《敵後武工隊》描寫冀中軍民抗日鬥爭的故事。1942年，日寇的七八萬精兵，在殺人魔王岡村寧次指揮下，對我冀中抗日根據地進行了殘酷的「五-一」大掃蕩，給這裡的軍民造成很大損失，使這一帶的抗日活動轉入地下。但根據黨中央的指示，冀中軍區九分區派遣魏強、賈政參加敵後武工隊，殺回冀中，鑽進敵人心臟，開展敵後工作。魏強、賈政在南峪找到武工隊隊長兼政委楊子曾。魏強被任命為第一小隊隊長，劉文彬為指導員，蔣天祥為第二小隊隊長。他們分析了敵情，認為三光地區的哈巴狗、侯扒皮和劉魁勝三個漢奸，是保定憲兵隊隊長松田的心腹，他們在東王莊，一次就殺害了170多個村民，罪行纍纍，必須首先打擊他們，搞個政治攻勢，動員群眾積極抗日。
於是，40多個精悍的武工隊員，首先闖到侯扒皮所守的中間鎮，炮轟炮樓，狠狠打擊了他的氣焰，使他恐慌不安，也使百姓們精神振奮。這時，魏強率領的小分隊，與楊子曾和蔣天祥等分別，來到號稱「小延安」的西王莊住下來，得到堡壘戶趙河套及群眾的精心掩護，因而三個多月過去了，他們頻頻打擊敵人，搞得敵人日夜不寧，而松田和劉魁勝組織的「聯合清剿隊」，連一點武工隊的影子也摸不到。
有一天，武工隊隊員劉大生出去刺探敵情，同聯絡員取得聯繫後，在回來的路上結識了黃村的何殿福，知道他弟弟也是八路軍。他們正走著，卻被兩個清剿隊員盯上了。劉大生機智地打死一人，活捉一人，佔據了井台上有利地形，同四面圍上來的敵人英勇拚搏，打死許多敵人，然後下到井裡，從地道回到村裡。這時，松田親自率領的日偽軍，仍然向井台猛烈轟擊，井台四周火光沖天。當他們攻至井邊，一無所見，下井撈屍，也一無所獲，松田只得沮喪而回，心中卻對劉太生的下落疑慮不定。劉太生安全回到魏強的住所，看到區婦救會長汪霞等皆在，就講了剛才的情況，並把取回來的信交給魏強。第二天，魏強與劉太生化裝成商人，一前一後，按信上的要求去見楊子曾。路上，前邊的魏強被二十來個警備隊員糾纏住，魏強乘機拽出暗藏的手槍，打死敵人的小隊長和幾個隊員，並趁敵人慌亂之時，滾進旁邊的交通溝。後邊的劉太生立即朝追擊魏強的敵人開了火，與魏強夾擊敵人，沒被打死的偽軍慌忙逃命而去。魏強見到楊子曾，才知道，為配合山裡八路軍的反掃蕩，縣委命武工隊吃掉增援日軍的侯扒皮和哈巴狗的隊伍。在回來的路上，魏強和劉太生機智地救出一批被偽軍抓去的民。第六天拂曉，魏強的小隊埋伏在一片墳地裡，躲過了日偽軍的兩輛警車的武裝偵察，消滅了打前陣的十多個鬼子兵，刺死曹長一撮毛，幾乎活捉哈叭狗，待松田和津美聯隊長率領四百多日軍前來增援時，小分隊已無影無蹤。津美看到一個接受小分隊包紮的日軍傷員，氣急敗壞地一刀刺死了他，並下令將高保公路兩側二百米內的樹木、麥子、墳丘全部除掉。
但是魏強讓表面上給敵人當偽保長、實為我軍聯絡員的李洛玉去挑動大冉村的警備小隊長王一瓶，抗拒了津美的指示。不久，敵人向百姓徵收新糧，給百姓帶來巨大負擔，魏強先是領人智奪了糧車，後又到哈叭狗新到的中間鎮，通過關係，內外結合，偷偷運回了被敵人強征的新糧、交還百姓，保住了人民的勞動果實。這時，哈叭狗和侯扒皮被調到黃莊，仍然敲詐百姓，魏強和賈正等人，在市集上打死正在欺壓百姓的侯扒皮，並向哈叭狗發出嚴重警告，令其取消徵收紅松木料的決定，被欺侮的偽保長和百姓都受到了鼓舞。日偽軍不斷遭到打擊，松田任命劉魁勝為隊長，成立夜襲隊，專在夜間搜尋武工隊，騷擾百姓。由於對夜襲隊的活動一時摸不到頭緒，武工隊在幾次遭遇中都有損失，只好暫時撤離三光地區。不久，他們又在保定南邊的馬池村成功地打擊了夜襲隊，但劉太生臨危不懼，拉響手榴彈，同圍攻他的三個敵人同歸於盡。劉魁勝在我軍地下聯絡員郭洛耿家埋伏起來，但卻沒有抓到一個武工隊員，便來到平康裡的妓女「貴妃」那裡，當場和保定南關車站副段長萬士順發生矛盾。萬士順懷恨在心，挑撥劉魁勝和站長小平次郎的關係。小平次郎乘劉魁勝再次去「貴妃」家時，與萬士順一起，痛打了劉魁勝。魏強和劉文彬利用敵人的這種矛盾，並由魏強率領賈正、李東山、趙慶田等八名武工隊員，冒充夜襲隊為劉魁勝報仇，奔襲車站，打死副站長萬士順和另一個日本人副站長，還打死了一些日本士兵，然後教訓全體俘虜，讓他們轉告小平次郎，待他開會回來後一定去找劉魁勝。代理憲兵隊長阪本聽了小平次郎的報告，立即帶兵血洗了夜襲隊的隊部。當他知道中了武工隊的計謀後，心中懊悔莫及，並被松田隊長調出了保定。冀中軍民卻歡天喜地，慶賀武工隊的成功。不久，魏強等人協助魏霞等區縣幹部開展減租減息運動，在范村治服了陽奉陰違的不法地主周敬之，打擊了他的反動氣焰，鼓舞了群眾的鬥爭勇氣，鞏固了運動的成果。不久，夜襲隊重新組建，但是在黃莊渡口卻遭到魏強等人的沉重打擊。松田大罵劉魁勝，並親自去清剿武工隊。然而，這時的武工隊卻早已闖進了保定，住到了警備隊旁邊的鐵路工人金漢生的家裡。這時，革命後代郭小禿已混入黃莊炮樓當了勤雜工，並取得了哈叭狗的信任，當了他的隨從，為魏強獲得了許多情報。魏強領著武工隊，讓小禿作內應，機智巧妙地拿下了黃莊炮樓，活捉了哈叭狗和王一瓶等，但哈叭狗乘夜逃跑。汪霞在黃莊渡口受傷後，在田家橋樑玉環家養了兩個月的傷，得知梁玉環的母親被日本兵殺害了，而她弟弟梁邦卻在不久前被逼迫當了夜襲隊，她與魏強等商量後，決定爭取梁邦反正。梁玉環和丈夫田常興非常高耍決心協助魏強和汪霞作弟弟的工作。梁邦回田家橋奔喪時，終於被說服，與武工隊積極配合，借路祭的機會，一舉打死殺害梁邦母親的日軍曹長，打死許多日軍，沒死的日軍全當了俘虜，武工隊奪取了炮樓，繳獲大量戰利品?br
哈叭狗逃回保定，通過老婆和劉魁勝的關係，受到松田賞識，當上了夜襲隊員。這時，敵人在平漢線上集中重兵進行清剿，松田讓哈叭狗領人破壞他逃跑時見過的地道。魏強和劉文彬決定借刀殺人，讓鬼子去殺哈叭狗。這天，哈叭狗領著龜尾少佐進了他逃走時的小莊子，早已做了充分準備的武工隊，領著百姓安全轉移，又巧妙地到處打擊敵兵，四五十名日軍被打死，敵人仍然摸不到武工隊的影子。龜尾的一條胳膊被打斷了，帽子被打掉了，他見哈叭狗拾起帽子的諂媚丑相，想起今天的慘敗，想起松田暗中懷疑哈叭狗已投降八路軍的指示，一槍打死了這個死心踏地的漢奸。而這時魏強領導的小分隊卻化裝成日軍，在敵群中從容走掉，並且火燒了梁家橋炮樓子，給敵人沉重打擊。松田惱羞成怒，百般掙扎，親自率領幾百名鬼子兵包圍了西王村，集合全村百姓，讓他們交出武工隊。劉魁勝當場殺死了不肯說出武工隊下落的一位老大娘和河套大伯。沒有來得及轉移的劉文彬為了保護鄉親，便從群眾中走出來，說自己是武工隊員。一時間，群眾紛紛說自己是武工隊，以保護劉文彬和沒有來得及撤走的汪霞，使敵人辨不清真假。然而，夜襲隊突然送來被痛打而叛變的武工隊員馬鳴，致度劉文彬和汪霞被捕。敵人對他倆軟硬兼施，卻無法讓他倆投降。於是敵人就放出風說他倆叛變了武工隊。實際上他倆一直在揭露和痛斥松田、劉魁勝，大鬧「宴席」，痛擊馬鳴，敵人無奈把他倆改押到南關監獄。
魏強對他倆在獄中的表現一清二楚，在上級的指示下，在內線關係的協助下，一舉劫了押解劉文彬、汪霞和另一個因馬鳴告密而被捕的同志邱東的警車，救出了這三個同志。這之後，抗日戰爭勝利的日子接近了，魏強根據上級的指示，決定逼近保定市區活動。他們通過各種關係，控制了十五號炮樓，並在炮樓頭目田光的配合下，把巡視途中前來炮樓避雨的松田和劉魁勝活擒了。松田在被押解途中，投河自殺，劉魁勝在東、西王莊召開的公審大會上被槍決。正在這時，日本投降的消息傳來，人們沉浸在歡樂之中，而魏強他們卻走向了新的征程，去迎接為保衛抗戰果實而同國民黨反動派的鬥爭。