傳教士想讓康熙皇帝皈依基督教，成為第二個君士坦丁大帝，康熙告訴他們：「中國道理無窮，文義深奧，非爾西洋所可妄論！」
詭譎多變的氣候
當大明王朝的末代皇帝朱由檢吊死煤山，大順王李自成還沒來得及把御座暖熱的時候，皇城裡就又換了新的主人。儘管龍爭虎鬥一時攪得華夏神州風雨滿天，但時代的大氣候並未因之驟變，與明末的情況無大差異。
新主人除了給漢家臣民強安上一條長長的髮辮之外，也還帶來了許多陌生的東西。不過，對明王朝的基本法度，它還是大體繼承了下來。至於對洋教士們的寬容態度，開始時更是有過之而無不及。
瑪法的榮耀
住在京城裡的教士們對此似乎有先見之明，就在明家君臣面臨末日的到來，惶惶然不知所措的時候，洋客們卻顯得非常鎮靜，甚至較往常更流露出幾分希望和興奮。著名教士湯若望（Juan Adam Shall von Bell），原籍德國，曾在羅馬靈采研究院（即教廷研究院的前身）任院士，明天啟二年（1622年）來華，幾年後被召至宮廷參與修訂曆法。他在這時就曾斷言，如果明朝皇帝不在了，來一個新皇帝，對他也許會更好。事情果真被他言中了。
湯若望不但在京城安居下來，得以繼續為皇家治歷，而且很快被任命為清廷的欽天監監正，也就是國家天文臺台長。皇家對他的寵遇「迥逾常格」，不但法封屢加，而且尊貴的皇太后竟認這位洋人為義父，順治帝進尊稱其為「瑪法」（滿語爺爺的意思）。這位少年天子常將瑪法請入內廷，並屢次纖尊降貴，親至湯寓，移樽就教。湯若望自己記述說，在順治十三、十四兩年（1856、1857年），皇帝曾到其居處多達24次，並且在那裡吃飯、喝茶，這是以前任何一個皇帝從沒有如此賞光於教士的。順治帝重其人也禮其教，為天主堂御題「通微佳境」的匾額，並寫下《御制天主堂碑記》，以示恩寵。
沐浴著皇恩的春風，福音事業的聖樹頗有新枝頻抽、欣欣向榮之勢，到康熙三年（1664年）的時候，僅耶穌會就在中國各省建有教士住院42處，教堂159座，教徒人數多達24萬餘。此外，還有天主教的多明我會、方濟各會、奧斯定會在華活動。
一朝成死囚
然而，就在這個時候，一場險惡風暴襲來，湯若望和他的同仁們身罹一場莫大的災禍，這就是著名的「歷獄」，是繼明末南京教案之後的又一重大案事。
這次出面發難的是一個叫楊光先的官員，也在欽天監任職。他對外國人任中國皇家的欽天監監正，致華夏之邦「依西洋新法」，既不順眼又氣難平，便對湯若望指控問罪，但順治帝在世時未能奏效。等到順治帝晏駕，楊光先的機會來了。繼位者康熙皇帝玄燁，登基時年方八歲，由鰲拜等四位輔政大臣當權。鰲拜是一個保守而又陰鷙的人物，掀起一股「率祖制、復舊章」的狂潮。楊光先乘機發難，此番水到渠成，湯若望馬上以「潛謀造反」、「邪說惑眾」的罪名被逮捕。時在康熙三年（1664年）秋。
這時湯若望已73歲高齡，適患g痺之症，口舌結塞，過堂審訊，由作為「同案犯」的比利時籍耶穌會士南懷仁（Ferdinandus Verbiest）在旁代為申說。所謂潛謀造反之事，毫無實據，便以邪說惑眾的罪名定監絞候，也就是絞刑緩期執行。但楊光先意猶未足，又指控說，數年前順治帝幼子榮親王夭折，湯若望主持的欽天監所選殯葬時間大為不吉，以致殃及順治帝之死。這樣「罪同弒逆」，因議加重處肢解之刑。
康熙四年（1665年）四月一日，集合朝臣200餘人公同定案。不意案方議定，突然發生地震，朝臣紛紛驚惶散出，相顧失色。及至震止方入堂坐定，地復大震，屋宇搖蕩，牆壁傾頹。朝臣們懼為上天示警，遂議減輕「案犯」刑罰，將湯若望改判斬監候，南懷仁等三名教士釋放。
然而，大地仍是屢震不已，一連三日，人皆露宿。並且，京都上空又出現彗星，人們更加惴惴不安。鰲拜等人亦畏天意，不敢擅斷，只好向太皇太后請示。這位曾認湯若望為義父的孝莊文皇后，覽奏怒從心起，擲折於地，斥責眾臣不該將湯若望置於死地，命迅即開釋。這樣天助人憫，湯若望總算沒有五體分家、身首異處，但羞憤驚懼交加，病老之軀何堪承受，第二年便蒙主寵召了。
此案不僅累及駐京教士，在華福音事業的全局也不免遭到嚴重摧殘。與京中歷獄同時，各省督撫也奉旨拘拿教士，查禁堂宇，禁止天主教傳習。頓時，福音事業的春景消逝，蕭瑟隨生。
牛刀小試換乾坤
神州這個時節真是乍陰乍晴，風雲多變。及至康熙帝年事稍大，臨朝親政，便開始為蒙冤的教士們平反，恢復對他們的任用和禮遇，其福音事業在華遂又逢陽春一度。
康熙八年（1669年），年輕的君主在乾淨利落收拾了鰲拜的前夕，先行牛刀小試地制裁楊光先輩。不愧為英主，他略施小計，便恰到好處地以其人之道還治其人之身了。
歷獄之後，楊光先取代了湯若望任欽天監監正。其人本是個既剛愎自用又顢頇昏聵的人物，根本不懂什麼天文科學，他主持所訂曆法錯誤甚多。康熙帝先讓內侍請教於南懷仁等教士，洞徹其謬，掌握了把柄。這天，將禮部、欽天監的官員和南懷仁等教士召集在一起，宣明曆法系國家要務，各人勿懷夙仇，務當平心考察誰是誰非，是者從之，非者改之。然後，以教方所指錯謬當眾向楊光先質問。楊光先既羞又憤，蠻橫地與教士們爭執。教士們則心平氣和，據理駁辯。
第二天，康熙帝又令雙方當著眾多朝臣，現場測算日影和星象。結果，南懷仁推算得不差分毫，而楊光先則茫無所知。他卻上奏聲稱，中國乃堯舜之歷，是萬萬去不得的，如若用西洋曆法，必致短促國柞，不利子孫。
君上的傾向性本已明顯，楊光先如此不識時務，怎能不火上澆油？康熙帝斥其妄言，著即革職，命由南懷仁代任欽天監監正。接著即著手為歷獄徹底平反昭雪。對於教方來說，這無異是又換了一個乾坤。
巧機妙緣
康熙帝像乃父那樣任用和禮敬教士。他親臨天主教堂，御筆題寫「欽天」二字。給南懷仁屢加誥封，經常召見，與之講論西學。南懷仁病歿，康熙帝詔命賜葬，並派員致祭，又御制碑文，以示悼傷和獎譽。
康熙帝對天主教的寬容態度，不但直接惠及在華教士，而且誘使數萬里之外一個以「太陽王」自命的人野心膨脹。他就是法蘭西國王路易十四（Louis XIV）。他對葡萄牙壟斷中國教權早就於心不甘，這時乘機選派一批有競爭能力的耶穌會士赴華。這批人於康熙二十七年（1688年）抵達，受到康熙帝的召見，特命其中張誠（Joannes Franciscus Gerbillon）和白晉（Bouvet）留京供職，其餘赴省傳教。這便是法國耶穌會士人華之始。
康熙帝禮待教士，教士們也千方百計地投合這位中國君王的心意，有時還真能碰上走運的巧機妙緣。譬如，康熙三十二年（1693年）夏，不意「龍體」打起擺子，忽冷忽熱。太醫使出渾身解數全不奏效，而張誠等人獻上西藥奎寧，奇跡般地一服即愈。龍顏大悅自不待言，特賜地增建天主堂一所（即北京的「北堂」），並為該堂親題「萬有真源」匾額一方，另賜聯語，再御題律詩一首。甚至大帝的畫像，也和法三路易十四的肖像一起懸掛堂中。
隨著康熙帝對天主教傳佈的開禁，福音事業在華迅速得以恢復和發展。到康熙三十九年（1770年）時，中國的天主教徒已發展到約30萬之眾。
另外，此間俄國的東正教士也在北京設立教堂。雖說其傳教活動與天主教不可同日而語，但畢竟代表了基督教的又一大教派進入中國。
禮儀之爭
對上帝的寬鬆氣候未能保持多久，便因為一場所謂「禮儀之爭」再度趨於惡劣，最後陷入冰封雪飄的寒冬。
禮儀之爭先是在教方內部發生。相繼入華的天主教幾個修會的勢力當中，最佔優勢的耶穌會由葡萄牙控制，多明我會、方濟各會則屬西班牙把持。耶穌會士奉行利瑪竇式傳教術，多明我會、方濟各會的教士多不以為然，認為這是有悖於基督教的基本原則、妨害其實質的異端做法，對耶穌會士進行責難並屢向教廷控告。最核心的問題是可否允許中國教徒祀孔祭祖。教派間的這種爭執持續了多年，到18世紀初年遂升級成為教廷與中國朝廷之間的衝突。
康熙三十九年（1700年），耶穌會士張誠等人就中國把孔祭祖是否含有宗教性質的問題詢問於康熙皇帝，得到的答覆是，這不過是一種崇敬的禮節，並不帶有宗教性質。反對派遂以此為口實攻汗耶穌會，說對於教務問題，不請示教廷而訴諸一個教外的異國皇帝，是不可容忍的嚴重錯誤。
康熙四十四年（1705年），教廷的使者多羅（Charle Maillard de Tourpon），攜帶教皇關於禁止教徒扭孔祭祖等內容的公文來到中國，康熙帝拒絕接受，翌年便把多羅驅逐出京，然後又把他拘押澳門（其人最後死在獄中），諭令願照中國政府規定傳教的教士登記領取證件，不從者一律遣返回國。
康熙五十九年（1720年），又有一位教廷使者滿柴排爾排（Mezzabsrba）抵華，重申教廷的既定政策，康熙帝非常生氣，在教廷的禁約上批云：「以後不必西洋人在中國行教，禁止可也，免得多事。」１儘管滿柴排爾排鑒於康熙帝的態度，個人表示了一定的通融，但終未能改變僵局。
１《康熙與羅馬使節關係文書》第十四通，故宮博物院1932年影印本，北京。
康熙帝對教方的態度前後如此迥然不同，豈不也像是打擺子嗎？綜觀順、康兩朝之於上帝的「氣候」，也同樣呈現一種忽冷忽熱的狀況。
龍體透視
要對上述情狀作出徹底的診斷，自然得從「真龍天子」的身上開始。
必然的限製圖
對於剛剛入主中原的清初皇帝來說，中國傳統思想文化觀念在其頭腦中還淺，特別是夏夷之辨的防線尚未牢固築起，對外國人較少抱有傳統的成見。在宗教文化方面，則表現出較靈活寬鬆的特點。這和元代帝王的情況有些類似。這恐怕是清初皇帝比明末皇帝對洋教士們能更為禮敬和信任的重要原因。就以順治朝皇家與湯若望的關係來說，有的外國學者作過這樣有見地的評析：「這些滿洲新人物，雖然仍繼續中國的傳統，但卻不要為傳統的奴隸，所以他們就能把一種在先朝決不能辦到的位置給予湯若望。」１至於康熙皇帝平反歷獄、開放教禁的舉措，就更表現出了寬宏的胸襟和非常的魄力。
１[德]魏特《湯若望傳》第1冊第234頁，商務印書館1949年版，上海。
然而，他們也和元朝的皇帝們一樣，既然要帝中國，就必須適應、維護和利用中國的基本文化傳統。這就劃定了他們對教方態度和政策的限制圈：對洋教士們可禮其人而用其技，但他們必須循規蹈矩，為皇朝效力；對乃教也可寬容，但必須是感覺它不與中國文化從根本上相牴觸。
清初的皇帝們不但把洋教士當作品德可嘉的異國賓客，更視為能夠為己所用的勤懇一遠臣」。順治帝的《御制天主堂碑記》當中，就是這樣表彰湯若望輩的：
惟其遠臣，西國之良。測天治歷，克殫其長。敬業奉神，篤守弗忘……事神盡虔，事君盡職。凡爾疇人，永矜斯式！
南懷仁病歿後，康熙為其御制的碑文也是這般口吻，主要褒譽其人為皇朝服務的業績，所謂「蒞事惟精，奉職弗懈」。清帝給予他們的褒獎和一切話封、榮典，無不表示君上對臣下的一種恩賜。
金輪王轉世
從順治帝到康熙帝，對傳教士們的「事神盡虔」以及與此相聯繫的道德修養，雖說皆表欽敬，但對其所奉的神本身並無真正興趣，也無起碼瞭解。順治帝的《御制天主堂碑記》中有這樣一段非常典型的話：
朕巡幸南苑，偶經斯地（指天主堂），是神之儀貌如其國人，堂牖器飾如其國制。問其幾上之書，則曰：「此天主教之說也。」夫朕所服膺者，堯舜周孔之道；所講求者，精一執中之理。至於玄籍貝文所稱《道德》、《楞嚴》諸書，雖曾涉獵，而旨趣茫然。況西譯之書，天主之教，朕素未覽閱，焉能知其說哉？
在這中間，很明確地劃分了儒學、道和佛兩者（《道德〔經〕》、《楞嚴》分別為道、佛經名），以及天主教三個類別，並依瞭解多寡對它們作了排列，實際上即所認定的主次順序。順治帝無可移易地以儒學為首要，對道、佛經典尚有所涉獵，對天主教的典籍則是素未覽閱，一無所知。
後來順治帝與佛門倒是結下不解之緣。這位僅活了二十四歲的皇帝，在他生命的最後幾年，與憨璞聰、玉林□、木陳囗等僧人過從甚密。這些出家人告訴順治帝，他乃夙世為僧，甚至是「金輪王」轉世。順治帝竟信以為真，幾乎出家為僧。
而這時順治帝對湯若望等洋教士，則愈趨疏遠。作為瑪法的湯若望，平時千方百計地勸誘順治帝皈依天主教，在其他方面多愛聽從瑪法勸導的順治帝，獨對此事堅決拒絕，告訴瑪法不要強其所難。最後順治帝竟如此傾心於佛門，使湯若望困惑不解。最根本的原因當然還是受文化「血緣」的影響，佛教畢竟早已成為中國傳統文化復合體的組成部分，而基督教則是異質之物。順治帝作為一個中國皇帝，在兩者之間的選擇本能地就會是上述結果。
那些接近順治帝的僧人，除了佛學之外，儒學及相關學科的根底也頗為深厚，相互融會貫通，渾成一體。對於以「國學」為靈魂、苦讀經史幾至嘔血的順治帝來說，接受起來就順理成章了。木陳囗就經常與順治帝一起縱論干年史，橫披百部經，品詩評賦，潑墨揮毫，頗能調動起順治帝的興趣，使其在不知不覺中上了僧人們引領的路徑。
湯若望輩就不能做到這一點。除了基督教神學之外，他們的特長在天文歷算等學科，正如有的論者所分析的，這類學問固然「為國所急，而非帝所好，故言之無味」，不比「儒者之學為帝所習，故話能投機」１。
１陳垣《湯若望與木陳囗》，《陳垣史學論著選》第440頁，上海人民出版社1981年版。
第二個君士坦丁大帝？
康熙帝是有清一代皇帝中少有的英才，他沒有乃父的宗教狂熱，在對教方的態度上表現得相當理智。他對傳教士帶來的科技由衷地感興趣；虛心學習和利用。即使對西教，在文化意義的瞭解上也顯稍多一些。但仍然談不上對基督教特質的真正瞭解。他也只能立足於利瑪竇建立的「中西相通」說的基礎上來認識問題。當他體察到教方有悖「真儒」甚至公然對抗「真儒」的時候，便毫不客氣地運用他的權杖進行防衛和回擊。這在「禮儀之爭」的情事表現得十分明顯。
針對教廷關於禁止中國教徒祀孔祭祖等內容的公文，康熙帝怒斥教方「不通文理」，「知識扁淺」，無資格批評中國禮儀，而極力闡揚「中國供神主，乃是人子思念父母養育」；「聖人以五常百行之大道，君臣父子之大倫，垂教萬世」，「此至聖先師之所應尊應敬」的道理。針對西洋人對此表現出的隔膜，他說：
中國道理無窮，文義深奧，非爾西洋所可妄論！
爾欲議中國道理，必須深通中國文理，讀盡中國詩書，方可辯論。朕不識西洋之字，所以西洋之事朕皆不論。
既然教方不通、不容中國的聖賢之道，就不要在中國傳教了。這樣「諸事平穩，亦無競爭，良法莫過於此」。
此時清廷與教廷的衝突，已並非單純文化觀念上的衝突，而明顯具有政治衝突的性質。教廷對中國教徒「禮儀」的限制，已經包含對中國內政的干涉。康熙對教廷的抵制，也就不僅僅是文化觀念上的防衛，而且也是對國家主權的維護，這無疑是正當的。
康熙帝對問題的實際處理也顯得比較明智和富於策略。在堅持原則抵制教廷的同時，對利瑪竇式傳教術仍然表示肯定和讚賞，明確諭稱利瑪竇輩「並無貪邪淫亂，無非修道，平安無事，未犯中國法度」，對這樣的教士中國朝廷是軫念矜恤的，表示對願意謹守中國法度而又身懷技藝的傳教士可以繼續容留和利用，使其各獻其長，還可以給予永久居留權，以免回去遭受教廷迫害。１
１以上引文同注1書，第十一至十三通。
由上述情事便可看出，康熙帝對基督教和教方人員的基本態度相當明確，且完全處於一種自覺狀態。有論者認為，如果沒有「禮儀之爭」的發生觸怒康熙帝，他有可能皈依基督教而成為第二個君士坦丁大帝。據說，康熙皇帝真的曾說過，一旦朕改信基督教，則中國臣民就都會跟著立刻皈依。其實，這是不可能成為事實的假設。已經融化在這位中國皇帝血液中的中國文化傳統，以及他作為「王化」實施者的中華帝國君主的身份，決定了他無論如何也不可能成為第二個君士坦丁大帝，基督教也決不會成為中國國教。
「寧可」與「不可」
在對龍體透視時，不可忘記楊光先等人，因為他們是興風作浪，影響「氣候」變幻的重要人物。
楊光先是帶著「仇洋」的痼疾結束一生的。康熙帝平反歷獄，他隨之坐罪，王公大臣們議定處斬，康熙帝念其年紀已老，姑免死罪，著即驅逐回籍。楊氏狼狽出京，回安徽歙縣老家，行至山東德州，背上惡疽發作，旋即死去。
觀乎其人反洋教的迷狂，較之明朝的沈淮及《破邪集》的眾作者們可謂有過之而無不及。即使坐罪之後，仍然矢志不已。他留下的《不得已》一書，是繼《破邪集》之後又一部典型的反洋教文集，文章皆出自他一人手筆。其中有些衛道理論，與《破邪集》中的內容大旨略同，並無多少創新，但有個突出特徵值得注意，他把西洋科技視為傳教士藉以摧毀中國聖道、破壞皇朝天下的主要禍患，對它的驚懼、憎惡和排斥較明末反教士大夫更甚。
楊光先發難反教是以治歷之事為切入點。他指控湯若望等讓中國使用西洋曆法，即是「暗竊正朔之權……毀我國聖教」，更嚴重的是若輩「借曆法以藏身金門，窺伺朝廷機密」，「內勾外連謀為不軌」１。這顯然是夸誕失實的。楊光先當然也極力低毀西洋曆法的「荒謬」，但孰優孰劣的問題一經實際驗證便真相大白，無可置辯，於是他又進而發明了「寧可使中國無好曆法，不可使中國有西洋人」的絕妙警句。
１楊光先《請誅邪教狀》，《不得已》上卷第5頁，1929年中社影本。
他不只對西洋曆法，而是對西洋的一切器物、技藝都視為洪水猛獸。在他看來，「聖人之教，平實無奇，一涉高奇，即歸怪異」。怪異之事，即必邪惡；邪惡之事，豈能容乎？有人不是喜歡西洋製器精奇嗎？楊光先警告說，這正是夷人禍亂中國的拿手本領，正足為中國隱患。為此，他不僅問罪於眼前的傳教士，而且一直追究到前朝的徐光啟，痛低他為「貪其奇巧器物」遺患後世無窮的「邪臣」。
噴飯滿案笑地圓
因其本能地斥拒「高奇」事物，所以造成對科學的懵懂無知，缺乏起碼的理解和接受能力。譬如對傳教士帶來的地圓說，楊光先認為荒謬絕倫：如果大地果真是一個圓球，萬國錯布其四旁，球面之大小窪處即大小洋水，處於球之上下左右的人們腳心相對，那麼，處於側面和底面的水為什麼不傾？難道有圓水、壁立之水、浮於上而不下滴之水嗎？你洋人們把一杯水倒過來試試！處於側面和底面的人為什麼不倒不落？難道有橫立倒立之人嗎？只有蜾蟲能橫行壁立，蠅能仰棲，人誰能之？楊光先恥笑相信其說者為沒有頭腦的傻瓜，覺得自己才是有識見的智者。他這樣說：
如無心孔之人只知一時高興，隨意謅謊，不顧失枝脫節，無識者聽之不悟彼之為妄，反歎己之聞見不廣；有識者以理推之，不覺噴飯滿案矣！１
１同上書，下卷第67頁。
像楊光先這種認識水平，在當時反教士大夫中並非特例。不妨再舉一個例子。在楊光先稍後的雍正初年，兵部尚書李衛為杭州一所天主堂改為天後宮題寫碑記，也是一篇很典型的反洋教文字，其中即把「西洋之教，一技一能，務窮思力索，精其藝而後止」作為謬端罪舉來指斥，忿然聲稱：「一技一能，原無當於生人日用之重，至於奇技淫巧，尤為王法之所不容！」李衛還從另外一個角度對西洋科技進行貶斥：
其所精者儀器，(王睿)璣玉衡，見之唐虞矣；所重者日表、指南車，周公曾為之矣；所奇者自嗚鐘、銅殼滴漏，漢時早有矣；所駭人者機巧，木牛流馬，諸葛武侯行之；鬼工之奇，五代時有之，至今尤有流傳者。１
１張力、劉鑒唐《中國教案史》第162—165頁引錄該碑記全文，四川社會科學出版社1987年版，成都。
總之，是待論「其說不經，其所製造為中國之所素有，其為術又不能禍福人」，如此一無是處，智者減不該為其所惑。此公真足以與楊光先媲美了。
如此「不得已」
說來楊光先還真好像有點先見之明。他堅持認為洋人來中國，就是「不至破壞人之天下不已」，故大聲疾呼；「大清國臥榻之旁，豈容若輩鼾睡！」並預言：「百餘年後，將有知余言之不得已者。」他還特別申明：「寧使今日署予為妒婦，不可他日神予為前知也。」１
１同注5書。上卷第32頁。
其實，楊光先輩的這種防患說，並不是真正建立在對時勢、對中西雙方情況清楚瞭解和正確估計的基礎上，基本上仍是盲目排外情緒的一種發洩，只不過與日後形勢的發展客觀上有所巧合而已。實際上他不但昧干中外大勢，而且也沒有指出防患的正確途徑。客觀上傳教士是有協助殖民侵略之嫌，但靠楊光先輩力主的一味封閉排外，能夠有效地杜絕和抵禦外患嗎？顯然不能。相反，只有面對現實，因勢利導地實行開放，學習西方先進科學技術和其他有益的事物，開闊國人的眼界，增強國家的實力，才是正確的選擇。在這一點上，楊光先輩遠不如康熙皇帝明智。
就維護封建統治的根本動機而言，楊光先輩和康熙皇帝並無分歧。楊光先是要格盡一個臣子衛道的天職，在他看來，「士大夫者，主持世道者也；正三綱守四維，主持世道者之事」。為了行其「主持世道者之事」，為了維護君國，他執著地呼號，執著地奮鬥，成了聞「西」便怒、見「洋」必惡的狂人，卻大有「世人獨醉我獨醒」之慨。似乎沒有他們警世，華夏的脈息就要在舉國忄昏然中被洋人切斷了。他們就是如此的「不得已」，這卻正是若輩的悲劇所在。
冰川下的暗流
由於教廷對利瑪竇傳教術的否定和取消，以及對中國「禮儀」的無理干涉，康熙皇帝對在華傳教採取了限禁政策。其後自雍正帝開始更明確而嚴厲地實行禁教，乾隆、嘉慶、道光（鴉片戰爭前）朝一直堅持。
此期清廷對教方的基本態度可作這樣的概括：嚴禁外國教士進入和居留中國各省，嚴禁其教在中國傳習，各省原來的天主教堂一律取締；只容留少數外國傳教士居京師供職，為中國朝廷做世俗性服務工作（如治歷、作畫等），保留北京的主要教堂，供留京教士自己進行教務活動，但亦禁其傳教，並限制其與中國人的接觸和交往。
在這種嚴寒的氣候之下，教方在華的福音事業看似凋敝了。然而，冰川下面卻仍有暗流奔騰，甚至冒出幾排明浪，衝擊禁錮。
禁錮與衝擊
一方面，教方並不懾服於中國皇帝的禁令，除原在華教士有秘密潛伏下來的外，也還繼續派遣教士千方百計地進入華土禁地。他們或利用清朝官員的懵懂懈怠矇混，或採取賄賂手段買放，或靠中國教徒接應掩護，或由同仁故友設謀用計，可謂心機費盡，辦法使絕。總之，禁教期間外國傳教士在中國的活動實際並未間斷。
另一方面，此時中國人當中也顯出有一些矢志不移的信徒。他們不遵皇帝的禁令，仍然明裡暗裡地進行宗教活動，甚至有任神父者。即使在皇家宗室當中，也有情願坐罪而世奉天主教的人家。譬如蘇努家族就是很典型的例子。
蘇努是清太祖努爾哈赤的四世孫，與雍正帝是從昆弟行。他一家被雍正帝治罪，成為著名案事。其實際原因固然主要是因為政爭而非宗教，但蘇努子孫皈依天主教而至死不背也是事實。在蘇努家人被拘押期間，旗主曾派人勸其出教，但他們回答說：「我們的教義是真正的教義，因此不能放棄。」一個頭領又勸其只口頭上表示放棄，他們說：「即使是口頭放棄也是違背我們教義的，因此不能從命。」１這一情節是當時在押的蘇努第十二子烏爾陳，寫給傳教士的信中所講的親身經歷，當是可信的。
１《清代西人見聞錄》第149頁，中國人民大學出版社1985年版，北京。
及至嘉慶年間，又有蘇努的曾孫圖欽、圖敏兄弟在教案中坐罪。刑部曾再三勸其出教，他們亦堅持不肯。所以嘉慶皇帝氣憤地說：「是該二犯本屬罪人子孫，理宜安分守法，乃敢私習洋教，經該部再三開導，猶始終執迷不悔，情屬可惡！」１
１《清仁宗實錄》第29冊第1007頁，中華書局影印本，北京。
春風野草
面對洋教這種禁而不止的勢頭，具有至高無上權威的皇帝們感到困惑而氣憤。他們警覺地注視著王土之上，哪裡一有風吹草動，便立刻追根尋源，不惜鬧得個天翻地覆。所以禁教期間教案仍不時發生。有的案事曠日持久，波及各地，實際上成為全國性的清查滅教運動。雍正、乾隆、嘉慶朝都有重大案事發生。儘管皇帝們屢屢嚴飭「實力稽查，絕其根株」，但這時中國大地上的福音植株卻頗有些「野火燒不盡，春風吹又生」的勢頭。據一般估計，到鴉片戰爭前夕，中國天主教徒的人數不下20萬。
作為基督教另一大派別的新教，也在此期悄然潛入中國大陸。雖然早在17世紀初葉，就有新教教士隨荷蘭船艦到過台灣，但不久就被逐出，與中國斷絕聯繫。直到新教英國倫敦差會的教士羅伯特·馬禮遜（Robert Marrison），於嘉慶十二年（1807年）來到廣州，新教與中國才開始有持續性聯繫。
自此到鴉片戰爭爆發的30餘年間，已聚集有一批新教教士在中國進行活動。從新教進入中國大陸開始，就隱然揭開了「龍與上帝」關係史的新篇章。冰川下的暗流在此禁教期間，愈有不可遏止，噴湧欲出之勢。
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