捻軍現在已經打散混入到了鄉村之中，李明峰會合了袁甲三和苗沛霖的大軍之後，在捻軍活動地帶進行了兩次大規模掃蕩。
最初張宗禹和龔得樹、侯仕維有些自不量力，把李明峰當成了李鴻章之流，三人也組織起了五萬大軍在淮安附近和清軍展開了大規模軍團戰。
李明峰只調用了劉銘傳、宋慶兩鎮兵馬就將其打的落花流水，潰不成軍。張宗禹、龔得樹、侯仕維看到形勢不妙，連忙撤退。但是在撤退的過程中，又遭到了袁甲三、苗沛霖的追擊堵截，五萬大軍被打的七零八落，死傷至少兩萬人。
這一戰之後，捻子徹底放棄了正面作戰，完全深入民間，展開游擊戰。
戰役過後，所有城池都被捻子放棄，清軍可以直接進駐蘇北。從明面上看，除了幾個賊首沒有被捕，捻子已經近乎於徹底覆滅了，於是朝廷又對參戰軍隊封賞了一番。李明峰以前所受封賞太高，這次只得了一盤朝珠，以示恩榮。
當然，老李對這一盤價值幾百兩銀子的朝珠沒有任何好感，直接放到庫裡鎖了起來。
李明峰、袁甲三、苗沛霖看到捻子撤走，都趁機搶佔地盤，山東南部，袞州、臨沂，和蘇北的宿遷、海州等大片土地為李明峰的常勝軍所佔據。處於四省交界處的徐州地區被苗沛霖搶到，袁甲三所獲最小，僅搶到幾個縣城。
果然不出李明峰所料，捻子的游擊戰效果極其明顯。雖然常勝軍和袁家軍、苗家軍暫時佔據了城市，但是捻子在各地的不斷襲擾，讓清軍頭疼不已。
袁甲三、苗沛霖最初沒有意識到游擊戰的厲害，和往常一樣管理新獲取的城池。但是隨著時間的推移，他們才驚覺捻子竟然還能給他們帶來巨大的損傷。
現在正是秋季，收割的季節，苗沛霖、袁甲三都在垂涎當地豐收的糧食，所以派出部隊到各個村子去收繳稅糧。但是村子何其多？捻子活動地區至少有數千所村莊，所以也要派出大量的收糧隊，每支收繳稅糧的軍隊多則百十人，少則數人。
這樣一來，就給了捻子偷襲的機會。每股捻子或者數百，或者上千，通過當地老百姓傳遞的情報，總能埋伏到正要去收繳稅糧的清軍，或者剛剛收繳完稅糧的清軍。
得到遇襲情報之後，袁甲三和苗沛霖總要派大軍前去支援，但是大軍抵達戰場之後，卻發現留下的只有清軍的屍體，捻子早就逃的無影無蹤了。即便是在附近鄉村打聽，也沒有一點頭緒。
只不到半個月時間，袁、苗兩軍就遇襲上百次，死亡數千人。
不單如此，有時候捻子還會聚集起大規模部隊，攻擊兵力較少的縣城。攻陷之後，只是搶掠屠殺一番，然後就揚長而去，絕不和清軍主力對抗。這樣一來，袁甲三和苗沛霖都被打的焦頭爛額，損失也是極大。
袁、苗二人甚至想要讓出城池，不和捻子再這麼糾纏下去。
幸虧李明峰早就料到了這種作戰方式的威力，佔領各大城池之後，老李嚴令常勝軍士兵出城必須至少百人同行，而且免除當地百姓當年的稅糧，這樣就讓常勝軍避免了陷入人民戰爭的泥潭。
別人不去管，老李單單在自己的轄地開始了籌劃已久的清鄉運動。
李明峰先任命常勝軍的中層將領擔任臨沂知府、海州（今江蘇連雲港）知州、袞州（今山東菏澤、棗莊）知州等職，州府下面的縣令也全部是常勝軍將領擔任，然後又設立清鄉保甲制度。
以戶為單位，每戶人家設一戶長；十戶為甲，設一甲長；十甲為保，設一保長。各保就該管區域內原有鄉鎮界址編定，或併合數鄉鎮為一保，但不得分割本鄉鎮一部編入他鄉鎮之保。
大鄉鎮假如有好幾個保，則設保長聯合辦公處，由保長互推一人為主任。戶長基本由家長充任，保甲長名義上由保甲內各戶長、甲長公推，但縣令查明不能「勝任」，或認為有更換必要時，可以命令原公推人另行改推。
戶長鬚一律簽名加盟於保甲規約，並聯合甲內戶長共具聯保連坐切結，聲明如有「為捻、通捻、縱捻」情事，聯保各戶，實行連坐。甲長受保長指揮監督，負責維持保甲內安寧秩序。聯保主任受縣令指揮監督，負維持各保安寧秩序總責，但各保應辦事務仍由各該保長負責。
其實保長、甲長的工作很簡單，就是檢查所轄之地是否有捻子罷了。一旦發現，必須立刻上報，否則十戶人家實行連坐，全部受刑，輕則蹲大牢、發配，重則掉腦袋。
而且保甲長必須每日都檢查自己的轄地是否有外人進入，一旦發現陌生人，必須上報縣令，否則以通捻論處。
蘇北魯南地區共有二十幾個縣，縣令都是常勝軍中出來的中低層將領，一般都是連長、營長級別的將領，麾下統領著數百常勝軍。一旦接到當地群眾舉報，這些縣令就會分析局勢，假如敵人不多，則立刻帶領自己麾下的士兵前去剿滅；如果是大股的捻子，則需要上報駐紮在臨沂的常勝軍總部，讓總部派更多的部隊年前剿滅。
這個政策實行兩個月，常勝軍共小規模出動四十餘次，大規模兩次，剿滅捻子上萬人，給捻子造成了重大損失。
當然，也有一部分村鎮頑固不化，暗中保護捻子。但是敵人從來都不是鐵板一塊，在高額懸賞之下，當地很多百姓都給常勝軍偷送情報。遇到這種情況，老李從不手軟，到當地直接將除舉報人以外的村民全部屠戮一空。
常勝軍連續屠殺了四五個村子，震懾了暴民，血淋淋的先例讓蘇北人民恭順不少，捻子的生存環境越來越惡劣了。
無論是出於自保的需求，還是為了讓親屬免遭連累，捻軍都不能再在常勝軍的地盤上戰鬥下去了。
當年冬季，捻軍開始往袁甲三、苗沛霖控制的地區遷移。這樣一來，袁、苗的壓力又增大了許多。
連番吃癟之後，袁甲三和苗沛霖終於注意到了常勝軍的領地竟然幾乎沒有任何反抗行為，兩人驚訝非常，連忙派人去打探。
自從實行了保甲連坐制度，常勝軍領地就是鐵板一塊。任何一個陌生人到了當地，都會有人報給保長，然後再報給縣令。袁甲三和苗沛霖派的上百個探子，除了幾個機靈的跑的快，其餘的全部被俘。
李明峰問明情況，也不怪罪，將這些探子又放了回去，並且告知了自己所實行的政策。
袁甲三和苗沛霖得知李明峰實行的「保甲連坐，三光政策」這麼有效，也立刻跟著倣傚起來。一時之間，捻軍的生存岌岌可危，就連張宗禹、龔得樹、侯仕維等捻軍大佬也多次遇險。
困獸猶鬥！形勢既然如此險惡，捻軍空前的團結了起來。黃旗、白旗和紅旗，捻軍剩下的三大旗聚集全部兵力八萬人，猛攻淮北宿州。捻軍準備打破宿州，然後渡淮河南下，去和太平軍匯合。
宿州是苗沛霖的地盤，捻子打宿州，他最著急，連忙帶領大軍前去解救，並且發文向李明峰、袁甲三和福濟三人求救。
不過，老李和袁胖子、福大巡撫三個人都不是什麼善男信女，苗沛霖遇險，他們可沒人想去幫忙。
對於袁甲三來講，淮北緊靠著河南，苗沛霖勢力越小，河南受到的威脅也越弱。福濟就更不用提了，朝廷巴不得苗沛霖和捻子互相拚個你死我活呢，他又怎麼會出兵相救呢？
老李也是報的這個心思，別人越弱越好，自己越強越好！
三個人在接到苗沛霖的求援信之後，都無一例的回信安撫他。聲稱其所遇不過是小股捻軍罷了，不要驚慌。並且三個人都保證，馬上就會派遣援軍，但是直到捻子圍攻宿州一個月後，三軍都沒有任何動靜，於是苗沛霖就陷入了孤軍苦戰之中。
苗沛霖苦守宿州，和捻子大戰六次，不分勝負，雙方都損失慘重。後來苗沛霖才醒悟過來，何必要和捻子死磕？
捻子所求不過是要渡淮河，南下罷了，要渡淮河，不經過李明峰的領地，就要經過他苗沛霖的領地。捻子欺軟怕硬，不敢招惹李明峰，決定從苗沛霖這渡河，所以才猛攻宿州。
既然捻子是借路逃命，苗沛霖又何苦來的和他們玩命？
想明白事情經過，苗沛霖發文給捻軍，聲明要罷兵三天，然後將宿州讓給他們。捻軍最近也損失巨大，既然苗沛霖肯讓一步，捻子也樂得和和氣氣的解決這件事情。
雙方商議完畢之後，苗家軍帶著各種金銀財寶和物資離開宿州，將這座淮河上的重鎮讓給了捻子。至於城裡的老百姓是否會遭到搶掠，那就不是他苗沛霖在意的事情了。
又過數日，捻子進城，將宿州屠戮一空。城中十幾萬人成了刀下之鬼，數不盡的女子遭到姦污，整座城池成了人間地獄。
發洩了多次戰敗的苦悶之後，捻子一把火燒了這座城池，然後才渡河南下，抵達皖中。