1999年2月中旬，林同書為了對抗蓋亞原生體，開始瞄準另一半邪惡，想要將它得到手，以避免蓋亞原生體對它的覬覦。沖繩因他的到來而陷入戰火，同一時間，從無數資料中嗅到不安氣氛的羅生門首領御宮星野，也出手收拾數十年前的舊恩怨，攻擊F.T日本分部與六道黃泉。
四方混戰，幾乎將整個沖繩摧毀，蓋亞原生體隱藏其中，吞噬進化者恢復力量，御宮星野一舉擒獲F.T日本分部的賀氏里長老，並得到另一半的邪惡原力。
2月18日，追尋原力而來的林同書，落入御宮星野的包圍圈，受重傷，殺死羅生門長老逃離。
2月20日，日本政府響應羅生門的行動，加大對普天間的責難，反映到黑暗世界，便是天國禁區無法再向日本調遣力量。
2月21日，F.T北美分部支援力量在進入那霸時，遭遇羅生門與六道黃泉的合力清洗，這一行動標誌著，出雲大社分裂的力量開始復合。
3月1日，F.T日本分部徹底毀滅，賀氏裡家族滅族，御宮星野於同日向黑暗世界宣佈，羅生門與六道黃泉合流，重組出雲。
3月7日，修養多日的林同書突襲重組中的出雲總部，一場戰鬥後，無功而返。【】
3月9日，一條流言在整個黑暗世界流傳，言御宮星野掌握著一種強大的力量，可以製造五階高手。
3月10日，F.T北美、歐洲分部聯合，進攻出雲，混亂中，林同書力壓3位五階高手，搶走北美負責人隨身攜帶的邪惡原力，但本人也被御宮星野重創。
3月15日，從日本經逃亡數天的林同書，遭遇已恢復部分實力的蓋亞原生體偷襲，因傷勢未癒而落入下風，最終丟失邪惡原力
3月17日，重傷的林同書趕回申城，為避免蓋亞原生體借助邪惡原力衝擊惡行之源，主動進入鳳凰的精神世界，冒險為她清除邪惡的感染。
3月22日，鳳凰甦醒，林同書開始著手構建善惡系統，同一時間，蓋亞原生體利用邪惡原力衝入惡行之源，林同書與鳳凰、寧童舒前去阻止時，寧童舒臨陣背叛，幫助蓋亞原生體以某種難以言明的方式寄生系統。
憤怒的林同書開啟審判模式，將寧童舒擊殺，納入統治的邪惡原力消散，等待在另一個地方再次復甦。
4月5日，修養好的林同書，在鳳凰的牽線下，與特事局、醒獅聯手，發起毀滅崑崙的行動。
5月10日，崑崙最後一處集合點被轟炸成廢墟，一個貫穿共和國多年的老牌組織，徹底化作歷史的塵埃。
5月11日，特事局、醒獅受林同書邀請，高層匯聚申城，聽取他解釋他的最終目的。次日，兩大組織聯合，在勢力可及範圍內，幫助林同書尋找邪惡原力的代理人。
7月24日，遠處的日本島，出雲在支撐了F.T各洲分部聯合力量數月的圍攻後，終於無法承受，向黑暗世界發出求救信息。
8月，天國禁區、阿瓦隆等各大國官方組織參戰，F.T首次暴露靈能科技——一種由精神作為能量構成和基本物質的新型科技，可以人工製造出異能物品，並可控批量製造「類異能者」，這種進化者的力量弱小，而且精神狀態很不穩定，壽命極短，但他們的能力極為詭異，甚至肉體也發生異變。
9月，F.T組織依靠靈能科技佔據上風，全球範圍的黑暗世界大戰當中，一直忙著尋找代理人的大陸也無法平靜，戰火蔓延而來。
9月15日，第一波F.T先頭部隊進攻藍島，藍島海軍基地駐紮的醒獅分部毀滅，特事局也在傳出消息後的當夜被摧毀。
9月16日，特事局、醒獅參戰，因為高端力量的缺少，正在世界各地尋找代理人的林同書，不得不返回國內，與鳳凰、白守雲共同主持大局，抵抗F.T的入侵。
10月22日，曠日持久的地下戰爭，已經消耗盡了各個國家遮掩的能力，普通人對於越來越頻繁的爆炸、死人、廢墟加深疑惑，當日，美利堅當局迫於壓力，公佈了一段進化者戰鬥的視頻，引發世界範圍內的軒然大*，同日，各個民主國家相繼曝光視頻，進化者的身份正式浮出水面。
10月30日，經過多天談判，普通人宣佈加入進化者戰爭，同一天，林同書開放除惡行之源之外的各個副本，使進化者可以獲得系統貨幣，並開放異能物品的兌換。這兩條消息，成為戰爭的轉折點，F.T優勢盡去。
11月16日，F.T面對多方圍攻，終於獨木難支，開始退縮。
時間走到12月末，波及甚廣的進化者戰爭，雖然因為F.T的退卻，慢慢有平息的趨勢，但依舊偶爾會在世界上某個角落爆發一瞬，旋即又被各國的進化者組織撲滅。面對這個曾經觸角遍及全球的龐大組織，黑暗世界前所未有的聯合，普通人也在短暫的騷亂之後，因為政府的宣傳而逐漸接受了進化者的存在。
戰爭優勢局面的到來，也代表著林同書要繼續踏上尋找原力代理人的路程，但在那之前，他還需要先去惡行之源裡看看。
「你確定要進去？」
新年之夜，看著面前那棟被黑暗籠罩的高樓，洛紫嫣擔心地望著林同書，她不想他去冒險。
「我必須要進去看看，看看蓋亞究竟在搞什麼鬼。」一年過去，或許是戰爭的磨礪，顯得成熟許多的林同書，微微笑著，揉揉紫嫣的頭髮，「等我，我很快出來！」
「你們也是，等我一會兒，出來後我們就啟程！」
在場的鳳凰、白守雲、周進等人，點點頭，看著少年衣袂飛揚都走入那棟黑暗的大樓。
惡行之源，自從蓋亞寄生其中之後，林同書就再也沒有來過，揮別眾人，他慢慢靠近那片深沉的黑暗，來到大門範圍的時候，他深吸口氣。
要說沒有害怕的情緒，當然不可能，那個蓋亞無論怎麼看都很詭異，背景也大得嚇人——地球——他雖然力量強大，但也只是一介凡人而已，面對一個星球的意志，心虛是必然的。
但這是他的責任。
深吸口氣，林同書踏入黑暗的邊緣，那一剎那，一個聲音在耳邊響起：
「你來了……我等你太久太久……」
……
「為什麼沒有動靜？」
洛紫嫣擔心地看著大廈，問身邊的鳳凰，鳳凰笑著攬住她的肩膀，安慰道：「相信他！」
恍惚地點點頭，眾人默默等待著，時間飛快流逝，某一刻，遠處的城市中央，鐘聲敲響了，眾人向那邊看去，黑夜之中，只能看到城市由光明構成的輪廓。
「新年了啊！」
有人歎息一句。
是啊，新年了，過了這一秒，就踏入新的世紀，只是，不知道是曆法上的新世紀，還是一個真正全新的時代呢？
遙遠的黃塗縣城，一切事情的起源之處，新年鐘聲敲響的時候，一個女孩抱著布娃娃，呆呆地看著道路旁，一蓬黑色煙霧組成的圓球，漂浮在半空旋轉。
路上人來人往，但只有她能看見它……
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