運河自京師歷直沽、山東，下達揚子江口，南北二千餘里，又自京口抵杭州，首尾八百餘里，通謂之運河。
明代有白漕、衛漕、閘漕、河漕、湖漕、江漕、浙漕之別。清自康熙中靳輔開中河，避黃流之險，糧艘經行黃河不過數里，即入中河，於是百八十里之河漕遂廢。若白漕之藉資白河，衛漕之導引衛水，閘漕、湖漕之分受山東、江南諸湖水，與明代無異。嘉慶之季，河流屢決，運道被淤，因而借黃濟運。道光初，試行海運。二十八年，復因節省幫費，續運一次。迨咸豐朝，黃河北徙，中原多故，運道中梗。終清之世，海運遂以為常。
夫黃河南行，淮先受病，淮病而運亦病。由是治河、導淮、濟運三策，群萃於淮安、清口一隅，施工之勤，糜帑之鉅，人民田廬之頻歲受災，未有甚於此者。蓋清口一隅，意在蓄清敵黃。然淮強固可刷黃，而過盛則運堤莫保，淮弱末由濟運，黃流又有倒灌之虞，非若白漕、衛漕僅從事疏淤塞決，閘漕、湖漕但期蓄洩得宜而已。至江漕、浙漕，號稱易治。江漕自湖廣、江西沿漢、沔、鄱陽而下，同入儀河，溯流上駛。京口以南，運河惟徒、陽、陽武等邑時勞疏-，無錫而下，直抵蘇州，與嘉、杭之運河，固皆清流順軌，不煩人力。今撮其受患最甚、工程最鉅者著於篇。
順治四年夏久雨，決江都運堤，隨塞。六年夏，高郵運堤決數百丈。七年，運堤潰，挾汶水由鹽河入海。八年，募民夫大挑運河。十四年，河督朱之錫言：「南旺南距台莊高百二十尺，北距臨清高九十尺，應遵定例，非積六七尺不准啟閘，以免瀉涸。閉下閘，啟上閘，水凝亦深；閉上閘，啟下閘，水旺亦淺。重運板不輕啟，回空板不輕閉。」從之。十五年，董口淤。之錫於石牌口迤南開新河二百五十丈，接連大河，以通飛。先是漳水於九年從丘縣北流，逕青縣入海。至十七年春夏之交，衛水微弱，糧運澀滯，乃堰漳河分溉民田之水，入衛濟運。時河北累年亢旱，部司姜天樞言：「昔僉事江良材欲導河注衛，增一運道，今獨不可借其議而反用之導衛以注河乎？」之錫從其言，並置衛河主簿，著為令。
康熙元年，定運河修築工限：三年內沖決，參處修築官；過三年，參處防守官；不行防護，致有沖決，一併參處。四年秋，高郵大水，決運堤。五年，運河自儀徵至淮淤淺，知縣何崇倫募民夫-之。漕督林起龍言：「糧艘北行，處處阻閘阻淺，請飭河臣履勘安山、馬踏諸湖，暨各-閘子堤斗門堤岸，及東平、汶上諸泉，有無堵塞，務期-泉清湖，以通運道。」六年，決江都露筋廟。明年，塞之。十年，決高郵清水潭。明年，再決，十三年始塞。十四年，決江都邵伯鎮。十五年夏，久雨，漕堤崩潰，高郵清水潭、陸漫溝，江都大潭灣，共決三百餘丈。
十六年，以靳輔為河督。時東南水患益深，漕道益淺。輔言：「河、運宜為一體。運道之阻塞，率由河道之變遷。向來議治河者，多盡力於漕艘經行之地，其他決口，以為無關運道而緩視之，以致河道日壞，運道因之日梗。是以原委相關之處，斷不容歧視也。又運河自清口至清水潭，長約二百三十里，因黃內灌，河底淤高，居民日患沈溺，運艘每苦阻梗。請敕下各撫臣，將本年應運漕糧，務於明年三月內盡數過淮。俟糧艘過完，即封閉通濟閘壩，督集人夫，將運河大為挑-，面寬十一丈，底寬三丈，深丈二尺，日役夫三萬四千七百有奇，三百日竣工。並堵塞清水潭、大潭灣決口六，及翟家壩至武家墩一帶決口，需帑九十八萬有奇。」又言：「向因河身淤墊，阻滯盤剝，艱苦萬端。若清口一律浚深，則船可-行，省費甚多。因令量輸所省之費，作治河之用，請俟運河浚深，船艘通行，凡過往貨物船，分別徵納剝淺銀數分，一年停止。」均允行。
十七年，築江都漕堤，塞清水潭決口。清水潭逼近高郵湖，頻年潰決，隨築隨圮，決口寬至三百餘丈，大為漕艘患。前年尚書冀如錫勘估工費五十七萬，夫柳仍派及民間，猶慮功不成。輔周視決口，就湖中離決口五六十丈為偃月形，抱兩端築之，成西堤一，長六百五丈，更挑繞西越河一，長八百四十丈，僅費帑九萬。至次年工竣。上嘉之，名河曰永安，新河堤曰永安堤。是歲挑山、清、高、寶、江五州縣運河，塞決口三十二。輔又請按裡設兵，分駐運堤，自清口至邵伯鎮南，每兵管兩岸各九十丈，責以栽柳蓄草，密種菱荷蒲葦，為永遠護岸之策。又言：「運河既議挑深，若不束淮入河濟運，仍容黃流內灌，不久復淤。請於高堰堤工單薄處，幫修坦坡，為久遠衛堤計。」均如所議行。
十八年，決山陽戚家橋，隨塞。明初江南各漕，自瓜、儀至清江浦，由天妃閘入黃。後黃水內灌，潘季馴始移運口於新莊閘，納清避黃，仍以天妃名。然口距黃、淮交會處僅二百丈，黃仍內灌，運河墊高，年年挑-無已。兼以黃、淮會合，-洄激盪，重運出口，危險殊甚。至是，輔議移南運口於爛泥淺之上，自新莊閘西南挑河一，至太平壩，又自文華寺永濟河頭起挑河一，南經七里閘，轉而西南，亦接太平壩，俱遠爛泥淺。引河內兩渠並行，互為月河，以舒急溜，而爛泥淺一河，分十之二佐運，仍挾十之八射黃，黃不內灌，並難抵運口。由是重運過淮，揚帆直上，如履坦途。是歲開滾水壩於江都鰍魚骨，創建宿遷、桃源、清河、安東減壩六。
十九年，創建鳳陽廠減壩一，碭山毛城鋪、大谷山，宿遷攔馬河、歸仁堤，邳州東岸馬家集減壩十一。康熙初，糧艘抵宿遷，由董口北達。後董口淤塞，遂取道駱馬湖。湖淺水面闊，纖纜無所施，舟泥濘不得前，挑掘舁送，宿邑騷然。輔因創開-河四十里，上接-河，下達黃河，漕運便之。是歲霪兩，淮、黃並漲，決興化漕堤，水入高郵治，壞泗州城郭，特築滾壩於高郵南八里，及寶應之子嬰溝。
二十年七月，黃水大漲，-河淤澱，不能通舟。眾議欲仍由駱馬湖，輔力持不可，親督挑掘丈餘，黃落清出，仍刷成河。隨閉-河口攔黃壩，於迤東龍岡岔路口至張家莊挑新河三千餘丈，使出-河，石-之清水盡由新河行，至張家莊入黃河，是為張莊運口。是歲增築高郵南北滾水壩八，對壩均開越河，以防舟行之險，凡舊堤險處，皆更以石。二十二年九月，黃河由龍岡漫入，新河又淤。隨於石-築攔黃壩，復設法疏導，旬餘，新河仍-行。二十三年，上南巡閱河，至清口，以運口水緊，令添建石閘於清河運口。
二十五年，輔以運道經黃河，風濤險惡，自駱馬湖鑿渠，歷宿遷、桃源至清河仲家莊出口，名曰中河。糧船北上，出清口後，行黃河數里，即入中河，直達張莊運口，以避黃河百八十里之險。議者多謂輔此功不在明陳-鑿清口下。而按察使於成龍、漕督慕天顏先後劾輔開中河累民，上斥其阻撓。二十七年，復遣尚書張玉書、圖納，左都御史馬齊等往視，亦稱中河安流，舟楫甚便。但逼近黃流，不便展寬，而裡運河及駱馬湖之水俱入此河，窄恐難容，應於蕭家渡、楊家莊、新莊各建減壩，俾水大可宣洩；仲家閘口大直恐倒灌，應向東南斜挑以避黃流。詔俟臨閱時定奪。是歲大雨，中河決，淹清河民田數千頃。
明年春，上南巡，閱視河工，至宿遷支河口，謂諸臣曰：「河道關係漕運民生，地形水勢，隨時權變。今觀此河狹隘，逼近黃岸，萬一黃堤潰決，失於防禦，中河、黃河將溷為一。此河開後，商民無不稱便，安識日後若何？」圖納、馬齊言：「臣等勘河時，正值大水，懼河隘不能容諸水，故議於迤北遙堤修減壩三，令由舊河形入海。」輔言：「臣意開此河，可束水入海，及-畢觀之，漕艘亦可行。今若加增遙堤，以保固黃河堤岸，當可無慮。」河督王新命言：「支河口止一鎮口閘，微山湖諸水甚大，遇淫潦不能支，必致潰決。若於駱馬湖作減壩，令漲水入黃，再修築郯城禹王台，以御流入駱馬湖之水，令注沭河，則中河無慮。」上謂可仍開支河，其黃河運道，並存不廢。先是玉書等請閉攔馬河，事下總河，至是新命言：「攔馬河原以宣黃水異漲，似應仍留，水漲則開放，水平則閉，以免中河淤墊。至駱馬湖三減壩，玉書等議留二座於堤內，減水入中河，又恐中河不能容，擬於迤東蕭家渡、楊家莊、新河口量建減壩宣洩。臣謂既以中河不能容，何必留此二壩之水減入中河，復從蕭家渡等處建壩，多此曲折？不若將三壩俱留遙堤外，令由舊河形入海，於蕭家渡三處量留缺口二，酌水勢以宣塞之為愈。郯城沭水口舊有禹王台，障遏水勢，會白馬河、沂河之水入駱馬湖，愈覺泛溢不可遏，應於台舊基迎水處堵塞斷流，令仍由故道入海。」下扈從諸臣確議。惟駱馬湖減壩用玉書等原議，餘如新命言。
三十二年，直隸運河決通州李家口等五口，天津耍-渡等八口。衛河微弱，惟恃漳為灌輸，由館陶分流濟運。明隆、萬間，漳北徙入滏陽河，館陶之流遂絕。至是三十六年，忽分流，仍由館陶入衛濟運。三十八年，廷議改高郵減壩及茆家園等六壩均為滾水壩，增加高堰石工五尺。三十九年，上以清口日淤，恐誤糧艘，海道運津又極艱險，擬以沙船載糧，自江下海，至黃河入海之口，運入中河，則海運不遠。下河督張鵬翮籌議。鵬翮言運河決口已塞，清水又已引出，糧船當可-達。若改載沙船，雇募水手，徒滋糜費。且由江入海，從黃河海口入中河，風濤不測，實屬難行。從之。初，河督於成龍以中河南逼黃河，難以築堤，乃自桃源盛家道口至清河，棄中河下段，改鑿六十里，名曰新中河。至是，鵬翮見新中河淺狹，且盛家道口河頭灣曲，-運不順，因於三義壩築攔河堤，截用舊中河上段、新中河下段合為一河，重加修-，運道稱便。
四十年，以湖口清水已出，宜籌節宣之法，允鵬翮請，於張福口、裴家場二引河間，再開引河一，合力敵黃。若黃漲在糧艘已過，堵攔黃壩，使不得倒灌；漲在行船時，閉裴家場引河口，引清水入三汊河至文華寺濟運。是歲建中河口南岸石閘。四十二年，以仲莊-清水出口，逼溜南趨，致礙運道，詔移中河運口於楊家莊，即大清水故道，由是漕鹽兩利。逾年，又命建直隸運河楊村減壩以分水勢。
四十四年，上言高堰及運河減壩不開放，則危及堤堰，開洩又潦傷隴畝，宜於高堰三滾壩下挑河築堤，束水入高郵、邵伯諸湖，其減壩下亦挑河築堤，束水由串場溪注白駒、丁溪、草堰諸河入海。令江、漕、河各督勘估，遣官督修。自是淮、揚各郡悉免漫溢之患。四十五年，鵬翮於中河橫堤建草壩二，鮑家營引河處建草壩一，相機啟閉，免中河淤墊。又以運河水漲，堤岸難容，於文華寺建石閘，閘下開引河，自楊家廟、單楊口迄白馬湖，長萬四千八百丈有奇，水漲開放入湖，水涸堵閉。是年，濟寧道張伯行請引漳自成安柏寺營通漳之新河，接館陶之沙河，古所謂馬頰河者，疏其淤塞，使-流入衛。議未及行。越二年，全漳入館陶，漳、衛合而勢悍急，恩、德當沖受害，乃於德州哨馬營、恩縣四女寺建壩，開支河以殺其勢。
六十年，東撫李樹德請開彭口新河。先是濟寧道某言，彭口一帶有昭陽、微山、西湖，噴沙積於三洞橋內，屢開屢塞，阻滯糧艘，應挑新河、避噴沙，以疏運道。至是，樹德以為言。上曰：「山東運河，自西湖之水流入。前此百姓以為宜開即開，以為宜閉亦閉。開者何意？堵者何意？務悉其故，方可定其開否。不然，虛耗矣。」又曰：「山東運河，全賴湖、泉濟運。今多開稻田，截上流以資灌溉，湖水自然無所蓄瀦，安能濟運？往年東民欲開新河，朕恐下流氾濫，禁而弗許。今又請開新河。此地一面為微山湖，一面為嶧縣諸山，更從何處開鑿耶？張鵬翮到東，將此旨詳諭巡撫，申飭地方，相度泉源，蓄積湖水，俾漕運無誤，自易易耳。」
雍正元年，河督齊蘇勒偕漕督張大有言：「山東蓄水濟運，有南旺、馬踏、蜀山、安山、馬場、昭陽、獨山、微山、郗山等湖，水漲則引河水入湖，涸則引湖水入槽，隨時收蓄，接應運河，古人名曰『水-』。歷年既久，昭陽、安山、南旺多為居民占種私墾。現除已成田不追外，餘俟水落丈量，樹立封界，永禁侵佔，設法收蓄。至馬踏、蜀山、馬場、南陽諸湖，原有斗門閘座，加以土壩，可收蓄深廣，備來年濟運之資。惟獨山一湖，濱臨運河，一線小堰，且多缺口。相度水勢，河水盛漲，聽其灌入湖中；湖、河平，即築堰堵截；河水稍落，不使湖水走洩涓滴。或遇運河淺塞，則引湖水下注，庶幾接濟便捷。至諸湖閘座，仍照舊例，灌塘積水，啟閉以時，則湖水深廣，運道疏通矣。」下所司議行。
二年，齊蘇勒以駱馬湖東岸低窪易洩，舊壩不足抵禦，於湖東陸塘河通寧橋西高地築攔河滾壩，再築攔水堤六百丈，口門寬三十丈，以便宣洩。又幫築運河西岸地洞口堤身五百十丈，高、寶、江東西岸堤工五千二十四丈，寶應西堤七里閘迤南至柳園頭埽工五百七十丈。
四年，齊蘇勒改種家渡南之舊彭口於十字河，而彭口沙壅積如故。先是侍郎蔣陳錫疏陳漕運事宜，上命內閣學士何國宗等勘視豫東運道，至是覆稱：「山東運河必賴湖水接濟，請將安山湖開-築堤；南旺、馬踏諸堤及關家壩俱加高培厚，建石閘以時啟閉；其分水口兩岸沙山下，各築束水壩一；汶水南戴村壩應加修築；建坎河石壩於汶水北；恩縣四女寺應建挑壩一；鱟ㄆ皆撕游靼緞薷唇水關二，東岸建滾壩一；濮州沙河會趙王河處，舊有土壩引河，應修築開-，其河西州縣，聽民開通水道，匯入沙河，於運道民生，均有裨益；武城及恩縣北岸，各挑引河一。河南運河自北泉而下，歷仁、義、禮、智、信五閘，遏水旁注，愚民不無截流盜水之弊。請拆去五閘，於泉池南口建石堰一，開口門三，分為三渠，築小堤使無旁洩；東西各開一渠，渠各建五閘，分溉民田。小丹河自清化鎮下應開-築小堤，河東一里開水塘一，石閘三，分為三渠，以小丹河為官渠，東西各一為民渠。其洹河石壩皆已湮廢，宜增修為挑壩。諸泉源應各開深廣，入衛濟運。」下所司議行。五年，東撫塞楞額以柳長河日見淤淺，雖一帶相連，而中有金錢嶺分隔，特開引河二，一從嶺北注安山入湖，一從嶺南出閘口濟運。
八年，河督嵇曾筠言：「宿遷駱馬湖舊有十字河口門，引湖濟運，兼以刷黃。嗣湖水微弱，恐黃倒灌，堵閉河口，又於西寧橋迤西建攔湖壩，因是湖水不通，專資黃濟運，致中河之水挾沙淤墊。今秋山水暴漲，去路遏塞，漫溢橫出。請復十字河舊口門，俾湖水入中河，刷深運道，攔湖壩酌量開寬，俾上游之水，由六塘河入海。」從之。是年始設黃、運兩岸守堤堡夫，二里一堡，堡設夫二，住堤巡守，遠近互為聲援。
九年，兼總河田文鏡言：「汶南流濟運，向有玲瓏及亂石、滾水三壩。伏秋盛漲，水由滾壩入鹽河，沙由玲瓏、亂石洞隙隨水滾瀉。自何國宗於三壩內增建石壩，涓滴不通，既無尾閭洩水，又無罅隙通淤，致汶挾沙入運，淤積日高。請改壩為-，建磯心五十六，中留水門五十五，安-板以資宣洩。又以不能啟閉，別築土堤，名春秋壩。」如所請行。十一年，東撫岳-言：「東省水-，舊有東平之安山湖廢閘四。自國宗議復安山湖水-，重築臨河及圈湖堤，修通湖、蛇溝二閘，並於八里灣、十里鋪兩廢閘間建石閘一，曰安濟閘，俱經修竣，仍不能蓄水濟運。緣湖底土疏，非圈堤所能收蓄，均宜修防。其圈湖堤缺，概停補築，以免糜費。」從之。十二年，直督李衛以故城與山東德州、武城毗連，系河流東注轉灣處，向無堤埝，水漲漫溢，勸諭民間-修土埝，量給食米，以工代賑。東撫岳-以德州河溜頂沖，於東岸挑新河、建滾壩，兩岸各築遙堤，酌開涵洞，以資宣洩。
乾隆二年，御史馬起元言：「直、東運河，近多淤塞。」尚書來保言：「衛水濟運灌田，請飭詳查地勢，使漕運不阻，民田亦資灌溉。」上命侍郎趙殿最、侍衛安寧，會同直、漕、河三督，豫、東兩撫勘奏。經部議：「東省泉源四百三十九，無不疏通，閘壩亦完固，惟戴廟、七級、柳林、新店、師莊、棗林、萬年、頓莊各閘，或雁翅潮蟄，或面石裂縫，兩岸斗門涵洞，有滿家三空橋雁翅低陷，石閘面太低，應交河督興修。又馬踏、蜀山、馬場、獨山、微山諸湖，嚴禁占種蘆葦，南旺、南陽、昭陽諸湖水-，僅堪洩水，小清河久淤塞，均宜次第修治。至衛水濟運灌田，宜於館陶、臨清各立水則一，測驗淺深，以時啟閉。」起元又言，通州至天津河路多淤淺，糧艘不便。命殿最偕顧琮勘議。尋議天津溯流而上，設有兵弁，無官管轄。應增置漕運通判一，駐張家灣，專司疏-；把總二，外委四，聽通判調遣。又普濟寺等四閘屬通州，增置吏目一，慶豐等七閘屬大興，增置主簿一，遇應開挑處，報坐糧F-實修。用鄂爾泰言，建獨流東岸滾壩，並開引河，注之中塘窪，以免靜海有羨溢之虞，並減天津三汊口爭流之勢。是歲，大挑淮、揚運河，自運口至瓜洲三百餘里。
三年，河督白鍾山言：「衛河水勢，惟在相機啟閉。殿最前奏設館陶、臨清二水閘，可不必立。嗣雨水調勻，百泉各渠閘照舊官民分用。儻值水淺澀，即暫閉民渠民閘以利漕運。或河水充-，漕艘早過，官渠官閘亦酌量下板以灌民田。」是年，修復三教堂減壩，挑-淤填支河，使洩水入馬頰河。又於三空橋舊址修減壩，仍挑通支河，使洩水入徒駭河。增建裴家口東南涵洞二，修築房家口上下堤岸、馬家閘土堤，及自嶧縣台莊迄臨清板閘運堤八百里纖道，亦資障護瀕河田廬。
先是疏-毛城鋪河道時，高斌以黃流倒灌，移運口於上游七十餘丈，與三汊河接。次年，黃仍灌運，論者多謂新開運口所致，特命大學士鄂爾泰相度。旋言：「運口直對清口，湖水由裴家場引河東北直趨清口，入運之水仍系回流平緩；惟新口外挑水壩稍短，清水盛旺，或恐溜寬，宜再築長壩，不必仍舊開口。惟舊河直捷，新河紆曲，今新建閘壩未開，漕船應行舊河，以利挽運。新河於天妃閘下重建通濟、福興二閘，隨時啟閉。每歲漕船過後，河水充溢，則開放新河以分水勢，湖水漲溢，則閉舊河及新河閘以待水消，庶新舊兩河可以交用。」
鄂爾泰又言：「詳勘漳河故道，一自直隸魏縣北，經山東丘縣城西，至效口村會滏陽河，入大陸澤，下會子牙河，由天津入海。一由魏縣北老沙河，自潘爾莊經丘縣城東，歷清和、武城、景州、阜城各地，過千頃窪，入運歸海。丘縣城西故道去衛河較遠，舊跡既淹，開通匪易。且滏陽河下會子牙河，全漳之水亦難容納。惟老沙河即古馬頰河，河形寬闊，於此挑復故道，自和爾寨村東承漳河北折之勢，開至漳洞村，歸入舊河，勢順工省。即於新挑河頭下東流入衛處建閘，如衛水微弱，則啟以濟運，衛水足用，則閉閘使歸故道；再於青縣下酌建閘壩，臨清以北運道可免淤墊，青縣以下田廬永無浸淹。應飭直、東兩省會勘估修。」五年，改山東管河道為運河道，專司蓄洩疏-閘壩事，仍管河庫，從白鍾山請也。
二十二年，添建高郵東堤石壩，酌定水則，視水勢大小以為啟閉。巡漕給事中海明言：「江南運河，惟桃源之古城砂礓，溜灘灣沙積，黃河以南，惟揚州之灣頭閘至范公祠三千三百餘丈間段阻淺，均應挑。鎮江至丹徒、常州，水本無源，恃江潮灌注，冬春潮小則淺。加以每日潮汐易淤，兩岸土松易卸，應六年大挑一次，否則三年亦須擇段撈淺。丹徒兩閘以下，常州之武進等縣，亦間段淺滯，均應一律挑。」詔：「挑河易滋浮冒，宜往來查察，毋得屬之委員。」
二十四年，命海明及河督張師載、東撫阿爾泰會勘直、東運河。初，運河水漲，漫溢德州等處，景州一帶道路淤阻。至是，海明等言：「漳、衛二河，伏秋盛漲，宜旁加疏洩。自臨清至恩縣四女寺二百五十餘里，河身盤曲，臨清塔灣東岸原有沙河一，即黃河遺跡，由清平、德州、高唐入馬頰河歸海。請開挑作滾水石壩，使汶、衛合流，分洩水勢。四女寺、哨馬營兩支河，原系旁洩汶、衛歸海之路，請將狹處展寬，以免下游德州等處沖溢。」二十五年，巡漕給事中耀海偕師載言：「南旺以北僅馬踏一湖，水患不足。獨山湖有金線閘，水祗南流，利濟閘水可北注。請移金線閘於柳林閘北，使獨山諸湖全注北運河。」制可。二十七年，以魚台辛莊橋北舊有洩水口二，口門刷深，難以節制，允師載等請改建滾壩一。是歲，挑德州西方-對岸引河，自魏家莊至新河頭，長四十丈，建築齊家莊挑溜埽壩，接築清口東西壩，修李家務石閘。二十八年，用阿爾泰言，於臨清運河逼近村莊處開引河五，以分水勢。
三十三年，黃水入運，命大學士劉統勳等往開臨黃壩，以洩盛漲，並疏-運河淤淺。三十七年，河督姚立德言：「泗河下流董家口向建石壩分洩，今泗水南趨，轉為石壩所累。請拆去，並展寬孟家橋舊石橋。」如所請行。五十年，命大學士阿桂履勘河工。阿桂言：「臣初到此間，詢商薩載、李奉翰及河上員弁，多主引黃灌湖之說。本年湖水極小，不但黃絕清弱，至六月以後，竟至清水涓滴無出，又值黃水盛漲，倒灌入運，直達淮、揚。計惟有借已灌之黃水以送回空，蓄積弱之清水以濟重運。查本年二進糧艘行入淮河，全藉黃水浮送，方能過淮渡黃，則回空時雖值黃水消落，而空船吃水無多，設法調劑，似可銜尾遄行。」借黃濟運，自此始也。五十一年，運河盛漲，致淮安迤下東岸涇河洩水石閘牆蟄底翻，難資啟閉。越五年，山陽、寶應士民修復之。
嘉慶元年，河決豐汛，刷開南運河佘家莊堤，由豐、沛北注金鄉、魚台，漾入微山、昭陽各湖，穿入運河，漫溢兩岸。是冬，漫口塞，凌汛復蟄陷。次年，東西兩壩並蟄，二月工始竣。自豐工決後，若曹工、睢工、衡工，幾於無歲不決。九年，因山東運河淺塞，大加-治；又預蓄微山諸湖水為利運資。然自是以後，黃高於清，漕艘轉資黃水浮送，淤沙日積，利一而害百矣。十二年，倉場侍郎德文等請挑修張家灣正河，堵築康家溝以復運道，御史賈允升請挑-減河，均下直督溫承惠勘辦。承惠請-溫榆河上游。上命侍郎托津、英和偕德文等覆勘。尋奏言：「頻年漕運皆藉溫榆下游倒漾之水，以致泥沙淤積。若從上游深挑，直抵石壩，實為因勢利導。惟地勢高下，須逐細測量，俾全河毫無滯礙方善。」制可。
十三年，通州大水，康家溝壩沖決成河，張家灣河道遂淤。倉場侍郎達慶請來年糧艘由康家溝試行一年，暫緩挑復張家灣河身。上命尚書吳-往勘，與達慶議合，遂允之。明年，御史史祜言，康家溝河道難行，請復張家灣正河。下直督溫承惠。承惠言：「康家溝溜勢奔騰，漕船逆流而上，大費纖。該處地勢正高，恐旱乾之歲，河水一瀉無餘，漕行更為棘手。惟張家灣兩岸沙灘，壩基難立，而正河積淤日久，挑-亦甚不易。」上復遣工部尚書戴均元往勘，亦言壩基難立，且時日已迫，恐河道未復，漕運已來，請仍由康家溝行，再察看一年酌定。如所請行。時淮、揚運河三百餘里淺阻，兩淮鹽政阿克當阿請俟九月內漕船過竣，堵閉清江三壩，築壩斷流，自清江至瓜洲分段挑。下部議。覆稱：「近年運河淺阻，固由疊次漫口，而漫口之故，則由黃水倒灌，倒灌之故，則由河底墊高，清水頂阻，不能不借黃濟運，以致積淤潰決，百病叢生。是運河為受病之地，而非致病之原。果使清得-出敵黃，並分流濟運，則運口內新淤不得停留，舊淤並可刷滌。若不除倒灌之根，而亟亟以挑-運河為事，恐旋挑旋淤，運河之挑-愈深，倒灌之勢愈猛，決堤吸溜，為患滋多。」命尚書托津等偕河督勘辦。十八年，漕督阮元以邳、宿運河閘少，水淺沙停，請於匯澤閘上下添建二閘。下江督百齡核奏。
道光元年，山東河湖山水並發，戴村壩迤北堤埝漫決六十餘丈，草工刷三十餘丈，四女寺支河南岸汶水旁洩處三。用巡撫姚祖同言，於正河旁舊河形內抽溝導水濟運，兼顧湖瀦。三年，漫直隸王家莊，由各F汛賠修。是歲添築戴村壩北官堤碎石壩四。四年，侍講學士潘錫恩陳借黃濟運之弊，略言：「蓄清敵黃，為相傳成法。今年張文浩遲堵御黃壩，致倒灌停淤，釀成巨患。若更引黃入運，河道淤滿，處處壅溢，恐有決口之患。」下尚書文孚等妥議。
自嘉慶之季，黃河屢決，致運河淤墊日甚，而歷年借黃濟運，議者亦知非計，於是有籌及海運者。五年，上因漕督魏元煜等籌議海運，群以窒礙難行，獨大學士英和有通籌漕、河全局，暫雇海船以分滯運，酌折漕額以資治河之議，下所司及督撫悉心籌畫。卒以黃、運兩河受病已深，非旦夕所能疏治，詔於明年暫行海運一次。
新授兩江總督琦善言：「臣抵清江，即赴運河及濟運、束清各壩逐加履勘。自借黃濟運以來，運河底高一丈數尺，兩灘積淤寬厚，中泓如線。向來河面寬三四十丈者，今只寬十丈至五六丈不等，河底深丈五六尺者，今只存水三四尺，並有深不及五寸者。舟只在在膠淺，進退俱難。濟運壩所蓄湖水雖漸滋長，水頭下注不過三寸，未能-注。淮安三十餘里皆然，高、寶以上之運河全賴湖水，其情大可想見。請飭河、漕二臣將河面淤墊處展挑寬深，再放湖水，藉資-送，以期不誤北上期限。」上以「借黃濟運，原系權宜辦理，孫玉庭察看漕艘挽運艱難，不早陳奏變計，魏元煜舊任漕督，及與顏檢坐觀事機敗壞，隱忍不言，糜帑病民，是誠何心？令將運河淤墊一律挑深，費由玉庭、元煜、檢分賠。」琦善又言，自御黃壩堵閉，運河淤墊不復增高，而洪湖清水蓄至丈餘，各船可資浮送，不敢冒昧挑。工費至省在百萬外，玉庭等罄其所有，斷無如許家資。更可慮者，欲-運河，必先堵束清壩，阻絕來源，而後可以涸底挑辦。現湖水下注湍急，束清壩外跌塘甚深，又系清水，不能掛淤閉氣。設正事興挑，而束清壩臌開，則工廢半途，費歸虛擲。請停止裡、揚運河挑工，以免草率而節糜費。」允之。是年，築溫榆河上游果渠村壩埽。七年，東河總督張井、副總河潘錫恩請修復北運河劉老澗石滾壩、中河F南纖堤、揚糧二F東西纖堤及堤外石工，移建昭關壩。上遣英和等馳勘，乃定移昭關壩於其北三元宮之南，餘如所請行。
十一年，高郵湖河漫馬棚灣及十四堡，湖河連為一。江督陶澍請依嘉慶間故事，運河決口，重空糧艘均繞湖行。八月，十四堡塞。冬，馬棚灣塞。先是澍撫蘇時，以鎮江運河並無水源，祗恃江潮浮送，下練湖湮塞已久，移建黃泥閘於張官渡以當湖之下流，俾得擎托湖流，使之回漾，稍濟江潮之不逮，曾著成效。至十四年遷江督，復偕巡撫林則徐相度，於湖頂沖之黃金壩及東岡築兩重蓄水壩，培圩埂二千八百八十丈，使水得入湖。又建減水石壩二於湖之東堤，俾可宣洩暴漲。於入運處修復念七家古涵，以作水門，並建石閘以放水濟運。是冬工竣，由涵引水出，竟能倒漾上行數十里，軍船得銜尾而南。越二年，溜勢變遷，河形灣曲，復移建黃泥閘於迤上二百丈，改為正越二閘，中建磯心，並改張官渡迤下六十里呂城閘為正越二閘，以利漕行。十五年，移築囊沙引渠沙壩於西河-外，以資收蓄，從東河總督吳邦慶請也。
十八年，運河淺阻，用河督栗毓美言，暫閉臨清閘，於閘外添築草壩九，節節擎蓄，於韓莊閘上朱姬莊迤南築攔河大壩一，俾上游各泉及運河南注之水，並攔入微山湖。定收瀦濟運章程六。十九年，毓美以戴村壩卑矮，致汶水多旁洩，照舊制增高之。初，給事中成觀言淮、揚芒稻閘、人字河不宜堵壩，阻水去路，下陶澍等議。至是覆稱：「此壩蓄水由來已久，並不攔阻眾水歸江，不得輕議更張。」從之。時衛河淺澀，難以濟運。東撫經額布請變更三日濟運、一日灌田例。詔將百門泉、小丹河各官渠官閘一律-開，暫避民渠民閘，如有賣水阻運盜挖情弊，即行嚴懲。明年，漕督朱澍復言：「衛河不能下注，有妨運道。」命河督文沖、豫撫牛鑒察勘。文沖等言：「衛河需水之際，正民田待溉之時。民以食為天，斷不能視田禾之枯槁置之不問。嗣後如雨澤愆期，衛河微弱，船行稍遲，毋庸變通舊章。倘天時亢旱，糧船阻滯日久，是漕運尤重於民田，應暫閉民渠民閘，以利漕運。」從之。
咸豐元年，甘泉閘河撐堤潰塌三十餘丈，河決豐縣，山東被淹，運河漫水，漕艘改由湖陂行。先是戶部尚書孫瑞珍言十字河為全漕之害，若於河西改寬新河，以舊河為囊沙，於彭口作滾壩，納濁水而漾清流，漕船無阻，可省起剝費二十萬。下東河總督顏以燠議。至是以燠言：「改挖新河事無把握，無庸輕議更張。」報聞。二年，決北運河北寺莊堤，命尚書賈楨、侍郎李鈞勘堵，並改次年漕糧由海道運津。自是遂以海運為常。同治而後，更以輪舶由海轉運，費省而程速，雖分江北漕糧試行河運，然分者什一，藉保運道而已。五年，銅瓦廂河決，穿運而東，堤埝沖潰。時軍事正棘，僅堵築張秋以北兩岸缺口。民埝殘缺處，先作裹頭護埽，黃流倒漾處築壩收束，未遑他顧也。十年，決淮揚馬棚灣。
同治五年，決清水潭。八年，河決蘭陽，漫水下注，運河堤埝殘缺更甚。自張秋以北，別無來源，歷年惟借黃濟運而已。九年，漕督張之萬請於黃流穿運處堅築南北兩堤，酌留運口為漕船出入門戶，並築草壩，平時堵閉以免倒灌。已下所司議，之萬旋改撫江蘇，繼任張兆棟以「既築堤束水留口門，又築壩堵閉，恐過水稍滯，而上游一氣奔注，新築堤閘難當沖激。設奪運北趨，則東昌、臨清暨天津、河間，淹沒在所必至，北路衛河亦將廢壞。惟有於鄆城沮河一帶遏黃東流，即以保南路之運道，於張秋、八里廟等處疏運河之淤墊，即以通北上之漕行，較之築堤束水，稍有實際」。制可。
十年，侯家林河決，直注南陽、昭陽等湖，鄆城幾為澤國。漕督蘇鳳文言：「安山以北，運河全賴汶水分流，至臨清以上，始得衛水之助。今黃河橫亙於中，挾汶東下，安山以北毫無來源，應於衛河入運及張秋清黃相接處，各建一閘，蓄高衛水，使之南行，俟漕船過齊，即啟臨清新閘，仍放衛北流，以資浮送。並於張秋淤高處挑深丈餘，安山以南亦一律挑-，庶黃水未漲以前，運河既深，舟行自易。」江督曾國-言：「河運處處艱阻，如嶧縣大泛口沙淤停積，水深不及二尺，必須挑深四五尺，並將近灘石堆劃除，與河底配平，方利行駛。北則滕縣郗山口入湖要道，淺而且窄，微山湖之王家樓、滿家口、安家口，獨山湖之利建閘，南陽湖北之新店閘、華家淺、石佛閘，南旺閘分水龍王廟北之劉老口、袁口閘，處處淤淺，或數十丈至百餘丈，須一律挑深。此未渡黃以前，阻滯之宜預為籌辦者。至黃水穿運處，漸徙而南，自安山至八里廟五十五里運堤，盡被黃水沖壞，而十里鋪、姜家莊、道人橋均極淤淺，宜一面疏-，一面於缺口排釘木椿，貫以巨索，俾船過有所依傍牽挽。此渡黃時運道艱滯，宜預為籌辦者。渡黃以後，自張秋至臨河二百餘里，河身有高下，須開挖相等，於黃漲未落時，閉閘蓄水，以免消耗，或就平水南閘迤東築挑壩，引黃入運。此渡黃後運道易涸，宜預為籌辦者。東平運河之西有鹽河，為東省鹽船經行要道。若漕船由安山左近入鹽河，至八里廟仍歸運道，計程百餘里，較之徑渡黃流，上有缺口大溜，下有亂石樹舂者，難易懸殊。如行抵安山，遇黃流過猛，宜變通改道，須先勘明立標為志。此又渡黃改道，宜預為籌辦者。」下河、漕督及東撫商籌。
十一年，河督喬松年請在張秋立閘，借黃濟運。同知蔣作錦則議導衛濟運。上詢之直督李鴻章，鴻章言：「當年清口淤墊，即借黃濟運之病。今張秋河寬僅數丈，若引重濁之黃以閘壩節宣用之，水勢抬高，其淤倍速。至作錦導衛，原因張秋北無清水灌運，故為此議。以全淮之強，不能敵黃，尚致倒灌停淤，豈一清淺之衛，遂能御黃濟運耶？其意蓋襲取山東諸水濟運之法。不知泰山之陽，水皆西流，因勢利導，百八十泉之水，源旺派多，自足濟運。衛水微弱，北流最順，今必屈曲使之南行，一水兩分，勢多不便。若分沁入衛以助其源，沁水猛濁，一發難收，昔人已有明戒。近世治河兼言利運，遂致兩難，卒無長策。事窮則變，變則通。今沿海數千里，洋舶駢集，為千古以來創局，正不妨借海道轉輸，由氵扈解津，較為便速。」疏入，詔江、安糧道漕米年約十萬石仍由河運，餘仍由海運。光緒三年，東撫李元華條上運河上中下三等辦法，並言量東省財力，擬用中等，將北運河一律疏通，復還舊址，並建築北閘。時值年荒，寓賑於工，省而又省，需費三十萬有奇。下所司議。
五年，有請復河運者。江督沈葆楨言：「以大勢言之，前人之於河運，皆萬不得已而後出此者也。漢、唐都長安，宋都汴梁，捨河運無他策。然屢經險阻，官民交困，卒以中道建倉，伺便轉-，而後疏失差少。元則專行海運，故終元世無河患。有明而後，汲汲於河運。遂不得不致力於河防。運甫定章，河忽改道。河流不時遷徙，漕政與為轉移，我朝因之。前督臣創為海運之說，漕政於窮無復之之時，藉以維持不敝。議者謂運河貫通南北，漕艘藉資轉達，兼以保衛民田，意謂運道存則水利亦存，運道廢則水利亦廢。臣以為捨運道而言水利易，兼運道而籌水利難。民田於運道勢不兩立。兼旬不雨，民欲啟涵洞以溉田，官必閉涵洞以養船。迨運河水溢，官又開閘壩以保堤，堤下民田立成巨浸，農事益不可問。議者又太息經費之無措，舳艫之不備，以致河運無成。臣以為即使道光間歲修之銀與官造之船，至今一一俱存，以行漕於借黃濟運之河，未見其可也。近年江北所僱船只，不及從前糧艘之半，然必俟黃流汛漲，竭千百勇夫之力以挽之，過數十船而淤復積。今日所淤，必甚於去日，而今朝所費，無益於明朝。即使船大且多，何所施其技乎？近因西北連年亢旱，黃河來源不旺，遂乃狎而玩之。物極必返，設因濟運而奪溜，北趨則畿輔受其害，南趨則淮、徐受其害，如民生何？如國計何？」
八年，伏秋大汛，張家灣運河自蘇莊至姚辛莊衝開新河一段，長七百餘丈，上下口均與舊河接，形勢順直，大溜循之而下。舊河上口至下口，長六千四百餘丈，業已斷流，惟新河身繫自行衝開，不能一律深通。明年，直督李鴻章飭制新式鐵口刮泥大板，在兩岸拖拉，使一律通。十二年，通州潮白河之平家-漫口，東趨入箭桿河。未幾，堵復運河故道。十三年六月，復漫刷平家-新工下之北市莊東小堤，並老堤續塌百數十丈，連成一口，奪溜東趨十之八。尋堵塞之。是年，河決鄭州，山東黃水斷流，漕船不能南下，向之借黃濟運者，至是束手無策。旋將臨口積淤疏挑，空船始得由黃入運。十五年，東撫張曜言：「河運未能久停，請改海運漕米二十萬仍歸河運。」從之。
十六年，用江督曾國荃言，修揚屬南運河堤閘涵洞，及附城附鎮鱟uぁＳ鍾娩疃剿紗謊裕-F邳、宿運河。十九年，潮白河漲溢，運堤兩岸決口七十餘，上游務關F決口七。是冬均塞。二十年，-濟寧、汶上、滕、嶧、茌平、陽-、東平各屬運河。明年，-陶城埠至臨清運河二百餘里。二十四年，侍讀學士瑞洵言南漕改折，有益無損，請每年提折價在津購米以實倉庾。御史秦夔揚亦言河漕勞費太甚，請停江北河運。皆不許，仍飭認真疏-，照常起運。二十六年，聯軍入京師，各倉被佔踞，倉儲粒米無存，江北河運行至德州，改由陸路運送山、陝。二十七年，慶親王奕-、大學士李鴻章言：「漕糧儲積，關於運務者半，因時制宜，請詔各省漕糧全改折色，其採買運解收放儲備各事，分飭漕臣倉臣籌辦。」自是河運遂廢，而運河水利亦由各省分籌矣。