羲、神農乃有大功德之人，可證人皇聖位，而他們用來教化人類的伏羲琴、神農鼎皆是出自乾坤鼎，自是老子煉器，黃清也分功德了。黃清可是欲賺取功德，煉一個堪比老子化胡為佛成就金鋼琢的後天靈寶。
又過了幾十年，有兩道光從三十三天外天落下，一為金黃，一為血紅，那道金光落入有熊部落當中，而血紅光芒劃過長空，向南方而去。黃清見此，閉關而出，逕往洪荒而去。
有熊部落首領少典家中，眾位部族長老正在恭賀族長喜得貴子，有人進來道：「啟稟族長，門外有一道人前來拜訪。」
少典自然派人請入，一消瘦年輕道人步入少典家中。見了少典，說道：「貧道稽首了。」
正是鴻蒙道人黃清。少典忙答禮畢，請黃清上坐。黃清也不謙，便就坐下。少典問道：「道人何處名山？甚麼洞府？今到此關，有何見諭？」
「我乃天地未開之得道真人，號鴻蒙是也，今在東海蓬萊仙島修行，此次前來，因與小公子有師徒之緣。」黃清言道。
少典聽見「鴻蒙」二字，而且是有道真仙，趕緊問：「仙長莫不是曾救我洪荒人族免於禍難的鴻蒙大神？」
黃清聽得一愣，掐指一算，原來當年巫妖大戰，以致洪荒破碎，他感人類痛苦，便把他們安置起來，並且教授了他們一些求生的能力。當時人族所剩無幾，皆感其大恩，告示後世子孫，要代代建祠，逢節祭祀膜拜。果是種善果，得善恩也。
「然也。」黃清點頭道。少典見黃清承認後，忙施禮拜見，又見他有心收自己的兒子為徒，自是大喜，忙叫侍女將小公子抱出。
黃清又道：「此子若未取名，待貧道與他起個名，就與貧道做個徒弟，何如？」
少典自是願意，道：「願拜道者為師。」
黃清道：「此子為土德之身，有熊之地又名軒轅之丘，便以軒轅為名，何如？」
少典大喜，謝道：「多承厚德命名，感謝不盡。」
於是，黃清便抱得軒轅而去，教其道行，待其十八歲再讓其回來，秉承天命。
當今人皇神農氏傳授萬民五穀種植之術，人族開始了從漁獵向農耕的轉變，神農氏被尊稱為「地皇」。在神農氏生活的烈山部落以南有一個比較大的部落，名叫九黎部落。九黎處南疆之地，土地貧瘠，多蟲蛇瘴癘，部落窮困不堪。但自從八年前，族長蚩黎的兒子蚩尤出生後，部落來了四個有大法力的能人，他們自稱巫師，他們不但能呼風喚雨，還可以馴服蟲蛇，調製奇奇怪怪卻可以防治瘴癘的藥物。蚩黎將他們留下，教導自己的孩子，並且從部落中選了八十個小孩和蚩尤一起學習。那四個巫師的名字分別叫做刑天
，相柳，風伯，雨師。四人都是巫族遺留下來的大巫，這次是感應到有一個新的大巫出世，找到時卻發現是個有著大巫血脈人族小孩。幾人盡皆認為巫族復興有望，以期再染洪荒主角。
蚩尤命八十位少年盤坐在自己周圍，賜給每人一滴心血，讓他們服下，念動法訣：「天地玄黃，都天神煞，契！」
八十位服下蚩尤心血的少年，只感到腦中一震，神識卻是轉變，真靈之中刻下了蚩尤的烙印，他們將逐漸變若大巫之體，可以說是蚩尤的同體兄弟。蚩尤自己開始慢慢接收部落大權，並暗中以南疆的毒蟲祭煉分身，使他們變成銅頭鐵腦，力大無窮的怪物。
黃清帶軒轅回到蓬萊島後，讓女侍童幫扶照顧，自小便用天材地寶為其築基。軒轅生而為土德之身，到他修道有所成後，黃清便採摘五行果中的土屬性果子給他吃，以養土德之身。那五行果乃開天闢地所生的靈果，五千年一結花，五千年一結果，五千年一成熟，再五千年才能吃得。一棵果樹，一次只結五顆果子，。吃一個果子，立地成仙；有仙道之人，即增萬載修為，可見其珍貴。
黃清每三個月為其講一次道，教授修道法術，更是感其刻苦，把琴棋書畫、漁耕獵醫盡皆相授。大道無處不在，天地萬物皆可為道，以小道見大道。三皇的人皇之道，也是道。天道所選，軒轅不負所望，天賦過人，短短十多年，便是太乙金仙修為頂峰，不愧天命所歸之人。
十八年時間何其短暫，很快就到了。
在蓬萊仙島外，黃清拿出一件土黃色的金縷衣道：「這是我煉製的土屬性法寶，水火不浸，刀槍不入，能護你週身。」
最後遞給軒轅一印，正是那先天靈寶崆峒印，同時正色道：「這是先天靈寶崆峒印，為人皇所有，可御真龍之氣。到危險時，將有五龍護身，好生祭煉。」
崆峒印，有五龍盤繞，為人皇所用，養浩然正氣，任何法術都可破。這軒轅乃是天地人三皇的「人皇」，其證人皇功果，不比伏羲、神農，正逢天地又殺劫，將主殺伐之道，合該所得。
在蚩尤開始征討周邊的同時，軒轅回到了南詹部洲有熊部落。少典見到愛子歸來自是大喜，自己已經年老，處理部族事務，漸漸有些力不從心，便順勢將族長之位傳於軒轅。軒轅接過首領之位後，勵精圖治，運用自己學到的知識努力發展部族，有熊部落漸漸壯大起來，軒轅手下也聚集了不少有能力的人，如風後，應龍，伶倫，歧伯，倉頡等等。
其後，神農氏在板泉召開人族部落聯盟大會，正式將皇位禪讓給軒轅。人皇傳位，本來人教教主太清聖人老子要到場見證，但在此前諸位聖人已經相約不可輕出，故太上老君便讓弟子玄都大法師到火雲宮一行，請伏羲下界參加。
伏羲乘九龍御輦到場，見到神農，伏羲對神農說道：「恭喜皇弟，傳了皇位，功德圓滿。」
神農道：「見過皇兄。」
伏羲將老子所賜金丹交給神農氏，道：「皇弟尚是凡人之身，此是太清聖人所賜金丹，可速速服下。」
神農氏大喜，道：下金丹，證了人皇果位。
當下二人對軒轅道：「待皇弟得證功果時，再行相見。」言罷，兩人乘九龍御輦往三十三天火雲宮而去。
不久，九黎族蚩尤叛亂，與軒轅相戰，欲奪其人皇之位。兩軍大戰，軒轅不敵，後退萬里。
卻說天宮之中，昊天大帝查知大戰終起，見形勢對軒轅不利，喜上眉頭，命人傳王母座下仙子九天玄女前來相助，卻是借此之力插手人族之事。那昊天大帝乃苦歷過一千七百五十劫，每劫該十二萬九千六百年，始證金仙的善人，而享天帝之位。
這昊天大帝卻是有一顆野心，欲成那上代天帝帝俊都未曾達到的功績，真正掌管天地四極。可惜現在天庭正神未封，就連現在差使的仙童仙女也是西王母從崑崙帶來的，昊天簡直就是一個光桿司令。
因此，他百般討好瑤池王母，討那素色雲界旗來行事。