小亞細亞西北部的尼西亞希臘人帝國和巴爾幹半島的希臘人和斯拉夫人的東正教國家，避開了1237－1240年席捲俄羅斯和1243年淹沒塞爾柱拉姆蘇丹國的蒙古浪潮。在巴爾幹半島只有保加利亞遭到劫掠。但到1556年東正教世界這兩翼的命運卻發生了逆轉。1556年奧斯曼人成了南方的東正教各民族（包括14世紀建立瓦拉幾亞和摩爾多瓦公國的羅馬尼亞人）的主人。另一方面，到1556年俄羅斯的東北部分擺脫了金帳汗國的霸權；莫斯科的統治者成了弗拉基米爾的大公，吞併了東俄羅斯的所有公國。1547年他獲得了沙皇的頭銜；並且征服了兩個僅存的繼承金帳汗國的國家喀山（1552年）和阿斯特拉罕（1556年）。
1240年，尼西亞帝國正在興起，它於1235年在歐洲贏得了一個灘頭陣地，1259年它在馬其頓的佩拉戈尼亞擊敗了由一個對立的希臘人國家與兩個法蘭克人王國結成的同盟。這個希臘人國家是東羅馬帝國在希臘西北部領土的繼承者，而這兩個法蘭克人國家則是法國人的摩裡亞公國和霍亨斯陶芬王朝治下的兩西西里王國。此後，尼西亞的希臘人於1261年從最後一位法國人皇帝之手奪取了君士坦丁堡。但是，這些巨大勝利的結果卻是虎頭蛇尾的。1288－1299年，塞爾維亞征服了尼西亞希臘人帝國在1246年奪取的馬其頓地區的北半部。1345年塞爾維亞王公斯蒂芬·杜香佔領了塞雷斯；1346年他加冕為「塞爾維亞人和羅馬人皇帝」。到這一時期，位於塞薩洛尼基界外的整個馬其頓都落入了希臘人之手。尼西亞希臘人於1261年重新征服君士坦丁堡的代價，是將亞洲領土丟給了土庫曼部落，而奧斯曼人就是其中距離最近、威脅最大的一支。到1346年，復興的東羅馬帝國已注定要滅亡。剩下的問題只是由塞爾維亞人還是由奧斯曼人成為它的繼承者。
東羅馬帝國的衰落並沒有削弱拜占庭藝術和拜占庭宗教事業的生命力。14世紀初，伊斯坦布爾的霍拉教堂中的鑲嵌畫並不比同時代佛羅倫薩藝術家喬托的繪畫遜色。與此同時。希臘聖山上出現了東正教神秘主義的復興，神秘主義者通過默禱尋求與神性的合一（自亞歷山大的聖西大納西開始的這種合一，一直是虔誠的東正教徒所宣稱的目標）。在14世紀，追求這種神秘主義合一的方法是印度式的形體瑜伽。它在神學上的正統性遭到了西方基督教神學家和部分東正教神學家的懷疑。但在1351年，靜修在一次東正教會會議上被宣佈為正統。政治和神學是互相牽連的。1351年東正教的這次聲明是對西方基督教攻擊靜修的回擊，同時也是教皇約翰六世坎塔庫澤努斯在1341－1347年東羅馬內戰中獲勝的結果。
這次內戰使復興的東羅馬帝國最終滅亡。與戰爭相伴而來的是一場社會革命和神學爭論。帝國在帕裡奧洛吉王朝的長期統治期間（1259－1453年），農村大莊園的不斷擴大和農民處境的日益惡化都達到了令人難以忍受的程度。約翰六世站在大地主一邊，引起了農民激烈的反抗。革命者（「狂熱派」）在從1342年到1350年的大部分時間中一直佔據著塞薩洛尼基。這一期間，大地主在帝國的殘餘領土上遭到了野蠻的報復。
希臘人在14世紀關於靜修的爭論中所表現的反西方的感情，早在第一次十字軍東征時期就很明顯。1204年西方基督教徒攻陷君士坦丁堡，及意大利沿海的共和國不斷奪取希臘人領海內的國內貿易，進一步加深了這種反西方的感情。邁克爾八世帕裡奧洛加斯，即那位重新征服君士坦丁堡的尼西亞皇帝，認識到如果沒有西方基督教的友好親善和軍事支持，他們恢復的東羅馬帝國就不可能生存下去；為此需要花費的代價是東正教會承認羅馬教廷在教會事務中的至上地位。邁馬爾八世本人在1274年承認了教皇的至上地位，約翰五世在1369年、約翰八世在1439年的佛羅倫薩會議上也都這樣做了；1453年，東羅馬的最後一位皇帝君士坦丁十一世在與羅馬教會的宗教感情交流中去世。
1439年在佛羅倫薩皇帝與東正教教會代表團的絕大多數成員（只有一人除外）簽署了合併條例。但這次也和前幾次一樣，廣大的東正教僧俗群眾卻反對根據羅馬的條件進行合併。在1361年奧斯曼人佔領阿德裡安堡之後，君士坦丁堡已經與外世隔絕，只剩下經過達達尼爾海峽的海上通道，而在陸路上一直處在封鎖之下。從此以後，所有的希臘人都清楚地看到，如果他們得不到西方基督教徒根據西方條件的救助，最後一批政治上獨立的希臘人飛地勢必要落到奧斯曼人之手。希臘人有意讓自己處在奧斯曼的政治統治之下，因為他們感到與教皇的教會統治和熱亞那與威尼斯的商業統治相比，這還是較輕的禍害。
受《古蘭經》約束，穆斯林政府有義務要允許服從的基督教臣民信奉自己的宗教。而西方基督教國家，除了威尼斯例外，都很難令人相信它們不強迫它們的東正教臣民承認教皇的至上地位。尚沒有落入西方統治下的希臘人，不願意為逃避穆斯林的統治付出這樣的代價；而且，即使他們接受西方的條件，他們也懷疑西方基督教徒向他們提供軍事援助的可能性。總而言之，希臘人感到憤憤不平：在希臘人的眼中，西方人不僅在文化上低希臘人一等，而且也是教派林立紛爭不斷，但他們現在卻在財富和權力兩方面都遠遠超過了希臘人。
1439年佛羅倫薩合併條例的簽署人之一，是俄羅斯東正教會的大主教伊西多爾。他得到了獎賞，被選為羅馬的樞機主教。俄羅斯大主教仍然是君士坦丁堡主教的下級，伊西多爾本人則是希臘人。俄羅斯的主教們否決和拋棄了伊西多爾，1448年他們選舉了一位土生土長的俄羅斯人擔任主教。這次選舉並沒有得到君士坦丁堡主教的同意，是由莫斯科的弗拉基米爾大公與立陶宛大公及其在西俄羅斯的下屬基輔王公共同發起的。但是俄羅斯的教士階層並不反對君士坦丁堡主教凌駕於俄羅斯東正教會主教之上的權力，所以至少在名義上，整個俄羅斯仍然處在主教教會的管轄之下，儘管各個本地的俄羅斯公國的政治地位差別很大。
莫斯科公園是在1328年以為金帳汗國服役而興起的。莫斯科以金帳汗的名義懲罰了1327年反叛金帳汗的特維爾公國。1332年莫斯科王公伊凡·卡利塔受到其蒙古主人的獎賞，擔任弗拉基米爾大公。他繼續留在自己的城市莫斯科，因而，俄羅斯東正教會主教也將莫斯科作為主教所在地。金帳汗國利用莫斯科公國作為劊子手來對付其他俄羅斯公國固然對金帳汗國很方便，但也很短見。莫斯科逐漸一個接一個地吞併了處在金帳汗國宗主權之下的其他俄羅斯公國。與尚未處在莫斯科統治之下的其他俄羅斯公園的政權截然不同，莫斯科政權是專制的。
西北部的兩個俄羅斯人國家普斯科夫和商業城邦諾夫哥羅德仍然保持著獨立。諾夫哥羅德是北德漢薩同盟的成員，控制了從挪威東部邊緣到鄂畢河口的北冰洋沿岸的大片領土。1478年莫斯科吞併了諾夫哥羅德，1510年吞併了普斯科夫，這使得莫斯科公園的面積、財富和權力增加了一倍。
在15世紀，莫斯科實際上是因金帳汗國的解體而獲得了自由。大約在15世紀中葉，金帳汗國分裂成為4個小國：喀山、克裡米亞、阿斯特拉罕和卡西莫夫，卡西莫夫建立於1452年，是莫斯科的附庸國。克裡米亞的韃靼人在1475年接受了奧斯曼的宗主權，他們在1502年消滅了金帳汗國的最後殘餘。於是，莫斯科最終吞併喀山（1552年）和阿斯特拉罕（1556年）便是不可避免的了。
1386年立陶宛的異教王公亞蓋沃當選為波蘭國王，同時也從異教改宗為羅馬王主教，這一事件為俄羅斯人帶來了一個問題。自1237——1240年蒙古人闖入以來，立陶宛人已經乘俄羅斯退卻之機將立陶宛的宗主權強加給西俄羅斯諸公國，只有1352年被波蘭吞併的加利西亞是個例外。立陶宛人讓西俄羅斯的王公保持自治，不干預其臣民的東正教。立陶宛人將其政府所在地定在白俄羅斯的東正教城市維爾納。因此，異教的立陶宛政權並不令西俄羅斯人反感，它成了避免遭受金帳汗國統治這一更大禍害的保障。但這一形勢後來卻惡化了；1386年西俄羅斯人的立陶宛宗主變成了一個羅馬天主教徒和波蘭國王；1404年立陶宛佔領了斯摩稜斯克，擴大了它在俄羅斯的領地。但處在立陶宛和波蘭統治下的俄羅斯公國中的貴族，卻感激他們在這一政權下享有的特許權，因為如果淪於自己的同胞莫斯科俄羅斯人的統治之下，即完全不同的專制就會被強加到他們頭上。
因此，在1556年莫斯科的俄羅斯沙皇尚未成為西俄羅斯的主人；但它已具有很大的權勢，並且打開了向東擴張的大門。與此相反，同一時期的希臘人在政治上卻處於逆境。君士坦丁堡在1453年落入奧斯曼人之手。在奧斯曼帝國於1461年吞併特拉布松帝國之後，希臘人殘存的全部領土都處在奧斯曼或西方基督教的統治之下。但是，奧斯曼的統治強加給希臘人，也使希臘人在教會事務和經濟方面得到了好處。
奧斯曼蘇丹穆罕默德二世把自己的非穆斯林臣民——東正教徒、格魯吉亞人和猶太人組織成自治的社團（米勒特），每一社團都由一位宗教事務上的頭面人物領導，他是奧斯曼的臣民，在奧斯曼帝國政府面前為自己的宗教同伴的行為負責。每一個社團首領的管轄範圍，都不超出奧斯曼帝國本身的疆界。君士坦丁堡主教依據職權也就是全部奧斯曼東正教徒米勒特（拉姆米勒特）的首領；結果，在1516－1517年奧斯曼征服馬木路克帝國之後，作為奧斯曼－米勒特首領的君士坦丁堡主教，不僅成了他自己教區臣民的民政首腦，而且也成為他的同事安條克、耶路撒冷和亞歷山大的東正教主教教區臣民的民政首腦。君士坦丁堡主教還管轄居住在東格魯吉亞、阿蘭和俄羅斯的非奧斯曼的教區臣民。君士坦丁堡主教教區領地的俄羅斯部分非常廣闊，並且還在繼續擴展。而且，政治上分裂的俄羅斯人唯一的統一紐帶就是他們作為君士坦丁堡主教教區臣民對東正教會的共同忠誠。因此，在1556年君士坦丁堡主教和莫斯科的沙皇同樣是東正教世界的強有力人物，儘管主教本人是穆斯林統治者的政治臣民。與此同時，希臘人與北意大利人的經濟競爭已發生了有利於希臘人的轉變。從10世紀末到15世紀初，意大利人不斷削弱希臘人的勢力，經濟上在黎凡特地區一直佔優勢地位。但是奧斯曼吞併熱那亞人在君士坦丁堡北郊皮拉的殖民地（1453年），1463－1479年土耳其－威尼斯戰爭（一連串戰爭中的第一次）以及克裡米亞戰爭（1475年）使意大利人在經濟和政治上都遭到損失。儘管有來自西班牙的猶太難民的競爭，但勝利者仍然是奧斯曼的希臘人。新興的奧斯曼希臘人富商正好與君士坦丁堡主教及其機構配成了一對。雖然希臘人的這兩支力量的地位都岌岌可危，但結合在一起卻行使著相當可觀的權力。
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