長江北岸各路人馬，除了湘軍留了一小部分繼續在江北駐紮之外，剩下的數十萬大軍在三天之內，全部過江。
長毛也真是勢弱了，攻擊半渡之軍是兵法常道，但是長毛數次攻擊，還沒等到江邊，就被南岸的清軍攔住。不但沒有藉機給清軍重創，反倒自己受損，無奈之下，只能繼續龜縮防守，不敢冒險進攻。
到了江南之後，李明峰率領常勝軍連日對南岸的長毛營寨發起猛攻。作戰方式都是一樣的，先是一頓炮轟，然後再讓司馬平帶著「鋒銳軍」當先鋒，也就是肉盾，進去和躲藏在角落裡的長毛廝殺，火槍部隊在則後面推進營寨。這種作戰方法，無往不利！
十幾日的時間，常勝軍連破長毛大營十幾座，斬殺長毛過萬。最終城外的長毛看到大勢已去，只好撤入城內。
同治三年（1864年）四月，曾國荃帶兵攻到神策門、太平門下，開始使用雲梯進行攻城。馬新貽和馮子材也奉命配合曾國荃一起利用雲梯攻城，結果連攻十日，城內守軍異常頑強，清軍損失慘重，傷亡超過五萬，天京城下屍如山積。
天京城，卻不動如山！
即便是見慣了戰場的老李，此刻看著這種絕對的用血肉組成的攻城戰，仍然忍不住頭皮發麻。太慘烈了！
五月，淮軍、楚軍攻破鍾山之上的地保城，地保城內一萬長毛全部慘遭屠戮。
天京城下，臨時指揮所。
因為最近幾日，天京外圍連戰連捷，攻城戰卻遇到了巨大的阻力，所以眾人再次開會，準備調整進攻策略。
曾國藩先開口說道：「諸位大人最近屢立戰功，如今天京城外，再無一個長毛，全靠諸位大人奮力殺賊，才有今日之功！」
眾人其曰：「此乃我等分內之事。」
說完好聽的，曾國藩開始說正事了：「我估計，城內應該還有長毛十五萬到十八萬左右。城內長毛，乃是長毛之中最頑固的，人人皆迷信洪老賊的邪教，看那樣子，其中絕大多數都準備與城俱亡。
而且金陵又是六朝古都，城池異常堅固，要是繼續用雲梯猛攻，恐怕損失太大。今日請諸位大人過來，就是想議一議，到底該怎麼攻城！」
袁保慶先出聲道：「不如圍死他們！現在長毛在外的兵馬，只有福建的楊輔清一支了，不成氣候。咱們只需深溝高壘，圍住金陵，短則半年，多則兩年，城內守軍必然會因為缺糧而出城投降！就是不降，也只有等著餓死了！」
曾國藩搖了搖頭，說道：「天京城內存糧不少，十幾年來，天京總在重圍之中，所以他們早就做好了持久戰的準備。每年安徽、江蘇、浙江的糧草都要運進天京許多。現在天京城內軍民總數不超過三十萬，城內糧草恐怕足夠支用兩年。」
說道這，曾國藩又歎了口氣說道：「我們是不著急，但是朝廷會著急。仗都打到這個地步了，要是再拖延兩年，恐怕朝中會有些閒言碎語。」
就是此刻的會議，馬新貽和馮子材仍然沒有參加，很明顯，他們是受了朝廷詔命，不敢輕易信任湘軍。李秀成的意外逃脫，讓朝廷對曾國藩的猜忌達到了頂峰。對朝廷來說，現在的湘軍已經取代了常勝軍，成了朝廷對想削弱和除掉的軍隊。
現在長毛已經就剩下一個城池了，假如曾國藩再不積極進攻，而是採取圍困的策略，恐怕就會有人猜疑曾國藩是在「養寇自重」了。所以，形勢逼得曾國藩必須採取積極的作戰方式。
這時，李鴻章獻計道：「不如挖地道入城！」
曾國荃道：「恐怕長毛早就防備著這招呢！」
攻城的戰術有限的很，無非就是那幾招罷了，什麼用雲梯硬攻啊，挖地道進城啊，用間諜詐開城門啊等等罷了。長毛不是傻子，現在都這種形勢了，他們無論如何都不會大意的連地道戰這種最常用的攻城戰術都不防備。
李鴻章神秘的笑了笑，繼續說道：「不！我們不用挖入城內，我們只需挖到城牆之下便可，然後在地道裡埋入大量火藥。只要火藥量足夠，咱們就能將城牆炸塌。城牆一塌，金陵便是我軍之物！」
李鴻章話音剛落，曾國藩便讚歎道：「好計！便如漸甫所言！此招甚妙！」
「果然絕妙！」眾人也由衷的歎服李鴻章的計謀。
緊接著李明峰又道：「地保城（今南京龍脖子）如今已經拿下，鍾山全部被我軍佔據，咱們就有了制高點。常勝軍的火炮在高處可以打出十幾里去，這樣我軍就有了火力優勢，我雖然不敢說讓長毛們上不了城牆，但是起碼也能壓制住長毛的火炮。讓他們不能用火炮干擾我軍的挖地道工程！」
左宗棠聞言，腦中靈光一閃，開口說道：「龍脖子和城牆相隔不過兩里多，兩面高度差不多，咱們可以派大軍擔土填溝壑！讓龍脖子山脈和城牆連接在一起，那樣咱們大軍就可以從地保城直接開向金陵城牆！」
「好！好！好！」曾國藩聞言，喜笑顏開，高聲說道，「咱們同心協力，長毛必敗無疑！」
眾將也跟著附和道：「對，長毛必敗無疑！」
從第二天開始，湘軍就開始在天京城外三四里遠的地方開始挖地道。參與挖掘的人數超過萬人，總共開挖了數條地道，分別在朝陽門、金川門、太平門和神策門外，每條地道距離地面的深度約有五六米，寬四五米，根據工程速度估計，只需一個月，就能挖到天京城下。
到時候，四座城門之下，就會被挖空。然後湘軍再在地道之中填充以千萬噸的火藥！這麼多的火藥一點火爆炸，威力絕對不遜於後世的導彈！上面無論有什麼建築物，肯定都會在瞬間塌陷！
這邊在日夜不停工的挖地道，李明峰則帶兵在地保城上炮轟天京城，給城內守軍以火力壓制。
馮子材、馬新貽和湘軍、楚軍、袁家軍則從遠處挖土，運來龍脖子山脈之下。但是連干兩日，眾人才發現這個工程的艱巨。
龍脖子和城牆之間雖然相距只有兩里多，但是卻不要小看這兩里多的地方，要是全靠泥土將這片地方生生拔高二三十米，那是何其之難？尤其是現在幾乎沒有任何工具，全靠普通的馬車和小推車運土，雖然有近三十萬人在做這個工程，但是要想完工，起碼也要一年半載的時間。
這樣的話，那就和圍困的時間所差不多了。
發覺攻城量太大之後，眾人經過商討，對工程略加改動。從第三天起，曾國荃、曾國華帶領湘軍先在下面大量填塞蘆葦、蒿草，上面再覆蓋沙土。這麼一來，工程量大減。
看到清軍在外面採取各種戰術攻城，城內的長毛可是如坐針氈。尤其是天王洪秀全，他的人間天堂不但沒有建立，現在反倒面臨著崩潰，他如何不急？
天京城，天王府，金龍殿，榮光大殿。
此刻洪秀全正端坐在他的純金龍椅之上，滿面怒容的望著殿下跪著的幾員將領，大罵道：「都是廢物！清妖都殺到城下了，你們竟然一點辦法都沒有！」
「臣等無能！」眾將照例說著那沒營養的廢話。
下面跪著的這三個是目前太平天國最後的大將了，分別是負責城防的左軍主將——侍王李世賢，總管城內御林軍的幼贊王、春官正丞相、副總裁蒙時雍和，和循王、殿前檢點魏超成。
「怎麼辦，你們倒是說話啊！」洪秀全此刻氣的渾身發抖。
到了這種境地，眾人又能有什麼辦法？城外敵軍是城內的三倍以上，而且外面又沒有援軍，現在除了不肯正視戰局的人之外，幾乎都能能看出來，洪秀全一手建立的天國是完蛋了！
「天王！臣有話要說！」憋了半天，李世賢終於硬著頭皮說話了。
「說！」洪秀全認為李世賢有計謀破敵，不禁面色一緩。
「臣保舉家兄忠王李秀成掌握守城之權！」李世賢剛一提起李秀成的名字，洪秀全臉色就變了，但是李世賢卻不理會洪秀全的神色變化，繼續說道，「雖然臣知道天王對忠王還抱有疑慮，但是此刻，除了忠王之外，天國已無可用之將了！只有重新啟用忠王，天朝還有那麼一線生機！」
洪秀全聞言，臉上神色變了數次，他雖然狂妄自大，但是並不傻。現在天京的局勢他心中也有點數，雖然從他的角度來看，要比別人樂觀許多，但是太平天國處於劣勢之中卻是不爭的事實，洪秀全也不能否認。
這時，蒙時雍出來說道：「稟天王，臣認為侍王所言極是，一直以來，忠王都對天國忠心耿耿，其殺妖之多，為天朝之冠，從無二心。現在局勢危急，不如再度啟用忠王，讓他繼續為天王效忠！」