就在黑暗船長乘坐傳送電梯下降前往核心系統室不多久，黑暗戰艦的前方炮塔隨即傳來捷報，聲稱已經擊中‘嫦娥一號’宇宙飛船。於是，指揮塔的黑暗船員們在確認‘嫦娥一號’宇宙飛船的主引擎已經被炮彈擊中，從而喪失動力，成為漂浮在太空中的活靶子。心生歹意之下，黑暗船員們隨即命令前方炮塔停止攻擊，並且操作黑暗戰艦，後退了很遠的距離，之後，才向全艦官兵宣布說：黑暗戰艦准備使用‘星際光束炮’把兔子王國的民用宇宙飛船化作一團太空塵埃。
於是，負責操作主炮的黑暗船員就報告說：“黑暗戰艦啟動‘星際光束炮’，攻擊目標是前方兔子王國的民用宇宙飛船，目前已經確認黑暗戰艦正處於安全射擊距離。”
而負責控制能量的黑暗船員也報告說：“目前黑暗戰艦的‘星際光束炮’已經啟動，距離能量填充完畢還有十分鍾的時間。”
此時此刻，指揮塔裡面，隨即響起了黑暗船員們那雷鳴般的掌聲說：“哈哈！這些兔子總算完蛋了。……”
久拖不決之下，當孩子們從艦內廣播中得知‘嫦娥一號’宇宙飛船已經遇險的消息，為了趕在‘星際光束炮’射之前，他們就馬不停蹄地沖向黑暗戰艦的核心系統室。只是，不等前方核心系統室的大門自動開啟，心急的王小可卻是揮舞屠龍寶刀使出了魔法‘爆炸劍法’。於是，一陣猛烈轟擊之後，整個核心系統室的鋼鐵大門，隨即被王小可的魔法給炸成了一堆碎片。只見，黑暗戰艦的核心系統室，是一個有體育場大小的半球體密閉控制室，裡面有很多懸浮在半空中的數據方塊，如同水晶一般閃亮，至於位於核心系統室中央的是一顆懸浮在半空中的黑色球體，而黑色球體所延伸的網線纏繞著一個人形機器，那就是黑暗船長。
因此，眼見大門被炸開以後，核心系統室裡面卻是進來了五個身穿魔法裝備的魔法師，大感意外的黑暗船長隨即驚訝說：“可惡！你們這些愚蠢的孩子。你們怎麼會是魔法師呢？”
奇怪了？我們為什麼不能是魔法師呢？雖說我們這些人是從二十一世紀過來的新人，但是好歹也是經過歷練，而且，還獲得過魔法聯盟武林大會的少年組冠軍隊呢！想到這裡，覺得黑暗船長大驚小怪的王小可倒是大笑說：“哈哈！黑暗船長！我們本來就是魔法世界裡的魔法師，看我們身上的名牌裝備就知道了，有什麼好奇怪的呢？”
正因為如此，聽到黑暗船長的無聊問題，無心理會的孩子們倒想要來一個戰決。而在爭取時間的情況下，陳小明就舉起天地權杖使出了魔法‘召喚火麒麟’。這時，在核心系統室的水晶地板上，隨即出現了一幅紅色的光之魔法陣，身強體壯的火麒麟就從魔法陣裡緩緩升起。結果，就在這個時候，火麒麟馬上使出了絕招‘噴射火焰’，只見得，張開的獠牙大嘴裡面立刻出現了無數顆紅色小光球，當紅色小光球聚集在一起，一團紅色火焰就向黑暗船長起攻擊。然而，為了對付火麒麟的絕招，黑暗船長馬上啟動了防御屏壁。因此，火麒麟射的高溫火焰卻是無法擊穿防御屏壁。慶幸之余，黑暗船長就使出了絕招‘能量彈’，而在一陣投射過後，火麒麟就被黑色光彈打飛出去。
不過，這個時候，狡猾至極的黑暗船長卻是使出了雙重手段。於是，聲東擊西之下，黑暗船長在左手投彈的同時，它的右手卻是積聚能量對陳小明起了突然襲擊。幸運的是，趙小智及時使出了魔法‘防御術’，要不然，在‘能量彈’的攻擊下，陳小明那是非死即傷。此時此刻，考慮到，這五個魔法師擁有比較強的實力，為求各個擊破，黑暗船長隨即使出了魔法‘召喚野人王’和‘召喚巨靈神’。而在一陣召喚過後，只見，野人王能夠直立行走，身高有十幾米，手長垂至膝，腳大，雙眼朝前，面似人臉，毛長色黑紅，至於，巨靈神是傳說中的天界戰將，力大無比，手拿兩把大斧，身穿金剛盔甲。與此同時，在召喚兩只召喚獸助戰的情況下，黑暗船長右一揮，隨即召喚出了無數的‘能量彈’，居高臨下之下，數量眾多的黑色光球立即向底下的那些孩子持續掃射過去。無奈之余，使用‘防御術’的趙小智在展開藍色半球體結界以後，得到保護的莊小月也使出了魔法‘流星箭’來阻擊空中那些飛襲而來的黑色光球。
兵分三路之下，手持幻海舞扇的李小櫻就在趙小智展開的藍色半球體結界裡面，開始跳起了‘火龍之舞’，陳小明就使出了魔法‘召喚大熊貓王’，從而讓這頭巨獸去抵擋野人王的攻擊，而王小可也揮舞屠龍寶刀去跟巨靈神一較高下。因此，三路混戰之際，舒展在舞台上的李小櫻隨即揚袖飄舞，宛若飛燕，那千般嬌姿，那萬般變化，似孔雀開屏，似蓮花綻放，舞姿輕靈，身輕似燕，身體軟如雲絮，雙臂柔若無骨，步步生蓮花般地舞姿，如花間飛舞的蝴蝶，起伏進退，下腰輕提，旋轉飄飛，那婀娜的舞姿和生動的眼神，就象仙女在萬裡長空中迎風而舞一樣優美自如。輕舞飛揚之下，李小櫻腳下的地面出現了一幅紅色的光之魔法陣，而在舞蹈召喚過後，核心系統室的上空就出現了五顆紅色大光球，並且化作了五條大火龍。最後，群龍亂舞之下，隨著核心系統室化為了一片火海，大半的電子儀器設備就來了個一次性報廢。
與此同時，陳小明的大熊貓王在一番苦戰以後，就用百萬拳擊打倒了野人王，一旁的王小可也憑借最後的一招：狂風刀法，從而打敗了巨靈神。結果，鑒於在核心系統室已經被李小櫻破壞得千瘡百孔，這時，黑暗戰艦立刻動力全失。正因為如此，千鈞一之際，正值將‘星際光束炮’能量全部填充完畢，黑暗船員本打算將停留在前方太空中的‘嫦娥一號’宇宙飛船給一炮擊毀。可是，就在這個節骨眼上，黑暗戰艦的能量控制卻是出現了暴走狀態，無法控制之下，黑暗船員們隨即意識到了事態的嚴重性。另一方面，等到防御屏壁自動關閉，滿臉驚恐的黑暗船長就如同活靶子一樣，暴露在了王小可的面前。
於是，在趙小智的提醒下，心領神會的王小可馬上停止破壞行動，並使出了輕功。這時，腳踏清風之下，王小可就轉而使出了魔法‘次元劍法’來攻擊黑暗船長。而在腳踏懸浮在空中的水晶方塊，一路攀高以後，只見得，王小可手中的屠龍寶刀突然湧出了大量的藍色劍氣，這些藍色劍氣就瞬間聚合成一把能夠斬斷空間的次元刀。因此，當巨大的藍色光刀從黑暗船長的面前一晃而過之後，它的身體在瞬間，就被次元刀切成了兩半。最後，看到戰敗的黑暗船長像黑霧一樣消失不見，輕松取勝之下，特洛伊木馬攻城戰隨即打破了黑暗戰艦的不敗神話。
不過，眼見黑暗戰艦在這個時候開始土崩瓦解，趙小智馬上提醒說：“不好！因為我們破壞了黑暗戰艦的核心系統室，所以黑暗戰艦已經啟動的自毀系統，我們必須趕快撤離這裡，不然，就要跟黑暗戰艦一起埋葬在宇宙中了。”
點頭之下，大家隨即決定說：“那好！我們趕快離開這裡吧！”
有鑒於此，脫離黑暗戰艦的孩子們就乘坐雷龍神飛回了‘嫦娥一號’宇宙飛船，得知情況的兔子長老隨即命令兔子船員們啟動‘嫦娥一號’宇宙飛船的輔助引擎，勉強進行撤離。至於，一陣巨大星際大爆炸過後，號稱為宇宙航母的黑暗戰艦，隨即化為了一團宇宙塵埃。而直到最後一刻，那些黑暗船員和士兵仍然不明白，已經擁有無敵防御系統的黑暗戰艦為什麼會走向最終的覆滅？