對自然選擇學說的異議的複述——支持自然選擇學說的一般的和特殊的情況的複述——一般相信物種不變的原因——自然選擇學說可以引伸到什麼程度——自然選擇學說的採用對於博物學研究的影響——結束語。
因為全書是一篇綿長的爭論，所以把主要的事實和推論簡略地複述一遍，可能給予讀者一些方便。
我不否認，有許多嚴重的異議可以提出來反對伴隨著變異的生物由來學說，這一學說是以變異和自然選擇為依據的。我曾努力使這些異議充分發揮它們的力量，比較複雜的器官和本能的完善化並不依靠超越於、甚至類似於人類理性的方法，而是依靠對於個體有利的無數輕微變異的累積，最初看來，沒有什麼比這更難使人相信的了。儘管如此，雖然在我們的想像中這好像是一個不可克服的大難點，可是如果我們承認下述的命題，這就不是一個真實的難點，這些命題是：體制的一切部分和本能至少呈現個體差異——生存鬥爭導致構造上或本能上有利偏差的保存——最後，在每一器官的完善化的狀態中有諸級存在，每一級對於它的種類都是有利的。這些命題的正確性，我想，是無可爭辯的。
毫無疑問，甚至猜想一下許多器官是通過什麼樣的中間級進而成善化了的，也有極端困難，特別對於已經大量絕滅了的、不連續的、衰敗的生物群來說，更加如此；但是我們看到自然界裡有那麼多奇異的級進，所以當我們說任何器官或本能，或者整個構造不能通過許多級進的步驟而達到現在的狀態時，應該極端的謹慎。必須承認，有特別困難的事例來反對自然選擇學說，其中最奇妙的一個就是同一蟻群中有兩三種工蟻即不育雌蟻的明確等級；但是，我已經試圖闡明這些難點是怎樣得到克服的。
物種在第一次雜交中的幾乎普遍的不育性，與變種在雜交中的幾乎普遍的能育性，形成極其明顯的對比，關於這一點我必須請讀者參閱第九章末所提出的事實的複述，這些事實，依我看來，決定性地示明瞭這種不育性不是特殊的秉賦，有如兩個不同物種的樹木不能嫁接在一起決不是特殊的秉賦一樣；而只是基於雜交物種的生殖系統的差異所發生的偶然事情。我們在使同樣兩個物種進行互交——即一個物種先用作父本，後用作母本——的結果中所得到的大量差異裡，看到上述結論的正確性。從二型和三型的植物的研究加以類推，也可以清楚地導致相同的結論，因為當諸類型非法地結合時，它們便產生少數種籽或不產生種籽，它們的後代也多少是不育的；而這些類型無疑是同一物種，彼此只在生殖器官和生殖機能上有所差異而已。
變種雜交的能育性及其混種後代的能育性雖然被如此眾多的作者們確認是普遍的，但是自從高度權威該特納和科爾路特舉出若幹事實以後，這就不能被認為是十分正確的了。被試驗過的變種大多數是在家養狀況下產生的；而且因為家養狀況（我不是單指圈養而言）幾乎一定有消除不育性的傾向，根據類推，這種不育性在親種的雜交中會有影響；所以我們就不應該希望家養狀況同樣會在它們的變異了的後代雜交中誘起不育性。不育性的這種消除顯然有從容許我們的家畜在各種不同環境中自由生育的同一原因而來的；而這又顯然是從它們已經逐漸適應於生活條件的經常變化而來的。
有兩類平行的事實似乎對於物種第一次雜交的不育性及其雜種後代的不育性提出許多說明。一方面，有很好的理由可以相信，生活條件的輕微變化會給予一切生物以活力和能育性。我們又知道同一變種的不同個體的雜交以及不同變種的雜交會增加它們後代的數目，並且一定會增加它們的大小和活力。這主要由於進行雜交的類型曾經暴露在多少不同的生活條件下；因為我曾經根據一系列辛勞的實驗確定了，如果同一變種的一切個體在若干世代中都處於相同的條件下，那麼從雜交而來的好處常常會大事減少或完全消失。這是事實的一面。另一方面，我們知道曾經長期暴露在近乎一致條件下的物種，當在大不相同的新條件之下圈養時，它們或者死亡，或者活著，即使保持完全的健康，也要變成不育的了。對長期暴露在變化不定的條件下的家養生物來說，這種情形並不發生，或者只以輕微的程度發生。因此，當我們看到兩個不同物種雜交，由於受孕後不久或在很早的年齡死亡，而所產生的雜種數目稀少時，或者雖然活著而它們多少變得不育時，這種結果極可能是因為這些雜種似乎把兩種不同的體制融合在一起，事實上已經遭受到生活條件中的巨大變化。誰能夠以明確的方式來解釋，比方說，像或狐狸在它的故鄉受到圈養時為什麼不生育，而家豬或豬在最不相同的條件下為什麼還能大量地生育，於是他就能夠對以下問題作出確切的答案，即兩個不同的物種當雜交時以及它們的雜種後代為什麼一般都是多少不育的，而兩個家養的變種當雜交時以及它們的混種後代為什麼都是完全能育的。
就地理的分佈而言，伴隨著變異的生物由來學說所遭遇的難點是極其嚴重的。同一物種的一切個體、同一屬或甚至更高級的群的一切物種都是從共同的祖先傳下來的；因此，它們現在不管在地球上怎樣遙遠的和隔離的地點被發現，它們一定是在連續世代的過程中從某一地點遷徙到一切其他地點的。這是怎樣發生的，甚至往往連猜測也完全不可能。然而，我們既然有理由相信，某些物種曾經在極長的時間保持同一物種的類型（這時期如以年代來計算是極其長久的），所以不應過分強調同一物種的偶然的廣泛散佈；為什麼這樣說呢，因為在很長久的時期裡總有良好的機會通過許多方法來進行廣泛遷徙的。不連續或中斷的分佈常常可以由物種在中間地帶的絕滅來解釋。不能否認，我們對於在現代時期內曾經影響地球的各種氣候變化和地理變化的全部範圍還是很無知的；而這些變化則往往有利於遷徙。作為一個例證，我曾經企圖示明冰期對於同一物種和近似物種在地球上的分佈的影響曾是如何的有效。我們對於許多偶然的輸送方法還是深刻無知的。至於生活在遙遠而隔離的地區的同屬的不同物種，因為變異的過程必然是緩慢地進行的，所以遷徒的一切方法在很長的時期裡便成為可能；結果同屬的物種的廣泛散佈的難點就在某種程度上減小了。
按照自然選擇學說，一定有無數的中間類型曾經存在過，這些中間類型以微細的級進把每一群中的一切物種聯結在一起，這些微細的級進就像現存變種那樣，因此我們可以問：為什麼我們沒有在我們的周圍看到這些聯結的類型呢？為什麼一切生物並沒有混雜成不能分解的混亂狀態呢？關於現存的類型，我們應該記住我們沒有權利去希望（除了稀少的例子以外）在它們之間發現直接聯結的連鎖，我們只能在各個現存類型和某一絕滅的、被排擠掉的類型之間發現這種連鎖。如果一個廣闊的地區在一個長久時期內曾經保持了連續的狀態，並且它的氣候和其他生活條件從被某一個物種所佔有的區域逐漸不知不覺地變化到為一個密切近似物種所佔有的區域，即使在這樣的地區內，我們也沒有正當的權利去希望在中間地帶常常找到中間變種。因為我們有理由相信，每一屬中只有少數物種曾經發生變化；其他物種則完全絕滅，而沒有留下變異了的後代。在的確發生變化的物種中，只有少數在同一地區內同時發生變化；而且一切變異都是逐漸完成的。我還闡明，起初在中間地帶存在的中間變種大概會容易地被任何方面的近似類型所排擠；因為後者由於生存的數目較大，比起生存數目較少的中間變種一般能以較快的速率發生變化和改進；結果中間變種最後就要被排擠掉和消滅掉。
世界上現存生物和絕滅生物之間以及各個連續時期內絕滅物種和更加古老物種之間，都有無數連結的連鎖已經絕滅。按照這一學說來看，為什麼在每一地質層中沒有填滿這等連鎖類型呢？為什麼化石遺物的每一次採集沒有為生物類型的逐級過渡和變化提供明顯的證據呢？雖然地質學說的研究毫無疑問地揭露了以前曾經存在的許多連鎖，把無數的生物類型更加緊密地連結在一起，但是它所提供的過去物種和現存物種之間的無限多的微細級進並不能滿足這一學說的要求；這是反對這一學說的許多異議中的最明顯的異議。還有，為什麼整群的近似物種好像是突然出現在連續的地質諸階段之中呢？（雖然這常常是一種假象。）雖然我們現在知道，生物早在寒武紀最下層沉積以前的一個無可計算的極古時期就在這個地球上出現了，但是為什麼我們在這個系統之下沒有發見巨大的地層含有寒武紀化石的祖先遺骸呢？因為，按照這個學說，這樣的地層一定在世界歷史上的這等古老的和完全未知的時代裡，已經沉積於某處了。
我只能根據地質紀錄比大多數地質學家所相信的更加不完全這一假設來回答上述的問題和異議。一切博物館內的標本數目與肯定曾經生存過的無數物種的無數世代比較起來，是絕不足道的。任何兩個或更多物種的親類型不會在它的一切性狀上都直接地介於它的變異了的後代之間，正如巖鴿在嗉囊和尾方面不直接介於它的後代突胸鴿和扇尾鴿之間一樣。如果我們研究兩種生物，即使是這研究是周密進行的，除非我們得到大多數的中間連鎖，我們就不能辨識一個物種是否是另一變異了的物種的祖先；而且由於地質紀錄的不完全，我們也沒有正當的權利去希望找到這麼許多連鎖。如果有兩三個或者甚至更多的連結的類型被發現，它們就會被許多博物學者簡單地列為那樣多的新物種，如果它們是在不同地質亞層中找到的，不管它們的差異如何輕微，就尤其如此。可以舉出無數現存的可疑類型，大概都是變種；但是誰敢說將來會發現如此眾多的化石連鎖，以致博物學者能夠決定這些可疑的類型是否應該叫做變種？只有世界的一小部分曾經作過地質勘探。只有某些綱的生物才能在化石狀態中至少以任何大量的數目被保存下來。許多物種一旦形成以後如果永不再進行任何變化，就會絕滅而不留下變異了的後代；而且物種進行變化的時期，雖然以年來計算是長久的，但與物種保持同一類型的時期比較起來，大概還是短的。佔優勢的和分佈廣的物種，最常變異，並且變異最多，變種起初又常是地方性的——由於這兩個原因，要在任何一個地層裡發現中間連鎖就比較不容易。地方變種不等到經過相當的變異和改進之後，是不會分佈到其他遙遠地區的；當它們散佈開了，並且在一個地層中被發現的時候，它們看來好像是在那裡被突然創造出來似的，於是就被簡單地列為新的物種。大多數地層在沉積中是斷斷續續的；它們延續的時間大概比物種類型的平均延續時間較短。在大多數情形下，連續的地質層都被長久的空白間隔時間所分開；因為含有化石的地質層，其厚度足以抵抗未來的陵蝕作用，按照一般規律，這樣的地質層只能在海底下降而有大量沉積物沉積的地方，才能得到堆積。在水平面上升和靜止的交替時期，一般是沒有地質紀錄的。在後面這樣的時期中，生物類型大概會有更多的變異性；在下降的時期中，大概有更多的絕滅。
關於寒武紀地質層以下缺乏富含化石的地層一點，我只能回到第十章所提出的假說；即，我們的大陸和海洋在長久時期內雖然保持了幾乎像現在那樣的相對位置，但是我們沒有理由去假設永遠都是這樣的；所以比現在已知的任何地質層更古老得多的地質層可能還埋藏在大洋之下。有人說自從我們這個行星凝固以來所經歷的時間，並不足以使生物完成所設想的變化量，這一異議，正如湯普森爵士所極力主張的，大概是曾經提出來的最嚴重異議之一，關於這一點我只能說：第一，如用年來計算，我們不知道物種以何種速率發生變化，第二，許多哲學家還不願意承認，我們對於宇宙的和地球內部的構成已有足夠的知識，可以用來穩妥地推測地球過去的時間長度。
大家都承認地質紀錄是不完全的；但是很少人肯承認它的不完全已到了我們學說所需要的那種程度。如果我們觀察到足夠悠久的長期的間隔時間，地質學說就明白地表明一切物種都變化了；而且它們以學說所要求的那種方式發生變化，因為它們都是緩慢地而且以逐漸的方式發生變化的。我們在連續地質層裡的化石遺骸中清楚地看到這種情形，這等地質層中化石遺骸的彼此關係一定遠比相隔很遠的地質層中的化石遺骸更加密切。
以上就是可以正當提出來反對這個學說的幾種主要異議和難點的概要；我現在已經就我所知道的簡要地複述了我的回答和解釋。多年以來我曾感到這些難點是如此嚴重，以致不能懷疑它們的份量。但是值得特別注意的是，更加重要的異議與我們公認無知的那些問題有關；而且我們還不知道我們無知到什麼程度。我們還不知道在最簡單的和最完善的器官之間的一切可能的過渡級進；也不能假裝我們已經知道，在悠久歲月裡「分佈」的各種各樣的方法，或者地質紀錄是怎樣的不完全。儘管這幾種異議是嚴重的，但在我的判斷中它們決不足以推翻伴隨著後代變異的生物由來學說。
現在讓我們談談爭論的另一方面，在家養狀況下，我們看到由變化了的生活條件所引起的或者至少是所激起的大量變異性；但是它經常以這樣曖昧的方式發生，以致我們容易把變異認為是自發的，變異性受許多複雜的法則所支配——受相關生長、補償作用、器官的增強使用和不使用、以及周圍條件的一定作用所支配，確定我們的家養生物曾經發生過多少變化，困難很大；但是我們可以穩妥地推論，變異量是大的，而且變異能夠長久地遺傳下去。只要生活條件保持不變，我們就有理由相信，曾經遺傳過許多世代的變異可以繼續遺傳到幾乎無限的世代。另一方面，我們有證據說，一旦發生作用的變異性在家養狀況下便可在很久的時期內不會停止；我們還不知道它何時停止過，因為就是最古老的家養生物也會偶爾產生新變種。
變異性實際上不是由人引起的；他只是無意識地把生物放在新的生活條件之下，於是自然就對生物的體制發生作用，而引起它發生變異。但是人能夠選擇並且確實選擇了自然給予他的變異，從而把變異按照任何需要的方式累積起來。這樣，他便可以使動物和植物適應他自己的利益或愛好。他可以有計劃地這樣做，或者可以無意識地這樣做，這種無意識選擇的方法就是保存對他最有用或最合乎他的愛好的那些個體，但沒有改變品種的任何企圖。他肯定能夠藉著在每一連續世代中選擇那些除了有訓練的眼睛就不能辨識出來的極其微細的個體差異，來大大影響一個品種的性狀，這種無意識的選擇過程在形成最顯著的和最有用的家養品種中曾經起過重大的作用。人所產生的許多品種在很大程度上具有自然物種的狀況，這一事實已由許多品種在很大程度上具有自然物種的狀況，這一事實已由許多品種究是變種或本來是不同的物種這一難以解決的疑難問題所示明瞭。
沒有理由可以說在家養狀況下曾經如此有效地發生了作用的原理為什麼不能在自然狀況下發生作用，在不斷反覆發生的生存鬥爭中有利的個體或族得到生存，從這一點我們看到一種強有力的和經常發生作用的「選擇」的形式。一切生物都依照幾何級數高度地增加，這必然會引起生存鬥爭。這種高度的增加率可用計算來證明——許多動物和植物在連續的特殊季節中以及在新地區歸化時都會迅速增加，這一點就可證明高度的增加率。產生出來的個體比可能生存的多。天平上的些微之差便可決定哪些個體將生存，哪些個體將死亡——哪些變種或物種將增加數量，哪些將減少數量或最後絕滅。同一物種的個體彼此在各方面進行了最密切的競爭，因此它們之間的鬥爭一般最為劇烈；同一物種的變種之間的鬥爭幾乎也是同樣劇烈的，其次就是同屬的物種之間的鬥爭。另一方面，在自然系統上相距很遠的生物之間的鬥爭也常常是劇烈的。某些個體在任何年齡或任何季節比與其相競爭的個體只要佔有最輕微的優勢，或者對周圍物理條件具有任何輕微程度的較好適應，結果就會改變平衡。
對於雌雄異體的動物，在大多數情形下雄者之間為了佔有雌者，就會發生鬥爭。最強有力的雄者，或與生活條件鬥爭最成功的雄者，一般會留下最多的後代。但是成功往往取決於雄者具有特別武器，或者防禦手段，或者魅方；輕微的優勢就會導致勝利。
地質學清楚地表明，各個陸地都曾發生過巨大的物理變化，因此，我們可以預料生物在自然狀況下曾經發生變異，有如它們在家養狀況下曾經發生變異那樣。如果在自然狀況下有任何變異的話，那麼要說自然選擇不曾發生作用，那就是無法解釋的事實了。常常有人主張，變異量在自然狀況下是一種嚴格有限制的量，但是這個主張是不能證實的。人，雖然只是作用於外部性狀而且其結果是莫測的，卻能夠在短暫的時期內由累積家養生物的個體差異而產生巨大的結果；並且每一個人都承認物種呈現有個體差異。但是，除了個體差異外，一切博物學者都承認有自然變種存在，這些自然變種被認為有足夠的區別而值得在分類學著作中加以記載。沒有人曾經在個體差異和輕微變種之間，或者在特徵更加明確的變種和亞種之間，以及亞種和物種之間劃出任何明顯的區別。在分離的大陸上，在同一大陸上而被任何種類的障礙物分開的不同區域，以及在遙遠的島上，有大量的生物類型存在，有些有經驗的博物學者把它們列為變種，另一些博物學者竟把它們列為地理族或亞種，還有一些博物學者把它們列為不同的雖然是密切近似的物種！
那麼，如果動物和植物的確發生變異，不管其如何輕微或者緩慢；只要這等變異或個體差異在任何方面是有利的，為什麼不會通過自然選擇即最適者生存而被保存下來和累積起來呢？人既能耐心選擇對他有用的變異，為什麼在變化著的和複雜的生活條件下有利於自然生物的變異不會經常發生，並且被保存，即被選擇呢？對於這種在悠久年代中發生作用並嚴格檢查每一生物的整個體制、構造和習性——助長好的並排除壞的——的力量能夠加以限制嗎？對於這種緩慢地並美妙地使每一類型適應於最複雜的生活關係的力量，我無法看到有什麼限制，甚至如果我們不看得更遠，自然選擇學說似乎也是高度可信的。我已經盡可能公正地複述了對方提出的難點和異議：現在讓我們轉來談一談支持這個學說的特殊事實和論點罷。
物種只是特徵強烈顯著的、穩定的變種，而且每一物種首先作為變種而存在，根據這一觀點，我們便能理解，在普通假定由特殊創造行為產生出來的物種和公認為由第二性法則產生出來的變種之間，為什麼沒有一條界線可定。根據這同一觀點，我們還能理解在一個屬的許多物種曾經產生出來的而且現今仍為繁盛的地區，為什麼這些物種要呈現許多變種；因為在形成物種很活躍的地方，按照一般的規律，我們可以預料它還在進行；如果變種是初期的物種，情形就確是這樣。還有，大屬的物種如果提供較大數量的變種，即初期物種，那麼它們在某種程度上就會保持變種的性狀；因為它們之間的差異量比小屬的物種之間的差異量為小。大屬的密切近似物種顯然在分佈上要受到限制，並且它們在親緣關係上圍繞著其他物種聚成小群——這兩方面都和變種相似。根據每一物種都是獨立創造的觀點，這些關係就是奇特的，但是如果每一物種都是首先作為變種而存在的話，那麼這些關係便是可以理解的了。
各個物種都有按照幾何級數繁殖率而過度增加數量的傾向；而且各個物種的變異了的後代由於它們在習性上和構造上更加多樣化的程度，便能在自然組成中攫取許多大不相同的場所而增加它們的數量，因此自然選擇就經常傾向於保存任何一個物種的最分歧的後代。所以在長久連續的變異過程中，同一物種的諸變種所特有的輕微差異便趨於增大而成為同一屬的諸物種所特有的較大差異。新的、改進了的變種不可避免地要排除和消滅掉舊的、改進較少的和中間的變種；這樣，物種在很大程度上就成為確定的、界限分明的了。每一綱中屬於較大群的優勢物種有產生新的和優勢的類型的傾向；結果每一大群便傾向於變得更大、同時在性狀上更加分歧。但是所有的群不能都這樣繼續增大，因為這世界不能容納它們，所以比較佔優勢的類型就要打倒比較不佔優勢的類型。這種大群繼續增大以及性狀繼續分歧的傾向，加上不可避免的大量絕滅的事情，說明了一切生物類型都是按照群之下又有群來排列的，所有這些群都被包括在曾經自始至終佔有優勢的少數大綱之內。把一切生物都歸在所謂「自然系統」之下的這一偉大事實，如果根據特創說，是完全不能解釋的。
自然選擇僅能藉著輕微的、連續的、有利的變異的累積而發生作用，所以它不能產生巨大的或突然的變化；它只能按照短小的和緩慢的步驟而發生作用。因此，「自然界裡沒有飛躍」這一格言，已被每次新增加的知識所證實，根據這個學說，它就是可以理解的了。我們能夠理解，為什麼在整個自然界中可以用幾乎無限多樣的手段來達到同樣的一般目的，因為每一種特點，一旦獲得，就可以長久遺傳下去，並且已經在許多不同方面變異了的構造勢必適應同樣的一般目的。總之，我們能夠理解，為什麼自然界在變異上是浪費的，雖然在革新上是吝嗇的。但是如果每一物種都是獨立創造出來的話，那麼，為什麼這應當是自然界的一條法則，就沒有人能夠解釋了。
依我看來，根據這個學說，還有許多其他事實可以得到解釋。這是多麼奇怪：一種啄木鳥形態的鳥會在地面上捕食昆蟲；很少或永不游泳的高地的鵝具有蹼腳；一種像鴿的鳥潛水並吃水中的昆蟲；一種海燕具有適於海雀生活的習性和構造！還有無窮盡的其他例子也都是這樣的。但是根據以下的觀點，即各個物種都經常在力求增加數量，而且自然選擇總是在使每一物種的緩慢變異著的後代適應於自然界中未被佔據或佔據得不好的地方，那麼上述事實就不足為奇，甚至是可以料想到的了。
我們能夠在某種程度上理解整個自然界中怎麼會有這麼多的美；因為這大部分是由選擇作用所致。按照我們的感覺，美並不是普遍的，如果有人看見過某些毒蛇、某些魚、某些具有醜惡得像歪扭人臉那樣的蝙蝠，他們都會承認這一點。性選擇曾經把最燦爛的顏色、優美的樣式，和其他裝飾物給予雄者，有時也給予許多鳥類、蝴蝶和其他動物的兩性。關於鳥類，性選擇往往使雄者的鳴聲既可取悅於雌者，也可取悅於我們的聽覺。花和果實由於它的彩色與綠葉相襯顯得很鮮明，因此花就容易地被昆蟲看到、被訪問和傳粉，而且種籽也會被鳥類散佈開去。某些顏色、聲音和形狀怎樣會給予人類和低於人類的動物以快感，——即最簡單的美感在最初是怎樣獲得的，——我們並不知道，有如我們不知道某些味道和香氣最初怎樣變成為適意的一樣。
因為自然選擇由競爭而發生作用，它使各個地方的生物得到適應和改進，這只是對其同位者而言；所以任何一個地方的物種，雖然按照通常的觀點被假定是為了那個地區創造出來而特別適應那個地區的，卻被從其他地方移來的歸化生物所打倒和排擠掉，對此我們不必驚奇。自然界裡的一切設計，甚至像人類的眼睛，就我們所能判斷的來說，並不是絕對完全的；或者它們有些與我們的適應觀念不相容，對此也不必驚奇。蜜蜂的刺，當用來攻擊敵人時，會引起蜜蜂自己的死亡；雄蜂為了一次交配而被產生出那麼多，交配之後便被它們的不育的姊妹們殺死；樅樹花粉的可驚的浪費；後蜂對於它的能育的女兒們所具有的本能仇恨；姬蜂在毛蟲的活體內求食；以及其他這類的例子，也不足為奇。從自然選擇學說看來。奇怪的事情實際上倒是沒有發現更多的缺乏絕對完全化的例子。
支配產生變種的複雜而不甚理解的法則，就我們所能判斷的來說，與支配產生明確物種的法則是相同的。在這兩種場合裡，物理條件似乎產生了某種直接的和確定的效果，但這效果有多大，我們卻不能說。這樣，當變種進入任何新地點以後，它們有時便取得該地物種所固有的某些性狀。對於變種和物種，使用和不使用似乎產生了相當的效果；如果我們看到以下情形，就不可能反駁這一結論。例如，具有不能飛翔的翅膀的大頭鴨所處的條件幾乎與家鴨相同；穴居的櫛鼠有時是盲目的，某些鼴鼠通常是盲目的，而且眼睛上被皮膚遮蓋著；棲息在美洲和歐洲暗洞裡的許多動物是盲目的。對於變種和物種，相關變異似乎發生了重要作用，因此，當某一部分發生變異時，其他部分也必然要發生變異。對於變種和物種，長久亡失的性狀有時會在變種和物種中復現。馬屬的若干物種以及它們的雜種偶爾會在肩上和腿上出現條紋，根據特創說，這一事實將如何解釋呢！如果我們相信這些物種都是從具有條紋的祖先傳下的，就像鴿的若干家養品種都是從具有條紋的藍色巖鴿傳下來的那樣，那麼上述事實的解釋將是如何簡單呀！
按照每一物種都是獨立創造的通常觀點，為什麼物種的性狀，即同屬的諸物種彼此相區別的性狀比它們所共有的屬的性狀更多變異呢？比方說，一個屬的任何一種花的顏色，為什麼當其他物種具有不同顏色的花時，要比當一切物種的花都具有同樣顏色時，更加容易地發生變異呢？如果說物種只是特徵很顯著的變種，而且它們的性狀已經高度地變得穩定了，那麼我們就能夠理解這種事實；因為這些物種從一個共同祖先分枝出來以後它們在某些性狀上已經發生過變異了，這就是這些物種彼此賴以區別的性狀；所以這些性狀比在長時期中遺傳下來而沒有變化的屬的性狀就更加容易地發生變異。根據特創說，就不能解釋在一屬的單獨一個物種裡，以很異常方式發育起來的因而我們可以自然地推想對於那個物種有巨大重要性的器官，為什麼顯著容易地發生變異；但是，根據我們的觀點，自從若干物種由一個共同祖先分枝出來以後，這種器官已經進行了大量的變異和變化，因此我們可以預料這種器官一般還要發生變異。但是一種器官，如同蝙蝠的翅膀，可能以最異常的方式發育起來，但是，如果這種器官是許多附屬類型所共有的，也就是說，如果它曾是在很長久時期內被遺傳下來的，這種器官並不會比其他構造更容易地發生變異；因為在這種情形下，長久連續的自然選擇就會使它變為穩定的了。看一看本能，某些本能雖然很奇異，可是按照連續的、輕微的、而有益的變異之自然選擇學說，它們並不比肉體構造提供了更大的難點。這樣，我們便能理解為什麼自然在賦予同綱的不同動物以若干本能時，是以級進的步驟進行活動的。我曾企圖示明級進原理對於蜜蜂可讚美的建築能力提供了多麼重要的解釋。在本能的改變中，習性無疑往往發生作用；但它並不是肯定不可缺少的，就像我們在中性昆蟲的情形中所看到的那樣，中性昆蟲並不留下後代遺傳有長久連續的習性的效果。根據同屬的一切物種都是從一個共同祖先傳下來的並且遺傳了許多共同性狀這一觀點，我們便能瞭解近似物種當處在極不相同的條件之下時，怎麼還具有幾乎同樣的本能；為什麼南美洲熱帶和溫帶的鶇像不列顛的物種那樣地用泥土塗抹它們的巢的內側。根據本能是通過自然選擇而緩慢獲得的觀點，我們對某些本能並不完全，容易發生錯誤，而且許多本能會使其他動物蒙受損失，就不必大驚小怪了。
如果物種只是特徵很顯著的、穩定的變種，我們便能立刻看出為什麼它們的雜交後代在類似親體的程度上和性質上——在由連續雜交而相互吸收方面以及在其他這等情形方面——就像公認的變種雜交後代那樣地追隨著同樣的複雜法則，如果物種是獨立創造的，並且變種是通過第二性法則產生出來的，這種類似就成為奇怪的事情了。
如果我們承認地質紀錄不完全到極端的程度，那麼地質紀錄所提供的事實就強有力地支持了伴隨著變異的生物由來學說。新的物種緩慢地在連續的間隔時間內出現；而不同的群經過相等的間隔時間之後所發生的變化量是大不相同的。物種和整個物群的絕滅，在有機世界的歷史中起過非常顯著的作用，這幾乎不可避免地是自然選擇原理的結果；因為舊的類型要被新而改進了的類型排擠掉。單獨一個物種也好，整群的物種也好，當普通世代的鏈條一旦斷絕時，就不再出現了。優勢類型的逐漸散佈，以及它們後代的緩慢變異，使得生物類型經過長久的間隔時間以後，看來好像是在整個世界範圍內同時發生變化似的。各個地質層的化石遺骸的性狀在某種程度上是介於上面地質層和下面地質層的化石遺骸之間的，這一事實可以簡單地由它們在系統鏈條中處於中間地位來解釋。一切絕滅生物都能與一切現存生物分類在一起，這一偉大事實是現存生物和絕滅生物都是共同祖先的後代的自然結果。因為物種在它們的由來和變化的悠久過程中一般已在性狀上發生了分歧，所以我們便能理解為什麼比較古代的類型，或每一群的早期祖先，如此經常地在某種程度上處於現存群之間的位置。總之，現代類型在體制等級上一般被看做比古代類型為高；而且它們必須是較高級的，因為未來發生的、比較改進了的類型在生活鬥爭中戰勝了較老的和改進較少的類型；它們的器官一般也更加專業化，以適於不同機能。這種事實與無數生物尚保存簡單的而很少改進的適於簡單生活條件的構造是完全一致的；同樣地，這與某些類型在系統的各個階段中為了更好的適於新的、退化的生活勻性而在體制上退化了的情形也是一致的。最後，同一大陸的近似類型——如澳洲的有袋類、美洲的貧齒類和其他這類例子——的長久延續的奇異法則也是可以理解的，因為在同一地區裡，現存生物和絕滅生物由於系統的關係會是密切近似的。
看一看地理分佈，如果我們承認，由於以前的氣候變化和地理變化以及由於許多偶然的和未知的散佈方法，在悠長的歲月中曾經有過從世界的某一部分到另一部分的大量遷徙，那麼根據伴隨著變異的生物由來學說，我們便能理解有關「分佈」上的大多數主要事實。我們能夠理解，為什麼生物在整個空間內的分佈和在整個時間內的地質演替會有這麼動人的平行現象；因為在這兩種情形裡，生物通常都由世代的紐帶所連結，而且變異的方法也是一樣的。我們也體會了曾經引起每一個旅行家注意的奇異事實的全部意義，即在同一大陸上，在最不相同的條件下，在炎熱和寒冷下，在高山和低地上，在沙漠和沼澤裡，每一大綱裡的生物大部分是顯然相關聯的；因為它們都是同一祖先和早期移住者的後代。根據以前遷徙的同一原理，在大多數情形裡它與變異相結合，我們借冰期之助，便能理解在最遙遠的高山上以及在北溫帶和南溫帶中的某些少數植物的同一性，以及許多其他生物的密切近似性；同樣地還能理解，雖然被整個熱帶海洋隔開的北溫帶和南溫帶海裡的某些生物的密切相似性。雖然兩個地區呈現著同一物種所要求的密切相似的物理條件，如果這兩個地區在長久時期內是彼此分開的，那麼我們對於它們的生物的大不相同就不必大驚小怪；因為，由於生物和生物之間的關係是一切關係中的最重要關係，而且這兩個地區在不同時期內會從其他地區或者彼此相互接受不同數量的移住者，所以這兩個地區中的生物變異過程就必然是不同的。
依據譜系以後發生變化的這個遷徙的觀點，我們便能理解為什麼只有少數物種棲息在海洋島上，而其中為什麼有許多物種是特殊的即本地特有的類型。我們清楚的知道那些不能橫渡廣闊海面的動物群的物種，如蛙類和陸棲哺乳類，為什麼不棲息在海洋島上；另一方面，還可理解，像蝙蝠這些能夠橫渡海洋的動物，其新而特殊的物種為什麼往往見於離開大陸很遠的島上。海洋島上有蝙蝠的特殊物種存在，卻沒有一切其他陸棲哺乳類，根據獨立創造的學說，這等情形就完全不能得到解釋了。
任何兩個地區有密切近似的或代表的物種存在，從伴隨著變異的生物由來學說的觀點看來，是意味著同一親類型以前曾經在這兩個地區棲息過；並且，無論什麼地方，如果那裡有許多密切近似物種棲息在兩個地區，我們必然還會在那裡發現兩個地區所共有的某些同一物種。無論在什麼地方，如果那裡有許多密切近似的而區別分明的物種發生，那麼同一群的可疑類型和變種也會同樣地在那裡發生。各個地區的生物必與移入者的最近根源地的生物有關聯，這是具有高度一般性的法則。在加拉帕戈斯群島、胡安·斐爾南德斯群島（Juar Fernandez）１以及其他美洲島嶼上的幾乎所有的植物和動物與鄰近的美洲大陸的植物和動物的動人關係中，我們看到這一點；也在佛得角群島以及其他非洲島嶼上的生物與非洲大陸生物的關係中看到這一點。必須承認，根據特創說，這些事實是得不到解釋的。
我們已經看到，一切過去的和現代的生物都可群下分群，而且絕滅的群往往介於現代諸群之間，在這等情形下，它們都可以歸入少數的大綱內，這一事實，根據自然選擇及其所引起的絕滅和性狀分歧的學說，是可以理解的。根據這些同樣的原理，我們便能理解，每一綱裡的類型的相互親緣關係為什麼是如此複雜和曲折的。我們還能理解，為什麼某些性狀比其他性狀在分類上更加有用；——為什麼適應的性狀雖然對於生物具有高度的重要性，可是在分類上卻幾乎沒有任何重要性；為什麼從殘跡器官而來的性狀，雖然對於生物沒有什麼用處，可是往往在分類上具有高度的價值；還有，胚胎的性狀為什麼往往是最有價值的。一切生物的真實的親緣關係，與它們的適應性的類似相反，是可以歸因於遺傳或系統的共同性的。「自然系統」是一種依照譜系的排列，依所獲得的差異諸級，用變種、物種、屬、科等術語來表示的；我們必須由最穩定的性狀，不管它們是什麼，也不管在生活上多麼不重要，去發現系統線。
人的手、蝙蝠的翅膀、海豚的鰭和馬的腿都由相似的骨骼構成，——長頸鹿頸和象頸的脊椎數目相同，——以及無數其他的這類事實，依據伴隨著緩慢的、微小而連續的變異的生物由來學說，立刻可以得到解釋，蝙蝠的翅膀和腿，——螃蟹的顎和腿，——花的花瓣、雄蕊和雌蕊，雖然用於極其不同的目的，但它們的結構樣式都相似。這些器官或部分在各個綱的早期祖先中原來是相似的，但以後逐漸發生了變異，根據這樣觀點，上述的相似性在很大程度上還是可以得到解釋的。連續變異不總是在早期年齡中發生，並且它的遺傳是在相應的而不是在更早的生活時期；依據這一原理，我們更可清楚地理解，為什麼哺乳類、鳥類、爬行類和魚類的胚胎會如此密切相似，而在成體類型中又如此不相似。呼吸空氣的哺乳類或鳥類的胚胎就像必須依靠很發達的鰓來呼吸溶解在水中的空氣的魚類那樣地具有鰓裂和弧狀動脈，對此我們用不到大驚小怪。
不使用，有時借自然選擇之助，往往會使在改變了的生活習性或生活條件下變成無用的器官而縮小；根據這一觀點，我們便能理解殘跡器官的意義。但是不使用和選擇一般是在每一生物到達成熟期並且必須在生存鬥爭中發揮充分作用的時期，才能對每一生物發生作用，所以對於在早期生活中的器官沒有什麼影響力；因此那器官在這早期年齡裡不會被縮小或成為殘跡的。比方說，小牛從一個具有很發達牙齒的早期祖先遺傳了牙齒，而它們的牙齒從來不穿出上顎牙床肉；我們可以相信，由於舌和顎或唇通過自然選擇變得非常適於吃草，而無需牙齒的幫助，所以成長動物的牙齒在以前就由於不使用而縮小了；可是在小牛中，牙齒卻沒有受到影響，並且依據遺傳在相應年齡的原理，它們從遙遠的時期一直遺傳到今天。帶著毫無用處的鮮明印記的器官，例如小牛胚胎的牙齒或許多甲蟲的連合鞘翅下的萎縮翅，竟會如此經常發生，根據每一生物以及它的一切不同部分都是被特別創造出來的觀點，這將是多麼完全不可理解的事情。可以說「自然」曾經煞費苦心地利用殘跡器官、胚胎的以及同原的構造來洩露她的變化的設計，只是我們太盲目了，以致不能理解她的意義。
上述事實和論據使我完全相信，物種在系統的悠久過程中曾經發生變化，對此我已做了複述。這主要是通過對無數連續的、輕微的、有利的變異進行自然選擇而實現的；並且以重要的方式借助於器官的使用和不使用的遺傳效果；還有不重要的方式，即同不論過去或現在的適應性構造有關，它們的發生依賴外界條件的直接影響，也依賴我們似乎無知的自發變異。看來我以前是低估了在自然選擇以外導致構造上永久變化的這種自發變異的頻率和價值。但是因為我的結論最近曾被嚴重地歪曲，並且說我把物種的變異完全歸因於自然選擇，所以請讓我指出，在本書的第一版中，以及在以後的幾版中，我曾把下面的話放在最顯著的地位——即《緒論》的結尾處：「我相信『自然選擇』是變異的最主要的但不是獨一無二的手段。」這話並沒有發生什麼效果。根深柢固的誤解力量是大的；但是科學的歷史示明，這種力量幸而不會長久延續。
幾乎不能設想，一種虛假的學說會像自然選擇學說那樣地以如此令人滿意的方式解釋上述若干大類的事實。最近有人反對說，這是一種不妥當的討論方法；但是，這是用來判斷普通生活事件的方法，並且是最偉大的自然哲學者們所經常使用的方法。光的波動理論就是這樣得來的；而地球環繞中軸旋轉的信念，直到最近還沒有直接的證據。要說科學對於生命的本質或起源這個更高深的問題還沒有提出解釋，這並不是有力的異議。誰能夠解釋什麼是地心吸力的本質呢？現在沒有人會反對遵循地心吸力這個未知因素所得出的結果；儘管列不尼茲（Leibnitz）以前曾經責難牛頓，說他引進了「玄妙的性質和奇跡到哲學裡來」。
本書所提出的觀點為什麼會震動任何人的宗教感情，我看不出有什麼好的理由。要想指出這種印象是如何短暫，記住以下情形就夠了：人類曾有過最偉大發現，即地心吸力法則，也被列不尼茲抨擊為「自然宗教的覆滅，因而推理地也是啟示宗教的覆滅」。一位著名的作者兼神學者寫信給我說，「他已逐漸覺得，相信『神』創造出一些少數原始類型，它們能夠自己發展成其他必要類型，與相信『神』需要一種新的創造作用以補充『神』的法則作用所引起的空虛，同樣都是崇高的『神』的觀念」。
可以質問，為什麼直到最近差不多所有在世的最卓越的博物學者和地質學者都不相信物種的可變性呢。不能主張生物在自然狀況下不發生變異；不能證明變異量在悠久年代的過程中是一種有限的量；在物種和特徵顯著的變種之間未曾有、或者也不能有清楚的界限。不能主張物種雜交必然是不育的，而變種雜交必然是能育的；或者主張不育性是創造的一種特殊稟賦和標誌。只要把地球的歷史想成是短暫的，幾乎不可避免地就要相信物種是不變的產物；而現在我們對於時間的推移已經獲得某種概念，我們就不可沒有根據地去假定地質的紀錄是這樣完全，以致如果物種曾經有過變異，地質就會向我們提供有關物種變異的明顯證據。
但是，我們天然地不願意承認一個物種會產生其他不同物種的主要原因，在於我們總是不能立即承認巨大變化所經過的步驟，而這些步驟又是我們不知道的。這和下述情形一樣：當萊爾最初主張長行的內陸巖壁的形成和巨大山谷的凹下都是由我們現在看到的依然發生作用的因素所致，對此許多地質學者都感到難於承認。思想大概不能掌握即便是一百萬年這用語的充分意義；而對於經過幾乎無限世代所累積的許多輕微變異，其全部效果如何更是不能綜合領會的了。
雖然我完全相信本書在提要的形式下提出來的觀點是正確的；但是，富有經驗的博物學者的思想在歲月的悠久過程中裝滿了大量事實，其觀點與我的觀點直接相反，我並不期望說服他們。在「創造的計劃」、「設計的一致」之類的說法下，我們的無知多麼容易被蔭蔽起來，而且還會只把事實複述一遍就想像自己已經給予了一種解釋。無論何人，只要他的性情偏重尚未解釋的難點，而不重視許多事實的解釋他就必然要反對這個學說。在思想上被賦有很大適應性的並且已經開始懷疑物種不變性的少數博物學者可以受到本書的影響；但是我滿懷信心地看著將來，——看著年輕的、後起的博物學者，他們將會沒有偏見地去看這個問題的兩方面。已被引導到相信物種是可變的人們，無論是誰，如果自覺地去表示他的確信，他就做了好事；因為只有這樣，才能把這一問題所深深受到的偏見的重負移去。
幾位卓越的博物學者最近發表他們的信念，認為每一屬中都有許多公認的物種並不是真實的物種；而認為其他物種才是真實的，就是說，被獨立創造出來的。依我看來，這是一個奇怪的結論。他們承認，直到最近還被他們自己認為是特別創造出來的、並且大多數博物學者也是這樣看待它們的、因而具有真實物種的一切外部特徵的許多類型，是由變異產生的，但是他們拒絕把這同一觀點引伸到其他稍微不同的類型。雖然如此，他們並不冒充他們能夠確定，或者甚至猜測，哪些是被創造出來的生物類型，哪些是由第二性法則產生出來的生物類型。他們在某一種情形下承認變異是真實原因，而在另一種情形下卻又斷然否認它，而又不指明這兩種情形有何區別。總有一天這會被當做奇怪的例子來說明先人之見的盲目性。這些作者對奇跡般的創造行為並不比對通常的生殖感到更大的驚奇。但是他們是否真地相信，在地球歷史的無數時期中，某些元素的原子會突然被命令驟然變成活的組織呢？他們相信在每次假定的創造行為中都有一個個體或許多個體產生出來嗎？所有無限繁多種類的動物和植物在被創造出來時究竟是卵或種籽或充分長成的成體嗎？在哺乳類的情形下，它們是帶著營養的虛假印記從母體子宮內被創造出來的嗎？毫無疑問，相信只有少數生物類型或只有某一生物類型的出現或被創造的人並不能解答這類問題的。幾位作者曾主張，相信創造成百萬生物與創造一種生物是同樣容易的；但是莫波丟伊（Maupertuis）的「最小行為」的哲學格言會引導思想更願意接受較少的數目；但是肯定地我們不應相信，每一大綱裡的無數生物在創造出來時就具有從單獨一個祖先傳下來的明顯的、欺人的印記。
作為事物以前狀態的紀錄，我在以上諸節和其他地方記下了博物學者們相信每一物種都是分別創造的若干語句；我因為這樣表達意見而大受責難。但是，毫無疑問，在本書第一版出現時，這是當時一般的信念。我以前向很多博物學者談論過進化的問題，但從來沒有一次遇到過任何同情的贊成。在那個時候大概有某些博物學者的確相信進化，但是他們或者沉默無言，或者敘述得這麼模糊以致不容易理解他們所說的意義。現在的情形就完全不同了，幾乎每一博物學者都承認偉大的進化原理。儘管如此，還有一些人，他們認為物種曾經通過十分不能解釋的方法而突然產生出新的、完全不同的類型：但是，如我力求示明的，大量的證據可以提出來反對承認巨大而突然的變化。就科學的觀點而論，為進一步研究著想，相信新的類型以不能理解的方法從舊的、十分不同的類型突然發展出來，比相信物種從塵土創造出來的舊信念，並沒有什麼優越之處。
可以問，我要把物種變異的學說擴展到多遠。這個問題是難於回答的，因為我們所討論的類型愈是不同，有利於系統一致性的論點的數量就愈少，其說服力也愈弱。但是最有力的論點可以擴展到很遠。整個綱的一切成員被一條親緣關係的連鎖連結在一起，一切都能夠按群下分群的同一原理來分類。化石遺骸有時有一種傾向，會把現存諸目之間的巨大空隙填充起來。
殘跡狀態下的器官清楚地示明瞭，一種早期祖先的這種器官是充分發達的；在某些情形裡這意味著它的後代已發生過大量變異。在整個綱裡，各種構造都是在同一樣式下形成的，而且早期的胚胎彼此密切相似。所以我不能懷疑伴隨著變異的生物由來學說把同一大綱或同一界的一切成員都包括在內。我相信動物至多是從四種或五種祖先傳下來的，植物是從同樣數目或較少數目的祖先傳下來的。
類比方法引導我更進一步相信，一切動物和植物都是從某一種原始類型傳下來的。但是類比方法可能把我們導入迷途。雖然如此，一切生物在它們的化學成分上、它們的細胞構造上、它們的生長法則上、它們對於有害影響的易感性上都有許多共同之點。我們甚至在以下那樣不重要的事實裡也能看到這一點，即同一毒質常常同樣地影響各種植物和動物；癭蜂所分泌的毒質能引起野薔薇或橡樹產生畸形。在一切生物中，或者某些最低等的除外，有性生殖似乎在本質上都是相似的。在一切生物中，就現在所知道的來說，最初的胚胞是相同的；所以一切生物都是從共同的根源開始的。如果當我們甚至看一看這兩個主要部分——即看一看動物界和植物界——某些低等類型如此具有中間的性質，以致博物學者們爭論它們究竟應該屬於哪一界。正如阿薩·格雷教授所指出的，「許多低等藻類的孢子和其他生殖體可以說起初在特性上具有動物的生活，以後無可懷疑地具有植物的生活」。所以，依據伴隨著性狀分歧的自然選擇原理，動物和植物從這些低等的中間類型發展出來，並不是不可信的；而且，如果我們承認了這一點，我們必須同樣地承認曾經在這地球上生活過的一切生物都是從某一原始類型傳下來的。但是這推論主要是以類比方法為根據的，它是否被接受並無關緊要。正如劉易斯先生所主張的，毫無疑問，在生命的黎明期可能就有許多本同的類型發生；但是，倘真如此，則我們便可斷定，只有很少數類型曾經遺留下變異了的後代。因為，正如我最近關於每一大界、如「脊椎動物」，「關節動物」等的成員所說的，在它們的胚胎上、同原構造上、殘跡構造上，我們都有明顯的證據可以證明每一界裡的一切成員都是從單獨一個祖先傳下來的。
我在本書所提出的以及華萊斯先生所提出的觀點，或者有關物種起源的類似的觀點，一旦被普遍接受以後，我們就能夠隱約地預見到在博物學中將會發生重大革命。分類學者將能和現在一樣地從事勞動，但是他們不會再受到這個或那個類型是否為真實物種這一可怕疑問的不斷攪擾。這，我確信並且我根據經驗來說，對於各種難點將不是微不足道的解脫。有關的五十個物種的不列顛樹莓類（bramble）是否為真實物種這一無休止的爭論將會結束。分類學者所做的只是決定（這點並不容易）任何類型是否充分穩定並且能否與其他類型有所區別，而給它下一個定義；如果能夠給它下一定義，那就要決定那些差異是否充分重要，值得給以物種的名稱。後述一點將遠比它現在的情形更加重要；因為任何兩個類型的差異，不管如何輕微，如果不被中間諸級把它們混合在一起，大多數博物學者就會認為這兩個類型都足以提升到物種的地位。
從此以後，我們將不得不承認物種和特徵顯著的變種之間的唯一區別是：變種已被知道或被相信現在被中間級進聯結起來，而物種卻是在以前被這樣聯結起來的。因此，在不拒絕考慮任何兩個類型之間目前存在著中間級進的情況下，我們將被引導更加仔細地去衡量、更加高度地去評價它們之間的實際差異量。十分可能，現在一般被認為只是變種的類型，今後可能被相信值得給以物種的名稱；在這種情形下，科學的語言和普通的語言就一致了。總而言之，我們必須用博物學者對待屬那樣的態度來對待物種，他們承認屬只不過是為了方便而做出的人為組合。這或者不是一個愉快的展望；但是，對於物種這一術語的沒有發現的、不可能發現的本質，我們至少不會再做徒勞的探索。
博物學的其他更加一般的部門將會大大地引起興趣。博物學者所用的術語如親緣關係、關係、模式的同一性、父性、形態學、適應的性狀、殘跡的和萎縮的器官等等，將不再是隱喻的，而會有它的鮮明的意義。當我們不再像未開化人把船看做是完全不可理解的東西那樣地來看生物的時候；當我們把自然界的每一產品看成是都具有悠久歷史的時候；當我們把每一種複雜的構造和本能看成是各各對於所有者都有用處的設計的綜合，有如任何偉大的機械發明是無數工人的勞動、經驗、理性以及甚至錯誤的綜合的時候；當我們這樣觀察每一生物的時候，博物學的研究將變得——我根據經驗來說——多麼更加有趣呀！
在變異的原因和法則、相關法則、使用和不使用的效果、外界條件的直接作用等等方面，將會開闢一片廣大的、幾乎未經前人踏過的研究領域。家養生物的研究在價值上將大大提高。人類培育出來一個新品種，比起在已經記載下來的無數物種中增添一個物種，將會成為一個更加重要、更加有趣的研究課題。我們的分類，就它們所能被安排的來說，將是按譜系進行的；那時它們才能真地顯示出所謂「創造的計劃」。當我們有一確定目標的時候，分類的規則無疑會變得更加簡單。我們沒有得到任何譜系或族徽；我們必須依據各種長久遺傳下來的性狀去發現和追蹤自然譜系中的許多分歧的系統線。殘跡器官將會確實無誤地表明長久亡失的構造的性質。稱做異常的、又可以富於幻想地稱做活化石的物種和物種群，將幫助我們構成一張古代生物類型的圖畫。胚胎學往往會給我們揭露出每一大綱內原始類型的構造，不過多少有點模糊而已。
如果我們能夠確定同一物種的一切個體以及大多數屬的一切密切近似物種，曾經在不很遙遠的時期內從第一個祖先傳下來，並且從某一誕生地遷移出來；如果我們更好地知道遷移的許多方法，而且依據地質學現在對於以前的氣候變化和地平面變化所提出的解釋以及今後繼續提出的解釋，那麼我們就確能以令人讚歎的方式追蹤出全世界生物的過去遷移情況。甚至在現在，如果把大陸相對兩邊的海棲生物之間的差異加以比較，而且把大陸上各種生物與其遷移方法顯然有關的性質加以比較，那麼我們就能對古代的地理狀況多少提出一些說明。
地質學這門高尚的科學，由於地質紀錄的極端不完全而損失了光輝。埋藏著生物遺骸的地殼不應被看做是一個很充實的博物館，它所收藏的只是偶然的、片段的、貧乏的物品而已。每一含有化石的巨大地質層的堆積應該被看做是由不常遇的有利條件來決定的，並且連續階段之間的空白間隔應該被看做是極長久的。但是通過以前的和以後的生物類型的比較，我們就能多少可靠地測出這些間隔的持續時間。當我們試圖依據生物類型的一般演替，把兩個並不含有許多相同物種的地質層看做嚴格屬於同一時期時，必須謹慎。因為物種的產生和絕滅是由於緩慢發生作用的、現今依然存在的原因，而不是由於創造的奇跡行為；並且因為生物變化的一切原因中最重要的原因是一種幾乎與變化的或者突然變化的物理條件無關的原因，即生物和生物之間的相互關係，——一種生物的改進會引起其他生物的改進或絕滅；所以，連續地質層的化石中的生物變化量雖不能作為一種尺度來測定實際的時間過程，但大概可以作為一種尺度來測定相對的時間過程。可是，許多物種在集體中可能長時期保持不變，然而在同一時期裡，其中若干物種，由於遷徙到新的地區並與外地的同住者進行競爭，可能發生變異；所以我們對於把生物變化作為時間尺度的準確性，不必有過高的評價。
我看到了將來更加重要得多的廣闊研究領域。心理學將穩固地建築在赫伯特·斯潘塞先生所已良好奠定的基礎上，即每一智力和智能都是由級進而必然獲得的。人類的起源及其歷史也將由此得到大量說明。
最卓越的作者們對於每一物種曾被獨立創造的觀點似乎感到十分滿足。依我看來，世界上過去的和現在的生物之產生和絕滅就像決定個體的出生和死亡的原因一樣地是由於第二性的原因，這與我們所知道的「造物主」在物質上打下印記的法則更相符合。當我把一切生物不看作是特別的創造物，而看作是遠在寒武系第一層沉積下來以前就生活著的某些少數生物的直系後代，依我看來，它們是變得尊貴了。從過去的事實來判斷，我們可以穩妥地推想，沒有一個現存物種會把它的沒有改變的外貌傳遞到遙遠的未來。並且在現今生活的物種很少把任何種類的後代傳到極遙遠的未來；因為依據一切生物分類的方式看來，每一屬的大多數物種以及許多屬的一切物種都沒有留下後代，而是已經完全絕滅了。展望未來，我們可以預言，最後勝利的並且產生佔有優勢的新物種的，將是各個綱中較大的優勢群的普通的、廣泛分佈的物種。既然一切現存生物類型都是遠在寒武紀以前生存過的生物的直系後代，我們便可肯定，通常的世代演替從來沒有一度中斷過，而且還可確定，從來沒有任何災變曾使全世界變成荒蕪。因此我們可以多少安心地去眺望一個長久的、穩定的未來。因為自然選擇只是根據並且為了每一生物的利益而工作，所以一切肉體的和精神的稟賦都有向著完善化前進的傾向。
凝視樹木交錯的河岸，許多種類的無數植物覆蓋其上，群鳥鳴於灌木叢中，各種昆蟲飛來飛去，蚯蚓在濕土裡爬過，並且默想一下，這些構造精巧的類型，彼此這樣相異，並以這樣複雜的方式相互依存，而它們都是由於在我們周圍發生作用的法則產生出來的，這豈非有趣之事。這些法則就其最廣泛的意義來說，就是伴隨著「生殖」的「生長」；幾乎包含在生殖以內的「遺傳」；由於生活條件的間接作用和直接作用以及由於使用和不使用所引起的變異：生殖率如此之高以致引起「生存鬥爭」，因而導致「自然選擇」、並引起「性狀分歧」和較少改進的類型的「絕滅」。這樣，從自然界的戰爭裡，從飢餓和死亡裡，我們便能體會到最可讚美的目的，即高級動物的產生，直接隨之而至。認為生命及其若干能力原來是由「造物主」注入到少數類型或一個類型中去的，而且認為在這個行星按照引力的既定法則繼續運行的時候，最美麗的和最奇異的類型從如此簡單的始端，過去，曾經而且現今還在進化著；這種觀點是極其壯麗的。
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