公元1587年，在中國為明萬曆十五年，論干支則為丁亥，屬豬。當日四海昇平，全年並無大事可敘，縱是氣候有點反常，夏季北京缺雨，五六月間時疫流行，旱情延及山東，南直隸卻又因降雨過多而患水，入秋之後山西又有地震，但這種小災小患，以我國幅員之大，似乎年年在所不免。只要小事未曾成大災，也就無關宏旨。總之，在歷史上，萬曆十五年實為平平淡淡的一年。
既然如此，著者又何以把《萬曆十五年》題作書名來寫這樣一本專著呢？
1587年，在西歐歷史上為西班牙艦隊全部出動征英的前一年。當年，在我國的朝廷上發生了了若干為歷史學家所易於忽視的事件。這些事件，表面看來雖似末端小節，但實質上卻是以前發生大事的癥結，也是將在以後掀起波瀾的機緣。其間的關係因果，恰為歷史的重點。
由於表面看來是末端小節，我們的論述也無妨從小事開始。
這一年陽曆的3月2日，北京城內街道兩邊的冰雪尚未解凍。天氣雖然不算酷寒，但樹枝還沒有發芽，不是戶外活動的良好季節。然而在當日的午餐時分，大街上卻熙熙攘攘。原來是消息傳來，皇帝陛下要舉行午朝大典，文武百官不敢怠慢，立即奔赴皇城。
乘轎的高級官員，還有機會在轎中整理冠帶；徒步的低級官員，從六部衙門到皇城，逾一里有半，抵達時喘息未定，也就顧不得再在外表上細加整飾了。
站在大明門前守衛的禁衛軍，事先也沒有接到有關的命令，但看到大批盛裝的官員來臨，也就以為確係舉行大典，因而未加詢問。進大明門即為皇城。文武百官看到端午門之前氣氛平靜，城樓上下也無朝會的跡象，既無几案，站隊點名的御史和御前侍衛「大漢將軍」也不見蹤影，不免心中揣測，互相詢問：所謂午朝是否訛傳？
近侍宦官宣佈了確切消息，皇帝陛下並未召集午朝，官員們也就相繼退散。驚魂既定，這空穴來風的午朝事件不免成為交談議論的話題：這謠傳從何而來，全體官員數以千計而均受騙上當，實在令人大惑不解。
對於這一頗帶戲劇性的事件，萬曆皇帝本來大可付諸一笑。但一經考慮到此事有損朝廷體統，他就決定不能等閒視之。就在官員們交談議論之際，一道聖旨已由執掌文書的宦官傳到內閣，大意是：今日午間之事，實與禮部及鴻臚寺職責攸關。禮部掌擬具儀注，鴻臚寺掌領督演習。該二衙門明知午朝大典已經多年未曾舉行，決無在儀注未備之時，倉卒傳喚百官之理。是以其他衙門既已以訛傳誤，該二衙門自當立即阻止。既未阻止，即系玩忽職守，著從尚書、寺卿以下官員各罰俸兩月，並仍須查明究系何人首先訛傳具奏。
禮部的調查毫無結果，於是只能回奏：當時眾口相傳，首先訛傳者無法查明。為了使這些昏昏然的官員知所儆戒，皇帝把罰俸的範圍由禮部、鴻臚寺擴大到了全部在京供職的官員。
由於工作不能盡職或者奏事言辭不妥，觸怒聖心，對幾個官員作罰俸的處分，本來是極為平常的事。但這次處罰竟及於全部京官，實在是前所未有的嚴峻。本朝官俸微薄，京城中高級官員的豪華生活，決非區區法定的俸銀所能維持。如各部尚書的官階為正二品，全年的俸銀只有152兩。他們的收入主要依靠地方官的饋贈，各省的總督巡撫所送的禮金或禮品，往往一次即可相當於10倍的年俸。這種情況自然早在聖明的洞鑒之中，傳旨罰俸，或許正是考慮到此輩並不賴官俸為生而以示薄懲。但對多數低級官員來說，被罰俸兩月，就會感到拮据，甚至付不出必要的家庭開支了。
按照傳統觀念，皇帝的意旨是絕對公允的，聖旨既下，就不再允許有任何的非議。這一事件，也難怪萬曆皇帝聖心震怒。因為從皇帝到臣僚都彼此心照，朝廷上的政事千頭萬緒，而其要點則不出於禮儀和人事兩項。僅以禮儀而言，它體現了尊卑等級並維護了國家體制。我們的帝國，以文人管理為數至千萬、萬萬的農民，如果對全部實際問題都要在朝廷上和盤托出，拿來檢討分析，自然是辦不到的。所以我們的祖先就抓住了禮儀這個要點，要求大小官員按部就班，上下有序，以此作為全國的榜樣。現在全體京官自相驚擾，狼奔豕突，實在是不成體統。
萬曆皇帝是熟悉各種禮儀的君主。1587年3月，他已年滿23，進入24，登上皇帝的寶座也快有15年了。他自然會清楚記得，在他8歲那一年的冬天，他的父親隆慶皇帝為他舉行了象徵成為成人的冠禮。他被引導進入殿前特設的帷賬裡，按照禮儀的規定更換衣冠服飾，前後三次都以不同的裝束出現於大庭廣眾之中。既出帷，他就手持玉圭，被引導行禮，並用特設的酒杯飲酒。全部節目都有禮官的唱導和音樂伴奏，所需的時間接近半天。第二天，他又被引導出來坐在殿前，以最莊重的姿態接受了百官的慶賀。
幾個月之後，隆慶皇帝龍馭上賓。這位剛剛9歲的皇太子，就穿著喪服接見了臣僚。按照傳統的「勸進」程式，全部官員以最懇切的辭藻請求皇太子即皇帝位。頭兩次的請求都被皇太子所拒絕，因為父皇剛剛駕崩，自己的哀慟無法節制，哪裡有心情去想到個人名位？到第三次，他才以群臣所說的應當以社稷為重作為理由，勉如所請。這一番推辭和接受的過程，有條不紊，有如經過預習。
既然登上皇帝的寶座，他就必須對各種禮儀照章辦理。在過去的15年，他曾經祭天地、祀祖廟、慶元旦、賞端陽。他接見外國使臣、解職退休和著有勳勞的官員耆老。他還曾檢閱軍隊，頒發戰旗，並在一次戰役獲得勝利以後接受「獻俘」。這種獻俘儀式極為嚴肅而令人竦懼。皇帝的御座設在午門城樓上，他端坐其中，瞰視著下面花崗石廣場上發生的一切。他的兩旁站立著授有爵位的高級軍官，還有許多被稱為大漢將軍的身材魁偉的御前待衛。在廣場上大批官員的注視下，俘虜被牽著進來，手腳戴有鐐銬，一塊開有圓孔的紅布穿過頭顱，遮胸蓋背，被吆喝著正對午門下跪。這時，刑部尚書趨步向前，站定，然後大聲朗讀各個俘虜觸犯天地、危害人類的罪行。讀畢他又宣佈，這些罪人法無可逭，請皇上批准依律押赴市曹斬首示眾。皇帝答覆說：「拿去！」他的天語綸音為近旁的高級武官2人傳達下來，2人傳4人，而後8人、16人、32人相次聯聲傳喝，最後大漢將軍320人以最大的肺活量齊聲高喝「拿去」，聲震屋瓦，旁觀者無不為之動容。
每年陰曆的十一月，皇帝要接受下一年的日曆，並正式頒行於全國。它的頒行，使所有臣民等到了天文和節令的根據，知道何時可以播種穀物，何日宜於探方親友。翰林院官員們的集體著作，例如《實錄》之類，也在香煙、樂隊的簇擁下，恭呈於皇帝之前。書籍既經皇帝接受並加乙覽，就成為「欽定」，也就是全國的唯一標準。
在同樣莊嚴的儀式下，萬曆皇帝授予他的兄弟叔侄輩中的一些人以「王」的稱號，封他們的妻子為「王妃」，批准他們子女的婚姻。而最隆重的儀式，卻是把「仁聖皇太后」的尊號上贈給他的嫡母隆慶的皇后陳氏，把「慈聖皇太后」的尊號上贈給他的生母隆慶的皇貴妃李氏。
慈聖皇太后對萬曆皇帝有極大的影響，因為除了她，沒有第二個人再能給他以真正的天性之愛。但是在萬曆登極以後，根據皇家的習俗，一種無形的距離就存在於太后和皇帝之間，使母子之間的天性交流變得極為不便。例如前此不久萬曆曾下令修葺裝潢慈聖所居住的宮室，竣工之後，她的感謝不是用親切的口吻加以表達，而是請學士寫成一篇文章，讚賞皇帝的純孝，在他下跪時逐句誦讀。這篇文章，因為能對全國臣民起表率和感化的作用，所以就成為本朝的重要文獻。有時萬曆用宮內的傀儡戲來討取太后的歡心，在她下轎之前，他必須跪在庭前恭候慈駕。但是母愛畢竟是一種最深刻的感情，在多年之後，儘管萬曆皇帝臨朝的機會越來越稀少，每當十一月慈聖的生辰，他卻仍然親臨皇極門接受百官的慶賀。
也就是在此之前不久，萬曆冊封他的愛妃鄭氏為皇貴妃，並預先公佈禮儀以便各有關衙門作必要的準備。消息傳來，就有一位給事中上疏提出異議，其理由為：按照倫理和習慣，這種尊榮應該首先授予皇長子的母親恭妃王氏，德妃鄭氏僅為皇三子的母親，後來居上，實在是本末顛倒。這一異議雖然引起萬曆的一時不快，但冊封典禮仍按原計劃進行。誰也沒有想到，這一小小的插曲，竟是一場影響深遠的政治鬥爭的契機，導致了今後數十年皇帝與臣僚的對立，而且涉及到了整個帝國。
參加各項禮儀，皇帝需要頻繁地更換冠服，有時達一日數次。服飾中的皇冠有一種為金絲所製作，精美絕倫，而又不同於歐洲式的全金屬皇冠。皇帝在最隆重的典禮上所使用的皇冠是「冕」，形狀象歐洲學者所戴的「一片瓦」，不過冕上布板是長方形而非正方形，前後兩端各綴珍珠12串。這種珠簾是一種有趣的道具，它們在皇帝的眼前腦後來回晃動，使他極不舒服，其目的就在於提醒他必須具有端莊的儀態，不能輕浮造次。和冕相配的服裝是飾有豪華刺繡的黑色上衣和黃色下裙，裙前有織錦一片，懸於腰帶之上而垂於兩腿之間，靴襪則均為紅色。
在次一級隆重的典禮上，皇帝服用全部紅色的「皮弁服」，實際上也是他的軍裝。其中的帽子，和今天體育家所用的瓜形圓盔極為相似，有帶，繫在脖子上。這種帽子和當時武將軍所用的頭盔也並沒有多大區別，不過將士的盔是布質內藏鐵片，外裝鐵釘；皇帝的皮弁則以皮條折綴而成，外綴寶石以代鐵釘。
黃色的龍袍，常常被看作中國皇帝的標準服裝。其實在本朝，這種服裝只在一般性的儀式上服用。在不舉行儀式的時候，皇帝的常服則是青色或黑色的龍袍，上綴綠色的滾邊。
皇帝是全國臣民無上權威的象徵，他的許多行動也帶有象徵性，每年在先農壇舉行「親耕」就是一個代表性的事例。這一事例如同演戲，在「親耕」之前，官方在教坊司中以優伶扮演風雷雲雨各神，並召集大興、宛平兩縣的農民約200人作為群眾演員。這幕戲開場時有官員2人牽牛，耆老2人扶犁，其他被指定的農民則攜帶各種農具，包括糞箕淨桶，作務農之狀，又有優伶扮為村男村婦，高唱太平歌。至於皇帝本人當然不會使用一般的農具。他所使用的犁雕有行龍，全部漆金。他左手執鞭，右手持犁，在兩名耆老的攙扶下在田裡步行3次，就完成了親耕的任務。耕畢後，他安坐在賬幕下觀看以戶部尚書為首的各官如法炮製。順天府尹是北京的最高地方長官，他的任務則是播種。播種覆土完畢，教坊司的優伶立即向皇帝進獻五穀，表示陛下的一番辛勞已經收到卓越的效果，以至五穀豐登。此時百官就向他山呼萬歲，致以熱烈祝賀。
但是皇帝所參與的各項禮儀並不總是這樣輕鬆有趣的，相反，有時還很需要付出精神力氣。譬如每天的早朝，即在精力充沛的政治家，也會覺得持之以恆是一件困難的事情，以致視為畏途。萬曆皇帝的前幾代，已經對它感到厭倦，雖說早朝儀式到這時已大為精簡，但對他來說，仍然是一副職務上的重擔，下面的敘述就是這一結論的證明。
在參加早朝之前，凡有資格參加的所有京官和北京地區的地方官，在天色未明之際就要在宮門前守候。宮門在鐘鼓聲中徐徐打開，百官進入宮門，在殿前廣場整隊，文官位東面西，武官位西面東。負責糾察的御史開始點名，並且記下咳嗽、吐痰等以至牙笏墜地、步履不穩重等等屬於「失儀」範圍的官員姓名，聽候參處。一切就緒以後，皇帝駕到，鳴鞭，百官在贊禮官的口令下轉身，向皇帝叩頭如儀。鴻臚寺官員高唱退休及派赴各省任職的官員姓名，被唱到的人又另行對皇帝行禮謝恩。然後四品以上的官員魚貫進入大殿，各有關部門的負責官員向皇帝報告政務並請求指示，皇帝則提出問題或作必要的答覆。這一套早朝節目在日出時開始，而在日出不久之後結束，每天如此，極少例外。
本朝初年，皇帝創業伊始，勵精圖治，在早朝之外還有午朝和晚朝，規定政府各部有185種事件必須面奏皇帝。只是在第六代的正統皇帝登極時，由於他也只有9歲，所以朝中才另作新規定，早朝以呈報8件事情為限，而且要求在前一天以書面的方式送達御前。此例一開，早朝即漸成具文。可是直到15世紀末期，早朝這一儀式仍然很少間斷，即使下雨下雪也還是要堅持不輟，僅僅是由於皇恩浩蕩，准許官員可以在朝服上加披雨衣，1477年又下詔規定各官的張傘隨從可以一併入宮。有時皇帝體恤老臣，年老的大臣免朝，但這又是屬於不輕易授予的額外恩典了。
這種繁重的、日復一日的儀式，不僅百官深以為苦，就是皇帝也無法規避，因為沒有他的出現，這一儀式就不能存在。1498年，當時在位的弘治皇帝簡直是用央告的口氣要求大學士同意免朝一日，因為當夜宮中失火，弘治皇帝徹夜未眠，神思恍惚。經過大學士們的商議，同意了輟朝一日。除此而外，皇帝的近親或大臣去世，也得照例輟朝一日至三日以志哀悼。然而這種性質的輟朝，得以休息的僅是皇帝一人，百官仍須親赴午門，對著大殿行禮如儀。
首先打破這一傳統的是第十代的正德皇帝，即萬曆的叔祖。正德的個性極強，對於皇帝的職責，他拒絕群臣所代表的傳統觀念而有他自己的看法和做法。他在位時，常常離開北京，一走就是幾個月甚至長達一年。而住在北京期間，他又打破陳規，開創新例，有時竟在深夜舉行晚朝，朝罷後又大開宴席，弄到通宵達旦。對這些越軌的舉動，臣僚們自然難於和他合作，他也就撇開正式的負責官員而大加寵用親信的軍官和宦官。對負主要行政責任的內閣，在他眼裡不過是一個傳遞消息的機構而已。凡此種種，多數文臣認為跡近荒唐，長此以往，後果將不堪設想。
幸而正德於1521年去世，又未有子嗣。大臣們和皇太后商議的結果，迎接萬曆皇帝的祖父入承大統，是為嘉靖皇帝。作為皇室的旁支子孫而居帝位，在本朝尚無前例。大臣乘此機會，肅清了正德的親信，其劣跡尤著的幾個人被處死刑。嘉靖登極的前20年可以算得上盡職。他喜歡讀書，並且親自裁定修改禮儀。可是到了中年以後，他又使臣僚大失所望。他對舉行各種禮儀逐漸失去興趣，轉而專心致志於修壇煉丹，企求長生不死，同時又遷出紫禁城，住在離宮別苑。尤其不幸的是，這個皇帝統治了帝國達45年之久，時間之長在本朝僅次於萬曆。
萬曆的父親隆慶，在本朝歷史上是一個平淡而庸碌的皇帝。在他御宇的五年半時間裡，開始還常常舉行早朝，但是他本人卻對國政毫無所知，臨朝時如同木偶，常常讓大學士代答其他官員的呈奏。後期的幾年裡，則索性把這如同具文的早朝也加以免除。
1572年，萬曆皇帝即位，關於早朝這一儀式有了折中的變通辦法。根據大學士張居正的安排，一旬之中，逢三、六、九日早朝，其他日子則不朝，以便年輕的皇帝可以有更多的時間攻讀對賢經傳。這一規定執行以來已近15年，越到後來，聖旨免朝的日子也越來越多。與此同時，其他的禮儀，如各種祭祀，皇帝也經常不能親臨而是派遣官員代祭。實際上，萬曆皇帝的早朝，即使按規定舉行，較之前代，已經要省簡多了。首先是早朝的地點很少再在正殿，而且在一般情況下早朝人員都不經午門而集結於宣治門，所有駿馬馴象的儀仗也全部減免不用。其次，御前陳奏也已流於形式，因為所有陳奏的內容都已經用書面形式上達，只有必須讓全體官員所知悉的事才在早朝時重新朗誦一遍。
萬曆登極之初，就以他高貴的儀表給了臣僚們以深刻的印象。他的聲音發自丹田，深沉有力，並有餘音裊裊。從各種跡象看來，他確實是一個早熟的君主。他自己說過他在5歲時就能夠讀書，按中國舊時的計算方法，那時他的實足年齡僅在3歲至4歲之間。儘管如此，在他御宇之初，由於年齡太小，臨朝時還需要在衣袖裡抽出一張別人事先為他書寫好的紙片，邊看邊答覆各個官員的呈奏請示。他自然不能完全明白紙片上所寫答語的含義，而只是一個尚未成年的兒童在簡單地履行皇帝的職責。
他既為皇帝，在他的世界裡沒有人和他平等。在兩位皇太后之外，他所需要尊敬的人只有兩個：一個是張居正張先生，另一個是「大伴」馮保。這種觀念，不消說是來自皇太后那裡。張、馮兩人結合在一起，對今後的政治形勢產生了相當深遠的影響。這一點，自然也不是當時不滿10歲的萬曆皇帝所能理解的。
張居正似乎永遠是智慧的象徵。他眉目軒朗，長鬚，而且注意修飾，袍服每天都像嶄新的一樣折痕分明。他的心智也完全和儀表一致。他不開口則已，一開口就能揭出事情的要害，言辭簡短準確，使人無可置疑，頗合於中國古語所謂「夫人不言，言必有中」。
萬曆和他的兩位母親對張居正有特殊的尊重，並稱之為「元輔張先生」，其原因說來話長。在隆慶皇帝去世的時候，高拱是當時的「首揆」，即首席內閣大學士。高拱自以為是先皇的元老重臣，不把新皇帝放在眼裡。新皇帝有事派人詢問高拱的意見，他竟敢肆無忌憚地對使者說：「你自稱奉了聖旨，我說這是一個不滿10歲的孩子的話。你難道能讓我相信他真能管理天下大事嗎？」在他的眼裡，天子不過是小孩子，太后不過是婦道人家，這種狂妄跋扈是和人臣的身份決不能相容的。幸而上天保佑，還有忠臣張居正在，他立即獻上奇計，建議採取斷然措施解決高拱。1572年夏，有一天百官奉召在宮門前集合。一個宦官手執黃紙文書，這是兩位太后的懿旨，也是新皇帝的聖旨。黃紙文書一經宣讀完畢，跪在前列的高拱不禁神色大變。他已經被褫去官銜職位，並被勒令即日出京，遣返原籍。按照慣例，他從此就在原籍地方官的監視之下，終身不得離境。張居正在艱危之際保障了皇室的安全，建立了如此的殊勳，其取高拱而代之自屬理所當然。
除了首揆以外，張居正又兼管萬曆的教育事務。小皇帝的五個主講經史的老師、兩個教書法的老師和一個侍讀，都是他一手任命的。他還編訂了講章作為萬曆的教科書，有機會還親自講授。
萬曆皇帝學習的地方是文華殿。1572年秋天以後，他每天的功課有三項內容：經書、書法、歷史。學習完經書以後，授課老師可以到休息室小憩，但皇帝本人卻並不能那麼清閒。這時候就出了大伴馮保和其他宦官，他們把當天臣僚上奏的本章進呈御覽。這些本章已經由各位大學士看過，用墨筆作了「票擬」。在馮保和其他宦官的協助下，皇帝用硃筆作出批示。
中午功課完畢，小皇帝在文華殿進午餐。下半天的大部分時間都可以自由支配，不過他仍然被囑咐要複習功課，練習書法，默記經史。小皇帝對這種囑咐絲毫不敢忽視，因為第二天必須背誦今天為他所講授的經書和歷史。如果準備充分，背書如銀瓶瀉水，張先生就會頌揚天子的聖明；但如果背得結結巴巴或者讀出別字，張先生也立即會拿出嚴師的身份加以質問，使他無地自容。
在1587年大婚之前，萬曆和慈聖太后同住在乾清宮。太后對皇帝能否克盡厥職和勤奮學習均極為關懷，皇帝的其他行動也經常得到她的指導。至於馮保，當萬曆還是皇子的時候就是他的伴侶，提攜捧抱，兢兢業業地細心照護，所以後來才被稱為「大伴」。到這時候，馮保已經擢升為司禮監太監，也就是宮內職位最高的宦官。他經常向慈聖太后報告宮內外、包括皇帝本人的各種情況，慈聖因此而能耳目靈通，萬曆卻因此而漸生畏懼。因為慈聖太后教子極為嚴格，如果大伴作出對皇帝不利的報告，太后一怒之下，皇帝就會受到長跪的處罰，有時竟可達幾個小時之久。
在這樣嚴厲的督導之下，萬曆的學習不斷取得進步。他被教導說，做皇帝的最為重要的任務是敬天法祖，也就是敬重天道，傚法祖宗。這種諄諄教導在萬曆身上起到的作用很快就為一件事情所證明。當他登極還不滿4個月，有客星出於閣道旁，其大如盞，光芒燭地。這顆被今天的天文學家稱為Suppernova或Anno 1572的出現，在當時被人們看成是上天將要降災的警告。按照張先生的教導，萬曆趕緊檢討自己的思想、語言和行動，加以改正，以期消除天心的不快。這次「星變」延續了兩年之久，皇帝的「修省」也就相應地歷時兩年，並且在今後相當長的時間內，他不得不注意節儉，勤勉誠懇地處理政務和待人接物，力求通過自己的努力化凶為吉。
學習的進步更加突出地體現在書法上。慈聖太后和大伴馮保都是書法愛好者，他們對皇帝在這方面的進步時時加以鼓勵。萬曆年方10歲，就能書寫徑尺以上的大字。有一次，他讓張居正和其他大學士觀看他秉筆揮毫，寫完以後就賞賜給了這些大臣。張居正謝恩領受，但在第二天他就啟奏皇帝：陛下的書法已經取得很大的成就，現在已經不宜在這上面花費過多的精力，因為書法總是末節小枝。自古以來的聖君明主以德行治理天下，藝術的精湛，對蒼生並無補益。像漢成帝、梁元帝、陳後主、隋煬帝和宋徽宗、寧宗，他們都是大音樂家、畫家、詩人和詞人，只因為他們沉緬在藝術之中，以致朝政不修，有的還身受亡國的慘禍。對於這忠心耿耿的進諫，小皇帝自然只能聽從。在1578年之後，他的日課之中就取消了書法而只留下了經史。
物力的節約也在宮內開始。過去一個世紀，每逢正月十五上元佳節，各宮院都有鰲山煙火和新樣宮燈，輝煌如同白晝。在張居正的提議之下，這一鋪張浪費的項目遂被廢止。萬曆曾想為他母親修理裝潢宮室以表示孝思，張居正卻認為各宮院已經十分富麗完美，毋須再加修飾。他又針對萬曆關心宮內婦女喜歡珠玉玩好一事，指出為人主者，應當注意天下臣民的衣食，至於珠玉玩好，饑不能食，寒不能衣，不值得陛下親垂關注。
和以前的各個朝代相比，本朝的宮廷開支最為浩大。紫禁城佔地四分之三方里，各個宮殿上蓋琉璃瓦，前後左右有無數的朱門和迴廊，宮殿下面的台階都用漢白玉石砌築，真是極盡豪華。皇城環繞紫禁城，佔地三方里有餘。皇城內有馳道和人工開鑿的湖泊，以備馳馬划船和其他遊覽之用。建築物除去皇家別墅之外，還有寺院、高級宦官的住宅。為皇室服務的機構，例如烤餅坊、造酒坊、甜食坊、兵胄坊、馬房以及印書藏書的廠庫也都集中在這裡，使皇室所需的百物，都不必假手於外。各個廠庫、寺廟、坊捨均由專任的宦官掌握，共有24個機構，習稱二十四監。到萬曆初年，宦官的總數已逾二萬，而且還在不斷膨脹。最高級的宦官，地位可與最高級的文武官員相埒。宮女的數字，最少也在三千以上。為這些人的死亡所準備的棺木，一次即達2000口之多。
從本朝創業開始，就形成了如下的一種觀念，即普天之下，莫非王土，不需要有專門的皇室莊園的收入，以供宮廷開支之用。宮廷所需的物品，來自全國稅收中劃出來的一大部分實物，包括木材、金屬等各種原料，也包括綢緞、瓷器等製成品。皇家的開支可以不受限制，官員們卻只能在極度節儉的原則下生活，更不必說這些宦官宮女。所以，本朝的官員、宦官的法定薪給都十分微薄。
這種不公平的現象當然不能持久。到14世紀之初，大部分的高級官員和宦官都已經過著十分奢侈的生活。尤其是高級宦官更為人所艷羨，他們不但在皇城內築有精美的住宅，而且根據傳統習慣，他們也有相好的宮女，同居如同夫婦。他們沒有子女，但不乏大批乾兒、侄子、外甥的趨奉，因而也頗不寂寞。至於招權納賄，則更是題內的應有文章。
一般的宦官也有他們的額外收入。掌管皇家的各個倉庫，就是他們的生財之道。各省上繳給皇室專用的實物，必須經過檢驗，認為質量合乎標準才能入庫，否則就拒絕接受，解送實物的人員就會長期滯留在北京而不能回家。實際上，所謂質量並無一定的規格，可以由宦官及其中介人隨心所欲地決定。如果解送實物的人員懂得其中的奧妙，贈送中介人以相當款項，中介人扣除佣金後再轉手送給宦官，所繳實物就可以被接納入庫。
既然納賄可以使劣質物品變為優質，所以，除了皇室成員自用的物品以外，以次充好的現象就不斷發生。其中受到損害最大的是京軍。因為按規定，他們的服裝也是由宦官掌管的，以次充好的結果使他們獲得的軍服質量極為低劣。當時最有權威的倉庫中介人名叫李偉，爵封武清伯，他是慈聖太后的父親，當今皇帝的外祖父。劣質的棉布通過他而進入倉庫，再發給軍士，就勢所必至地引起了無數的怨言和指責。萬曆皇帝接到臣僚們對此事的控告，親自拿了一匹這種劣質棉布呈進於慈聖太后之前。太后既愧且怒，表示要按國法處置。這時，大學士張居正施展了他的政治才能，他出面調解，達成了一個保全太后一家面子的協議：李偉毋須向法庭報到，他所受的懲罰是被召喚到宮門外申飭一頓，保證不得再犯。事情告一段落以後，張居正又在馮保的合作下乘機大批撤換管理倉庫的宦官，並很自信地向別人表示，這種需索「鋪墊費」的陋習業已禁絕。
總的來說，萬曆即位以後的第一個10年，即從1572年到1582年，為本朝百事轉蘇、欣欣向榮的10年。北方的「虜患」已不再發生，東南的倭患也已絕跡。承平日久，國家的府庫隨之而日見充實。這些超出預計的成就，自不能不歸功於內閣大學士張居正。這就怪不得張先生偶感腹疼，皇帝要親手調製椒湯麵給先生食用。慈聖太后對張先生也是言聽計從。她一向是一個虔誠的信神奉佛的女人，有一次曾準備用自己的私蓄修築涿州娘娘廟，後來聽從了張居正的勸告，把這筆錢改用於北京城外的橋樑。萬曆皇帝出疹子痊癒以後，太后本來打算在宮內設壇拜謝菩薩的保佑，也由於張居正的反對而作罷。還有好幾次，慈聖太后想在秋決前舉行大赦，但是張居正堅持以為不可，太后也只能被迫放棄原來的意圖。在這些事例中，張居正的主張無疑都很正確，但是這種鐵面無私的態度，在以後也並不是不需要付出代價的。
在平日，皇帝一天要批閱20至30件本章。這些本章都寫在一張長紙上，由左向右折為四葉、八葉、十二葉不等，因而也簡稱為「折」。本章的種類很多，式樣、字體大小、每葉字數以及行文口氣等都因之而各不相同。但概括來說則可分為兩種：其一，各衙門以本衙門名義呈送的稱為「題本」。題本由通政司送達宮中，其副本則送給給事中辦事處，即六科廊房。題本中的內容大都屬於例行公事，很少會引起爭執。其二，京官以個人名義呈送的稱為「奏本」。奏本所呈奏的事項十九都在呈奏者的本職之外，例如禮部官員議論軍政，軍政官員批評禮儀。因為屬於個人的批評或建議，所以事先不必通知自己的上級，也不必另備副本。奏本由呈奏者自己送到會極門，由管門太監接受。由於這樣，奏本的內容，在皇帝批示並送交六科廊房抄寫公佈以前，別人是無從知悉的。在全體臣僚中引起震動的本章，往往屬於這一類奏本。
萬曆登極之初批閱本章，只是按照大伴馮保的指導，把張先生或其他大學士的「票擬」改用硃筆批寫就算完成了職責。其中有些本章的批示極為簡易，例如「如擬」、「知道了」，簡直和練習書法一樣。而且按照慣例，皇帝僅僅親自批寫幾本，其他的批寫，就由司禮監秉筆太監用硃筆代勞。這硃筆所代表的是皇帝的權威，如果沒有皇帝的許可而擅用硃筆，就是「矯詔」，依律應判處死刑。
但即使是這些例行的批語，不到10歲的萬曆皇帝恐怕還是無法理解它的全部含義的。例如「知道了」，實際的意義是對本章內的建議並未接受，但也不必對建議者給予斥責。這些深微奧妙之處也只有隨著他的年齡的增長而逐漸加深理解。
重要官員的任命，即人事大權，也是決不容許由旁人代理的。作出這一類決定，總是先由張居正和吏部提出幾個人的候選名單，而由皇帝圈定其中之一。萬曆皇帝雖然年幼，他已經懂得排在第一的是最為稱職的人選，只要拿起硃筆在此人的名字上畫上一圈就可以體現他的無上權威。他從即位以來就不斷受到這樣的教育：他之所以能貴為天子乃是天意，天意能否長久保持不變則在於人和。要使百姓安居樂業，他應當審慎地選擇稱職的官吏；而要選擇稱職的官吏，他又必須信任張先生。
上述情況表明，張居正在人事任免中起著實際上的決定作用，這就理所當然地招致了不滿。在萬曆12歲的那一年，他幾次接到彈劾張居正的本章。有人說他擅作威福，升降官員不是以國家的利益為前提而是出於個人的好惡。有人更為尖銳，竟直說皇帝本人應對這種情況負責，說他御宇三年，聽信阿諛之臣，為其蒙蔽，對盡忠辦事的人只有苛求而沒有優待，這不是以恕道待人，長此以往，必將導致天意的不再保佑。
本朝有一個習慣，以氣節自詡的大臣，如果遭到議論攻擊，在皇帝正式表明態度之前，自己應該請求解職歸田，以示決不模稜兩可，尸位素餐。張居正既然受到直接間接的攻擊，他就立即向皇帝提出辭呈，說他本人的是非姑且不論，但有人說他成了皇帝陛上和輿情之間的障礙，他在御前所能起的作用已被這種議論一掃而光。既然如此，留亦無益。
萬曆當然不會同意張先生的請求。他向張先生和大伴馮保表示，奏事的人必須受到懲處。張居正於是面奏說，任何人替陛下做事，都免不了作威作福。因為誤事的官員必須降黜，盡職的官員必須提升，所以不是威就是福。二者之外，難道還有其他？張居正的慷慨陳辭和馮保的支持加強了皇帝的決心。他於是決定，第一個攻擊張居正的官員褫奪官階，降為庶人。第二個攻擊者已經明知朕意，仍然執迷倔強，即是蔑視君上，應該押至午門外，脫去袍服，受廷杖一百下。廷杖是本朝處罰文臣的標準刑具，很多人在受刑時被立斃杖下，幸而得存都也在臀部留下了永久性的傷痕。
這時張居正顯示了他的寬容。他懇請對犯官免加體罰，改為流放到邊遠省份，受當地官吏的監視。這種雅量使萬曆極為感動，無端遭受別人的攻擊，還要代這個人說情，可見他確實是不計個人恩怨，有古大臣之風。然而萬曆所不會理解的是，權傾朝野的張居正，他的作威作福已經達到了這樣的程度：凡是他所不滿的人，已經用不著他親自出面而自有其他的內外官員對此人投井下石，以此來討好首輔。果然，在幾年之後，萬曆皇帝獲悉當日免受杖刑的這位官員，竟在流放的地方死去，其死情極端可疑。
經過這種種爭論，加上年事日長，每天攻讀史書也可以從中借鑒前代的教訓，萬曆皇帝終於逐漸理解了問題的癥結。
本朝的君主制度有一點與歷朝不同。以前各個王朝，凡君主年幼，必定有他的叔父、堂兄這樣的人物代為攝政，而這恰恰為本朝所不能容許。按照規定，所有皇室的支系，包括皇帝的叔父、兄弟以至於除皇太子以外的兒子，一到成年就應當離開京城到自己的封地，謂之「之國」。之國也就是就藩，其居於各省，有極為富麗閎大的王府和豐厚的贍養，但不干預地方政事，而且非經皇帝同意，不得離開他的所在地。這種類似放逐和圈禁的制度，目的在於避免皇室受到支系的牽制和干涉。
與此類似的制度是防止母后引用家人干政。后妃選自良家，但多非出自有聲望的巨家大族。以萬曆的外祖家族為例，李偉家境貧寒，直到女兒被封為皇妃，他才得到了伯爵的封號。但所謂伯爵，不過是軍隊中的一個名譽軍官，除了朝廷舉行各項禮儀時位居前列之外，並沒有任何特殊的權利，而且俸給甚低，甚至不敷家用。李偉在京城中大做攬納物質的倉庫經紀，原因之一即在於此。他還有一個兒子，即慈聖太后的弟弟，身份卻是宦官。
本朝在開國之初曾經設立過丞相的職位，但前後三人都為太祖洪武皇帝所殺，並下令從此不再設置，以後有敢於建議復設丞相者，全家處死。經過一個時期，內閣大學士在某種程度上就行使了丞相的職權。但從制度來說，這種做法實有曖昧不明之處。
大學士原來屬於文學侍從之臣。由於殿試時文理出眾，名列前茅，就可以進入翰林院，給予博覽群書的深造機會。翰林幾經升轉，其中最突出的人物就可以被任命為大學士，供職於文淵閣，其職責為替皇帝撰擬詔誥，潤色御批公文的辭句。由於文淵閣是皇帝的文書機構，和皇帝最為接近，在不設丞相的情況下，這個機構的職權就由於處理政事的需要而越來越大，大學士一職也變成了皇帝的秘書而兼顧問，雖然他們並不負有名義上的行政責任。
在萬曆的祖父嘉靖皇帝以前，內閣大學士為3至6人，皇帝可能對其中的一個咨詢較為頻繁，但從名義上說，他和另外的幾位大學士仍然處於平等的地位。這以後情況發生了變化，張居正名為首輔或稱元輔，其他大學士的任命則出於他的推薦，皇帝在聖旨中也明確規定他們的職責是輔助元輔辦事。大學士之中有了主次之分，造成了今後朝臣之間的更加複雜的糾紛局面。
本朝的這種以閣臣代行相職的制度，來源於開國之君為了鞏固政權而做出的苦心設計，目的是使皇權不被分割，也不致為旁人取代。這種皇帝個人高度集權的制度在有明一代貫徹始終。從理論上講，皇帝的大權不應旁落，但這種理論並不總是能和實際相一致。萬曆皇帝9歲臨朝，又如何能指望他乾綱獨斷，對國家大事親自來做出決定？多年之後，萬曆皇帝回顧當時的情形，也會清楚地記得他不過是把大伴馮保的指示告訴元輔張先生，又把元輔張先生的票擬按照大伴馮保的建議寫成朱批。對於年幼的萬曆皇帝，張、馮兩人都不可或缺。但在他沖齡之際，自然也決不可能預見到內閣大學士和司禮太監的密切合作，會給今後的朝政帶來多麼嚴重的後果。
一般人往往以為明代的宦官不過是宮中的普通賤役，干預政治只是由於後期皇帝的昏庸造成的反常現象，這是一種誤解。誠然，有不少宦世出自貧家，因為生活困難或秉性無賴而自宮，進入內廷。但如果把所有的宦官統統看成無能之輩，不過以阿諛見寵，因寵弄權，則不符事實。從創業之君洪武皇帝開始，就讓宦官參預政治，經常派遣他們作自己的代表到外國詔諭其國王，派遣宦官到國內各地考察稅收的事情也屢見不鮮。中葉以後，宦官作為皇帝的私人秘書已經是不可避免的趨勢。皇帝每天需要閱讀幾十件奏章，這些奏章文字冗長，其中所談的問題又總是使用儒家的傳統觀念和語言來加以表達，很不容易弄清其中問題的主次和它的真正含義，更不用說還夾雜了極多的專門名詞和人名地名。所以皇帝必須委派五六名司禮監中的太監作為「秉筆太監」，由他們仔細研究各種題本奏本，向自己作扼要的口頭匯報。秉筆太監閱讀研究這些奏章需要付出很大的耐心和花費很多的時間，他們輪流值班，有時要看到夜半，才能第二天在御前對奏章的內容作出準確的解釋。經過他們的解釋皇帝對大多數的奏章就只需抽看其中的重要段落、注意人名地名就足夠了。皇帝閱讀過的奏章，通常都要送到文淵閣由內閣大學士票擬作答。從道理上說，皇帝可以把大學士的票擬全部推翻而自擬批答。但這並不是常見的現象，因為這種做法表示了他對大學士的不信任，後者在眾目睽睽之下會被迫辭職。按本朝的傳統原則，為了保持政局的穩定，如果沒有特殊事故，大學士決不輕易撤調，所以上述情況必須盡量加以避免的。一個精明的皇帝能夠做到讓大學士的票擬永遠體現自己的意圖而不發生爭執，這種微妙的關係又少不了秉筆太監的從中協調。
僅憑皇帝的寵信，目不識丁的宦官被擢升為御前的司禮大太監，在本朝的歷史上雖非絕無僅有，但也屈指可數。一般來說，秉筆太監都受過良好的教育。當他們在10歲之前，就因為他們的天賦聰明而被送入宮內的「內書堂」，也就是特設的宦官學校。內書堂的教師都是翰林院翰林，宦官在這裡所受的教育和外邊的世家子弟幾乎沒有不同；畢業之後的逐步陞遷，所根據的標準也和文官的仕途相似。有些特別優秀的秉筆太監，其文字水平竟可以修飾出於大學士之手的文章辭藻。所以他們被稱為秉筆，在御前具有如上述的重要地位，決非等閒僥倖。
他們和高級文官一樣服用緋色袍服，以有別於低級宦官的青色服裝。有人的還可以得到特賜蟒袍和飛魚服、鬥牛服的榮寵。他們可以在皇城大路上乘馬，在宮內乘肩輿，這都是為人臣者所能得到的最高待遇。他們的威風權勢超過了六部尚書。但是這種顯赫的威權又為另一項規定所限制：他們不能走出皇城，他們與文官永遠隔絕，其任免決定於皇帝一個人的意志，他們也只對皇帝直接負責。
這種秉筆太監的制度及其有關限制，如果執行得當，皇帝可以成為文臣和太監之間的平衡者，左提右挈，收相互制約之效。然而情況並不能經常如此。前幾十年就曾出現過劉瑾這樣權傾朝野、劣跡昭著的太監，到此時，馮保既與張居正關係密切，而惟一足以駕馭他的皇帝又正值沖齡，因時際會，他就得以成為一個不同於過去「無名英雄」式的宦官。當然，在小皇帝萬曆的心目中，絕不會想到他的大伴正在玩弄權力，貽害朝廷。馮保給人的印象是平和謹慎，雖然算不了學者，但是喜愛讀書寫字，彈琴下棋，有君子之風。他之得被任命為司禮太監，也有過一段曲折。原來在嘉靖時期，他已經是秉筆太監之一。隆慶時期，他被派掌管東廠。東廠是管理錦衣衛的特務機構，乃是皇帝的耳目，根據過去的成例，管廠者必升司禮太監。而由於他和大學士高拱不睦，沒有能夠升任這個太監中的最高職位。直到萬曆即位，高拱被逐，他才被太后授予此職。
1577年秋天，朝廷又發生了一起嚴重的事件。大學士張居正的父親在湖廣江陵去世，按規定，張居正應當停職，回原籍守制，以符合「四書」中所說的父母三年之喪這一原則。張居正照例報告丁憂，這使得萬曆大為不安。皇帝當時雖然已經15歲，但是國家大事和御前教育仍然需要元輔的不可缺少的襄助。再說過去由於地位重要而不能離職的官員，由皇帝指令「奪情」而不丁憂守制，也不是沒有先例。於是皇帝在和兩位皇太后商量之後，決定照此先例慰留張先生。在大伴馮保的協助之下，皇帝以半懇請半命令的語氣要求張先生在職居喪。張居正出於孝思，繼續提出第二次和第三次申請，但都沒有被批准。最後一次的批示上，皇帝還說明慰留張先生是出於太后的懿旨。這些文書從文淵閣到宮內來回傳遞，距離不過1000米內外，但是有意思的是不論是奏章或者朱批還都要送到午門的六科廊房發抄，使大小官員行以閱讀原文，瞭解事情的全部真相。
然而官員們的反映並不全如理想。他們不相信張居正請示離職丁憂的誠意，進而懷疑奪情一議是否出自皇室的主張。翰林院中負責記述本朝歷史的各位編修均深感自身具有重大的責任。因為他們的職責就是要在記述中體現本朝按照聖經賢傳的教導辦事的精神，如果沒有這種精神，朝廷就一定不能管理好天下的蒼生赤子。統治我們這個龐大帝國，專靠嚴刑峻法是不可能的，其秘訣在於運用倫理道理的力量使卑下者服從尊上，女人聽男人的吩咐，而未受教育的愚民則以讀書識字的人作為楷模。而這一切都需要朝廷以自身的行動為天下作出表率。很多翰林來自民間，他們知道法治的力量有一定的限度，但一個人只要懂得忠孝大節，他就自然地會正直而守法。現在要是皇帝的老師不能遵守這些原則，把三年的父母之喪看成無足輕重，這如何能使億萬小民心悅誠服？
在萬曆並未與聞的情況下，翰林院的幾十名官員請示吏部尚書張瀚和他們一起去到張居正的私邸向他當面提出勸告，想讓張居正放棄偽裝，離職丁憂。他們還認為，即使為張居正個人的前途著想，他也應當同意大家的意見居喪27個月，以挽回官員們對他失去的信心。但是勸說不得結果。張居正告訴他們，是皇帝的聖旨命令本人留在北京，你們要強迫本人離職，莫非是為了想加害於本人？
吏部尚書張瀚，一向被認為是張居正的私人。他在張居正的破格提拔下身居要職，在任內也惟有文淵閣的指示是聽。當他參加了這次私邸勸告以後，他就立即被人參奏，參奏中一字不提他和元輔的這次衝突，而是假借別的小事迫使他下台。這一參奏引起了官員們更大的憤怒，因為他們清楚地知道，朝廷的糾察官員即110名監察御史和52名給事中，都屬於張居正夾袋中的人物，他們從來只糾察對張居正不利的人而不顧輿論。
官員們的憤怒使他們下定決心採取另一種方式，他們直接向萬曆參奏張居正。嚴格地說來，翰林編修上本是一種超越職權的行為，遭到反擊的機會極大。但是他們熟讀孔孟之書，研究歷史興亡之道，面對這種違反倫常的虛偽矯情，如果不力加諍諫而聽之任之，必然會影響到本朝的安危。而且，本朝歷史上集體上書的成例具在，最先往往由職位較低的人用委婉的文字上奏，以後接踵而來的奏章，辭句也會越來越激烈。皇帝因此震怒，當然會處分這些上奏的人，但其他的高級官員會感到這是公意之所在，就要請求皇帝的宥免，同時又不得不對問題發表公正的意見。這樣就迫使整個朝廷捲入了這場爭端，即使抗議失敗，鼓動輿論，發揚士氣，揭發糾舉的目的已經達到。哪怕有少數人由此犧牲，也可以因為堅持了正義而流芳百世。
糾舉張居正的事件按照這一程度開始。最先由兩名翰林以平靜的語調在奏章中提出：因為父喪而帶來的悲痛，使張居正的思想已不能如以前的綿密。強迫他奪情留任，既有背於人子的天性，國家大事也很難期望再能像從前那樣處理得有條不紊，所以不如准許他回籍丁憂，庶幾公私兩便。在兩名翰林之後，接著有兩個刑部官員以激烈的語氣上書，內稱張居正貪戀祿位，不肯丁憂，置父母之恩於個人名利之下。如果皇上為其所惑，將帶給朝廷以不良的觀感，因此懇請皇上勒令他回籍，閉門思過，只有如此，才能對人心士氣有所挽回。
張居正既被參奏，就按照慣例停止一切公私往來，在家靜候處置。但是暗中的活動並沒有停止，他的意圖會及時傳達到馮保和代理閣務的二輔那裡。箇中詳情，當然沒有人可以確切敘述。我們所能知道的就是嚴厲的硃筆御批，參張的官員一律受到嚴懲。他們的罪名不在於觸犯首輔而在於藐視皇帝。
聖旨一下，錦衣衛把4個犯官逮到午門之外。兩個翰林各受廷杖60下，並予以「削籍」，即褫奪了文官的身份而降為庶民。另外兩個官員因為言辭更加孟浪，多打20下。打完以後再充軍邊省，終身不赦。掌刑人員十分瞭然於犯官的罪惡，打來也特別用力。十幾下以後，犯官的臀部即皮開肉綻，繼之而血肉狼藉。受責者有一人昏死，嗣後的復甦，也被公認為是一個奇跡；另一個人受刑痊癒之後，臀部變成了一邊大一邊小。刑罷以後，錦衣衛把半死半活的犯官裹以厚布，拽出宮門之外，聽憑家屬領回治療。有一些官員向犯官致以慰問，被東廠的偵緝人員一一記下姓名，其中的某些人且在以後被傳訊是否同謀。
皇帝的行動如此堅決而且迅速，無疑大出於反張派的意料之外。皇帝緊接著又降下敕書，內稱，參奏張居正的人假借忠孝之名掩蓋一個大逆不道的目的，即欺負朕躬年幼，妄圖趕走輔弼，使朕躬孤立無援而得遂其私。此次給予杖責，不過是小示儆戒，如果有人膽敢繼續頑抗，當然要給予更嚴厲的處罰。這樣嚴肅的語氣，等於為再敢以行動倒張的官員預定了叛逆罪，使人已無抗辯的餘地。這一恐嚇立即收到應有的效果。除了一名辦事進士名叫鄒元標的又繼續上疏彈劾以外，沒有別人再提起張居正的不忠不孝。事情就此結束。最低限度在今後5年之內不再有人參劾元輔，非議奪情。至於那個鄒元標，由於奏章呈送在敕書傳遍百官之前，因此加恩只予廷杖並充軍貴州。此人在以後還要興風作浪，這裡暫時不表。
張居正用布袍代替錦袍，以牛角腰帶代替玉帶，穿著這樣的喪服在文淵閣照常辦事。皇帝批准了他的請求，停發他的官俸，但同時命令宮中按時致送柴火油鹽等日用品，光祿寺致送酒宴，以示關懷優待。倒張不遂的官員大批掛冠離職，他們推托說身體衰弱或家人有故，所以請求給假或退休。此時北京城內還發現傳單，內容是揭露張居正謀逆不軌。東廠人員追查傳單的印製沒有結果，只好把它們銷毀，不再呈報給皇帝，以免另生枝節。
次年，即1578年，張居正服用紅袍玉帶參與了皇帝的大婚典禮。禮畢後又換上布袍角帶回籍葬父。他從陽曆4月中旬離京，7月中旬返京，時間長達3個月。即使在離京期間，他仍然處理重要政務。因為凡屬重要文件，皇帝還要特派飛騎傳送到離京1000里的江陵張宅請張先生區處。
張居正這一次的旅行，排場之浩大，氣勢之渲赫，當然都在錦衣衛人員的耳目之中。但錦衣衛的主管者是馮保，他必然會合乎分寸地呈報於御前。直到後來，人們才知道元輔的坐轎要32個轎夫扛抬，內分臥室及客室，還有小僮兩名在內伺候。隨從的侍衛中，引人注目的是一隊鳥銃手，乃是總兵戚繼光所委派，而鳥銃在當日尚屬時髦的火器。張居正行經各地，不僅地方官一律郊迎，而且當地的藩王也打破傳統出府迎送，和元輔張先生行賓主之禮。
隊伍行抵河南新鄭縣，張居正見到了被廢鄉居的故友高拱。兩人相見，恍如夢寐。張居正盡力棄嫌修好，指著自己的鬢邊白髮，對高拱感慨不已。高拱當時已經老病，兩人見面後僅僅幾個月，他就與世長辭了。張居正絕對沒有預料到，他和高拱之間的嫌隙，不僅沒有隨著這次會面而消弭，而且還在他們身後別生枝節，引出了可悲的結果。
1578年前後，年輕的皇帝對張居正的信任達到最高點。這種罕見的情誼在張居正離京以前的一次君臣談話中表現得最為充分。張先生啟奏說，他前番的被攻擊，原因在於一心為朝廷辦事，不顧其他，以致怨謗交集；萬曆則表示他非常明白，張先生的忠忱的確上薄雲天。說完以後，君臣感極而泣。張居正回籍葬父，這3個月的睽違離別，是他們一生中唯一的一次，所以更特別長久。待至元輔返京，萬曆在欣慰之餘，更增加了對張先生的倚重。這年秋天，張居正的母親趙氏，經由大運河到達北京。不久她就被宣召進宮與兩位太后相見，加恩免行國禮而行家人之禮，並贈給她以各項珍貴的禮品。在接受這些信任和榮寵之際，張居正母子不明白也不可能明白這樣一個事實：皇室的情誼不同於世俗，它不具有世俗友誼的那種由於互相關懷而產生的永久性。
1578年皇帝的大婚，並不是什麼震憾人心的重大事件。當時皇帝年僅14，皇后年僅13。皇后王氏是平民的女兒，萬曆和她結婚，完全是依從母后慈聖的願望。她望孫心切，而且是越早越好，越多越好。皇后一經冊立，皇帝再冊立其他妃嬪即為合法，她們都可以為皇帝生兒育女。
王皇后是一個不幸的女性，後來被謚為孝端皇后。她享有宮廷內的一切尊榮，但是缺乏一個普通妻子可以得到的快樂。在實際上，她只是一種制度的附件。按照傳統的習慣，她有義務或者說是權利侍候皇帝的嫡母仁聖太后，譬如扶持太后下轎；皇帝另娶妃嬪，她又要率領這些女人拜告祖廟。這種種禮節，她都能按部就班地照辦不誤，所以被稱為孝端。但是，她也留給人們以另一種記憶，即經常拷打宮女，並有很多人死於杖下。
萬曆並不只是對皇后沒有興趣，他對其他妃嬪也同樣沒有興趣。在他生活中佔有重要地位的女人還要在幾年之後才與他邂逅相遇。這時，他空虛和煩躁。宮廷固然偉大，但是單調。即使有宮室的畫棟雕樑和其他豪華裝飾，紫禁城也無非是同一模式的再三再四的重複。每至一定的節令，成百成千的宦官宮女，把身上的皮裘換成綢緞，又換成輕紗；又按照時間表把花卉從暖房中取出，或者是把落葉打掃，御溝疏通，這一切都不能改變精神世界中的空虛和寂寞。在按著固定節奏流逝的時光之中，既缺乏動人心魄的事件，也缺乏令人企羨的奇遇。這種冷酷的氣氛籠罩一切，即使貴為天子，也很難有所改變。
大婚之後，年輕的皇帝脫離了太后的日夜監視。不久，他就發覺大婚這件事，在給予他以無聊的同時，也帶給了他打破這單調和空虛的絕好機會。他完全可能獲得一種比較有趣的生活。事情是這樣開始的。有一個名叫孫海的宦官，引導皇帝在皇城的別墅「西內」舉行了一次極盡歡樂的夜宴。這裡有湖泊、石橋、寶塔，風景宜人，喇嘛寺旁所蓄養的上千隻白鶴點綴其間，使得在聖賢經傳的教條之中和太后的嚴格管教之下長大的皇帝恍如置身於蓬萊仙境。新的生活天地既經打開，萬曆皇帝更加厭倦紫禁城裡的日月。在西內的夜遊成了他生活中不可或缺的部分。他身穿緊袖衣衫，腰懸寶刀，在群閹的簇擁之下，經常帶著酒意在園中橫衝直闖。1580年，萬曆已經17歲，在一次夜宴上，他興高采烈地傳旨要兩個宮女歌唱新曲。宮女奏稱不會，皇帝立即龍顏大怒，說她們違抗聖旨，理應斬首。結果是截去了這兩名宮女的長髮以象徵斬首。當時還有隨從人員對皇帝的行動作了勸諫，此人也被拖出來責打一頓。全部經過有如一場鬧劇。
這一場鬧劇通過大伴馮保而為太后所知悉。太后以異常的悲痛責備自己沒有盡到對皇帝的督導教育，她脫去簪環，準備祭告祖廟，廢掉這個失德之君而代之以皇弟潞王。年輕的皇帝跪下懇請母后開恩。直至他跪了很久以後，太后才答應給她以自新的機會，並且吩咐他和張先生商量，訂出切實的改過方案。元輔良師責令皇帝自己檢查過失。引導皇帝走上邪路的宦官被勒令向軍隊報到，聽候處理。經和馮保商議之後，張居正又大批斥退皇帝的近侍，特別是那些年輕的活躍分子。他還自告奮勇承擔了對皇帝私生活的照料，每天派遣四名翰林，在皇帝燕居時以經史文墨娛悅聖情。
但是不論張居正如何精明幹練，皇帝私生活中有一條他是永遠無法干預的，這就是女色。皇宮裡的幾千名宮女都歸皇帝個人私有，皇帝與她們中的任何一個發生關係都合理合法。作為法定的妻子，天子有皇后一人，經常有皇貴妃一人，還有數量更多的妃和嬪。有鑒於正德皇帝死而無後，朝廷內外都一致認為皇帝應該擁有許多妃嬪，以廣子嗣。萬曆一天而冊封九嬪，就得到過張居正的贊助。
大量的宮女都出身於北京及附近郊區的清白之家。經過多次的甄別與淘汰，入選者被女轎夫抬進宮門，從此就很難跨出宮門一步。這些女孩子的年齡在9歲至14歲之間，她們的容貌和生活經常成為騷人墨客筆下的題材。其實以容貌而論，一般來說僅僅端正，驚人的美麗並不是選擇的標準。至於她們的生活，那確實是值得同情的。皇宮裡真正的男人只有皇帝一個，得到皇帝垂青因而風雲際會，像慈聖太后的經歷一樣，這種機會不是沒有，但畢竟是極為罕見的。絕大多數的宮女在使婢生涯中度過了青春，中年以後也許配給某個宦官作伴，即所謂「答應」，也可能送到紫禁城的西北部養老打雜。經歷過這可悲可感的一生，最後老病而死，還不許家屬領取屍體。她們的屍體經過火化後，埋葬在沒有標記的墳墓裡。
極為罕見的機會居然在1581年來到。這一年冬天，慈聖太后跟前的一個宮女偶然被皇帝看中。這個年輕的宮女就是後來所稱的孝靖王娘娘，萬曆稱之為恭妃王氏。她在和萬曆發生關係以後不久就有了身孕。萬曆起初還不敢讓母后知道這件事，所以到1582年陽曆3月，他一日而娶九嬪的時候，她還不在其選。等到後來太后發現了這件事，不僅沒有發怒，反而因有了抱孫的機會而大為高興。王氏在7月被封為恭妃，8月生子，就完全合法。此子被命名為常洛，是萬曆的長子。當時宮廷內外喜氣洋洋，詔告全國減稅免刑，而且特派使節通知和本朝關係友好的朝鮮國王。但在各種正式文書之中，常洛的頭銜只是皇長子而不是太子。太子或任何「王」的頭銜必須經過正式的儀式鄭重冊封。
1582年可謂多事之秋。朝廷上另一件驚天動地的大事接著發生，元輔張居正沒來得及參與這次大慶，竟溘然長逝。開始得病，據說只是腹疾，有的醫生建議用涼藥下洩即可痊癒。但不久即病情轉劇而至不治，這實非意料之所及。張先生一心想整理全國賦稅，曾於1580年終以萬曆名義實施全國耕地丈量。量後統計還未開始，而他竟然賚志以沒，抱恨終天。像他這樣具有充沛精力的活動人物享年僅57歲，使很多人為之驚悼，但也有很多人在私下額手相慶。在他去世前9天，萬曆加封他以太師銜，這是文臣中至高無上的官銜，在本朝二百年的歷史中從未有人在生前得到這個榮譽。但是由於疾病很快奪去了他的生命，他已經無法利用這個新的榮譽再來增加自己的權威。
在這裡，我們暫且放下萬曆皇帝失去了張先生的悲痛而接著敘述他和女人的關係。在九嬪之中，有一位後來被封為皇貴妃、當時被稱為嬪的鄭氏。萬歷時年已經18歲，但對這個14歲的小女孩一往情深。當她一經介入萬曆的生活之中，就使皇帝把恭妃王氏置於腦後。更不尋常的是，他們的熱戀竟終生不渝，而且還由此埋伏下了本朝的一個極重的政治危機。
但是熱戀並不等於獨佔皇帝的枕席。萬曆共有八子十女，為8個不同的女人所生。鄭氏之所以能贏得萬歲的歡心，並不是具有閉月羞花的美貌，而是由於聰明機警，意志堅決，喜歡讀書，因而符合皇帝的感情上的需要。如果專恃色相，則寵愛決不能如此的歷久不衰。
自從張居正去世以後，萬曆脫出了翰林學士的羈絆；而自從他成為父親以來，慈聖太后也不再干預他的生活。但是，我們的皇帝在這個時候確實已經成年了，他已經不再有興趣和小宦官去胡鬧，他變成了一個喜歡讀書的人。他命令大學士把本朝祖宗的「實錄」抄出副本供他閱讀，又命令宦官在北京城內收買新出版的各種書籍，包括詩歌、論議、醫藥、劇本、小說等各個方面。
據說，淑嬪鄭氏和萬曆具有共同的讀書興趣，同時又能給萬曆以無微不至的照顧。這種精神上的一致，使這個年輕女人成了皇帝身邊一個不可缺少的人物。可以說，她是在最適當的時機來到了他的生活裡，填補了他精神上的缺陷。憑著機智和聰明，她很快就理解了命運為她所作的安排，因而抓住現實，發揮了最大的能動性，從而達到自己預期的目的。她看透了他雖然貴為天子，富有四海，但在實質上卻既柔且弱，也沒有人給他同情和保障。即使是他的母親，也常常有意無意地把他看成一具執行任務的機械，而忽視了他畢竟是一個有血有肉、既會衝動又會感傷的「人」。基於這種瞭解，她就能透徹地認清了作為一個妻子所能夠起到的作用。別的妃嬪對皇帝百依百順，但是心靈深處卻保持著距離和警惕，惟獨她毫無顧忌，敢於挑逗和嘲笑皇帝，同時又傾聽皇帝的訴苦，鼓勵皇帝增加信心。在名分上，她屬於姬妾，但是在精神上，她已經常常不把自己當作姬妾看待，而萬曆也真正感到了這種精神交流的力量。據宦官們私下談論，皇上和娘娘曾經儷影雙雙，在西內的寺院拜謁神佛，有時還一起作佛前的祈禱。她對萬曆優柔寡斷的性格感到不快，並且敢於用一種撒嬌譏諷的態度對他說：「陛下，您真是一位老太太！」
萬曆決心破除他帶給別人的這一柔弱的印象。在這忙碌的1582年，他勵精圖治，一連串重要的國家大事，尤其是有關人事的安排，都由他親自作出決定。可能就在這個時候，他觀看了宮廷內戲班演出的《華岳賜環記》，戲裡的國君感歎地唱著《左傳》中的「政由寧氏，祭則寡人」，意思是說重要的政事都由寧氏處理，作為國君，他只能主持祭祀一類的儀式。當日伺候萬曆看戲的人都會看到他的反應，戲台下的皇帝和戲台上的國君同樣地不舒服。
但是如何才能成為大權獨攬的名副其實的君主？對萬曆來說，第一件事情是使他的朝廷擺脫張居正的影響。那張居正的軀體已經離開了這個世界，但他影子仍然籠罩著這個朝廷。朝中的文武百官根據對張居正的態度而分為兩派，要就是擁護張居正，要就是反對張居正。擁張派的官員過去依靠張太師的提拔，他們主張奪情留職，在張太師得病期間公開出面為他祈禱；反張派則認定張居正是巨奸大猾、偽君子、獨裁者。在1582年，當皇帝本人還沒有對過去的種種徹底瞭解的時候，朝廷裡的鐘擺已經擺到了有利於反張派的一邊。皇帝也還沒有明白，繼張居正而為首輔的大學士張四維，他雖然也出於「大張」的提拔，但和自己的外祖父武清伯李偉相善而與大伴馮保有隙。他更沒有想到，這時的張四維還正在利用反張的情緒來鞏固自己的地位。
大風起於青萍之末，故太師張居正的被參是從一件事情開始的。皇帝下了一道詔書，內稱，過去丈量全國的土地，出現過許多不法行為，主要是各地強迫田主多報耕地，或者虛增面積，或者竟把房屋、墳地也列入耕地，而地方官則以此爭功。鑒於弊端如此嚴重，那一次丈量不能作為實事求是的稅收依據。年輕的皇帝認為由於自己敏銳的洞察力而實施了一大仁政，給了天下蒼生以蘇息的機會。他沒有想到，這道詔書雖然沒有提到張居正的名字，但一經頒布天下，過去按照張居正的指示而嚴格辦理丈量的地方官，已一概被指斥為佞臣；沒有徹底執行丈量的地方官，卻被田主頌揚為真正的民之父母。反張的運動由此揭開了序幕。大批嚴格辦理丈量的官員被參劾，他們都直接或間接與故太師張居正有關。他們劣跡多端，而細加推究，其所以膽大妄為，乃因後邊還有張居正的支持。這一運動慢慢地、但是有進無退地蔓延開去，而參與者也清楚地知道現在和當年勸諫奪情的時候，政治形勢已經大不相同，他們揭發事實，製造輿論，使張居正的形象逐步變得虛偽和毒辣。到1582年年底，張居正去世僅僅半年，他已經被蓋棺論定，罪狀有欺君毒民、接受賄賂、賣官鬻爵、任用私人、放縱奴僕凌辱縉紳，等等，歸結到最後，就是結黨營私，妄圖把持朝廷大權，居心叵測云云。
這一切使年輕的皇帝感到他對張居正的信任是一種不幸的歷史錯誤。張先生言行不一，他滿口節儉，但是事實證明他的私生活極其奢侈。他積聚了許多珠玉玩好和書畫名跡，還蓄養了許多絕色佳人，這些都是由趨奉他的佞幸呈送的。得悉了此項新聞，萬曆又感到十分傷心。這10年來，他身居九五之尊，但是被限制到沒有錢賞賜宮女，以致不得不記錄在冊子上等待有錢以後再行兌現；他的外祖父因為收入不足，被迫以攬納公家物品牟利而被當眾申飭。但是，這位節儉的倡導者、以聖賢自居的張居正，竟如此口是心非地佔盡了實利！
從1582年的冬天到1583年的春天的幾個月之間，皇帝的情緒陷於紊亂。大學士張四維提議建造壽宮，即預築皇帝的陵墓，以此來分散皇帝對張居正事件的不快。1583年春，適逢三年一度的會試。按照傳統，皇帝以自己的名義親自主持殿試，策文的題目長達500字。他詢問這些與試舉人，為什麼他越想勵精圖治，但後果卻是官僚的更加腐化和法令的更加鬆懈？這原因，是在於他缺乏仁民愛物的精神，還是在於他的優柔寡斷？毫無疑問，這樣尖銳的試題，如果不是出於皇帝自己的指示，臣下是決不敢擅擬的。
如果說萬曆確有優柔寡斷的缺點，他的廷臣卻正在勇往直前。清算張居正的運動繼續發展，事情一定要弄到水落石出。這幾個月之中，幾乎所有因觸犯故太師而得罪的官員一律得到起復，降為庶民的復職，充軍邊地的召回。至於這些人所受的處分是否咎由應得，則不在考慮之列。但是清算運動還有一大障礙，就是司禮太監馮保。他和張居正串通一氣，至今還掌握著東廠的錦衣衛特務，如果不加翦除，畢竟後患無窮。於是又由馮保的下屬，兩個司禮監宦官出頭直接向皇帝檢舉：萬歲爺的親信之中，以馮保最為狡猾。他假裝清廉，但前後接受的賄賂數以億萬計。甚至在張居正去世之日，他還親自到張家取出珠簾五副，夜明珠九顆，都是無價之寶。萬歲爺理應把他的罪狀公佈於天下，並籍沒其家產。他們的說辭娓娓動聽，除了馮保的遺缺司禮太監和東廠應由他們兩人分別接替以外，所有想說的話都已說盡。
但是皇帝還在猶豫：「要是大伴上殿吵鬧爭辯，又當如何應付？」
宦官啟奏：「萬歲爺，馮保縱有天大的膽子也不敢如此妄為！」
於是依計而行，下詔宣佈馮保有十二大罪，欺君蠹國，本應叛處極刑，姑念尚有微功，從寬發往南京閒住。這位大伴從此終身被軟禁於南京孝陵，死後也葬在孝陵附近。他的財產全部被沒收。因為從法律觀念來說，皇帝擁有天下的一切，私人之所以得以擁有財產，這是出於皇帝的恩典和賞賜。皇家的恩典在馮保身上一經撤去，抄家即為應有的文章，無須多作解釋。沒收所得的財產，雖然不能像別人所說的那樣駭人聽聞，但也極為可觀。萬曆皇帝對此既喜且怒：當時皇弟潞王成婚在即，這批珠玉珍異正好用得其所；而一個宦官居然擁有如許家財，可見天子的大權旁落到了什麼程度！
依此類推，還應該沒收張居正的財產，因為他比馮保罪惡更大而且更富。但是萬曆一時下不了這個決心。一提到張居正，各種複雜的記憶就會在他的心頭湧集。所以在馮保被擯斥後，有一位御史繼續上本參奏張居正十四大罪，皇帝用朱批回答說張居正蔽主殃民，殊負恩眷，但是「侍朕沖齡，有十年輔理之功，今已歿，姑貸不究，以全始終」。
然而在兩年之後，即1584年，萬曆就改變態度而籍沒了張居正的家。這一改變的因素可能有二。其一為鄭氏的作用，其二為慈聖太后的干預。鄭氏在1583年由淑嬪升為德妃，1584年又進為貴妃，這幾年間已經成為皇帝生活中的重心。在朝臣的心目中，她不是一個安分守己的婦女，萬曆的種種重大措施，很難說她未曾與聞，因為對皇帝，在當時沒有人比她有更大的影響。也許正是在她的影響之下，皇帝的心腸才陡然變硬。至於慈聖太后家族和張居正之間的嫌隙，已如上文所述。張居正在世之日，武清伯自己曾被申飭，受到監視，對自己的言行不得不十分謹慎檢點。等到張居正一死，情況就急轉直下。三個月之後，武清伯被提升為武清侯，整個朝廷的傾向，由於對張居正的怨毒而轉到了對他有利的方面。他如何利用這種有利的形勢而向慈聖示意，同樣也非外人能獲悉。
在上述兩個因素之外，高拱遺著的出現，在徹底解決張居正的問題中起了重要的作用。高拱生前，曾經暗中和李偉結納，希望通過李偉向皇室婉轉陳辭，說明加在他身上的罪狀屬於「莫須有」，全系張、馮兩人所構陷。當時李偉自身難保，高拱這一願望因此無由實現。現在張居正已經死後倒台，但皇帝還沒有下絕情辣手，這時高拱的遺著《病榻遺言》就及時地刊刻問世。書中歷數張、馮的罪惡而為自己洗刷，主要有兩大問題。
第一，高拱堅持他在降慶皇帝駕崩以前就已看出了馮保的不端並決意把他擯斥。馮保一貫賣官鬻爵，但最為不可忍受的是，當1572年皇太子接見百官時，他竟利用扶持之便，站在寶座旁邊不肯退走。百官向皇太子叩頭行禮，也等於向閹人馮保叩頭行禮。這種做法充分暴露了他的狼子野心。書中接著說，當著者擯斥馮保的行動尚未具體化之前，馮保搶先下了毒手，和張居正同謀，騙得了皇太后的懿旨，把自己逐出朝廷。著者承認，他當時確實說過皇上只有9歲，但並沒有任何不敬的話，而只是說新皇帝年輕，怕為宦官所誤，有如正德皇帝14歲登極後的情況一樣。張、馮二人卻把他的話故意歪曲，以作為誣陷的根據。
第二，即所謂王大臣的案件。1573年陽曆2月20日，也就是萬曆登極、高拱被逐以後半年，當日清晨有一個人喬裝宦官在宮門前為衛士拘留。經訊問，此人供稱名叫王大臣，以前在別人家裡充當僕役，現在沒有僱主。這種閒雜分子在禁衛森嚴的宮門口出現而被拘留詢問，過去也不止一起地發生過，但這個王大臣究竟目的何在，則始終沒有弄清楚。
《病榻遺言》的作者高拱，堅決聲稱王大臣來自總兵戚繼光的麾下。戚繼光當時正在張居正的提拔下飛黃騰達，要是這個莫名其妙的王大臣果如高拱所說，豈不要招來極大的麻煩？經過一番策劃，馮保等人定下了反守為攻之計，決定借用王大臣作為把高拱置於死地的工具。於是馮保就將兩把精緻的短劍放在王大臣衣服內，要他招認是受高拱派遣，前來謀害當今皇帝。如果王大臣的口供得以成立，他可以無罪並得到一大筆報酬。張居正則運動鞫訊此案的文官，要他們迅速結案，以便處死高拱滅口。
馮、張的計劃沒有實現。負責審訊的文官不願參與這項陰謀。王大臣也覺悟到如果供認謀刺皇帝，下場決不能美妙到不僅無罪，而且領賞，於是在東廠主持的初步審訊中翻供，暴露了馮保的教唆和陷害。這時馮保陷入困境，乃以毒藥放在酒內，逼令王大臣喝下去，破壞了他的聲帶。兩天之後公開鞫問，由於犯人已經不能言語，無法查出真正的結果。王大臣仍然被判死刑，立時處決，以免牽累這項陰謀的參與者。
皇帝聽到這一故事，距離發生的時候已有10年。他雖不能判斷這一切是否全系真實情況，但至少也不會毫無根據。因為他還模糊地記得，10年以前，宦官告訴他有壞人闖進宮內，而且張先生叮囑皇帝要謹慎地防備這種圖謀不軌的報告，還仍在文書檔案之內。他滿腹狐疑，立即命令有關官員把審訊王大臣的檔案送御前查閱。查閱並無結果。因為審訊記錄上只寫著王大臣脅下藏有短劍兩把，別無詳情，此案的結果則是王大臣經過審訊後在1573年陽曆3月25日處決。這一重案竟如此不了了之，使已經成年的皇帝大為不滿。他一度下旨派員徹底追查全案，後來由大學士申時行的勸告而中止。申時行說，事情已經過去10年，除了馮保以外，所有與本案有關的重要人物都已去世，如果再作清查，不僅水落石出的可能性甚少，於事無補，反而會有不少人無端被牽連，引起不安。
高拱在生前就以權術聞名於朝官之間。這一《病榻遺言》是否出自他的手筆還大可研究。即使確係他的手筆或系他的口述，其中情節的真實性也難於判斷。但當日確有許多人堅信書中所述真實不虛，許多證據十分可靠。遺憾的是此書問世之時，差不多所有能夠成為見證的人都已離開了塵世。
此書內容的可靠程度可以另作別論，但至少，它的出版在朝野都產生了極大的影響，成為最後處理張居正一案的強烈催化劑。在這以後，在萬曆皇帝對張先生的回憶之中，連勉強保留下來的一部分敬愛也化為烏有。他發現，他和他的母后曾誤信張居正的所作所為是出於保障皇位的忠誠，而現在看來，張居正不過是出於卑鄙的動機而賣友求榮，他純粹是一個玩弄陰謀與權術的人。
更加嚴重的問題還在繼續被揭發。有一種說法是張居正生前竟有謀反篡位的野心，總兵戚繼光的精銳部隊是政變的後盾。持這種說法的人舉出兩件事實作為根據。其一，一次應天府鄉試，試官所出的題目竟是「舜亦以命禹」，就是說皇位屬於有德者，應當像舜、禹之間那樣，實行禪讓。這樣居心險惡的題目，對張居正為勸進，對天下為輿論的準備。其二，張居正經常處於佞幸者的包圍之中，他們奉承張居正有人主之風，而張居正竟敢含笑不語。對於前者，即使真像旁人所說，過錯也並不能直接歸於張居正；對於後者，不妨目之為驕奢僭罔，這些都還可以容忍。最使萬曆感到不可饒恕的是張居正對別人奉承他為當今的伊尹居然安之若素。伊尹是商代的賢相，輔佐成湯取得天下。成湯去世，又輔佐他的孫子太甲。太甲無道，伊尹就廢之而自代。經過三年，直到太甲悔過，伊尹才允許他繼續做商朝的君主。由於十年來的朝夕相處，萬曆對張居正畢竟有所瞭解，他並不相信張居正真有謀逆篡位的野心，然而張居正以師尊和元輔的身份經常對皇帝施加壓力，難道不正是當年伊尹的翻版嗎？張居正成了伊尹，皇帝自己又豈非無道的太甲？
對於張居正及其遺屬的處理，在1583年夏季以前，萬曆已經褫奪了張居正三個兒子的官職，撤銷了張居正本人生前所得到的太師頭銜。儘管情況仍在進展，但是他仍想適可而止，以全始終。又過了一年，即1584年陽曆5月，遼王的王妃控訴張居正生前出於個人恩怨，又為了攘奪府邸而蒙蔽聖聰，廢黜遼王，理應籍沒。這時萬曆覺得張居正竟敢侵犯皇室以自肥，實屬罪無可逭，因此下決心同意了這一請求。
張居正死後兩年再被抄沒家財，在技術上還造成了一些更加複雜的情況。按本朝的習慣，所抄沒的家財，應該是張居正死後的全部家財，這兩年之內被家屬花費、轉移的物資錢財必須全部追補，即所謂「追贓」。而應該追補的數字又無法有確切的根據，所以只能根據「情理」的估計。張居正生前毫無節儉的名聲，負責「追贓」的官員即使意存袒護，也決不敢把這個數字估計過低。張居正的弟弟和兒子在原籍江陵被拘留，湊繳的各種財物約值白銀10萬兩以上。這個數字遠不能符合估計，於是執行「追贓」的官員對張居正的長子張敬修嚴刑拷打。張敬修供稱，確實還有白銀30萬兩寄存在各處，但招供的當晚他即自縊身死，幾天之後，張家的一個僕人也繼而自殺。
抄沒後的財物110台被抬進宮門，其中包括御筆四紙，也就是當年皇帝賞賜的、稱頌張先生為忠臣的大字。財物中並沒有值得注意的珍品。萬曆皇帝是否親自看過這些東西或者他看過以後有無反應，全都不見於史書的記載。當日唯一可能阻止這一抄家措施的人是慈聖太后，但是她並沒有這樣做，也許她正在為她的父親武清侯李偉的去世傷悼不已而無心置問。李偉死後被封為國公，並允許長子襲爵。要是張居正還在，這種本朝所未有的殊榮曠典是決不可能被授予的，他一定會用愛惜朝廷名器這一大題目出而作梗。僅憑這一點，慈聖太后也不可能再對張居正有任何好感。
在抄家之後，有兩個人呈請皇帝對張居正的老母額外加恩。萬曆一面批准以空宅一所和田地1000畝作為贍養，一面又指責了這兩個呈請者。大學士申時行遭到了溫和的申誡，刑部尚書潘季馴則由於誇大張氏家人的慘狀而被革職為民。
事態既然發展到這一地步，萬曆已經無法後退。對這兩年的一切措施，也有必要向天下臣民作出交代。要說張居正謀逆篡位，一則缺乏證據，二則對皇室也並無裨益，所以，在抄家4個月這後，即1584年陽曆9月，才正式宣佈了總結性的罪狀：「誣蔑親藩，侵奪王墳府第，箝制言官，蔽塞朕聰，專權亂政」，本當剖棺戮屍，僅僅因為他多年效勞，姑且加恩寬免。他的弟弟和兩個兒子被送到煙瘴地面充軍。
元輔張居正死後被清算，大伴馮保被驅逐出京，皇帝至此已經實際掌握了政府的大權。但是不久以後，他就會發覺他擺脫了張、馮之後所得到的自主之權，仍然受到種種約束，即使貴為天子，也不過是一種制度所需要產物。他逐漸明白，倒掉張居正，真正的受益者並不是他自己。在倒張的人物中可以分為兩類。一類人物強硬而堅決，同時又頑固而拘泥。張居正的案件一經結束，他們立即把攻擊的目標轉向皇帝。在勸諫的名義下，他們批評皇帝奢侈懶惰，個人享樂至上，寵愛德妃鄭氏冷落恭妃王氏，如此等等。總而言之，他們要把他強迫納入他們所設置的規範，而不讓他的個性自由發展。另一類人物則乾脆是為了爭權奪利。他們利用道德上的辭藻作為裝飾，聲稱只有他們才能具有如此的眼光及力量來暴露張馮集團的本質。而張馮被劾之後在朝廷上空出來的大批職務，他們就當仁不讓，安排親友。
現在到了1587年，萬曆皇帝還只有24歲，但登上天子的寶座卻已經15年了。對他來說，這15年似乎顯得特別漫長，因為有許多重複的事件和不變的禮儀要他去應付，即使是一年以前，他的愛妃鄭氏生下皇子常洵，也並不能給他多少安慰。接近他的人可以看出，皇帝陛下正在越來越感到生活的單調和疲勞。上一年，他主持殿試，試題的內容是「無為而治」，他對生活的厭倦已經越出了內心世界而要開始見諸行動了。
然而萬曆陛下的一朝，是本朝歷時最長的一朝。此後還有很多的事情要在他當政的年代裡發生，1587年不過剛剛是一個契機。這一年陽曆7月，正當元輔張居正先生去世5週年，皇帝端坐深宮，往事又重新在心頭湧現。他降諭工部，要工部如實查報，張居正在京內的住宅沒收歸官以後作何區處：是賣掉了，還是租給別人了？如果租給別人，又是租給誰了？工部的答覆沒有見於記錄。大約史官認為記載了這道上諭，已經可以表明皇帝當時微妙複雜的思緒，至於房屋或賣或租，對國家大事則無關緊要，就不必瑣碎饣丁饣豆地加以記錄了。
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